Nghiên cứu tạo vật liệu mang qtl9 liên quan đến cấu trúc bông lúa

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU TẠO VẬT LIỆU MANG QTL9 LIÊN QUAN ĐẾN CẤU TRÚC BÔNG LÚA HÀ NỘI - 2022 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CƠNG NGHỆ SINH HỌC KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU TẠO VẬT LIỆU MANG QTL9 LIÊN QUAN ĐẾN CẤU TRÚC BÔNG LÚA Sinh viên thực : HÀ THỊ PHƯƠNG THẢO Lớp : K63CNSHA Mã sinh viên : 637070 Người hướng dẫn : TS KHỔNG NGÂN GIANG Ths TỐNG VĂN HẢI HÀ NỘI - 2022 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu tơi nhóm tác giả Các kết nghiên cứu trình bày luận văn trung thực, khách quan chưa sử dụng để bảo vệ học vị Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận văn cảm ơn, thông tin trích dẫn luận văn ghi rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Tác giả luận văn Hà Thị Phương Thảo i LỜI CẢM ƠN Tôi xin trân trọng cảm ơn: Học viện Nông Nghiệp Việt Nam, Khoa Công nghệ sinh học, Bộ mơn Sinh học phân tử, Phịng thí nghiện trọng điểm Cơng nghệ tế bào thực vật, Phịng thí nghiệm liên kết Việt Pháp (LMI RICE 2) – Viện Di truyền Nông nghiệp, tạo điều kiện thuận lợi cho hồn thành luận văn tốt nghiệp Đặc biệt tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến TS Khổng Ngân Giang Ths Tống Văn Hải tận tình hướng dẫn, giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi q trình học tập, nghiên cứu để tơi hồn thành luận văn Tôi xin cảm ơn giúp đỡ nhiệt tình anh chị làm việc Phịng thí nghiệm Việt Pháp LMI RICE Đặc biệt chị Lê Thị Như anh chị khác nhóm “Cấu trúc bơng lúa” dẫn tơi từ bước bước cuối để tơi hồn thành tốt luận văn Hồn thành luận văn cịn có động viên khuyến khích giúp đỡ bạn bè thành viên gia đình tơi Tất giúp đỡ tình cảm quý báu nguồn động lực lớn giúp tơi suốt q trình thực luận văn Xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Sinh viên Hà Thị Phương Thảo ii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CÁM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT v DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH vii PHẦN MỞ ĐẦU 1.1 ĐẶT VẤN ĐỀ 1.2 MỤC ĐÍCH VÀ YÊU CẦU 1.2.1 Mục đích 1.2.2 Yêu cầu 1.3 PHẠM VI NGHIÊN CỨU 1.3.1 Đối tượng nghiên cứu 1.3.2 Thời gian nghiên cứu 1.3.3 Địa điểm nghiên cứu PHẦN TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 NGUỒN GỐC CỦA CÂY LÚA 2.2 YẾU TỐ CẤU THÀNH NĂNG SUẤT CỦA LÚA 2.3 CẤU TRÚC BÔNG LÚA, TÍNH TRẠNG TRỌNG QUYẾT ĐỊNH ĐẾN NĂNG SUẤT LÚA 2.4 CÁC QTL/GEN LIÊN QUAN ĐẾN CẤU TRÚC BÔNG LÚA 2.5 QTL9 LIÊN QUAN ĐẾN CẤU TRÚC BÔNG LÚA ĐƯỢC XÁC ĐỊNH TRONG QUẦN THỂ LÚA BẢN ĐỊA VIỆT NAM THÔNG QUAN NGHIÊN CỨU GWAS 10 2.6 PHÁT TRIỂN CHỈ THỊ PHÂN TỬ CAPS LIÊN KẾT VỚI QTL9 12 2.7 NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG QTL9 ĐỂ CẢI TẠO NĂNG SUẤT LÚA 14 iii PHẦN VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 