Xây dựng quy trình phát hiện đột biến gen từ mẫu sinh thiết lỏng bằng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới với ứng dụng trong chẩn đoán điều trị ung thư

ỦY BAN NHÂN DÂN THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH SỞ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP.HCM CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP THÀNH PHỐ BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ XÂY DỰNG QUY TRÌNH PHÁT HIỆN ĐỘT BIẾN GEN TỪ MẪU SINH THIẾT LỎNG BẰNG CƠNG NGHỆ GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI VỚI ỨNG DỤNG TRONG CHẨN ĐOÁN ĐIỀU TRỊ UNG THƯ Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP.HCM Chủ nhiệm nhiệm vụ: TS Nguyễn Hoài Nghĩa Thành phố Hồ Chí Minh - 2019 ĐẠI HỌC Y DƯỢC TPHCM CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Ngoại bào - Hạnh phúc TpHCM, ngày 22 tháng 11 năm 2018 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KH&CN I THÔNG TIN CHUNG Tên nhiệm vụ: Xây dựng quy trình phát đột biến gen từ mẫu sinh thiết lỏng cơng nghệ giải trình tự gen hệ với ứng dụng chẩn đoán điều trị ung thư Dạng nhiệm vụ: R&D Chủ nhiệm nhiệm vụ: Họ tên: Nguyễn Hoài Nghĩa Ngày, tháng, năm sinh: 01/05/1981 Nam/ Nữ: nam Học hàm, học vị: tiến sĩ Chức danh khoa học: Chức vụ: nghiên cứu viên Điện thoại: Tổ chức: 38558411 Mobile: 0932390734 E-mail: nhnghia81@gmail.com Tên tổ chức công tác: Đại học y dược TpHCM Địa tổ chức: 217 Hồng Bàng, quận 5, TpHCM Địa nhà riêng: 611/62 Điện Biên Phủ, quận 3, TpHCM Tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Đại học y dược TpHCM Điện thoại: 38558411 E-mail: daihocyduoc@ump.edu.vn Địa chỉ: 217 Hồng Bàng, quận 5, TpHCM Họ tên thủ trưởng tổ chức: PGS.TS Trần Diệp Tuấn Số tài khoản: 3713.0.1057277.00000 Kho bạc: Nhà nước/Ngân hàng: quận 5, Tp HCM II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực nhiệm vụ: - Theo hợp đồng ký kết: từ 12/2017 đến 12/2019 - Thực tế thực hiện: từ 12/2017 đến 12/2019 2 Kinh phí sử dụng kinh phí: a) Tổng số kinh phí thực hiện: 2805 triệu đồng đó: + Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 2805 triệu đồng + Kinh phí từ nguồn khác: b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học: Số TT Theo kế hoạch Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.đ) 12/2017 1.400 12/2018 1.122 12/2019 283 Thực tế đạt Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.đ) 12/2017 1.400 12/2018 1.122 Ghi (Số đề nghị toán) c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: Đối với đề tài: Đơn vị tính: Triệu đồng Theo kế hoạch Số TT Nội dung khoản chi Tổng Tổng NSKH Nguồn khác 459.875 459.875 Trả công lao động 459.875 (khoa học, phổ thông) Nguyên, vật liệu, 2,211.692 lượng Thiết bị, máy móc Xây dựng, sửa chữa nhỏ Chi khác: Chi văn phòng phẩm, in ấn 459.875 Ngu ồn khác 2,211.692 2,211.692 2,211.692 0 0 0 Chi hội đồng y đức hội đồng nghiệm thu 0 0 Chi phí quản lí quan chủ trì 133.578 133.578 133.578 133.578 2,805.145 2,805.145 2,805.145 2,805.145 Tổng cộng NSKH Thực tế đạt 0 - Lý thay đổi (nếu có): Đơn vị tính: Triệu đồng 3 Các văn hành trình thực đề tài/dự án: (Liệt kê định, văn quan quản lý từ cơng đoạn xét duyệt, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì nhiệm vụ (đơn, kiến nghị điều chỉnh có) Số TT Số, thời gian ban hành văn 1276/QĐ-SKHCN, 25/12/2017 Tên văn Quyết định việc phê duyệt nhiệm vụ nghiên cứu khoa học công nghệ 257/2017/HĐSKHCN, 25/12/2017 197/TTr-ĐHYD, 07/03/2018 Hợp đồng thực nhiệm vụ khoa học công nghệ 186/QĐ-SKHCN, 21/03/2018 Quyết định việc phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu gói thầu phục vụ nhiệm vụ khoa học cơng nghệ 539/TTr-ĐHYD, 10/05/2018 Tờ trình việc đề nghị phê duyệt kết lựa chọn nhà thầu gói thầu: Gói “Tách chiết DNA tối ưu quy trình” Gói “Thiết kế thư viện giải trình tự” Gói “Mẫu dị đặt hiệu để bắt giữ DNA từ gen mục tiêu” Gói “ Hóa chất giải trình tự” 542/QĐ-SKHCN, 11/06/2018 Quyết định việc phê duyệt kết lựa chọn nhà thầu gói thầu “Tách chiết DNA tối ưu quy trình” 543/QĐ-SKHCN, 11/06/2018 Quyết định việc phê duyệt kết lựa chọn nhà thầu gói thầu “Hóa chất giải trình tự” 544/QĐ-SKHCN, 11/06/2018 Quyết định việc phê duyệt kết lựa chọn nhà thầu gói thầu “Mẫu dò đặt hiệu để bắt giữ DNA từ gen mục tiêu” 565/QĐ-SKHCN, Quyết định việc phê duyệt kết Ghi Tờ trình phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu gói thầu phục vụ nhiệm vụ khoa học công nghệ lựa chọn nhà thầu gói thầu “Thiết kế thư viện giải trình tự” 11/06/2018 Tổ chức phối hợp thực nhiệm vụ: Số TT Tên tổ chức đăng ký theo Thuyết minh Tên tổ chức tham gia thực Nội dung tham gia chủ yếu Sản phẩm chủ yếu đạt Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Cá nhân tham gia thực nhiệm vụ: (Người tham gia thực đề tài thuộc tổ chức chủ trì quan phối hợp, không 10 người kể chủ nhiệm) Tên cá nhân đăng ký theo Thuyết minh TS Nguyễn Hoài Nghĩa Tên cá nhân tham gia thực TS Nguyễn Hoài Nghĩa TS.BS Đỗ Đức Minh Số TT Nội dung tham gia Sản phẩm chủ yếu đạt Điều hành chung Xây dựng qui trình sinh thiết lỏng Áp dụng quy trình mẫu bệnh Phân tích liệu Qui trình tổng thể để phát đột biến gen từ mẫu sinh thiết lỏng bệnh nhân ung thư phổi đại trực tràng Xác định độ nhạy độ đặc hiệu qui trình TS.BS Đỗ Đức Minh Xây dựng qui trình sinh thiết lỏng Áp dụng qui trình mẫu bệnh Xác định độ sâu tối thiểu giải trình tự ngưỡng phát đột biến qui trình PGS.TS Hoàng Anh Vũ PGS.TS Hoàng Anh Vũ Xây dựng qui trình sinh thiết lỏng Áp dụng qui trình mẫu bệnh Qui trình cho bước tách chiết cfDNA từ huyết tương CN Lương Bắc An CN Lương Bắc An Thu thập mẫu Bộ mẫu ung thư phổi đạt yêu cầu Ghi chú* CN Nguyễn Huỳnh Minh Quân CN Võ Thanh Bình CN Nguyễn Huỳnh Minh Quân CN Võ Thanh Bình Thu thập mẫu Bộ mẫu ung thư phổi đạt yêu cầu Xây dựng qui trình sinh thiết lỏng Áp dụng qui trình mẫu bệnh Qui