Nghiên cứu biến thể di truyền liên quan đến các bệnh ly thượng bì bóng nước, bạch tạng và thiểu sản vành tai bằng giải trình tự hệ gen mã hóa

BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ Ma Thị Huyền Thương NGHIÊN CỨU BIẾN THỂ DI TRUYỀN LIÊN QUAN ĐẾN CÁC BỆNH LY THƯỢNG BÌ BĨNG NƯỚC, BẠCH TẠNG VÀ THIỂU SẢN VÀNH TAI BẰNG GIẢI TRÌNH TỰ HỆ GEN MÃ HĨA LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Hà Nội – 2023 iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii CHỮ VIẾT TẮT vi DANH MỤC BẢNG ix DANH MỤC HÌNH x MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Bệnh ly thượng bì bóng nước 1.1.1 Giới thiệu chung ly thượng bì bóng nước 1.1.2 Dịch tễ học bệnh ly thượng bì bóng nước 1.1.3 Cơ chế bệnh sinh gen liên quan đến ly thượng bì bóng nước 10 1.1.4 Các phương pháp chẩn đốn ly thượng bì bóng nước 14 1.1.5 Chăm sóc điều trị người bệnh ly thượng bì bóng nước 17 1.2 Bệnh bạch tạng 18 1.2.1 Giới thiệu chung bệnh bạch tạng 18 1.2.2 Dịch tễ học bệnh bạch tạng 19 1.2.3 Cơ chế bệnh sinh gen liên quan đến bạch tạng 21 1.2.4 Các phương pháp chẩn đoán, sàng lọc bạch tạng 25 1.2.5 Chăm sóc điều trị người bệnh bạch tạng 26 1.3 Thiểu sản vành tai 27 1.3.1 Giới thiệu chung thiểu sản vành tai 27 1.3.2 Dịch tễ học thiểu sản vành tai 28 1.3.3 Các yếu tố nguy dẫn đến thiểu sản vành tai 32 iv 1.3.4 Điều trị chăm sóc người bệnh thiểu sản vành tai 36 1.4 Công nghệ giải trình tự hệ nghiên cứu bệnh 36 1.5 Tình hình nghiên cứu Việt Nam 38 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 40 2.1 Đối tượng nghiên cứu 40 2.2.1 Bệnh ly thượng bì bóng nước 40 2.2.2 Bệnh bạch tạng 41 2.2.3 Bệnh thiểu sản vành tai 42 2.2 Đạo đức nghiên cứu 42 2.3 Thời gian, địa điểm nghiên cứu 42 2.4 Hóa chất, trang thiết bị dụng cụ 43 2.5 Phương pháp nghiên cứu 44 2.5.1 Chuẩn bị DNA tổng số 45 2.5.2 Giải trình tự tồn hệ gen mã hóa 45 2.5.3 Phân tích liệu giải trình tự tồn hệ gen mã hóa 49 2.5.4 Giải trình tự Sanger 51 2.5.5 Phân tích ảnh hưởng ghép nối biến thể splicing 53 2.5.6 Khuếch đại đa đầu dò phụ thuộc phản ứng ghép nối (MLPA) 54 2.5.7 Phân tích mạng lưới tương tác protein-protein 54 2.5.8 Phân tích làm giàu tập hợp gen theo KEGG 55 2.5.9 Phân loại khả gây bệnh biến thể theo Hiệp hội Bệnh học phân tử Di truyền Y học Hoa Kỳ 55 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 58 3.1 Đặc điểm lâm sàng người bệnh 58 3.1.1 Ly thượng bì bóng nước 58 3.1.2 Bạch tạng 61 v 3.1.3 Thiểu sản vành tai 64 3.2 Tách chiết DNA tổng số 65 3.3 Dữ liệu thơ tồn hệ gen mã hóa người bệnh 65 3.4 Các biến thể liên quan đến bệnh 67 3.4.1 Ly thượng bì bóng nước 67 3.4.2 Bạch tạng 80 3.4.3 Thiểu sản vành tai 88 CHƯƠNG THẢO LUẬN 102 4.1 Mối tương quan kiểu gen, kiểu hình nhóm người bệnh ly thượng bì bóng nước mang biến thể gen COL7A1 KRT5 102 4.2 Phân tích di truyền giúp chẩn đốn xác phân nhóm bạch tạng mà lâm sàng khó 108 4.3 Yếu tố di truyền thiểu sản vành tai .112 4.4 Ý nghĩa chẩn đốn phân tử cơng tác tư vấn di truyền quản lý bệnh 115 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 122 DANH MỤC CƠNG TRÌNH CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 124 TÀI LIỆU THAM KHẢO 125 PHỤ LỤC 144 vi CHỮ VIẾT TẮT Tên viết tắt 1000G 5'UTR ACMG AD ANNOVAR AR AVV BA1 Bmps BMZ BOR BP1-7 BS1-4 BWA CAD CAM cDNA CFM CGH CHS CNV COLVII dbSNP DDEB DEB DMSO DNA dNTP EB EBS ECM EDTA ESE ESS FATHMM FDR Tên đầy đủ tiếng Anh The 1000 genome project 5’ untranslated region American College of Medical Genetics Autosomal Dominant ANNOtate VARiation Autosomal