Nghiên cứu phát triển quy trình định lượng tuyệt đối hcv bằng công nghệ digital pcr và đánh giá khả năng ứng dụng vào thực tế lâm sàng

ỦY BAN NHÂN DÂN THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH SỞ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ SỞ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRUNG TÂM CƠNG NGHỆ SINH HỌC CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP THÀNH PHỐ BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ NGHIÊN CỨU PHÁT TRIỂN QUI TRÌNH ĐỊNH LƯỢNG TUYỆT ĐỐI HCV BẰNG CƠNG NGHỆ DIGITAL PCR VÀ ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG ỨNG DỤNG VÀO THỰC TẾ LÂM SÀNG Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Công nghệ sinh học Tp.HCM Chủ nhiệm nhiệm vụ: TS Nguyễn Thị Lệ Thủy Thành phố Hồ Chí Minh – 2021 TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC TP.HCM CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Tp.HCM, ngày tháng năm 2021 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KH&CN I THÔNG TIN CHUNG Tên nhiệm vụ: “Nghiên cứu phát triển quy trình định lượng tuyệt đối HCV công nghệ digital PCR đánh giá khả ứng dụng vào thực tế lâm sàng” Thuộc Chương trình/lĩnh vực: Y tế Chủ nhiệm nhiệm vụ: Họ tên: Nguyễn Thị Lệ Thủy Ngày, tháng, năm sinh: 24/11/1983 Nam/ Nữ: Nữ Học hàm, học vị: Tiến sĩ Chức danh khoa học: Không Chức vụ: Nhân viên Điện thoại: Tổ chức: (028) 37153792 Nhà riêng: Mobile: 0983 39 7430 Fax: E-mail: lenacns2005@gmail.com Tên tổ chức công tác: Trung tâm Công nghệ sinh học Tp.HCM Địa tổ chức: 2374, Quốc lộ 1, phường Trung Mỹ Tây, quận 12, Tp.HCM Địa nhà riêng: 3/22 C1, Cộng Hoà, Phường 13, quận Tân Bình, Tp.HCM Tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Công nghệ sinh học Tp.HCM Điện thoại: (028) 37153792 Fax: (028) 389153792 E-mail: ttcnsh.snn@tphcm.gov.vn Website: http://hcmbiotech.com.vn/ Địa chỉ: 2374, Quốc lộ 1, phường Trung Mỹ Tây, quận 12, Tp.HCM Họ tên thủ trưởng tổ chức: TS Nguyễn Đăng Quân Số tài khoản: 3713.0.1007645 Kho bạc: Nhà nước Tp.HCM Tên quan chủ quản đề tài: Sở Khoa học Cơng nghệ Tp.HCM II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực nhiệm vụ: - Theo Hợp đồng ký kết: từ tháng 12 năm 2018 đến tháng 12 năm 2020 - Thực tế thực hiện: từ tháng 01 năm 2019 đến tháng năm 2021 - Được gia hạn (nếu có): gia hạn 06 tháng (từ tháng 12 năm 2020 đến tháng năm 2021) Kinh phí sử dụng kinh phí: a) Tổng số kinh phí thực hiện: 1,530 tr.đ, đó: + Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 1,530 tr.đ + Kinh phí từ nguồn khác: tr.đ b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học: Số Theo kế hoạch Thực tế đạt Ghi Thời gian Kinh phí Thời gian Kinh phí (Số đề nghị (Tháng, năm) (Tr.đ) (Tháng, năm) (Tr.đ) toán) 2019 765 2019 765 2020 612 2020 490.183270 612 2021 153 2021 153 TT c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: - Đối với đề tài: Đơn vị tính: Triệu đồng Số Nội dung TT khoản chi Theo kế hoạch Tổng NSKH Thực tế đạt Nguồn Tổng NSKH Nguồn khác Trả công lao động 427.063 427.063 khác 347.178 347.178 879.325 879.325 (khoa học, phổ thông) Nguyên, vật liệu, 881.9191 881.9191 lượng Thiết bị, máy móc 0 0 0 Xây dựng, sửa chữa 0 0 0 221.0179 221.0179 202 202 0 1.428.503 1.428.503 nhỏ Chi khác Tổng cộng 1530 1530 - Lý thay đổi (nếu có): Đối với dự án: Đơn vị tính: Triệu đồng Số Nội dung TT khoản chi Theo kế hoạch Tổng NSKH Nguồn khác Thiết bị, máy móc mua Nhà xưởng xây dựng mới, cải