trình cho bước chuẩn bị thư viện phục vụ giải trình tự hệ CN Nguyễn Minh Trúc CN Nguyễn Minh Trúc Xây dựng qui trình sinh thiết lỏng Áp dụng qui trình mẫu bệnh Qui trình cho bước làm giàu cfDNA gen mục tiêu TS.BS Nguyễn Hữu Thịnh Tuyển chọn thu thập mẫu Bộ mẫu ung thư đại trực tràng đạt yêu cầu ThS BS Nguyễn Đức Huy Tuyển chọn thu thập mẫu Bộ mẫu ung thư đại trực tràng đạt yêu cầu Được bổ sung thành viên nhiệm vụ Được bổ sung thành viên nhiệm vụ - Lý thay đổi ( có): hai thành viên TS.BS Nguyễn Hữu Thịnh ThS.BS Nguyễn Đức Huy thuộc Bệnh viện đại học Y Dược TpHCM bổ sung vào đề tài nhằm hỗ trợ cho việc tuyển chọn thu thập mẫu ung thư đại trực tràng Việc bổ sung thành viên không làm tăng chi phí tiền cơng nghiên cứu Hội đồng Sở KHCN thông qua thay đổi báo cáo kì Tình hình hợp tác quốc tế: Số TT Theo kế hoạch (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đồn, số lượng người tham gia ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị: Số TT Theo kế hoạch (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm ) Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Tóm tắt nội dung, cơng việc chủ yếu: (Nêu mục 15 thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, điều tra khảo sát nước nước ngoài) Thời gian (Bắt đầu, kết thúc Các nội dung, công việc Số - tháng … năm) chủ yếu TT (Các mốc đánh giá chủ yếu) Theo kế Thực tế đạt hoạch Nội dung 1: tuyển chọn thu thập Bắt đầu Hoàn thành 10 ml máu ngoại vi 100 bệnh 6/2017, kết 100% công việc nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ thúc tháng (giai đoạn III IV) 100 bệnh 7/2019 nhân ung thư đại trực tràng (giai đoạn III IV) Đây bệnh nhân chưa tham gia điều trị Trong số bệnh nhân 50 mẫu sinh thiết mơ u tương ứng từ nhóm bệnh thu nhận - Xây dựng quy trình thu mẫu - Thiết kế phiếu đồng thuận tham gia nghiên cứu - Trình hội đồng y đức Người, quan thực TS.BS Nguyễn Hữu Thịnh, ThS.BS Nguyễn Đức Huy, CN Lương Bắc An, CN Nguyễn Huỳnh Minh Quân (Đại học Y Dược TpHCM, Bệnh viện ĐH Y Dược TpHCM) Nội dung 2: tách chiết cfDNA từ huyết tương sử dụng kit Bắt đầu từ tháng 3/2018, kết thúc tháng 7/2018 Hồn thành 100% cơng việc TS Nguyễn Hoài Nghĩa, TS Đỗ Đức Minh, PGS TS Hoàng Anh Vũ, CN Võ Thanh Bình, CN Nguyễn Minh Trúc (Đại học Y Dược TpHCM) Nội dung 3: chuẩn bị thư viện phục vụ cho giải trình tự gen hệ kit NEBNext Ultra II library kit (New Enlgand Biolabs) Bắt đầu 12/2017, kết thúc tháng 7/2019 Hồn thành 100% cơng việc TS Nguyễn Hồi Nghĩa, TS Đỗ Đức Minh, CN Võ Thanh Bình, CN Nguyễn Minh Trúc (Đại học Y Dược TpHCM) Nội dung 4: thực “lai-bắt giữ” để làm giàu phân mảnh cfDNA gen mục tiêu sử dụng kit xGen- IDT Bắt đầu từ tháng 3/2018, kết thúc tháng 7/2018 Hồn thành 100% cơng việc TS Nguyễn Hồi Nghĩa, TS Đỗ Đức Minh, PGS TS Hoàng Anh Vũ, CN Võ Thanh Bình, CN Nguyễn Minh Trúc (Đại học Y Dược TpHCM) Nội dung 5: xác định độ sâu tối thiểu (depth/ coverage) (nhằm gia tăng