Recessive Adeno associated viral vector Benign stand-alone Bone morphogenetic proteins Basement Membrane Zone Branchiootorenal syndrome Benign supporting 1-6 Nghĩa tiếng Việt Dự án 1000 hệ gen Vùng không dịch mã đầu 5' Hiệp hội Bệnh học phân tử Di truyền Y học Hoa Kỳ Di truyền trội nhiễm sắc thể thường Chú giải biến thể Di truyền lặn nhiễm sắc thể thường Benign strong 1-4 Burrows-Wheeler Alignment Computer-assisted design Computer-aided manufacturing Complementary DNA Craniofacial Microsomia Comparative Genomics Hybridization Chediak-Higashi syndrome Copy Number Variation Type VII collagen Database of single nucleotide polymorphisms Dominant Dystrophic Epidermolysis Bullosa Dystrophic epidermolysis bullosa Dimethyl sulfoxit Deoxyribonucleic acid Deoxynucleoside triphosphate Epidermolysis Bullosa Epidermolysis bullosa simplex Extracellular matrix Ethylenediaminetetraacetic acid Exonic Splicing Enhancers Exonic Splicing Silencers Functional Analysis through Hidden Markov Models False discovery rate Tiêu chí lành tính mạnh 1-4 Thuật tốn Burrows-Wheeler Thiết kế máy tính Gia cơng với hỗ trợ máy tính DNA bổ sung Thiểu sản sọ mặt Phép lai so sánh hệ gen Tiêu chí lành tính độc lập Các protein hình thái xương Màng Hội chứng cung mang-tai-thận Tiêu chí lành tính định hướng 1-6 Hội chứng Chediak-Higashi Biến thể số lượng Collagen loại VII Cơ sở liệu đa hình nucleotide đơn Ly thượng bì bóng nước loạn dưỡng di truyền trội Ly thượng bì bóng nước loạn dưỡng ADN, axit deoxiribonucleic Ly thượng bì bóng nước Ly thượng bì bóng nước đơn giản Cấu trúc ngoại bào Các yếu tố tăng cường ghép nối exon Các yếu tố bất hoạt ghép nối exon Phân tích chức thơng qua mơ hình Markov ẩn Tỉ lệ phát sai vii FGFs GATK gnomAD GS-EBS HGMD HPS HPV HSF IFM Indels JEB L-DOPA LRT MetaSVM MITF MLPA mRNA MTOR NEBR NICU NOH NTC OA OAVS OCA OCA1-8 OCA1A OCA1B PCR PM1-6 PP1-5 PS1-4 PTC PVS1 qPCR RDEB Fibroblast growth factors The Genome Analysis Toolkit The Genome Aggregation Database Generalized severe epidermolysis bullosa Human genome mutation database Hermansky-Pudlak syndrome Human papillomavirus Human Splicing Finder ImmunoFluorescence antigen Mapping Insertions/Deletions Junctional epidermolysis bullosa Levodopa Likelihood ratio test Meta-analytic support vector machine Microphthalmia Transcription Factor Multiplex ligation dependent probe amplification Messenger Ribonucleic acid Mammalian target of rapamycin The National EB Registry Neonatal Intensive Care Unit National Otorhinolaryngology Hospital Negative control Ocular albinism Oculo-auriculo-vertebral spectrum Oculocutaneous albinism Oculocutaneous albinism type 1-8 Oculocutaneous albinism type 1A Oculocutaneous albinism type 1B Polymerase chain reaction Pathogenic moderate 1-6 Pathogenic supporting 1-5 Pathogenic strong 1-4 Premature termination codon Pathogenic very strong Quantitative PCR Recessive dystrophic Các yếu tố tăng trưởng ngun bào sợi Bộ cơng cụ phân tích hệ gen Cơ sở liệu tổng hợp hệ gen Ly thượng bì bóng nước đơn giản thể lan tỏa nặng Cơ sở liệu đột biến người Hội chứng Hermansky-Pudlak Vi rút gây u nhú người Xác định vị trí ghép nối trình tự hệ gen người Nhuộm miễn dịch huỳnh quang Thêm/mất nucleotide Ly thượng bì bóng nước liên kết Kiểm tra tỉ số Hệ thống thuật toán giám sát Yếu tố phiên mã cảm ứng tế bào hắc tố Khuếch đại đa dầu dị phụ thuộc phản ứng ghép nối ARN thơng tin Đích rapamycin động vật có vú Hệ thống đăng ký EB quốc gia Đơn vị chăm sóc tích cực trẻ sơ sinh Bệnh