Một số gen mã hoá cacbapenemase và mối liên quan với mức độ kháng carbapenem của acinetobacter baumannii tại việt nam

BỘGIÁODỤC VÀĐÀOTẠO BỘYTẾ TRƯỜNGĐẠIHỌC YHÀ NỘI LƯU THỊVŨNGA MỘT SỐ GEN MÃ HÓACARBAPENEMASE VÀ MỐI LIÊN QUANVỚIMỨCĐỘKHÁNGCARBAPENEMCỦA ACINETOBACTER BAUMANNIITẠIVIỆTNAM LUẬNÁN TIẾNSĨYHỌC HÀNỘI–2021 LƯU THỊVŨNGA MỘT SỐ GEN MÃ HÓACARBAPENEMASE VÀ MỐI LIÊN QUANVỚIMỨCĐỘKHÁNGCARBAPENEMCỦA ACINETOBACTER BAUMANNIITẠIVIỆTNAM Chuyên ngành : Vi sinh Y họcMãsố 62720115 LUẬNÁN TIẾNSĨYHỌC Ngườihướngdẫnkhoahọc PGS.TS.NguyễnVũTrung TS.PhạmHồngNhung HÀNỘI-2021 LỜICẢMƠN Vớilịngkínhtrọngvàbiếtơnsâusắc,tơixinchânthànhcảm ơn: Các thầy Ban Giám hiệu,PhòngĐ o t o S a u đ i h ọ c v B ộ môn Vi sinh Trường Đại học Y Hà Nội tạo điều kiện thuận lợi giúp tơitrong suốtq trìnhhọctập,thựchiệnluận ánnày PGS TS Nguyễn Vũ Trung, Trưởng Bộ môn Vi sinh Trường Đại học YHà Nội, Phó Giám đốc Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương, người thầy đãtận tình ủng hộ, động viên hướng dẫn suốt trình học tậpnghiêncứuđểhồnthànhbản luậnánnày TS Phạm Hồng Nhung, Phó Trưởng Bộ mơn Vi sinh Trường Đại học YHà Nội, Phó trưởng khoa Vi sinh Bệnh viện Bạch Mai, người cô ln cónhững ý tưởng hay phương pháp nghiên cứu giúp tơi hồn thành luậnán TS Trần Huy Hồng, Trưởng phịng Kháng sinh, Phó trưởng khoa Vikhuẩn Viện vệ sinh Dịch tễ Trung ương tạo điều kiện thuận lợi cho tơithựchiệnnghiêncứuvàcónhữngýkiếnđónggópqbáugiúptơihồnthànhbảnluậná nnày Tơi xin trân trọng cảm ơn Giáo sư, Phó giáo sư, Tiến sĩ thành viênhội đồngchấmluậnán Tôi xin chân thành cảm ơn Ban giám đốc, tập thể cán nhân viên KhoaVisinh Bệnhviện T hanh Nhànđãtạođiều ki ệngi úp đỡtôitrong t rì nh họctập,nghiêncứu Tơi xin chân thành cảm ơn tập thể cán nhân viên Khoa Vi khuẩn ViệnVệsinhDịchtễTrungươngđãtạođiềukiệnvàgiúpđỡtơitrongqtrìnhthựchiệnluậnán Xin chân thành cảm ơn đồng nghiệp, bạn bè động viên khuyếnkhíchvà giúpđỡ tơi qtrình thựchiệnluận án Đặc biệt tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới gia đình bố, mẹ, anh, emvà người thân chồng tơi khích lệ tạo điềukiện thuậnlợinhấtcho tơitrongqtrìnhhọctậpvàhồnthành luậnán Tơixinghinhậnnhữngtìnhcảm vàcơnglaoấy Hà Nội,ngày tháng Nghiêncứusinh LưuThịVũNga năm2021 LỜICAMĐOAN TơilàLƯUTHỊVŨNGA,nghiêncứusinhkhóa34,TrườngĐạihọcYHàNội, chun ngànhVisinhy học,xincamđoan: Đây luận án thân trực tiếp thực hướng dẫncủaThầyPGS.TS.NguyễnVũTrung vàCô TS.PhạmHồngNhung Cơng trình khơng trùng lặp với nghiên cứu khác đãđượccôngbốtạiViệtNam Các số liệuvàthông tin trongnghiên cứu làhồn