số lượng mẫu cho lần phân tích, làm giảm chi phí quy trình) ngưỡng giới hạn phát đột biến sử dụng dòng tế bào mang đột biến biết - Kiểm tra biến đổi di truyền dòng tế bào: SW48, A549, SK-MEL-2, H1666, H2228 HCC78 giải trình tự Sanger - Xác định ngưỡng giới hạn phát đột biến quy trình cách trộn DNA dịng tế bào mang đột biến với cfDNA tách chiết từ huyết tương bệnh nhân nồng độ pha loãng: 2.5% 1% 0.1% để tạo nên tần suất đột biến (MAF) khác - Xác định độ sâu tối thiểu cho quy trình giải trình tự hệ (độ sâu thấp giúp tăng số lượng mẫu cho lần giải trình giảm chi phí) cách giải trình tự độ sâu khác nhau: 20.000X 10.000X 5.000X Bắt đầu từ tháng 3/2018, kết thúc tháng 7/2018 Hồn thành 100% cơng việc TS Nguyễn Hoài Nghĩa, TS Đỗ Đức Minh Nội dung 6: giải trình tự hệ cho 200 mẫu máu (gồm ung thư phổi không tế bào nhỏ ung thư đại trực tràng) 100 mẫu mô u Bắt đầu từ tháng 7/2018, kết thúc tháng (Đại học Y Dược TpHCM) Hồn thành 100% cơng việc TS Nguyễn Hoài Nghĩa, TS Đỗ Đức Minh, CN Võ 8 tương ứng sử dụng độ sâu tối thiểu xác định nội dung - 200 mẫu máu tách huyết tương Sau huyết tương sử dụng để tách cfDNA giải trình tự - 100 mẫu mô u tương ứng tách chiết DNA giải trình tự Kết giải trình tự mơ u sử dụng “tiêu chuẩn vàng” để xác định độ nhạy độ đặc hiệu quy trình sinh thiết lỏng [18] - Độ nhạy quy trình tỉ lệ mẫu huyết tương (sinh thiết lỏng) mang đột biến ung thư diện mẫu mô u tương ứng - Độ đặc hiệu quy trình tỉ lệ mẫu huyết tương khơng mang đột biến ung thư khơng tìm thấy đột biến mẫu mô u tương ứng 10/2019 Nội dung 7: đột biến phát mẫu huyết tương mô u nội dung kiểm tra khẳng định phương pháp giải trình tự digital droplet PCR mẫu mô u Bắt đầu từ tháng 9/2019, kết thúc tháng 11/2019 Thanh Bình, CN Nguyễn Minh Trúc (Đại học Y Dược TpHCM) Hoàn thành 100% cơng việc TS Đỗ Đức Minh, PGS TS Hồng Anh Vũ (Đại học Y Dược TpHCM) Nội dung 8: phân tích liệu viết Bắt đầu từ báo cáo nghiệm thu báo khoa 11/2019 đến học tháng 12/2019 Hồn thành 100% cơng việc TS Nguyễn Hồi Nghĩa (Đại học Y Dược TpHCM) - Lý thay đổi (nếu có): nội dung thay đổi phương pháp ngoại kiểm đột biến mô u, sử dụng digital PCR thay cho PCR-Sanger Digital PCR phương pháp nhạy PCR-Sanger, phát đột biến có tần suất thấp (đến 1%), PCR-Sanger phát đột biến có tần suất từ 25-30% trở lên Các mẫu mơ u nghiện cứu có tần suất nhỏ 25% chiếm gần 80% nên sử dụng PCR-Sanger Hội đồng Sở KHCN thông qua thay đổi báo cáo kì III SẢN PHẨM KH&CN CỦA NHIỆM VỤ Sản phẩm KH&CN tạo ra: a) Sản phẩm Dạng I: Số TT Tên sản phẩm tiêu chất lượng chủ yếu Đơn vị đo Số lượng Theo kế hoạch Thực tế đạt - Lý thay đổi (nếu có): b) Sản phẩm Dạng II: Số TT Tên sản phẩm Quy trình xác định đột biến ung thư cơng nghệ giải trình tự gen hệ mẫu sinh thiết lỏng Yêu cầu khoa học cần đạt Theo kế hoạch Thực tế đạt Bắt đầu từ tháng Đã hình thành 12/2017, kết qui trình xác định thúc tháng đột biến dựa 12/2019 200 mẫu