viện Tai Mũi Họng Trung ương Đối chứng âm Bạch tạng mắt Hệ thống mắt-tai-cột sống Bạch tạng da mắt Bạch tạng da mắt loại 1-8 Bạch tạng da mắt loại 1A Bạch tạng da mắt loại 1B Phản ứng đồng trùng hợp Tiêu chí gây bệnh trung bình 1-6 Tiêu chí gây bệnh định hướng 1-5 Tiêu chí gây bệnh mạnh 1-4 Mã kết thúc sớm Tiêu chí gây bệnh mạnh PCR định lượng Ly thượng bì bóng nước loạn dưỡng di viii RNA RPE SCC SIFT SMAD SMaRT SNVs SPF SSCP TEM THD WES Wnts epidermolysis bullosa truyền lặn Ribonucleic acid Retinal Pigment Epithelium Squamous Cell Carcinoma Sorting Intolerant From Tolerant Small Mothers Against Decapentaplegic Spliceosome-mediated RNA transsplicing Single nucleotide variants Sun Protection Factor ARN, axit ribonucleic Biểu mô sắc tố võng mạc Ung thư biểu mô tế bào vảy Single Strand Conformation Polymorphism Transmission Electron Microscopy Triple helix domain Whole exome sequencing Wingless/INT Các biến thể đơn nucleotide Định mức đo lường khả chống lại tia UVB/Chỉ số chống nắng Đa hình cấu trúc sợi đơn Kỹ thuật hiển vi điện tử Vùng xoắn ba Giải trình tự tồn hệ gen mã hóa - 16 Phụ lục Ký hiệu, nồng độ DNA độ tinh (A260/280) mẫu nghiên cứu STT Mã mẫu (gal_) Họ tên Tuổi Giới tính Mối quan hệ Nồng độ DNA (ng/µl) A260 / 280 Ly thượng bì bóng nước EB001 Nguyễn V.B Nam Bệnh nhân 20,1 1,82 EB001-B Nguyễn V.T 30 Nam Bố bệnh nhân EB001 35,2 1,9 EB001-M Trần T.H 26 Nữ Mẹ bệnh nhân EB001 22,2 1,8 EB002 Phạm N.Q Nam Bệnh nhân 61,3 1,86 EB002-B Phạm V.T 31 Nam Bố bệnh nhân EB002 23,5 1,84 EB002-M Nguyễn T.T 32 Nữ Mẹ bệnh nhân EB002 26,4 1,80 EB003 Lê B.N T-F CAACTTCATGGGATTCAACT TYR-c.346C>T-R CATCCAGACAAAGAGGTCAT TYR-c.115T>C-F TGGTGGTGACAATTTGTTTA TYR-c.115T>C-R CTGAAATTGGCAGCTTTATC TYR-c.559_560ins25-F GATTTGAGTGCCCCAGAGAA TYR-c.559_560ins25-R AGAATGATGCTGGGCTGAGT OCA2-c.2251G>A-F GAAGGAACGGAGTTGCTCTG OCA2-c.2251G>A-R ACGTGGCATCAATGTCCTCT HPS1-c.972del-F AACAATGGAGCTGAGGGACA HPS1-c.972del-R CCTTGTGCCTGCCAACTTAG 259 238 Al005 Gia đình Al006 Gia đình Al007 Kích thước (bp) 433 300 485 - 20 Phụ lục 8: Danh sách gen sử dụng sàng lọc gen ứng viên liên quan đến thiểu sản vành tai STT Gen STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 ABCC6 ABCC9 ABHD5 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 ACAN ACVR1 ADAMTS2 ADAMTSL2 ADGRV1 AEBP1 AGPAT2 AMER1 ANKH ANKRD11 ANO5 ANTXR2 AP1S3 ATP2C1 ATRX B3GALT6 B3GALTL B3GAT3 B3GLCT B4GALT7 BGN BMP1 BMP2 BMP4 BMP5 BMPR1B BPNT2 BSCL2 C1R C1S CA2 CALCR CANT1 CARD14 CASK CAV1 CAVIN1 CCBE1 CCN6 CD244 CDC45 CDC6 Gen CDT1 CENPJ CEP120 CFAP410 CHD7 CHEK2 CHST14 CHST3 CHUK CIB2 CIDEC CIITA CLCN5 CLCN7 CLPP CLRN1 COG1 COG4 COL10A1 COL11A1 COL11A2 COL1A1 COL1A2 COL2A1 COL3A1 COL4A3 COL4A4 COL4A5 COL5A1 COL5A2 COL9A1 COL9A2 COL9A3 COMP CPLX1 CREB3L1 CRPPA CRTAP CTBP1 CTLA4 CTSK CYBA CYBB CYP26B1 CYP27B1 STT Gen STT 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 CYP2R1 DCHS1 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 DCR DDR2 DFNB31 DGCR DGCR6 DGCR8 DHODH DLK1 DLL3 DLX5 DlX6 DMP1 DNASE1 DNASE1L3 DUOX2 DUOXA2 DYM DYNC2H1 DYNC2I1 DYNC2I2 EDN1 EDNRA EDNRB EFTUD2 ENPP1 ERBB3 ERF ESS2 EVC EVC2 EWSR1 EXOC6B EXT1 EXT2 EYA1 FAM111A FANCF FANCL FAT4 FBLN1 FBN1 FCGR2A FCGR2B Gen FGF10 FGF16 FGF23 FGF3 FGF8 FGF9 FGFR1 FGFR2 FGFR3 FGFRL1 FIG4 FKBP10 FKRP FKTN FLG FLNA FLNB FN1 FOXI1 FOXP3 FRAS1 FREM2 FZD2 GABRD GATA1 GBA GDF3 GDF5 GDF6 GJA1 GLE1 GLI3 GMNN GPC6 GPR98 GPX4 GRIP1 GSC HARS2 HES7 HLA-B HLA-C HMX1 HOXA1 HOXA13 STT 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 