16 3.1 VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU 16 3.2 NỘI DUNG NGHIÊN CỨU 22 3.3 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 3.3.1 Tạo vật liệu mang QTL9 liên quan đến cấu trúc lúa 22 3.3.2 Chọn lọc lai mang QTL9 CTPT CAPS 23 PHẦN KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 27 4.1 TẠO NGUỒN VẬT LIỆU MANG QTL9 LIÊN QUAN ĐẾN CẤU TRÚC BÔNG LÚA 27 4.2 CHỌN LỌC CÂY LAI MANG QTL9 BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ CAPS 29 4.2.1 Kết tách chiết DNA 29 4.2.2 Kết chọn lọc lai mang QTL9 CTPT CAPS 31 PHẦN KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 42 5.1 KẾT LUẬN 42 5.2 KIẾN NGHỊ 42 PHẦN TÀI LIỆU THAM KHẢO 43 iv DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Từ đầy đủ nghĩa tiếng Việt Từ viết tắt QTL Quantitative Trait Loci ( Tính trạng định lượng) GWAS Genome Wide Association Study ( Phương pháp phân tích liên kết tồn hệ gen) CAPS Cleaved Amplified Polymorphic Sequences ( Các chuỗi đa hình khuếch đại cắt) SNP Single Nucleotide Polymorphic ( Đa hình đơn Nucleotide) Cs Cộng ADN Axit Deoxyribonucleic Bp Base pair NGS Next generation sequencing (Giải trình tự hệ mới) MABC Marker-assisted backcrossing (Chọn giống thị phân tử kết hợp lai trở lại) CTPT Chỉ thị phân tử PCR Phản ứng tổng hợp chuỗi polymerase v DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Các giống lúa sử dụng nghiên cứu 17 Bảng 3.2 Chỉ thị phân tử CAPS enzyme cắt giới hạn tương ứng 21 Bảng 4.1 Số lượng hạt lai Vụ Mùa năm 2021 27 Bảng 4.2: Kết đo nồng độ độ tinh ADN máy Nanodrop 30 Bảng 4.3 Tổng hợp cặp lai lai F1 36 Bảng 4.4 Tổng hợp cặp lai lai BC1F1 40 vi DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Cấu trúc lúa (A) thay đổi qua q trình hóa (B) Hình 2.2 Các giai đoạn hình thành bơng lúa non quan sát kình hiển vi Hình 2.3 Tương tác di truyền kiểm sốt phát triển bơng lúa Hình 2.4 Phân tích GWAS tính trạng số hạt/bông (SpN) số gié thứ cấp/bông (SBN) tập đoàn lúa địa Việt Nam 12 Hình 3.1 Hình minh họa băng DNA CTPT CAPS gel agarose 21 Hình 3.2 Sơ đồ lai tạo quần thể F1, BC1F1, BC2F1 23 Hình 4.1 Lai lúa phương pháp cắt vỏ trấu 28 Hình 4.2 Các hạt lai gieo trồng nhà lưới Viện Di truyền Nông nghiệp 28 Hình 4.3 Kết điện di DNA tổng số cặp lai BC2F1, BC1F1, F1 31 Hình 4.4 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS lai F1 33 Hình 4.5 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS lai F1 34 Hình 4.6 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS 11 lai F1 35 Hình 4.7 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS lai BC1F1 37 Hình 4.8 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS lai BC1F1 38 Hình 4.9 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS 11 lai BC1F1 39 Hình 4.10 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS 1, 5, 11 lai BC2F1 41 vii TÓM TẮT Đối