sinh thiết lỏng Dựa so sánh với kết giải trình tự 100 mẫu mơ u, độ nhạy độ đặc hiệu đạt đạt 81% 100% cho ung thư phổi; 77% 100% cho ung thư đại trực tràng; thỏa điều kiện cần đạt sản phẩm Ghi - Lý thay đổi (nếu có): c) Sản phẩm Dạng III: Số TT Tên sản phẩm báo quốc tế Yêu cầu khoa học cần đạt Theo Thực tế kế hoạch đạt Tháng 12/2019 báo quốc tế (đã tạp chí chấp nhận) Số lượng, nơi cơng bố (Tạp chí, nhà xuất bản) Tạp chí Plos One (1 bài) Tạp chí Cancer Investigation (1 bài) - Lý thay đổi (nếu có): d) Kết đào tạo: Số TT Cấp đào tạo, Chuyên ngành đào tạo Thạc sỹ Theo kế hoạch thạc sĩ Số lượng Thực tế đạt Đã đào tạo học viên cao học: Ghi (Thời gian kết thúc) 2019 10 LBL062 LBL063 LBL064 LBL065 (-) (-) (-) (-) LBL066 Mất đoạn exon 19 gen EGFR (GGAATTAAGAGAAGC vị trí 55174771) LBL067 LBL068 LBL069 LBL071 LBL072 (-) (-) (-) (-) (-) LBL073 Mất đoạn exon 19 gen EGFR (ATTAAGAGAAGCAAC vị trí 55174774) LBL074 LBL075 (-) (-) LBL076 đột biến điểm KRAS (G13C) 8% LBL077 đột biến điểm EGFR (L858R) 19% LBL078 LBL079 (-) (-) LBL080 Mất đoạn exon 19 gen EGFR (GAATTAAGAGAAGCA vị trí 55174772) 11% LBL081 Mất đoạn exon 19 gen EGFR (GGAATTAAGAGAAGC vị trí 55174771) 1% 100 3% LBL082 Mất đoạn exon 19 EGFR (TAAGAGAAGCAACATCTC vị trí 55174776) LBL083 (-) LBL084 Mất đoạn exon 19 EGFR (TAAGAGAAGCAACATCTC vị trí 55174776) 1% LBL085 EGFR: L858R 31% LBL086 Mất đoạn exon 19 EGFR (TAAGAGAAGCAACATCTC vị trí 55174776) 10 LBL087 Mất đoạn exon 19 gen EGFR (GAATTAAGAGAAGCA vị trí 55174772) 10% LBL088 LBL089 Chưa phát đột biến KRAS: G12C LBL090 Mất đoạn exon 19 gen EGFR (GAATTAAGAGAAGCA vị trí 55174772) 1% LBL091 đột biến điểm EGFR (L858R) 24% LBL092 (-) LBL093 đột biến điểm EGFR (L858R) 2% LBL094 đột biến KRAS (G12D) 8% 101 1% 10% LBL095 Mất đoạn exon 19 gen EGFR (GAATTAAGAGAAGCA vị trí 55174772) LBL096 (-) LBL097 Mất đoạn exon 19 gen EGFR (GAATTAAGAGAAGCA vị trí 55174772) 2% LBL098 Mất đoạn exon 19 gen EGFR (GGAATTAAGAGAAGC vị trí 55174771) 26% LBL099 LBL100 LBL101 (-) (-) (-) 102 2% PHỤ LỤC 103 Kết giải trình tự 100 mẫu sinh thiết lỏng từ bệnh nhân ung thư đại trực tràng tham gia nghiên cứu, MAF (%): tần suất đột biến, (-): chưa phát đột biến ID Đột biến phát NGS cfDNA Đột biến MAF LBC001 (-) LBC002 (-) LBC003 Đột biến gen KRAS (G12C) LBC004 (-) LBC005 Đột biến gen KRAS (G12D) 0,8% LBC006 Đột biến gen KRAS (G12C) 0,3% LBC007 (-) LBC008 Đột biến gen KRAS (G12S) LBC009 (-) LBC010 (-) LBC011 (-) LBC012 Đột biến gen KRAS (G12D) LBC013 (-) 104 12,5% 0,7% 1% LBC014 (-) LBC015 (-) LBC016 (-) LBC017 Đột biến gen KRAS (G12D) LBC018 (-) LBC019 (-) LBC020 (-) LBC021 Đột biến gen KRAS (G12V) LBC022 (-) LBC023 Đột biến gen BRAF (V600E) LBC024 (-) LBC025 Đột biến gen KRAS (G13D) 0,8% LBC026 Đột biến gen BRAF (V600E) 16% LBC027 (-) LBC028 (-) LBC029 (-) LBC030 (-) LBC031 (-) 105 1% 1% 30% LBC032 (-) LBC033 Đột biến gen KRAS (G12C) LBC034 (-) LBC035 (-) LBC036 (-) LBC037 (-) LBC038 (-) LBC039 (-) LBC040 (-) LBC041 (-) LBC042 (-) LBC043 (-) LBC044 Đột biến gen BRAF (V600E) LBC045 (-) LBC046 (-) LBC047 (-) LBC048 (-) LBC049 (-) 106 0,5% 0,6% LBC050 (-) LBC051 (-) LBC052 (-) LBC053 (-) LBC054 (-) LBC055 (-) LBC056 (-) LBC057 LBC058 LBC059 LBC060 LBC061 Đột biến gen KRAS (G12D) Đột biến gen KRAS (G13S) 1% 0,3% (-) Đột biến gen KRAS (G13D) Đột biến gen KRAS (Q61K) LBC062 (-) LBC063 (-) LBC064 (-) LBC065 (-) LBC066 (-) LBC067 (-) 107 2% 0,5% LBC068 (-) LBC069 (-) LBC070 Đột biến gen KRAS (A59T) LBC071 (-) LBC072 (-) LBC073 Đột biến gen KRAS (G12V) LBC074 (-) LBC075 (-) LBC076 (-) LBC077 Đột biến gen KRAS (G12C) LBC078 (-) LBC079 (-) LBC080 (-) LBC081 (-) LBC082 (-) LBC083 (-) LBC084 (-) LBC085 (-) 108 28% 7% 0,8% LBC086 (-) LBC087 (-) LBC088 (-) LBC089 (-) LBC090 (-) LBC091 (-) LBC092 (-) LBC093 Đột biến gen KRAS (G12C) LBC094 (-) LBC095 (-) LBC096 (-) LBC097 (-) LBC098 Đột biến gen KRAS (G12D) LBC099 (-) LBC100 (-) 109 2% 5% PHỤ LỤC 110 PHIẾU THU THẬP SỐ LIỆU MÃ SỐ (ID): - Họ tên BN (viết tắt tên BN) - Năm sinh: - Nam/nữ - Có/khơng hút thuốc - Kết chẩn đoán lâm sàng: - Giai đoạn bệnh - Kết giải phẫu bệnh - Vị trí, kích thước mức độ biệt hóa khối u - Mức độ di căng 111 BẢN THÔNG TIN DÀNH CHO ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU VÀ XÁC NHẬN CHẤP THUẬN THAM GIA NGHIÊN CỨU Tên nghiên cứu: Xây dựng quy trình phát đột biến gen từ mẫu sinh thiết lỏng cơng nghệ giải trình tự gen hệ với ứng dụng chẩn đoán điều trị ung thư Nghiên cứu viên chính: TS Nguyễn Hồi Nghĩa Đơn vị chủ trì: Đại học Y Dược TP.HCM Cơ quan phối hợp nghiên cứu: Bệnh Viện Ung Bướu Tp.HCM I THÔNG TIN VỀ NGHIÊN CỨU Mục đích tiến hành nghiên cứu Hiện nay, sinh thiết mô u xem tiêu chuẩn vàng chẩn đoán ung thư phát đột biến phục vụ cho liệu pháp nhắm trúng đích Tuy nhiên, sinh thiết mơ phương pháp xâm nhập, gây đau khó lập lại Hơn nữa, khối u khó tiếp cận, sinh thiết mơ khơng thực mơ u thu nhận có kích thước q nhỏ khơng đủ để phân tích Ngồi ra, mơ ung thư đa dạng di truyền với nhiều dòng tế bào có đột biến khác nhau, nên sinh thiết mơ vùng nhỏ khối u không phản ánh đa dạng đột biến khối u Sinh thiết lỏng phương pháp chẩn đoán ung thư dựa phát phân mảnh ADN mang đột biến ung thư phóng thích từ tế bào ung thư vào dịng máu bệnh nhân Chỉ cần thu nhận máu ngoại biên, giải trình tự phân mảnh ADN tự do, biến đổi di truyền khối u xác định Vì vậy, sinh thiết lỏng phương pháp không xâm nhập với nhiều ưu điểm dễ dàng lập lại để theo dõi hiệu điều trị hàm lượng ADN ung thư dịng máu chứng minh tỉ lệ thuận với kích thước khối u giai đoạn bệnh Mẫu máu ngoại biên thu nhận từ bệnh nhân ung thư phổi đại trực tràng ly tâm lần để thu huyết tương Sau đó, phân mảnh ADN ngoại bàosẽ chiết tách từ huyết tương, chuẩn bị thư viện làm giàu gen mục tiêu chứa đột biến ung thư Những vùng gen mục tiêu giải trình tự MiniSeq (máy giải trình