Gen HOXA2 HOXB6 HOXD10 HOXD13 HS6ST2 HSD17B4 HSPG2 IFITM5 IFT140 IFT172 IFT43 IFT80 IFT81 IHH IL10 IL23R IL36RN IL6 IRF6 IRS4 ISPD IYD KAT6B KCNAB2 KCNJ10 KCTD1 KDELR2 KDM6A KIAA0586 KIF22 KMT2D LARGE LARGE1 LARS2 LAS1L LETM1 LFNG LIPE LMBR1 LMBRD1 LMNA LRP4 LRP5 LTBP3 MAF - 21 STT Gen STT 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 MAP2K1 MAP3K7 MAPRE2 MATN3 MBD5 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 MBTPS1 MBTPS2 MCM5 MED12 MED14 MEG3 MEGF8 MEOX1 MESD MESP2 MIF MIR140 MITF MMP13 MSX2 MTAP MUC5B MYO18B NANS NCF1 NCF2 NCF4 NDP NEK1 NEPRO NFKBIL1 NIN NKX2-5 NKX3N/A2 NOG NOTCH2 NOTCH3 NPR2 NR4A3 NSD2 ORC1 Gen ORC4 ORC6 OSR1 OSTM1 P3H1 P4HB PAM16 PAPSS2 PAX3 PAX8 PCDH15 PCNT PCYT1A PDE4D PDGFB PDGFRB PDLIM4 PDZD7 PHEX PITX1 PLCB3 PLEC PLEKHM1 PLIN1 PLOD1 POC1A POLA1 POLR1A POLR1C POLR1D POMT1 POMT2 POP1 POR PPARG PPIB PRDM16 PRDM5 PRKAR1A PRKCZ PRKRA STT 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 Gen PRRX1 PRRX2 PTH1R PTHLH PTPN11 PTPN22 RAB23 RAB33B RARA RB1 RBM10 RECQL4 RIPK4 RMRP RNU4ATAC ROR2 RPS26 RPS28 RTL1 RUNX2 SALL1 SEC24D SELENON SEMA3E SERPINF1 SERPINH1 SF3B2 SF3B4 SFTPA2 SFTPC SGMS2 SH3PXD2B SHOX SIX1 SIX2 SIX4 SIX5 SKI SLC22A4 SLC26A2 SLC26A4 STT Gen STT Gen 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 SLC2A10 SLC2A9 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 TONSL TP53 TP63 SLC34A3 SLC35D1 SLC39A13 SLC5A5 SMAD4 SMARCAL1 SNAI2 SNX10 SOST SOX8 SOX9 SP7 SPARC SQSTM1 SSX1 SSX2 STAG2 TAF15 TBCE TBL1X TBX1 TBX15 TBX4 TBX6 TCF12 TCIRG1 TCOF1 TCTN3 TENT5A TERT TFAP2A TG TGFB1 THRA TMEM38B TMEM53 TNFRSF11A TNFSF11 TNXB TPO TRAF3IP2 TRAPPC2 TREX1 TRHR TRIP11 TRPS1 TRPV4 TSHB TSHR TSR2 TTC21B TTC37 TWIST1 TWIST2 TWSG1 UFSP2 USH1C USH1G USH2A VDR VRK1 WAS WDR19 WDR35 WFS1 WHCR WNT1 WNT10B WNT3 WNT5A WNT7A XYLT1 XYLT2 ZNF469 ZSWIM6 - 22 - Phụ lục Danh sách biến thể phát bệnh nhân thiểu sản vành tai ST T Mã số mẫu FKTN (NM_001351498) POC1A (NM_001161580) SLC26A4 (NM_000441) Mi001 10 11 12 13 Mi002 14 15 16 17 18 Gen IFT140 (NM_014714) NCF1 (NM_000265) NCF2 (NM_000433) MUC5B (NM_002458) ORC1 (NM_004153.4) EVC (NM_001306090) HSPG2 (NM_001291860) FRAS1 (NM_025074) EDN1 (NM_001955) SEMA3E (NM_012431) EYA1 (NM_000503) PLEC (NM_201378) PDZD7 (NM_001195263) Exon exon5 exon3 exon17 exon28 exon27 exon4 exon2 exon26 exon9 exon15 exon41 exon53 exon5 exon6 exon10 exon31 exon30 exon10 Biến thể c.G559A (p.G187S) c.C215T (p.S72L) c.C1983A (p.D661E) c.G3811T (p.G1271C) c.C3580G (p.Q1194E) c.G269A (p.R90H)a c.G232A (p.G78R) c.C3414A (p.D1138E) c.C1397T (p.T466M) c.G2279A (p.R760Q) c.C5135A (p.S1712Y) c.A7562T (p.K2521M) c.C607T (p.R203C) c.G623C (p.R208P) c.C922T (p.R308*) c.G5611A (p.A1871T) c.C3916T (p.R1306C) c.C1538T (p.P513L) Loại biến thể 1000g ExAC avsnp150 nonsyn het D D D D D M D N D D nonsyn 0.0002 rs746676896 het T D P D D L D D D D nonsyn 0.000399 0.0001 rs199588131 het D D D D D M D D D D nonsyn 8.24×10-6 rs746794011 het D D P N N L T D T T nonsyn 0.0002 0.0002 rs555330165 het T P B D D L T N T T nonsyn 0.001 rs201802880 het D B B D D M D D D D nonsyn het D D D D D M T D D D nonsyn het T B B N N T N T T nonsyn 0.037141 0.0238 rs3087481 het D P B N D M T N T T nonsyn 0.027556 0.0266 rs2279252 het T P B N N L T N T T nonsyn het D D D N D N T D T T nonsyn het P B D N L T T nonsyn het D P B N D L D N T T nonsyn 0.097644 0.1132 rs6172961 het T B B N P N T N T T stopgai n rs121909195 het D A nonsyn 0.008786 0.0044 rs201070741 het T D D U D L D N D D nonsyn 