tượng nghiên cứu lai thu khuôn khổ đề tài nghiên cứu khoa học tiềm cấp “Nghiên cứu khai thác QTL9 liên quan đến cấu trúc lúa đề cải thiện suất số giống lúa chất lượng” QTL9 tính trạng số lượng tiềm liên quan đến cấu trúc bơng lúa, xác định thơng qua phân tích liên kết toàn hệ gen (GWAS) quần thể lúa địa Việt Nam Các quần thể lai tái tổ hợp phát triển từ giống lúa bố mẹ G6 G189 thuộc haplotype tương phản số gié thứ cấp/bông số hạt/bông, nhằm nghiên cứu chức QTL9 Trong nghiên cứu này, sử dụng phương pháp chọn giống thị phân tử kết hợp lai trở lại để chọn lọc dị hợp tử thuộc hệ F1, BC1F, BC2F1 Bằng phương pháp lai backcross lai tạo cặp lai F1: CNC11 x QK10, ST25 x G189, Q5 x QK10, HV x QK10, Hẻo tía x ĐH12; cặp lai BC1F1: BT7 x F1(NPT5), BT7KBL x F1(NB01), BT7 x F1(QK10), HP3 x F1(NPT5) cặp lai BC2F1 (BT7 x BC1F1(NPT5)) Ba thị phân tử CAPS1, CAPS 5, CAPS 11 bao phủ vùng QTL9 phát triển dựa SNPs nằm vị trí cắt enzyme giới hạn SacI (G/A), EcoRV (A/T), DraI (T/A) vùng QTL9 để phân biệt kiểu gen QTL9 lai Kết đánh giá quần thể F1 (35 cây) CTPT CAPS thu lai cặp lai Hẻo tía x ĐH12 Với kết đánh giá quần thể BC1F1 (46 cây) CTPT CAPS thu lai, có BT7 x F1(NPT5), BT7KBL x F1(NB01), BT7 x F1(QK10), HP3 x F1(NPT5) Đánh giá quần thể BC2F1 (BT7 x (BC1F1(NPT5)) (19 cây) CTPT CAPS thu lai viii băng DNA có chiều dài 226 bp, 333 bp, 339 bp, 559 bp, Các có băng DNA 226 bp, 333 bp, 339 bp tự thụ 4.2.2.1 Tạo quần thể lai F1 mang QTL9 Vụ mùa năm 2021 tiến hành lai tạo cặp lai F1: CNC11 x QK10, ST25 x G189, Q5 x QK10, HV x QK10, Hẻo tía x ĐH12 Qua phân tích kết điện di 35 F1 cặp lai thị CAPS thu dị hợp F1 cặp lai Hẻo tía x ĐH12 (Hình 4.4; 4.5; 4.6) Khơng thu F1 từ cặp lai F1 CNC11 x QK10, ST25 x G189, Q5 x QK10, HV x QK10 Nguyên nhân tương hợp di truyền lai trái vụ ( vụ Mùa 2021) nên cặp lai đậu hạt Số cụ thể thể bảng (Bảng 4.3) Các F1 tự thụ tiếp tục trồng chăm sóc nhà lưới viện Di truyền nơng nghiệp, sử dụng làm mẹ tiếp tục lai trở lại vào vụ sau 32 Hình 4.4 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS lai F1 L: Thang chuẩn DNA Low Range M1 – M13, M6B, M6C: Cặp lai F1 (Q5 x QK10); C1 – C8: Cặp lai F1 (HV x QK10); T1 – T4: Cặp lai ST25 x G189; I1 – I4: Cặp lai Hẻo tía x ĐH12; D1 – D4: Cặp lai F1 (CNC11 x QK10) 33 Hình 4.5 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS lai F1 L: Thang chuẩn DNA Gene Ruler 1kb (Thermo Scientific) M1 – M13, M6B, M6C: Cặp lai F1 (Q5 x QK10); C1 – C8: Cặp lai F1 (HV x QK10); T1 – T4: Cặp lai ST25 x G189; I1 – I4: Cặp lai Hẻo tía x ĐH12; D1 – D4: Cặp lai F1 (CNC11 x QK10) 34 Hình 4.6 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS 11 lai F1 L: Thang chuẩn DNA Low Range M1 – M13, M6B, M6C: Cặp lai F1 (Q5 x QK10); C1 – C8: Cặp lai F1 (HV x QK10); T1 – T4: Cặp lai ST25 x G189; I1 – I4: Cặp lai Hẻo tía x ĐH12; D1 – D4: Cặp lai F1 (CNC11 x QK10) 35 Bảng 4.3 Tổng hợp cặp lai lai F1 Kí hiệu Số lượng đánh giá Số F1 ST25 x G189 T HV x QK10 C Q5 x QK10 M 15 CNC11 x QK10 D Hẻo tía x ĐH12 I Cặp lai Tỉ lệ đậu hạt lai cặp lai F1 2,86% thấp nhiều so với vụ trước (vụ Xuân 2021 tỉ lệ đậu hạt lai 25,69%) Hẻo tía x ĐH12 cặp lai thu lai, tỉ lệ đậu hạt cặp lai 25% 4.2.2.2 Tạo quần thể BC1F1 mang QTL9 Vụ mùa năm 2021 tiến hành lai tạo cặp lai BC1F1: BT7 x F1(NPT5), BT7KBL x F1(NB01), BT7 x F1(QK10), HP3 x F1(NPT5) Qua phân tích kết điện di 46 cặp lai thị CAPS thu dị hợp BC1F1 cặp lai (Hình 4.7; 4.8; 4.9) Số dị hợp BC1F1 cụ thể thể bảng (Bảng 4.4) Các BC1F1 dị hợp trồng chăm sóc ngồi đồng ruộng để đánh giá kiểu hình 36 Hình 4.7 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS lai BC1F1 L: Thang chuẩn DNA Low Range F: Cặp lai BC1F1 (BT7 x F1(NPT5)); K: Cặp lai BC1F1 (BT7KBL x F1(NB01)); B: Cặp lai BC1F1 (BT7 x F1(QK10)); A: Cặp lai BC1F1 (HP3 x F1(NPT5)) 37 Hình 4.8 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS lai BC1F1 L: Thang chuẩn DNA Gene Ruler 1kb (Thermo Scientific) F: Cặp lai BC1F1 (BT7 x F1(NPT5)); K: Cặp lai BC1F1 (BT7KBL x F1(NB01)); B: Cặp lai BC1F1 (BT7 x F1(QK10)); A: Cặp lai BC1F1 (HP3 x F1(NPT5)) 38 Hình 4.9 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS 11 lai BC1F1 L: Thang chuẩn DNA Low Range F: Cặp lai BC1F1 (BT7 x F1(NPT5)); K: Cặp lai BC1F1 (BT7KBL x F1(NB01)); B: Cặp lai BC1F1 (BT7 x F1(QK10)); A: Cặp lai BC1F1 (HP3 x F1(NPT5)) 39 Bảng 4.4 Tổng hợp cặp lai lai BC1F1 Cặp lai Kí hiệu Số lượng đánh giá Số BC1F1 BT7 x F1 (NPT5) F 18 BT7KBL x F1 (NB01) K 15 BT7 x F1 (QK10) B HP3 x F1 (NPT5) A Tỉ lệ đậu hạt lai cặp lai BC1F1 15,22% thấp nhiều so với vụ trước (vụ Xuân 2021 tỉ lệ đậu hạt lai đạt 46,51%) Cặp lai BT7 x F1 (NB01) có số lượng lai nhiều cặp lai BC1F1 Tỉ lệ đậu hạt cặp lai BC1F1 dao động khoảng 11,1 – 20% 4.2.2.3 Tạo quần thể BC2F1 mang QTL9 Vụ mùa năm 2021 tiến hành lai tạo cặp lai BC2F1 (BT7 x BC1F1(NPT5)) Qua phân tích kết điện di 19 cặp lai BC2F1 thị CAPS thu dị hợp BC2F1 (Hình 4.10) ), đạt tỉ lệ đậu hạt lai 47,36% Các BC2F1 dị hợp trồng chăm sóc ngồi đồng ruộng để tiếp tục lai trở lại với mẹ tạo quần thể BC3F1 đánh giá kiểu hình Tỉ lệ đậu hạt lai phép lai BT7 x NPT5 qua hệ (F1, BC1F1, BC2F1) đạt khoảng 43-47,36%, ổn định cao so với phép lai cặp bố mẹ khác, cho thấy tương hợp mặt di truyền giống BT7 NPT5 40 Hình 4.10 Kết kiểm tra thị phân tử CAPS 1, 5, 11 lai BC2F1 A Kết điện di CAPS (L: Thang chuẩn DNA Low Range); B Kết điện di CAPS (L: Thang chuẩn DNA Gene Ruler 1kb (Thermo Scientific)); C Kết điện di CAPS 11 (L: Thang chuẩn DNA Low Range) 41 PHẦN KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 5.1 KẾT LUẬN Tạo nguồn vật liệu mang QTL9 liên quan đến cấu trúc lúa - Lai cặp lai F1: CNC11 x QK10, ST25 x G189, Q5 x QK10, HV x QK10, Hẻo tía