tạo Kinh phí hỗ trợ cơng nghệ Chi phí lao động Ngun vật liệu, lượng Thuê thiết bị, nhà xưởng Khác Tổng cộng Thực tế đạt Tổng NSKH Nguồn khác - Lý thay đổi (nếu có): Các văn hành q trình thực đề tài/dự án: (Liệt kê định, văn quan quản lý từ công đoạn xét duyệt, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì nhiệm vụ (đơn, kiến nghị điều chỉnh có) Số Số, thời gian ban TT 1120/QĐ1 Tên văn hành văn SKHCN Ghi Quyết định việc phê duyệt nhiệm vụ nghiên cứu khoa học công nghệ (19/10/2018) Quyết định việc điều chỉnh tên chủ 1420/QĐ- nhiệm nhiệm vụ khoa học công SKHCN nghệ Quyết định phê duyệt số (25/12/2018) 1120/QĐ-SKHCN ngày 19 tháng 10 năm 2018 41/2018 /HĐ3 QKHCN Hợp đồng thực nhiệm vụ nghiên cứu khoa học công nghệ (26/12/2018) Quyết định việc phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu nhiệm vụ 145/QĐ-SKHCN “Nghiên cứu phát triển qui trình định (07/3/2019) lượng tuyệt đối HCV cơng nghệ digital PCR đánh giá khả ứng dụng vào thực tế lâm sàng” 856/QĐ-SKHCN Quyết định việc điều chỉnh kèm theo Phụ lục định Hợp đồng số 23/2020/PLHĐ- số 1120/QĐ-SKHCN ngày 19/10/2018 Sở Khoa học Công nghệ QPTKHCN (13/8/2020) 6 Quyết định việc thành lập hội đồng 125/QĐ-CNSH nghiệm thu cấp sở nhiệm vụ (21/5/2021) nghiên cứu khoa học công nghệ 393/QĐ-SKHCN (22/06/2021) Quyết định việc thành lập Hội đồng tư vấn nghiệm thu nhiệm vụ khoa học công nghệ Tổ chức phối hợp thực nhiệm vụ: Số TT Tên tổ chức Tên tổ chức Nội dung Sản phẩm đăng ký theo tham gia thực tham gia chủ yếu Thuyết minh chủ yếu đạt Ghi chú* Bệnh viện Bệnh viện - Cung cấp - 100 mẫu Quân y 7A Quân y 7A mẫu huyết huyết tương HCV tương dương tính dương tính âm tính 100 mẫu để phục vụ huyết cho nghiên tương cứu; âm tính với HCV dùng cho khảo sát độ nhạy đặc hiệu - Tham gia thực qui trình đánh giá - Đánh giá hiệu sử hiệu sử dụng qui dụng trình định qui trình lượng tuyệt định lượng đối HCV HCV công 30 bệnh nghệ digital nhân PCR lâm sàng trình điều trị - Lý thay đổi (nếu có): Bổ sung phối hợp thực với Công ty TNHH Y tế Hoà Hảo (Medic) để thu nhận thêm mẫu huyết tương HCV dương tính âm tính đáp ứng cho nghiên cứu Cá nhân tham gia thực nhiệm vụ: (Người tham gia thực đề tài thuộc tổ chức chủ trì quan phối hợp, khơng 10 người kể chủ nhiệm) Số TT Tên cá nhân Tên cá nhân Nội dung Sản phẩm đăng ký theo tham gia tham gia chủ yếu đạt Thuyết minh thực TS Nguyễn TS Nguyễn Chủ nhiệm đề Các Thị Lệ Thủy Thị Lệ Thủy tài – Thực phẩm sản theo nội đăng ký dung nghiên đề tài cứu của- đề tài; xây dựng kế hoạch thực hiện, kinh phí đề tài; báo cáo tiến độ, báo cáo thẩm định, báo cáo nghiệm thu đề tài TS Nguyễn TS Nguyễn Thành viên Qui trình Hồng Hồng – Xây định lượng Chương Chương dựng thuyết HCV minh nhiệm công nghệ vụ, xây dựng digital PCR đánh giá chất lượng qui trình định lượng HCV cơng Ghi chú* nghệ digital PCR, tổng hợp báo cáo TS Nguyễn TS Nguyễn Thành viên Qui trình Đăng Quân Đăng Quân – Xây định lượng dựng thuyết HCV minh nhiệm công nghệ vụ, xây dựng digital PCR đánh giá chất lượng qui trình định lượng HCV công nghệ digital PCR, tổng hợp báo cáo ThS Nguyễn ThS Nguyễn Thành Ngọc Trúc Ngọc Trúc – xây định lượng Ngân Ngân dựng đánh HCV giá lượng viên Qui chất cơng trình nghệ qui digital PCR trình định lượng HCV cơng nghệ digital PCR TS BS Lê TS BS Lê Thành viên – - Cung cấp Quang Trí Quang Trí Cung cấp 100 mẫu mẫu huyết huyết tương tương HCV dương tính 10 Hình 3.22 Biểu đồ tương quan tuyến tính