0.002596 0.0005 rs372256096 het D B B U D M D D D D nonsyn 0.0002 0.0001 rs572462059 het T T Tần số 4.94×10-5 rs370693989 Kiểu Polyphen2 Polyphen2 Meta Meta SIFT LRT MuTast MuAss FATH PRO gen HDIV HVAR SVM LR - 23 - ST T Mã số mẫu Gen KMT2D (NM_003482) NIN (NM_020921) CDC6 (NM_001254) CIB2 (NM_001301224) EVC (NM_001306090) PCNT (NM_001315529) 19 20 21 22 23 24 25 PLEC (NM_201378) 27 29 Mi003 32 33 34 35 36 37 exon21 exon4 exon3 exon16 exon30 exon31 exon27 28 31 exon31 exon32 26 30 Exon PRRX2 (NM_016307) WFS1 (NM_001145853) ACAN (NM_001135) AEBP1 (NM_001129) COL3A1 (NM_000090) LRP5 (NM_001291902) MEGF8 (NM_001410) MYO18B (NM_001318245) PLIN1 (NM_001145311) exon4 exon2 exon10 exon12 exon21 exon24 exon11 exon20 exon7 exon9 Biến thể c.C7144T (p.P2382S) c.G4937A (p.R1646H) c.G487T (p.V163F) c.G199A (p.V67M) c.T2338C (p.Y780H) c.A6137C (p.K2046T) c.G10979A (p.R3660H) c.G5996A (p.R1999Q) c.C3620T (p.A1207V) c.C706T (p.R236C) c.C173T (p.A58V) c.A1973G (p.N658S) c.A4207G (p.T1403A)b c.G3107A (p.R1036Q) c.C1697T (p.P566L) c.C698T (p.A233V) c.C3424T (p.R1142W) c.C1769T (p.T590M) c.A1550G (p.Q517R) Loại biến thể 1000g ExAC avsnp150 nonsyn 0.025959 0.0121 rs3741626 het D P B N D N D D T T nonsyn 0.005192 0.0019 rs149669464 het T B B N N N T N T T nonsyn 8.24×10-6 rs764916671 het D B B D D M T D T T nonsyn 4.98×10-5 rs755699237 het T N T N nonsyn 8.27E-06 rs772327206 het D B B N D M T D T T nonsyn 0.000399 4.12×10-5 rs555273022 het T P P N N T N T T nonsyn 5.98×10-5 rs782720846 het D B B U D M T N T T nonsyn 0.0002 0.0006 rs369708974 het D B B U D L T N T T nonsyn het T B B U N N T N T T nonsyn 0.0002 0.0002 rs202233874 het D D D D D L D D D D nonsyn 0.0003 rs369671890 het T P B N N M D N T D nonsyn 6.82×10-5 rs370283261 het D D D N D M T D T T nonsyn rs12899191 het T P B P M D N T D nonsyn 0.0001 rs200356275 het D B B N N M D N D D nonsyn 0.001198 0.0003 rs150543864 het T D D N D M D D D D nonsyn het T B B U D N D N T T nonsyn 0.002596 0.0011 rs372257661 het D D P N D M T D T T nonsyn 9.98×10-5 rs370187232 het D D D D D M D D D D nonsyn 0.000599 het D P B N N M T N T T Tần số rs547042988 Kiểu Polyphen2 Polyphen2 Meta Meta SIFT LRT MuTast MuAss FATH PRO gen HDIV HVAR SVM LR - 24 - ST T Mã số mẫu POP1 (NM_001145860) SH3PXD2B (NM_001017995) TRPV4 (NM_147204) ADGRV1 (NM_032119) EVC (NM_001306090) 38 39 40 41 42 43 FAT4 (NM_001291285) 44 45 46 Mi004 47 48 49 50 51 52 53 54 Mi005 55 56 Gen SOX8 (NM_014587) ACAN (NM_001135) ADAMTS2 (NM_014244) BMP2 (NM_001200) EXOC6B (NM_001321734) LMNA (NM_170708) SLC34A3 (NM_001177316) TSHR (NM_000369) CHUK (NM_001278) PCDH15 (NM_001142767) PLEC (NM_201378) Exon exon16 exon13 exon4 exon23 exon14 exon17 exon17 exon3 exon12 exon6 exon3 exon6 exon10 exon5 exon10 exon10 exon31 exon3 exon32 Biến thể c.C2488T (p.R830W) c.G1838A (p.R613Q) c.G760C (p.V254L) c.C5072T (p.T1691M) c.G2041A (p.E681K) c.G13085T (p.G4362V) c.A13802G (p.H4601R) c.A796G (p.I266V) c.A4207G (p.T1403A)b c.G1031A (p.R344H) c.T482C (p.L161S) c.C449G (p.P150R) c.C1628T (p.S543L) c.A328G (p.K110E) c.G2272A (p.E758K) c.A1059C (p.E353D) c.5027delA (p.E1676Gfs*128) c.A146G (p.E49G) c.G10879A (p.D3627N)c Loại biến thể 1000g ExAC avsnp150 nonsyn 0.001597 0.0003 rs145798300 het D D P N N L T N T T nonsyn 8.27×10-6 rs745393171 het D D P D D M T N T T nonsyn 0.000399 0.0002 rs143548402 het D D D D D M T D D T nonsyn 0.001398 0.0005 rs146954342 het D D D D D M T D T T nonsyn 0.001797 0.0001 rs201877358 het D D P D D M T N T T nonsyn 0.001797 