x ĐH12 - Lai cặp lai BC1F1: BT7 x F1(NPT5), BT7KBL x F1(NB01), BT7 x F1(QK10), HP3 x F1(NPT5) - Lai cặp BC2F1 (BT7 x BC1F1(NPT5)) Chọn lọc lai mang QTL9 thị phân tử CAPS - Kiểm tra cặp lai F1 (35 cây) CTPT CAPS thu lai cặp lai Hẻo tía x ĐH12 - Kiểm tra cặp lai BC1F1 (46 cây) CTPT CAPS thu lai, có BT7 x F1(NPT5), BT7KBL x F1(NB01), BT7 x F1(QK10), HP3 x F1(NPT5) - Kiểm tra cặp lai BC2F1 (BT7 x (BC1F1(NPT5)) (19 cây) CTPT CAPS thu lai 5.2 KIẾN NGHỊ - Tiếp tục phép lai trở lại lai mẹ để tạo quần thể BC3F1, từ cho tự thụ thành BC3F2 - Đánh giá quần thể BC3F1 đồng ruộng, chọn dịng triển vọng phân tích chất lượng dịng triển vọng - Chọn dịng triển vọng có suất cao 10 – 15% so với giống mẹ có chất lượng tương đương với giống mẹ 42 PHẦN TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Stefan Juannic, Phạm Thị Mai, Lê Thị Như, Phạm Xuân Hội, Khổng Ngân Giang (2020) "Ứng dụng công nghệ Gene Capture để xác định biến thể di truyền vùng QTL9 liên quan đến cấu trúc lúa" Hội thảo Cơng nghệ sinh học tồn quốc 2020, Huế Tr 162–167 Phạm Thị Mai, Lê Thị Như, Stefan Jouannic, Khổng Ngân Giang (2021) "Chọn lọc cá thể F2 đồng hợp tử mang QTL9 liên quan đến cấu trúc lúa thị phân tử CAPS" Tạp chí Khoa học Cơng nghệ Việt Nam Số 63 (2) Nguyễn Thị Thúy Anh, Trần Trung, Khuất Hữu Trung, Lê Hùng Lĩnh, Trần Đăng Khánh (2017) "Chọn lọc cá thể mang QTL / gen quy định tính trạng tăng số hạt quần thể BC2F1 để cải tiến suất dòng NPT1 nhờ ứng dụng thị phân tử" Tạp chí Khoa học Cơng nghệ Việt Nam Số 12B (2017) Tạ Kim Nhung, Khổng Ngân Giang, Lê Huy Hàm, Đỗ Năng Vịnh (2016) "Nghiên cứu liên kết toàn hệ gen (GWAS - Genome wide association genetic): Tiềm ứng dụng thách thức nghiên cứu chọn tạo giống lúa (Oryza sativa)" Hội thảo Quốc gia Khoa học Cây trồng lần thứ hai, Cần Thơ Tr 313-318 Trương Ánh Phương (2019) "Ứng dụng thị phân tử để nghiên cứu xải thiện tỉ lệ bạc bụng giống lúa cao sản (Oryza sativa L.)" Viện khoa học Nông Nghiệp Việt Nam, Cần Thơ Đồng Thị Kim Cúc (2014) "Nghiên cứu ứng dụng thị phân tử chọn tạo giống lúa Bắc Thơm chịu mặn" Viện khoa học Nông Nghiệp Việt Nam, Hà Nội 43 Vũ Thị Nhiên, Tạ Kim Nhung, Stefan Jouannic, Lê Hùng Lĩnh, Phạm Xuân Hội, Trần Khánh Vân, Trần Vũ Hằng, Phạm Thị Mai, Lê Thị Như, Khổng Ngân Giang (2018) "Tạo quần thể lai F1 làm vật liệu khởi đầu để đánh giá vai trò QTL9 liên quan đến tính trạng suất tập đồn lúa Việt Nam" Tạp chí Khoa học Cơng nghệ Việt Nam Số 11 (96) Lê Hùng Lĩnh, Chu Đức Hà, Đào Văn Khởi, Phạm Thị Lý Thu (2016) "Tích hợp gen/QTL cải tiến giống lúa ứng phó biến đổi khí hậu phương pháp chọn giống nhờ thị phân tử kết hợp lai trở lại" Tạp chí Khoa học Công nghệ Việt Nam Số 15(4) Nguyễn Xuân Kì (2017) "Tuyển Chọn Giống Lúa Ngắn Ngày Và Xác Định Các Biện Pháp Kỹ Thuật Canh Tác Phù Hợp Ở Tỉnh Quảng Bình" Nhà xuất Đại học Nơng Lâm Huế 10 