tự gen hệ mới) để xác định đột biến sinh dưỡng gây ung thư Đối tượng tham gia nghiên cứu bệnh nhân chẩn đoán mắc ung thư dựa kết giải phẫu bệnh Những bệnh nhân hỏi để tham gia nghiên cứu, đồng ý tham gia, thu nhận 10 ml máu ngoại biên Đồng thời, 3-7 tiêu với độ dày 5-8 µm cắt lát từ mẫu mơ sinh thiết đúc khối nến có sẵng bệnh nhân thu nhận Số lượng mẫu cho nghiên cứu sau: - Bệnh nhân ung thư phổi: 100 - Bệnh nhân ung thư đại trực tràng: 100 112 Tồn chi phí lấy máu phân tích mẫu chi trả từ nguồn kinh phí đề tài nghiên cứu Các nguy bất lợi: Bất lợi: • • Anh/chị cần thời gian để hỏi hiểu rõ nghiên cứu, nghe trả lời chi tiết liên quan đến nghiên cứu Nếu đồng ý tham gia, anh/chị cho lấy mẫu, phân tích mẫu máu Anh/chị rút 10 ml máu ngoại biên để lưu giữ, chi phí lấy máu phân tích mẫu máu nghiên cứu viên chi trả Bệnh nhân có cảm giác đau lấy máu, hết nhanh sau Lợi ích: • Kết giải trình tự gen thơng báo cho bác sĩ điều trị Nghiên cứu đơn hoạt động chuyên môn, không hỗ trợ tài cho bệnh nhân tham gia nghiên cứu Nếu có thắc mắc liên quan đến nghiên cứu, anh/chị liên hệ với thành viên phụ trách: TS Nguyễn Hoài Nghĩa, điện thoại: 0932390734, nhnghia81@gmail.com II SỰ TỰ NGUYỆN THAM GIA VÀ TÍNH BẢO MẬT • Nếu anh/chị bị chẩn đoán mắc ung thư phổi đại trực tràng, muốn mời anh/chị tham gia vào nghiên cứu Quyết định tham gia hoàn toàn tự nguyện khơng ép buộc dụ dỗ anh/chị • Anh/chị từ chối, thay đổi định hay rút khỏi nghiên cứu mà không lo ngại ảnh hưởng đến quy trình thăm khám chữa bệnh thường qui bệnh viện • Sau cung cấp thông tin nghiên cứu, lợi ích bất lợi đây, anh/chị cân nhắc thật kỹ, hỏi thành viên nhóm nghiên cứu câu hỏi thắc mắc Nếu đồng ý tham gia nghiên cứu anh/chị ký tên vào đồng thuận • Nghiên cứu chúng tơi thu thập thông tin sức khỏe của anh/chị Những thơng tin giữ an tồn bảo mật Hồ sơ bệnh án anh/chị dán mã số nghiên cứu kiểm tra thường xuyên nhóm nghiên cứu Tên anh/chị không sử dụng báo cáo công bố khoa học liên quan Các thông tin khoa học khác từ mẫu máu lưu trữ an toàn sử dụng phép hội đồng y đức người tham gia nghiên cứu 113 III PHẦN CHẤP THUẬN THAM GIA NGHIÊN CỨU Tôi đọc hiểu thông tin đây, có hội xem xét đặt câu hỏi thông tin liên quan đến nội dung nghiên cứu Tơi nói chuyện trực tiếp với nghiên cứu viên trả lời thỏa đáng tất câu hỏi Tôi nhận Bản Thông tin cho đối tượng nghiên cứu chấp thuận tham gia nghiên cứu Tôi tự nguyện đồng ý tham gia nghiên cứu Chữ ký người tham gia: Họ tên _ ký _ Chữ Ngày tháng năm: _ Chữ ký người làm chứng người đại diện hợp pháp (nếu áp dụng): Họ tên _ ký _ Chữ Ngày tháng năm: _ Chữ ký Nghiên cứu viên/người lấy chấp thuận: Tôi, người ký tên đây, xác nhận bệnh nhân/người tình nguyện tham gia nghiên cứu ký chấp thuận đọc tồn thơng tin đây, thơng tin giải thích cặn kẽ cho Ông/Bà Ông/Bà hiểu rõ chất, nguy lợi ích việc Ơng/Bà tham gia vào nghiên cứu Họ tên _ ký _ Ngày tháng năm: _ 114 Chữ