Log10 nồng độ RNA HCV mẫu bệnh nhân dương tính theo dõi điều trị định lượng phương pháp dPCR kit IVD thương mại (COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV Quantitative v2.0 – Roche artus HCV RG RT-PCR Kit – QIAGEN) 3.5 Định lượng HBV dPCR Nhằm đánh giá hiệu khả ứng dụng phương pháp dPCR định lượng xác tác nhân gây bệnh khác nhau, đặc biệt virus viêm gan B (HBV) với tỷ lệ mắc cao chiếm gần 1/3 dân số giới [35], nhiệm vụ này, tiến hành khảo sát định lượng 30 mẫu huyết tương HBV dương tính từ bệnh nhân dPCR theo qui trình xây dựng Qui trình định lượng HBV dPCR thực tương tự HCV, primer, probe thiết kế tối ưu nồng độ, nhiệt độ bắt cặp để khuếch đại phát vùng trình tự bảo tồn đặc hiệu gen C mã hoá cho protein lõi (core protein) HBV [36] Kết so sánh độ khác biệt giá trị định lượng DNA HBV phương pháp dPCR AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test v2.0 phân tích thống kê Bland-Altman phân tích hồi qui tuyến tính trình bày Hình 3.23 Hình 3.24 87 Hình 3.23 Biểu đồ phân tích thống kê Bland-Altman độ khác biệt Log10 nồng độ mẫu HBV dương tính định lượng phương pháp dPCR kit thương mại AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test v2.0 - Roche Hình 3.24 Biểu đồ tương quan tuyến tính Log10 nồng độ mẫu HBV dương tính định lượng phương pháp dPCR kit thương mại AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test v2.0 - Roche Phân tích 30 mẫu huyết tương HBV dương tính cho thấy kết định lượng mẫu HBV phương pháp dPCR có độ đồng cao 96.6% (29/30 mẫu có giá trị đo nằm khoảng 2SD) (Hình 3.23) với hệ số tương quan R2 = 0.8831 (Hình 3.24) so với phương pháp định lượng chuẩn AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test v2.0 Kết cho thấy tiềm phát triển qui trình định lượng xác tuyệt đối HBV dựa kỹ thuật digital PCR 88 Chương KẾT LUẬN – KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận ▪ Đã tạo thành công chứng dương AR-HCV chứng nội AR-IC cơng nghệ armored RNA với đặc tính bền với nuclease giúp làm tăng độ xác cho phương pháp định lượng, dùng cho xây dựng qui trình định lượng RNA HCV dPCR ▪ Đã thiết kế mồi mẫu dò đặc hiệu, xác định nồng độ mồi mẫu dò tối ưu, xây dựng qui trình định lượng RNA HCV từ mẫu chứng dương AR-HCV mẫu máu/huyết tương lâm sàng dPCR ▪ Đã đánh giá chất lượng hiệu sử dụng qui trình định lượng HCV dPCR xây dựng, qui trình đạt tiêu sở, bao gồm: + Nhân phát chọn lọc cho HCV + Giới hạn phát qui trình: từ 27.9 copies/mL tới 1.45 x 106 copies/mL + Độ xác cao, với độ biến thiên nội phản ứng CV ≤ 1.47%; độ biến thiên liên phản ứng CV ≤ 9.59% + Bao phủ genotype HCV khác + Độ nhạy đạt 100%, độ đặc hiệu đạt 98% + Cho kết định lượng RNA HCV mẫu lâm sàng tương đương với kết định lượng đo kit chuẩn COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV Quantitative v2.0 (Roche) + Qui trình định lượng RNA HCV dPCR xây dựng phù hợp để chẩn đoán theo dõi điều trị cho bệnh nhân viêm gan HCV ▪ Đã đánh giá tiềm áp dụng qui trình dPCR để định lượng xác tuyệt đối HBV 4.2 Kiến nghị - Cần có thêm đánh giá qui mô mẫu lớn để thấy hiệu vượt trội qui trình dPCR định lượng RNA HCV trước triển khai sử dụng vào thực tiễn 89 - Tiếp tục phát triển ứng dụng dPCR định lượng tác nhân gây bệnh khác, phát bệnh đột biến cần có độ nhạy cao TÀI LIỆU THAM KHẢO [1] Quan, P L., Sauzade, M., & Brouzes, E (2018) dPCR: A technology review Sensors (Basel), 18, e1271 pii: E1271 [2] WHO, Guidelines on