Nguyễn Ngọc Đệ (2008) "Giáo trình lúa" NXB Đại học quốc gia TP Hồ Chí Minh Tr 42-45 11 Nguyễn Thị Thúy Anh, Trần Trung, Khuất Hữu Trung, Lê Hùng Lĩnh, Trần Đăng Khánh (2017), "Chọn lọc cá thể mang QTL/gen quy định tính trạng tăng số hạt quần thể BC2F1 để cải tiến suất dòng NPT1 nhờ ứng dụng thị phân tử" Tạp chí Khoa học Cơng nghệ Việt Nam 23(12) 12.2017 Tài liệu tiếng Anh 12 Huang X, Wei X, Sang T, Zhao Q, Feng Q, Zhao Y, Li C, Zhu C, Lu T, Zhang Z, Li M, Fan D, Guo Y, Wang A, Wang L, Deng L, Li W, Lu Y, Weng Q, Liu K, Huang T, Zhou T, Jing Y, Li W, Lin Z, Buckler ES, Qian Q, Zhang QF, Li J, Han B (2010) “Genome-Wide Association Studies of 14 Agronomic Traits in Rice Landraces" Nature Genetics 42: 961–967 13 Chen, Wei, Yanqiang Gao, Weibo Xie, Liang Gong, Kai Lu, Wensheng Wang, Yang Li (2014) “Genome-Wide Association Analyses Provide 44 Genetic and Biochemical Insights into Natural Variation in Rice Metabolism.” Nature Genetics 46 (7): 714–21 14 Doyle & Jeffrey (1991) “DNA Protocols for Plants.” In Molecular Techniques in Taxonomy, edited by Godfrey M Hewitt, Andrew W B Johnston, and J Peter W Young, 283–93 Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg 15 Nhung Thi Phuong Phung, Chung Duc Mai, Giang Thi Hoang, Hue Thi Minh Truong, Jeremy Lavarenne, Mathieu Gonin, Khanh Le Nguyen, Thuy Thi Ha, Vinh Nang Do, Pascal Gantet, Brigitte Courtois (2016) "Genome-wide association mapping for root traits in a panel of rice accessions from Vietnam" BMC Plant Biology 16, 64 (2016) 16 Marcin Matuszczak, Stanisław Spasibionek, Katarzyna Gacek, Iwona Bartkowiak‑Broda (2020) "Cleaved amplified polymorphic sequences (CAPS) marker for identification of two mutant alleles of the rapeseed BnaA.FAD2 gene" Molecular Biology Reports 47: 7607–7621 17 Kim Nhung Ta, Ngan Giang Khong, Thi Loan Ha, Dieu Thu Nguyen, Duc Chung Mai, Thi Giang Hoang, Thi Phuong Nhung Phung (2018) "A genome-wide association study using a Vietnamese landrace panel of rice (Oryza sativa) reveals new QTLs controlling panicle morphological traits" BMC Plant Biology 18: 1–15 18 Giang Ngan Khong, Nhu Thi Le, Mai Thi Pham, Helene Adam, Carole Gauron, Hoa Quang Le, Dung Tien Pham, Kelly Colonges, Xuan Hoi Pham, Vinh Nang Do, Michel Lebrun, Stefan Jouannic (2021) "A cluster of Ankyrin and Ankyrin-TPR repeat genes is associated with panicle branching diversity in rice" PLOS Genetics 17: 1–24 45 19 Giang Ngan Khong, H Adam, Y M Staedler, J Schönenberger, T Harrop, J Tregear, N V Do, P Gantet, A Ghesquière & S Jouannic (2017) "Differences in meristem size and expression of branching genes are associated with variation in panicle phenotype in wild and domesticated African rice" Evodevo 8: 1–15 20 Yoshida, Hitoshi, Yasuo Nagato (2011) "Flower development in rice" Journal of Experimental Botany 62: 4719–4730 46