0.0006 rs199797338 het T D D U D L D N D D nonsyn 0.0002 8.24×10-6 rs201499023 het T B B U D N T N T T nonsyn 0.000399 7.64×10-5 rs545677635 het T P P D D H T N D D nonsyn rs12899191 hom T P B P M D N T D nonsyn 0.000399 5.78×10-5 rs201162234 het T B B D D L T D T T nonsyn 0.0002 6.61×10-5 rs34183594 het T P P N D N T N T T nonsyn 4.15×10-5 rs758788765 het T D D N D L T N T T nonsyn rs60890628 het D P B N A M D N D D nonsyn 0.0002 5.87×10-5 rs570711066 het T B B N N L D N T T nonsyn 4.12×10-5 rs746522401 het D B B N N M T N T T nonsyn 0.000599 0.0003 rs373772425 het T B B D D L T N T T FS del het nonsyn 0.000599 0.0001 rs184026653 het D P B D L T D T T nonsyn 0.000399 0.0001 rs146233901 het T D D U D M T N D D Tần số 0.0001 Kiểu Polyphen2 Polyphen2 Meta Meta SIFT LRT MuTast MuAss FATH PRO gen HDIV HVAR SVM LR - 25 - ST T Mã số mẫu Gen 57 exon31 B4GALT7 (NM_007255) DUOX2 (NM_014080) ERBB3 (NM_001982) FGFRL1 (NM_021923) LRP5 (NM_001291902) COL4A4 (NM_000092) 58 59 60 61 62 63 64 KMT2D (NM_003482) 65 66 67 68 Mi006 69 70 71 72 73 74 Mi007 75 Exon ABCC6 (NM_001171) CENPJ (NM_018451) CIITA (NM_000246) FLG (NM_002016) MYO18B (NM_001318245) NCF1 (NM_000265) NOTCH3 (NM_000435) ZNF469 (NM_001127464) PAX3 (NM_181459) TTC37 (NM_014639) exon3 exon13 exon8 exon6 exon9 exon11 exon39 exon41 exon26 exon5 exon1 exon3 exon16 exon4 exon33 exon2 exon10 exon13 Biến thể c.A5210C (p.Q1737P) c.A589G (p.K197E) c.T1556A (p.F519Y) c.T881A (p.F294Y) c.G1387C (p.G463R) c.G181A (p.V61M) c.C661T (p.P221S) c.C12329T (p.T4110I) c.C13723A (p.L4575I) c.C3703T (p.R1235W) c.A879C (p.L293F) c.G5A (p.R2H) c.G9809A (p.R3270H) c.G3031T (p.V1011L) c.G269A (p.R90H)a c.C6100G (p.P2034A) c.G4030A (p.G1344R) c.C1465T (p.L489F) c.A1130T (p.D377V) Loại biến thể 1000g ExAC avsnp150 nonsyn het D D D U N N D N D D nonsyn 0.000799 0.0003 rs200732558 het T B B D D L D N T T nonsyn het T P P D D L T N T T nonsyn het T P P D D L T N T T nonsyn het T D P N D M T N T T nonsyn het D P P U D M D N D D nonsyn het D B B N M D D D D nonsyn het D P B N N N T N T T nonsyn het D P B N D L T N T T nonsyn 0.0002 8.26×10-6 rs63750402 het D D D N D H D D D D nonsyn 0.000799 9.07×10-5 rs368354292 het D D P N N M T N T T nonsyn 0.0001 rs755048657 het D D D N L T N T T nonsyn 0.004593 0.0008 rs147429418 het D D P N N T N T T nonsyn 0.0002 1.66×10-5 rs557607855 het T P B D D L T N T T nonsyn 0.001 rs201802880 het D B B D D M D D D D nonsyn het T B B N L T D T T nonsyn 0.000399 het D D D N L T D T T nonsyn het D B B N D D N T D nonsyn 0.000399 het T B B N D M T N T T Tần số 1.65×10-5 rs371615673 4.73×10-5 rs764450813 5.21×10-5 rs368674617 1.65×10-5 rs553930070 Kiểu Polyphen2 Polyphen2 Meta Meta SIFT LRT MuTast MuAss FATH PRO gen HDIV HVAR SVM LR - 26 - ST T Mã số mẫu 76 77 78 79 80 81 82 83 Mi008 84 85 86 87 88 89 90 Mi009 91 92 93 94 Gen FLG (NM_002016) NCF1 (NM_000265) PTPN22 (NM_012411) ZNF469 (NM_001127464) FAT4 (NM_001291285) PCNT (NM_001315529) DNASE1 (NM_005223) LRP5 (NM_001291902) MUC5B (NM_002458) SF3B2 (NM_006842) WNT7A (NM_004625) CLRN1 (NM_001195794) PCNT (NM_001315529) SLC26A4 (NM_000441) USH2A (NM_206933) COG4 (NM_001195139) FLNB (NM_001164317) FN1 (NM_001306131) LRP5 (NM_001291902) Exon exon3 exon4 exon11 exon2 exon16 exon28 exon5 exon18 exon31 exon11 exon3 exon2 exon10 exon13 exon52 exon12 exon21 exon32 exon23 Biến thể c.A8587T (p.T2863S) c.G269A (p.R90H)a c.T1071A (p.H357Q) c.G11462A (p.R3821Q) c.G12881C (p.R4294T) c.A5189G (p.E1730G) c.G343T (p.D115Y) c.G2158A (p.A720T) c.C12272G (p.T4091R) c.C1219G (p.P407A) c.G400T (p.D134Y) c.T382C (p.F128L) c.G1150A (p.E384K) c.C1486T (p.L496F) c.G10274T (p.C3425F) c.G1624T (p.D542Y) c.G3430C (p.E1144Q) c.T5078C (p.M1693T) c.G2900T (p.C967F) Loại biến thể 1000g ExAC avsnp150 nonsyn het T P B N L T N T T nonsyn 0.001 rs201802880 het D B B D D M D D D D nonsyn rs103181833 het D D D N D M T D T T nonsyn 5.18×10-5 rs775672255 het D D P N M T N T T nonsyn het T D P U D L T N T T nonsyn 1.71×10-5 rs201943167 het D D P N N M T D T T nonsyn 2.05×10-5 rs775559875 het D D D D D H T D T T Tần số Kiểu Polyphen2 Polyphen2 Meta Meta SIFT LRT MuTast MuAss FATH PRO gen HDIV HVAR SVM LR nonsyn 0.00119808 0.0002 rs149166384 het T B B U N N D N T D nonsyn 0.0002 rs199736618 het D P B N L T N T T nonsyn het D B B D D L D T T nonsyn 0.000199681 rs546145028 het D D D D D H T D D D nonsyn het T B B D D T D T T nonsyn het T P B N M T D T T nonsyn het D D P N D M D D D D nonsyn 8.25×10-3 rs200328442 het D D D D D M T D T T nonsyn 1.65×10-2 rs777169655 het D D P D D M T D T T rs199959926 het T B B N D M D N D D nonsyn 0.000199681 6.59×10-2 rs199684110 het T P D D D L T D T T nonsyn 0.000399361 het D D D U D M D D T T nonsyn 0.00139776 0.0005 0.0003 rs147618989 - 27 - ST T Mã số mẫu 95 96 97 98 Mi010 99 100 101 102 103 104 105 106 Gen SLC26A2 (NM_000112) PDZD7 (NM_001195263) CANT1 (NM_138793) COL3A1 (NM_000090) IFT172 (NM_015662) MUC5B (NM_002458) PPIB (NM_000942) COL11A1 (NM_080630) FREM2 (NM_207361) MITF (NM_000248) PCDH15 (NM_001142767) PCNT (NM_001315529) 107 PLEC (NM_201378) 109 110 111 112 113 exon3 exon10 exon3 exon43 exon15 exon30 exon1 exon58 exon16 exon3 exon13 exon6 exon26 Mi011 108 Exon exon32 exon31 ACAN (NM_001135) CCBE1 (NM_133459) GJA1 (NM_000165) MEGF8 (NM_001410) exon12 exon11 exon2 exon33 Biến thể c.G844C (p.G282R) c.C1538T (p.P513L) c.775dupC (p.H259Pfs*25) c.G3133A (p.A1045T) c.C1513T (p.R505W) c.C3926T (p.T1309M) c.G85A (p.G29R) c.C4147T (p.P1383S) c.C7873A (p.R2625S) c.C332T (p.A111V) c.G1615A (p.G539R) c.G625C (p.E209Q) c.C3244T (p.R1082C) c.G10879A (p.D3627N)c c.G6929A (p.R2310Q) c.A4207G (p.T1403A)b c.T1142C (p.M381T) c.A875T (p.D292V) c.G5657A (p.R1886H) Loại biến thể Tần số 1000g ExAC avsnp150 Kiểu Polyphen2 Polyphen2 Meta Meta SIFT LRT MuTast MuAss FATH PRO gen HDIV HVAR SVM LR nonsyn 0.000199681 4.12×10-2 rs571410872 het D D D D D H D D D D nonsyn 0.000199681 FS ins nonsyn 0.00179712 nonsyn 0.0001 rs572462059 het T T het 0.0006 rs149722210 het T D P N D L D N D D 4.94×10-2 rs779152335 het D D P D D L T D T T nonsyn 0.000798722 0.0004 rs200226020 het D D B N M T D T T nonsyn 0.00159744 0.0007 rs200307684 het T P B D D L T N T T nonsyn 0.000199681 9.91×10-2 rs199952288 het D D D D D L D D D D nonsyn 0.000199681 rs115492820 het D D D D D L T D T T 2.51×10-2 rs182533927 het D D P D D L T N T T nonsyn nonsyn 0.0002 het T D D D N T D T T nonsyn 0.00179712 0.0005 rs575720246 het D D P N N M T N T T nonsyn 0.000599042 0.0003 rs533410461 het D D D U D M T D T T nonsyn 0.000399361 0.0001 rs146233901 het T D D U D M T N D D nonsyn 0.000798722 0.0005 rs561571844 het T B B U D L D N T T rs12899191 het T P B P M D N T D nonsyn 0.000199681 1.65×10-2 rs548559412 het T B B N N L D N T T nonsyn het D B B D D L D N T T nonsyn het D D P D D N T N T T nonsyn 4.13×10-2 rs771233244 - 28 - ST T Mã số mẫu Gen Exon Biến thể Loại biến thể Tần số 1000g ExAC avsnp150 Kiểu Polyphen2 Polyphen2 Meta Meta SIFT LRT MuTast MuAss FATH PRO gen HDIV HVAR SVM LR