Hepatitis B and C Testing, no February 2017 [3] A Berto et al., “Current challenges and possible solutions to improve access to care and treatment for Hepatitis C infection in Vietnam: a systematic review,” BMC Infect Dis., pp 1–10, 2017 [4] H C Nguyễn, Bệnh viêm gan siêu vi NXB ITAXA, 1993 [5] C Porchon et al., “Serum hepatitis C virus RNA and hepatitis B virus DNA in non-A, non-B post-transfusional and sporadic chronic hepatitis.,” J Hepatol., vol 16, no 1–2, pp 184–189, 1992 [6] Nouroz F, Shaheen S, Mujtaba G, Noreen S An overview on hepatitis C virus genotypes and its control EJMHG 2015;16:291–298 [7] D L H Đinh, H H Bùi, T M D Võ, T T H Trần, and N B Trần, Viêm gan siêu vi C từ cấu trúc siêu vi đến điều trị NXB Y học Hà Nội, 2000 [8] World Health Organization, Global hepatitis report, 2017 ISBN 978-92- 4-156545-5 (2017) [9] Dunford L, Carr MJ, Dean J, Waters A, Nguyen LT, Ta Thi TH, Thi LA, Do HD, Thi TT, Nguyen HT, Diem Do TT, Luu QP, Connell J, Coughlan S, Nguyen HT, Hall WW, Nguyen Thi LA, "Hepatitis C Virus in Vietnam: High Prevalence of Infection in Dialysis and Multi-Transfused Patients Involving Diverse and Novel Virus Variants," PLoS One, vol 7, no 8, p e41266, 2012 [10] Le Ngoc C, Tran Thi Thanh T, Tran Thi Lan P, Nguyen Mai T, Nguyen Hoa T, Nghiem My N, Le Van T, Le Manh H, Le Thanh P, Nguyen Van Vinh C, Thwaites G, Cooke G, Heilek GM, Shikuma C, Le T, Baker S, Rahman M1, 90 VIZIONS consortium, "Differential prevalence and geographic distribution of hepatitis C virus genotypes in acute and chronic hepatitis C patients in Vietnam," PLoS One, vol 14, no 3, p e0212734, 2019 [11] H C Nguyễn, Một số đặc điểm bệnh viêm gan siêu vi NXB Thành phố Hồ Chí Minh, 1998 [12] E Association, “EASL Recommendations on Treatment of Hepatitis C 2016,” J Hepatol., vol 66, no 1, pp 153–194, 2017 [13] A WEINER, “Detection of hepatitis C viral sequences in non-A, non-B hepatitis,” Lancet, vol 335, no 8680, pp 1–3, 1990 [14] Zoratti MJ, Siddiqua A, Morassut RE, Zeraatkar D, Chou R, van Holten J, Xie F, Druyts E (2020).Pangenotypic direct acting antivirals for the treatment of chronic hepatitis C virus infection: a systematic literature review and metaanalysis EClinicalMedicine 18:100237 https://doi.org/10.1016/j.eclinm.2019.12.007 [15] T C Dingle, R H Sedlak, L Cook, and K R Jerome3, “Tolerance of Droplet-Digital PCR vs Real-Time Quantitative PCR to Inhibitory Substances,” Clin Chem., vol 59, no 11, pp 1670–1672, 2013 [16] J T Huang et al., “Next generation digital PCR measurement of hepatitis B virus copy number in formalin-fixed paraffin-embedded hepatocellular carcinoma tissue,” Clin Chem., vol 61, no 1, pp 290–296, 2015 [17] D Polo et al., “Digital PCR for quantifying norovirus in oysters implicated in outbreaks, France,” Emerg Infect Dis., vol 22, no 12, pp 2189–2191, 2016 [18] M C Strain et al., “Highly Precise Measurement of HIV DNA by Droplet Digital PCR,” PLoS One, vol 8, no 4, pp 2–9, 2013 [19] R H Sedlak, L Cook, A Cheng, A Magaret, and K R Jerome, “Clinical utility of droplet digital PCR for human cytomegalovirus,” J Clin Microbiol., vol 52, no 8, pp 2844–2848, 2014 91 [20] Burkardt, H J 2000 Standardization and quality control of PCR analyses Clin Chem Lab Med 38:87–91 [21] Hoorfar, J., B Malorny, A Abdulmawjood, N Cook, M Wagner, and P Fach 2004 Practical considerations in design of internal amplification controls for