Nghiên cứu khả năng phân hủy dầu diesel (do) của một số chủng vi khuẩn nhằm ứng dụng xử lý nước thải nhiễm dầu tại vịnh vân phong khánh hòa nha trang

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU KHẢ NĂNG PHÂN HỦY DẦU DIESEL (DO) CỦA MỘT SỐ CHỦNG VI KHUẨN NHẰM ỨNG DỤNG XỬ LÝ NƯỚC THẢI NHIỄM DẦU TẠI VỊNH VÂN PHONG – KHÁNH HÒA- NHA TRANG Hà Nội - 2023 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU KHẢ NĂNG PHÂN HỦY DẦU DIESEL (DO) CỦA MỘT SỐ CHỦNG VI KHUẨN NHẰM ỨNG DỤNG XỬ LÝ NƯỚC THẢI NHIỄM DẦU TẠI VỊNH VÂN PHONG – KHÁNH HÒA - NHA TRANG Người thực : NGUYỄN THỊ HỒNG Mã sinh viên : 642489 Lớp : K64CNSHA Ngành : CÔNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng dẫn : PGS.TS NGUYỄN VĂN GIANG Hà Nội - 2023 LỜI CAM ĐOAN Khóa luận thực Phịng Cơng nghệ Sinh học Mơi trường, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam Tôi xin cam đoan số liệu kết nghiên cứu khoá luận trung thực không chép kết báo cáo tốt nghiệp trước Các tài liệu tham khảo, thơng tin trích dẫn rõ phần tài liệu tham khảo khóa luận Hà Nội, ngày 10 tháng 02, năm 2023 Tác giả Nguyễn Thị Hồng i LỜI CẢM ƠN Quá trình thực luận văn tốt nghiệp giai đoạn quan trọng quãng đời sinh viên Luận văn tốt nghiệp tiền đề nhằm trang bị cho chúng em kỹ nghiên cứu, kiến thức quý báu trước lập nghiệp Để hoàn thành luận văn tốt nghiệp Lời xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến PGS.TS Lê Thị Nhi Công, người cô truyền đạt kiến thức quý báu, trực tiếp bảo, hướng dẫn tận tình suốt qn trình nghiên cứu hồn thiện khố luận Tơi xin cảm ơn đến tới anh chị phịng Cơng nghệ Sinh học Mơi trường, Viện Công nghệ Sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Cơng nghệ anh, chị Phịng Công nghệ Sinh học Môi trường, tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ tơi có điều kiện thực khóa luận tốt Phịng Tơi xin bày tỏ lịng kính trọng tới PGS.TS Nguyễn Văn Giang, Khoa Công nghệ Sinh học, Học viện Nông Nghiệp Việt Nam, người Thầy tạo điều kiện nhiệt tình giúp đỡ tơi suốt q trình tơi thực đề tài Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Vi sinh, Khoa Công nghệ Sinh học - Học viện Nơng nghiệp Việt Nam tận tình giúp đỡ tơi trình học tập, thực đề tài hồn thành khóa luận Cuối cùng, tơi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới ông bà mẹ - người ln tần tảo ni lớn, chăm sóc tơi để tơi có ngày hơm Cảm ơn người bạn kề vai sát cánh, giúp đỡ, bên cạnh ủng hộ suốt trình học tập thực khố luận Tôi xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 10 tháng 02, năm 2023 Sinh viên Nguyễn Thị Hồng ii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC i DANH MỤC BẢNG iv DANH MỤC HÌNH v DANH MỤC VIẾT TẮT vii TÓM TẮT KHÓA LUẬN viii MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tình hình ô nhiễm dầu giới Việt Nam 1.1.1 Tình hình nhiễm dầu giới 1.1.2 Tình hình nhiễm dầu Việt Nam 1.1.3 Hậu tác động nước thải ô nhiễm dầu 1.2 Thành phần dầu DO ảnh hưởng ô nhiễm dầu DO người môi trường 1.2.1 