MYO18B c.C7228T 114 exon43 nonsyn 8.28×10-3 rs763160003 het (NM_001318245) (p.R2410C) SH3PXD2B c.C970T 115 exon10 nonsyn 0.00199681 0.0005 rs199739437 het (NM_001017995) (p.R324W) WNT1 c.A1075T 116 exon4 nonsyn het (NM_005430) (p.N359Y) ZNF469 c.G3466A 117 exon2 nonsyn rs553460850 het (NM_001127464) (p.A1156T) Mi: thiểu sản vành tai; nonsyn: biến thể thay thế; FS ins: biến thể dịch khung dạng chèn nucleotide; FS del: biến thể dịch Mutation Assessor; FATH: FATHMM; PRO: PROVEAN; D/P: có hại, B/N/T: lành tính/trung tính; L: độ ảnh thưởng thấp In đậm, biến thẻ phát bệnh nhân trở lên In nghiêng đậm, biến thể a,a, biến thể phát bệnh nhân c biến thể phát bệnh nhân D D D N D L D D D D D D P N N M T D T T T D P D D L T N T T T P B N N T N T T khung dạng nucleotide; het: dị hợp tử; MuTast: Mutation Taster; MuAss; - 29 Phụ lục 10 Các đường tín hiệu qua phân tích làm giàu tập hợp gen theo KEGG trường hợp thiểu sản vành tai PATHWAY Các đường dẫn đến ung thư Ứng suất cắt (shear stress) chất lỏng xơ vữa động mạch Tương tác với thụ thể ECM Quá trình hình thành sắc tố Tương tác AGE-RAGE biến chứng tiểu đường Proteoglycan tế bào ung thư Sự biệt hóa tế bào xương Con đường lây nhiễm HPV người Ung thư biểu mô tế bào đáy Ung thư vú Đường dẫn tín hiệu MTOR Tổng hợp hormone tuyến giáp Ung thư phổi tế bào nhỏ Tiêu hóa hấp thụ protein Con đường lây nhiễm Amip Chất gây ung thư hóa học Con đường tín hiệu Relaxin Con đường tín hiệu Hedgehog Con đường tín hiệu Hippo Quy định phân giải lipid tế bào mỡ Hội chứng Cushing Ung thư dày Con đường tín hiệu Wnt Ung thư biểu mô tế bào gan Con đường tín hiệu PI3KAkt Độ bám dính tiêu điểm Bệnh Leishmaniasis Điều chỉnh sai phiên mã ung thư SL gen liên quan SL gen Mức độ FDR đến tìm thấy làm giàu PATHWAY Các gen phát nghiên cứu 530 10 0.0012 5.73 NOTCH3 EDN1 COL4A4 FN1 WNT1 BMP2 WNT7A LRP5 MITF CHUK 138 0.0061 11.01 EDN1 TRPV4 NCF2 NCF1 CHUK 88 0.0089 13.82 COL4A4 FN1 FRAS1 FREM2 101 0.0091 12.04 EDN1 WNT1 WNT7A MITF 100 0.0091 12.16 EDN1 COL4A4 FN1 COL3A1 202 0.0118 7.52 ERBB3 FN1 WNT1 FLNB WNT7A 126 0.0131 9.65 NCF2 NCF1 MITF CHUK 331 0.0131 63 147 154 4 0.0172 0.0185 0.0200 NOTCH3 COL4A4 FN1 WNT1 WNT7A CHUK 14.47 WNT1 BMP2 WNT7A 8.27 NOTCH3 WNT1 WNT7A LRP5 7.89 WNT1 WNT7A LRP5 CHUK 75 0.0213 12.16 SLC26A4 DUOX2 TSHR 92 0.0351 9.91 COL4A4 FN1 CHUK 103 0.0417 8.85 COL11A1 COL4A4 COL3A1 102 0.0417 8.94 COL4A4 FN1 COL3A1 223 129 0.0516 0.0685 5.45 7.07 NCF2 SLC26A2 NCF1 CHUK EDN1 COL4A4 COL3A1 56 0.0898 10.86 EVC MEGF8 157 0.0898 5.81 WNT1 BMP2 WNT7A 56 0.0898 10.86 TSHR PLIN1 155 148 166 167 3 3 0.0898 0.0898 0.0969 0.0969 5.88 6.16 5.49 5.46 WNT1 WNT7A KMT2D WNT1 WNT7A LRP5 WNT1 WNT7A LRP5 WNT1 WNT7A LRP5 354 0.1285 3.43 ERBB3 COL4A4 FN1 CHUK 200 76 0.1285 0.1285 4.56 8.00 COL4A4 FN1 FLNB NCF2 NCF1 192 0.1285 4.75 EYA1 PAX3 MITF 5.51 - 30 PATHWAY Bệnh tim loạn nhịp thất phải Bệnh tim tiểu đường Con đường tín hiệu IL-17 Sự biệt hóa tế bào Th1 Th2 Bệnh Alzheimer Bệnh tim phì đại Xơ vữa động mạch Tổng hợp, tiết hoạt động hormone tuyến cận giáp Con đường tín hiệu TNF Bệnh Toxoplasmosis Di chuyển nội mô bạch cầu SL gen Mức độ liên quan SL gen FDR tìm thấy làm giàu đến PATHWAY Các gen phát nghiên cứu 77 0.1285 7.89 GJA1 LMNA 203 93 0.1285 0.1411 4.49 6.54 NCF2 NCF1 COL3A1 MUC5B CHUK 92 0.1411 6.61 NOTCH3 CHUK 383 90 214 0.1411 0.1411 0.1411 3.17 6.75 4.26 WNT1 WNT7A LRP5 CHUK EDN1 LMNA NCF2 NCF1 CHUK 106 0.1737 5.73 LRP5 SLC34A3 112 112 114 2 0.1815 0.1815 0.1825 5.43 5.43 5.33 EDN1 CHUK CIITA CHUK NCF2 NCF1