diagnostic PCR assays J Clin Microbiol 42:1863–1868 [22] Cartwright, C P 1999 Synthetic viral particles promise to be valuable in the standardization of molecular diagnostic assays for hepatitis C virus Clin Chem 45:2057–2059 [23] Kuypers J, Jerome KR, "Applications of Digital PCR for Clinical Microbiology," J Clin Microbiol, vol 55, no 6, pp 1621-1628, 2017 [24] Pasloske BL, Walkerpeach CR, Obermoeller RD, Winkler M, DuBois DB, "Armored RNA technology for production of ribonuclease-resistant viral RNA controls and standards," J Clin Microbiol, vol 36, no 12, pp 3590-4, 1998 [25] Pasloske, B.L., Walkerpeach, C.R., Obermoeller, R.D., Winkler, M & DuBois, D.B Armored RNA technology for production of ribonucleaseresistant viral RNA controls and standards J Clin Microbiol 36, 3590– 3594 (1998) [26] Brown, D., and B L Pasloske 2001 Ribonuclease-resistant RNA controls and standards Methods Enzymol 341:648–654 [27] M Wade, Y.-C Li, and G M Wahl, “Multiplexed quantification of nucleic acids with large dynamic range using multivolume digital RT-PCR on a rotational SlipChip tested with HIV and Hepatitis C viral load,” Nat Rev Cancer, vol 13, no 2, pp 83–96, 2013 [28] M Mukaide et al., “High-throughput and sensitive next-generation droplet digital PCR assay for the quantitation of the hepatitis C virus mutation at core amino acid 70,” J Virol Methods, vol 207, pp 169–177, 2014 [29] T K F Yung, K C A Chan, T S K Mok, J Tong, K.-F To, and Y M D Lo, “Single-Molecule Detection of Epidermal Growth Factor Receptor Mutations in Plasma by Microfluidics Digital PCR in Non-Small Cell 92 Lung Cancer Patients,” Clin Cancer Res., vol 15, no 6, pp 2076–2084, 2009 [30] S O López, D C García-Olmo, M García-Arranz, H Guadalajara, C Pastor, and D García-Olmo, “KRAS G12V mutation detection by droplet digital PCR in circulating cell-free DNA of colorectal cancer patients,” Int J Mol Sci., vol 17, no 4, pp 1–9, 2016 [31] T Takeshita et al., “Clinical significance of monitoring ESR1 mutations in circulating cell-free DNA in estrogen receptor positive breast cancer patients.,” Oncotarget, vol 7, no 22, pp 32504–18, 2016 [32] Bukh J, Purcell RH, Miller RH: Sequence analysis of the 5' noncoding region of hepatitis C virus Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89:4942-4946 [33] Y.J Cheng, et al (2006), “Preparation of His-tagged armored RNA phage particles as a control for real-time reverse transcription-PCR detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus”, J Clin Microbiol., 44(10), pp.35573561 [34] Doyle D, Peirano G, Lascols C, Lloyd T, Church DL, Pitout JD Laboratory detection of Enterobacteriaceae that produce carbapenemases J Clin Microbiol 2012;50:3877-80 [35] Kane M Global strategies for the control of hepatitis B In: Zuckerman AJ, editor Prevention of hepatitis B London: Royal College of Physicians; 1996 pp 87–96 [36] Liu C, Chang L, Jia T, Guo F, Zhang L, Ji H, Zhao J, Wang L Real-time PCR assays for hepatitis B virus DNA quantification may require two different targets Virol J 2017 May 12;14(1):94 doi: 10.1186/s12985-017-0759-8 PMID: 28494793; PMCID: PMC5427580 [37] R.S Donovan , C.W Robinson, B.R Glick (1996), "Review: optimizing inducer and culture conditions for expression of foreign proteins under the control of the lac promoter", Journal of Industrial Microbiolog, 16, pp.145-154 93 [38] A.L Larentis, et al (2014), "Evaluation