tồn chínhx c , trung thực khách quan, xác nhận chấp thuận sở nơinghiêncứu Tơixinhồntồnchịutráchnhiệmtrướcphápluật vềnhữngcamkết HàNội,ngày tháng năm2021 Ngườiviếtcamđoan LưuThịVũNga DANH MỤCCHỮVIẾTTẮT Chữ Tênđầyđủ viếttắt AK Amikacin BV Bệnhviện CAP Viêmphổicộngđồng(community-acquiredpneumonia CAZ Ceftazidime CEP Cephalosporin CHDL Enzymbeta-lactamasenhómDthủyphâncarbapenem (carbapenem-hydrolyzingclassDβ-lactamases) CIM Kỹthuậtbấthoạtcarbapenem (CarbapenemInactivationMethod) CLSI Việnchuẩnthức xétnghiệmlâmsàngHoaKỳ(Clinicaland LaboratoryStandardsInstitute) CO Colistin CPM Cefepime CRAB A.baumanniikhángcarbapenem (Carbapenem-ResitantA.baumannii) CSAB A.baumanniinhạycảmvớicarbapenem (Carbapenem-susceptibleA.baumannii) DOR Doripenem EUCAST Ủybanchâuvềthửnghiệmđộnhạycảm vớikhángsinh (EuropeanCommittee onAntimicrobialSusceptibilityTesting) I Trunggian(intermediate) ICU Đơnvịchămsóctíchcực(Intensive careunit) IPM Imipenem IS Trìnhtựchèn(insertionsequences) KS Khángsinh LEV Levofloxacin LPS Lipopolysaccharide MBL Beta-lactamasenhómB(Metallo-β-lactamases) MDR Đakhángkhángsinh(Multi-drugresistant) MEM Meropenem MH MơitrườngMuller–Hinton MHT ThửngiệmModifiedHodgetest MI Minocycllin NCBI TrungtâmThôngtinCôngnghệSinhhọcQuốcgia,HoaKỳ (NationalCenter forBiotechnologyInformation) NDM-1 NewDelhimetallo-beta-lactamase1 NKBV Nhiễmkhuẩnbệnhviện NST Nhiễmsắcthể Omp Proteinmàngngoài(outermembraneprotein) OXA Oxacillinase PBPs Các proteingắnpenicilin(Penicillin-BindingProteins) PCR Phảnứngchuỗitrùnghợp (Polymerase Chain Reaction) PDR Toànkhángkhángsinh( P a n d r u g resistant) R Đềkháng(resistant) RI Cụmgenkháng(Resistanceisland) S Nhạycảm(susceptible) SMART Nghiêncứu xuhướngđềkhángkhángsinh (Studyfor MonitoringAntimicrobialResistanceTrends) THT Thử nghiệmTriton-Hodgetest TSB Môitrườngcanhthangdinh dưỡng(Trypto-caseinsoybroth) VAP Viêmphổiliênquanđếnthởmáy (Ventilator-associatedpneumonia) XDR Đềkhángmởrộng(Extensivelydrugresistant) MỤCLỤC ĐẶTVẤNĐỀ Chương1.TỔNGQUAN 1.1 KHÁNGSINHNHÓMCARBAPENEM .3 1.1.1 Cấutrúc khángsinhnhómcarbapenem 1.1.2 Cơchếtác độngcủacarbapenem 1.2 ACINETOBACTERBAUMANNII 1.2.1 Đặcđiểmsinhhọc củaA.baumannii 1.2.2 CácyếutốđộclựccủaA.baumannii .6 1.2.3 KhảnănggâybệnhcủaA baumannii 1.2.4 Đặcđiểm bộgenliênquan đến độcl ự c , k h ả n ă n g g â y b ệ n h v sứcđềkhángcủaA.baumannii 11 1.2.5 TìnhhìnhkhángkhángsinhcủaA.baumannii .12 1.2.6 Cơsởditruyềnhọccủasựlantruyềngenđềkhángkhángsinhở Acinetobacterbaumannii 14 1.3 ĐỀKHÁNGCARBAPENEM DOCARBAPENEMASEỞ ACINETOBACTERBAUMANNII .17 1.3.1 Phânloạivàcơchếhoạtđộngcủacarbapenemase 17 1.3.2 MộtsốloạicarbapenemaselớpBvàDthườnggặpởA.baumannii .19 1.3.3 Nghiên cứugenmãhóacarbapenemasevàtình hình đềkhángcarbapenemcủaA.baumanniitạiViệtNam 27 1.4 MỘTSỐPHƯƠNGPHÁPPHÁTHIỆNKIỂUGENVÀCARBAPENEMAS EỞA.BAUMANNII 31 1.4.1 Phươngphápphát hiệngenmãhóacarbapenemase .31 1.4.2 Phươngphápkiểuhìnhpháthiệncarbapenemase 32 1.4.3 Phươngphápsinhhóaxácđịnhhoạttínhenzymecarbapenemase 37 1.4.4 Mộtsốphươngphápnghiêncứu khảnăngl a n t r u y ề n c ủ a c c chủngvikhuẩnmanggenđề khángkhángsinhởmức độ phântử 40 1.5 TÍNHCẤPTHIẾTCỦALUẬNÁN 41 Chương2.ĐỐITƯỢNG,PHƯƠNGPHÁPNGHIÊNCỨU 42 2.1 ĐỐITƯỢNGNGHIÊNCỨU 42 2.2 PHƯƠNGPHÁPNGHIÊNCỨU .42 2.2.1 Thiếtkếnghiêncứu 42 2.2.2 Chọnmẫuvàcỡmẫu 42 2.3 SƠĐỒNGHIÊNCỨU .43 2.4 THỜIGIAN VÀĐỊAĐIỂMNGHIÊNCỨU .44 2.5 NỘIDUNGNGHIÊNCỨU 44 2.5.1 Thuthậpvàlưugiữmẫunghiêncứu 44 2.5.2 KỹthuậtPCRpháthiệngenblaOXA-51-likeởcácchủngA.baumannii .44 2.5.3 Kỹthuậtxácđịnhnồngtốithiểuứcchếvikhuẩnpháttriển(MinimumInhib itoryConcentrations-MIC)củakhángsinh 46 2.5.4 KỹthuậtPCRpháthiệnmộtsốgenmãhóacarbapenemaselớpDvàBởA baumannii 50 2.5.5 Xácđịnhkiểugencủavikhuẩnbằngkỹt h u ậ t đ i ệ n d i x u n g trường (Pulsed-fieldgelelectrophoresis-PFGE) .54 2.5.6 MộtsốthửnghiệmpháthiệnsinhcarbapenemaseởA.baumannii .55 2.6 XỬLÝVÀPHÂNTÍCHSỐLIỆU .59 2.7 ĐẠOĐỨCNGHIÊNCỨU .60 Chương3.KẾTQUẢNGHIÊNCỨU 61 3.1 XÁC ĐỊNHNỒNGĐỘ ỨCCHẾTỐITHIỂU(MIC)CỦACARBAPENEMVỚICÁCCHỦNGA.BAUM ANNII .61 3.1.1 Đặcđiểmđốitượngnghiêncứu 61 3.1.2 XácđịnhMIC carbapenemvớicácchủngA.baumannii 62 3.2 PHÁTHIỆNMỘTSỐGENMÃHÓACARBAPENEMASELỚPD, BCỦAACINETOBACTERBAUMANNII .70 3.2.1 PCRpháthiệnmộtsốgenmãhóacarbapenemase 70 3.2.2 Xácđịnhmốiliênhệkiểugen PFGEvàk i ể u h ì n h đ ề k h n g khángsinhcủa chủngA.baumannii 78 3.3 XÁC ĐỊNH MỐI LIÊN QUAN GIỮA MIC VỚI SỰ XUẤT HIỆNCARBAPENEMASEVÀGENMÃHÓACARBAPENEMASE 84 Chương4.BÀNLUẬN 90 4.1 XÁC ĐỊNHNỒNGĐỘ ỨCCHẾTỐITHIỂU(MIC)CỦACARBAPENEM VỚICÁCCHỦNGA.BAUMANNII 90 4.1.1 Đặcđiểmđốitượngnghiêncứu 90 4.1.2 Nồngđộứ c chếtốithiểu(MIC)củacarbapenemvớicácchủng A baumannii 92 4.2 PHÁT HIỆNMỘTSỐGENMÃHÓACARBAPENEMASE LỚPD, BỞACINETOBACTERBAUMANNII 102 4.2.1 PCRxácđịnhmộtsốgenmãhóacarbapenemaselớpD, B 102 4.2.2 Mối liên hệ kiểu gen PFGE kiểu hình đề kháng kháng sinh củacácchủngA baumannii .106 4.3 MỐI LIÊNQUAN GIỮA MIC VỚI SỰ XUẤT HIỆN CARBAPENEMASEVÀGEN MÃHÓACARBABENEMASE 109 KẾT LUẬN 120 NHỮNGĐÓNGGÓPMỚICỦALUẬNÁN .121 KIẾNNGHỊVỀNHỮNGNGHIÊNCỨUTIẾPTHEO 122 DANHMỤCCƠNGTRÌNHKHOAHỌCCỦATÁCGIẢCĨ LIÊNQUAN ĐẾNLUẬNÁN TÀI LIỆU THAM KHẢOPHỤLỤC