of pre-induction temperature, cell growth at induction and IPTG concentration on the expression of a leptospiral protein in E coli using shaking flasks and microbioreactor", BMC Research Notes, 7(671), DOI: 10.1186/1756-0500-7-671 [39] M Mühlmann, E Forsten, S Noack, J Buchs (2017), “Optimizing recombinant protein expression via automated induction profiling in microtiter plates at different temperatures”, Microb Cell Fact., 16(220), DOI: 10.1186/s12934-017-0832-4 [40] Pawlotsky JM Use and interpretation of hepatitis C virus diagnostic assays Clin Liver Dis 2003 Feb;7(1):127-37 doi: 10.1016/s1089-3261(02)00064-8 PMID: 12691462 [41] artus HCV RG RT-PCR Kit Handbook, 2015 QIAGEN [42] AccuPid HCV Quantification kit, 2019 Công ty TNHH CNSH Khoa Thương [43] Halfon P, Khiri H, Gerolami V, et al (1996), “Impact of various handling and storage conditions on quantitative detection of hepatitis C virus RNA” J Hepatol.; 25(3):307-11 doi: 10.1016/s0168-8278(96)80116-4 94 PHỤ LỤC Danh sách mẫu HCV dương tính sử dụng nghiên cứu TT ID 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 HC1 HC2 HC3 HC4 HC5 HC6 HC7 HC8 HC9 HC10 HC11 HC12 HC13 HC14 HC15 HC16 HC17 HC18 HC19 HC20 HC21 HC22 HC23 HC24 HC25 HC26 HC27 HC28 HC29 HC30 HC31 HC32 HC33 HC34 HC35 HC36 HC37 HC38 HC39 HC40 HC41 HC42 Ngày thu mẫu 7/6/20 7/7/20 7/9/20 7/10/20 7/12/20 7/15/20 7/16/20 7/20/20 7/21/20 7/21/20 7/22/20 7/25/20 7/27/20 7/28/20 7/29/20 7/30/20 7/31/20 7/31/20 8/1/20 8/1/20 8/3/20 8/3/20 8/3/20 8/4/20 8/7/20 8/7/20 8/8/20 8/8/20 8/10/20 8/10/20 8/11/20 8/20/20 8/20/20 8/20/20 9/15/20 9/15/20 9/16/20 9/16/20 9/16/20 9/17/20 9/18/20 9/19/20 Ngày phân tích 10/13/20 COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV Quantitative v2.0 (IU/mL) 1,30,E+06 8,86,E+03 4,30,E+06 6,15,E+01 8,36,E+06 5,98,E+06 1,53,E+04 1,13,E+07 9,55,E+06 9,04,E+06 1,03,E+07 2,16,E+06 6,01,E+06 4,48,E+06 1,81,E+06 1,93,E+07 1,06,E+07 1,40,E+04 1,00,E+07 8,94,E+03 1,77,E+01 1,69,E+06 6,79,E+05 5,27,E+05 3,10,E+01 7,47,E+06 3,93,E+06 4,62,E+06 1,55,E+07 2,88,E+07 1,77,E+06 4,73,E+06 8,41,E+06 4,26,E+04 2,57,E+07 1,30,E+07 1,53,E+06 2,05,E+07 2,95,E+04 2,04,E+06 5,77,E+06 1,34,E+04 95 COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV Quantitative v2.0 (copies/mL) 3,51,E+06 2,39,E+04 1,16,E+07 1,66,E+02 2,26,E+07 1,61,E+07 4,13,E+04 3,05,E+07 2,58,E+07 2,44,E+07 2,78,E+07 5,83,E+06 1,62,E+07 1,21,E+07 4,89,E+06 5,21,E+07 2,86,E+07 3,78,E+04 2,70,E+07 2,41,E+04 4,78,E+01 4,56,E+06 1,83,E+06 1,42,E+06 8,37,E+01 2,02,E+07 1,06,E+07 1,25,E+07 4,19,E+07 7,78,E+07 4,78,E+06 1,28,E+07 2,27,E+07 1,15,E+05 6,94,E+07 3,51,E+07 4,13,E+06 5,54,E+07 7,97,E+04 5,51,E+06 1,56,E+07 3,62,E+04 dPCR (copies/mL) Số lẩn khác biệt 9,88E+05 1,52E+03 3,29E+05 1,93E+02 3,24E+06 4,21E+04 3,15E+06 1,52E+05 3,28E+06 6,82E+06 9,91E+06 4,30E+05 5,04E+06 1,95E+06 1,73E+06 1,15E+07 5,07E+06 1,76E+04 7,79E+06 2,42E+03 2,09E+02 2,47E+06 1,60E+05 2,50E+06 8,92E+01 8,77E+06 5,03E+06 1,88E+07 1,13E+07 1,66E+07 1,26E+06 7,66E+06 5,64E+06 2,24E+04 9,36E+06 6,86E+06 1,38E+06 1,75E+07 5,44E+04 1,89E+06 5,55E+06 2,62E+04 3,55E+00 1,57E+01 3,53E+01 8,60E-01 6,97E+00 3,84E+02 1,31E-02 2,01E+02 7,86E+00 3,58E+00 2,81E+00 1,36E+01 3,22E+00 6,20E+00 2,82E+00 4,53E+00 5,64E+00 2,15E+00 3,47E+00 9,97E+00 2,29E-01 1,85E+00 1,15E+01 5,69E-01 9,38E-01 2,30E+00 2,11E+00 6,64E-01 3,70E+00 4,68E+00 3,79E+00 1,67E+00 4,03E+00 5,13E+00 7,41E+00 5,12E+00 2,99E+00 3,16E+00 1,46E+00 2,91E+00 2,81E+00 1,38E+00 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 HC42 HC44 HC45 HC46 HC47 HC48 HC48 HC50 HC51 HC52 HC53 HC54 HC55 HC56 HC57 HC58 HC59 HC60 HC61 HC62 HC62 HC64 HC64 HC66 HC67 HC68 HC69 HC70 HC71 HC72 HC73 HC74 HC75 HC76 HC77 HC78 HC79 HC80 HC81 HC82 HC83 HC84 HC85 HC86 HC87 HC88 HC89 HC90 HC91 HC92 HC93 9/22/20 9/22/20 9/23/20 9/26/20 9/29/20 9/29/20 10/5/20 10/6/20 10/6/20 10/7/20 10/9/20 10/12/20 10/14/20 10/14/20 10/22/20 10/26/20 10/27/20 10/28/20 10/29/20 11/2/20 11/2/20 11/5/20 11/5/20 11/7/20 11/9/20 11/9/20 11/10/20 11/13/20 11/14/20 11/17/20 11/19/20 11/19/20 11/20/20 11/25/20 11/25/20 11/27/20 12/1/20 12/2/20 12/3/20 12/3/20 12/5/20 12/7/20 12/9/20 12/9/20 12/10/20 12/11/20 12/11/20 12/15/20 12/25/20 12/28/20 12/28/20 11/20/20 12/31/20 1,98,E+06 1,44,E+07 1,42,E+05 6,81,E+06 1,04,E+07 1,54,E+01 5,29,E+06 3,42,E+06 1,04,E+06 8,27,E+05 1,42,E+07 1,05,E+07 7,99,E+06 7,16,E+05 1,63,E+02 5,00,E+06 4,54,E+03 3,80,E+06 6,32,E+06 1,47,E+07 3,27,E+05 2,06,E+06 6,26,E+05 1,88,E+04 1,18,E+07 5,70,E+06 1,67,E+04 1,98,E+07 6,65,E+05 8,89,E+06 8,32,E+04 8,42,E+05 1,01,E+05 1,19,E+04 1,07,E+07 3,97,E+05 1,53,E+05 2,51,E+07 2,45,E+06 2,06,E+01 1,01,E+06 1,12,E+07 8,20,E+06 1,17,E+07 1,50,E+07 1,09,E+05 8,57,E+04 1,09,E+07 1,93,E+05 3,28,E+05 1,33,E+06 5,35,E+06 3,89,E+07 3,83,E+05 1,84,E+07 2,81,E+07 4,16,E+01 1,43,E+07 9,23,E+06 2,81,E+06 2,23,E+06 3,83,E+07 2,84,E+07 2,16,E+07 1,93,E+06 4,40,E+02 1,35,E+07 1,23,E+04 1,03,E+07 1,71,E+07 3,97,E+07 8,83,E+05 5,56,E+06 1,69,E+06 5,08,E+04 3,19,E+07 1,54,E+07 4,51,E+04 5,35,E+07 1,80,E+06 2,40,E+07 2,25,E+05 2,27,E+06 2,73,E+05 3,21,E+04 2,89,E+07 1,07,E+06 4,13,E+05 6,78,E+07 6,62,E+06 5,56,E+01 2,73,E+06 3,02,E+07 2,21,E+07 3,16,E+07 4,05,E+07 2,94,E+05 2,31,E+05 2,94,E+07 5,21,E+05 8,86,E+05 3,59,E+06 96 2,59E+06 1,39E+07 1,89E+05 5,26E+06 9,00E+06 5,18E+01 3,64E+06 5,36E+06 2,80E+06 1,27E+06 2,20E+07 1,71E+07 1,06E+07 1,61E+06 3,21E+02 5,13E+06 3,09E+03 4,00E+06 5,06E+06 1,16E+07 8,82E+04 1,78E+06 8,77E+05 1,64E+04 8,95E+06 4,85E+06 1,29E+04 1,40E+07 1,42E+05 3,87E+06 5,16E+04 9,99E+05 1,03E+05 2,68E+03 5,04E+06 6,75E+05 1,35E+05 1,53E+07 2,43E+06 4,88E+02 1,67E+06 7,62E+06 6,05E+06 9,97E+06 1,94E+07 1,64E+05 1,30E+05 9,50E+06 2,97E+05 3,21E+05 1,36E+06 2,06E+00 2,80E+00 2,03E+00 3,50E+00 3,12E+00 8,03E-01 3,92E+00 1,72E+00 1,00E+00 1,76E+00 1,74E+00 1,66E+00 2,04E+00 1,20E+00 1,37E+00 2,63E+00 3,97E+00 2,57E+00 3,37E+00 3,42E+00 1,00E+01 3,12E+00 1,93E+00 3,10E+00 3,56E+00 3,17E+00 3,50E+00 3,82E+00 1,26E+01 6,20E+00 4,35E+00 2,28E+00 2,65E+00 1,20E+01 5,73E+00 1,59E+00 3,06E+00 4,43E+00 2,72E+00 1,14E-01 1,63E+00 3,97E+00 3,66E+00 3,17E+00 2,09E+00 1,79E+00 1,78E+00 3,10E+00 1,75E+00 2,76E+00 2,64E+00 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 HC94 HC95 HC96 HC97 HC98 HC99 HC100 HC101 HC102 HC103 HC104 HC105 HC106 HC107 HC108 HC109 HC110 HC111 HC112 HC113 HC114 HC115 HC116 HC117 HC118 HC119 HC120 HC121 HC122 HC123 HC124 HC125 HC126 HC127 HC128 HC129 HC130 HC131 HC132 HC133 HC134 HC135 HC136 HC137 HC138 HC139 HC140 HC141 HC142 HC143 HC144 12/28/20 12/29/20 12/31/20 12/28/20 12/28/20 12/29/21 12/31/20 1/20/21 1/20/21 1/20/21 1/21/21 1/25/21 1/26/21 1/27/21 1/27/21 1/28/21 8/15/19 8/15/19 8/15/19 8/15/19 8/15/19 10/4/19 10/4/19 10/23/19 10/23/19 10/23/19 1/16/20 1/16/20 3/6/20 7/21/20 7/21/20 7/21/20 7/21/20 7/21/20 11/12/20 11/12/20 11/12/20 12/11/20 12/3/20 12/25/20 12/25/20 12/24/20 1/22/21 4/12/21 3/26/21 3/26/21 3/26/21 3/26/21 3/26/21 3/26/21 3/26/21 1/30/21 Thực tuần thu mẫu 8,13,E+06 8,12,E+04 6,56,E+04 7,93,E+05 2,09,E+06 8,67,E+05 1,42,E+07 1,62,E+06 6,35,E+06 2,88,E+06 6,09,E+06 3,57,E+06 4,80,E+06 1,17,E+07 9,19,E+05 5,84,E+03 2,10E+06 7,00E+03 1,10E+05 6,70E+05 5,40E+05 1,04E+05 2,05E+04 3,20E+06 1,30E+06 2,70E+05 7,50E+05 1,70E+04 2,10E+06 1,70E+06 3,00E+07 1,70E+03 8,40E+04 5,00E+05 6,00E+05 9,80E+06 ND 3,10E+06 2,10E+06 4,90E+05 6,20E+05 9,40E+06 1,06E+07 1,20E+05 4,10E+05 5,50E+06 7,50E+06 3,90E+07 1,60E+07 7,60E+05 1,90E+06 2,20,E+07 2,19,E+05 1,77,E+05 2,14,E+06 5,64,E+06 2,34,E+06 3,83,E+07 4,37,E+06 1,71,E+07 7,78,E+06 1,64,E+07 9,64,E+06 1,30,E+07 3,16,E+07 2,48,E+06 1,58,E+04 2,54,E+06 8,47,E+03 1,33,E+05 8,11,E+05 6,53,E+05 1,26,E+05 2,48,E+04 3,87,E+06 1,57,E+06 3,27,E+05 9,08,E+05 2,06,E+04 2,54,E+06 2,06,E+06 3,63,E+07 2,06,E+03 1,02,E+05 6,05,E+05 7,26,E+05 1,19,E+07 ND 3,75,E+06 2,54,E+06 5,93,E+05 7,50,E+05 1,14,E+07 1,28,E+07 1,45,E+05 4,96,E+05 6,66,E+06 9,08,E+06 4,72,E+07 1,94,E+07 9,20,E+05 2,30,E+06 97 1,09E+07 1,23E+05 7,80E+04 1,28E+06 2,05E+06 7,29E+05 2,13E+06 1,06E+06 4,66E+06 2,98E+06 6,63E+06 3,41E+06 6,91E+06 1,82E+07 9,41E+05 2,60E+03 5,75E+06 5,13E+05 4,79E+06 9,96E+05 7,85E+05 3,33E+04 1,12E+05 3,36E+06 7,83E+05 9,93E+05 7,80E+05 6,46E+05 1,31E+06 7,86E+05 3,90E+06 8,20E+05 5,92E+05 3,12E+06 8,94E+04 9,65E+06 ND 1,67E+05 1,00E+05 2,91E+06 1,39E+06 1,67E+06 3,27E+06 1,52E+04 2,38E+04 9,38E+05 5,81E+05 4,93E+06 2,56E+05 7,07E+04 1,67E+05 2,01E+00 1,78E+00 2,27E+00 1,67E+00 2,75E+00 3,21E+00 1,80E+01 4,13E+00 3,68E+00 2,61E+00 2,48E+00 2,83E+00 1,88E+00 1,74E+00 2,64E+00 6,06E+00 4,42E-01 1,65E-02 2,78E-02 8,14E-01 8,32E-01 3,78E+00 2,21E-01 1,15E+00 2,01E+00 3,29E-01 1,16E+00 3,18E-02 1,94E+00 2,62E+00 9,31E+00 2,51E-03 1,72E-01 1,94E-01 8,12E+00 1,23E+00 0,00E+00 2,25E+01 2,54E+01 2,04E-01 5,40E-01 6,81E+00 3,92E+00 9,55E+00 2,08E+01 7,09E+00 1,56E+01 9,57E+00 7,56E+01 1,30E+01 1,38E+01 145 146 147 HC145 HC146 HC147 4/9/21 4/9/21 4/9/21 7,00E+05 3,00E+03 7,00E+05 8,47,E+05 3,63,E+03 8,47,E+05 ND: không phát 98 5,32E+05 8,68E+04 1,18E+05 1,59E+00 4,18E-02 7,18E+00 PHỤ LỤC Danh sách mẫu HCV âm tính sử dụng nghiên cứu TT ID G.Tính COBASâ AmpliPrep/COBASâ TaqManâ HCV Quantitative v2.0 (IU/mL) 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 N1 N2 N3 N4 N5 N6 N7 N8 N9 N10 N11 N12 N13 N14 N15 N16 N17 N18 N19 N20 N21 N22 N23 N24 N25 N26 N27 N28 N29 N30 N31 N32 N33 N34 N35 N36 N37 N38 N39 N40 N41 N42 F F M F F M F F F F M F F M F F F M F F F F M M F M M F F F M M M F F F M F F F M M ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND 99 dPCR (copies/uL) ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 N43 N44 N45 N46 N47 N48 N49 N50 N51 N52 N53 N54 N55 N56 N57 N58 N59 N60 N61 N62 N63 N64 N65 N66 N67 N68 N69 N70 N71 N72 N73 N74 N75 N76 N77 N78 N79 N80 N81 N82 N83 N83 N85 N86 N87 N88 N89 N90 N91 N92 F F F F M M M M M M M F M F F M F F M F M M F F F M M F F M M F M F M F M F F F ? F M F M F M M F F ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND 100 ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND ND 93 94 95 96 97 98 99 100 N93 N94 N95 N96 N97 N98 N99 N100 M M F F M F F F ND ND ND ND ND ND ND ND ND: không phát 101 1.38.E+02 ND 1.33.E+02 ND ND ND ND ND