Thành phần, tính chất dầu DO 1.3 Cơ chế phân hủy dầu DO vi sinh vật 10 1.4 Các biện pháp xử lý nước ô nhiễm dầu 11 1.4.1 Phương pháp xử lý học, vật lý, hóa học 11 1.4.2 Phương pháp xử lý sinh học 12 1.4 Màng sinh học từ vi sinh vật 14 1.4.1 Định nghĩa 14 1.4.2 Sự hình thành cấu trúc biofilm 15 1.4.3 Một số yếu tố ảnh hưởng tới khả tạo biofilm 18 1.5 Các phương pháp phân loại vi sinh vật 23 1.5.1 Phương pháp phân loại truyền thống 23 1.5.2 Phương pháp phân loại sinh học phân tử 24 i CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 26 2.1 Nguyên liệu, hóa chất thiết bị sử dụng 26 2.1.1 Nguyên liệu 26 2.1.2 Hóa chất môi trường nuôi cấy 26 2.1.3 Máy móc thiết bị nghiên cứu 28 2.2 Phương pháp nghiên cứu 28 1.2.1 Thu nhập mẫu 28 2.2.1 Phân lập tuyển chọn chủng vi khuẩn có khả sinh trưởng phát triển nguồn chất dầu DO 28 2.2.2 Đánh giá khả tạo màng sinh học (biofilm) chủng vi khuẩn phân lập 29 2.2.3 Nghiên cứu số đặc điểm sinh học chủng vi khuẩn 31 2.2.4 Phân loại, định tên chủng vi khuẩn dựa vào xác định trình tự đoạn gen mã hóa 16s rRNA 33 2.2.5 Đánh giá khả sinh trưởng, phát triển phân hủy vi sinh vật nguồn chất dầu DO nồng độ khác 36 2.2.6 Ảnh hưởng điều kiện môi trường đến khả tạo màng sinh học (biofilm) chủng vi khuẩn 36 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 38 3.1 Phân tích thành phần nước thải đầu vào mẫu nước thải Kho xăng Ngoại Quan – Vân Phong – Khánh Hòa – Nha Trang 38 3.1.1 Phân lập tuyển chọn chủng vi khuẩn có khả sinh trưởng phát triển nguồn chất dầu DO 39 3.1.2 Khả tạo biofilm chủng vi khuẩn có khả sử dụng dầu DO 42 3.1.3 Nghiên cứu số đặc điểm sinh học chủng vi khuẩn lựa chọn 44 3.2 Phân loại, định tên chủng vi khuẩn BQN24 việc xác định trình tự đoạn gen mã hóa 16 rRNA 45 ii 3.2.1 Tách chiết DNA tổng số chủng vi khuẩn BQN24 45 3.2.2 Nhân đoạn gen mã hóa 16S rRNA kĩ thuật PCR 46 3.3 Một số yếu tố ảnh hưởng đến hình thành màng sinh học chủng vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa BQN24 48 3.4 Đánh giá khả phân hủy dầu DO màng sinh học chủng vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa BQN24 51 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 52 Kết luận: 52 Kiến nghị: 52 TÀI LIỆU THAM KHẢO 53 PHỤ LỤC 58 Pseudomonas sp enrichment culture clone BQN24 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 58 iii DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1: Thành phần chức thành phần mạng lưới ngoại bào biofilm (Donlan, 2002) 17 Bảng 2.1: Thành phần môi trường MPA 26 Bảng 2.2: Thành phần môi trường Gost 27 Bảng 2.3: Thành phần môi trường Hiếu khí DO (HKTS) 27 Bảng 3.1 Phân tích thành phần nước thải ban đầu mẫu nước thải Kho xăng Ngoại Quan – Vân Phong – Khánh Hòa – Nha Trang theo quy chuẩn QCVN 29:2010/BTNMT 38 Bảng 3.2: Kết phân tích thành phần mẫu nước thải 39 Bảng 3.3: Hình thái khuẩn lạc chủng vi sinh vật 40 iv DANH MỤC HÌNH Hình 1.1: Tàu chở hàng X-PRESS PEARL bốc cháy khơi cảng Colombo, Sri Lanka gây cố tràn dầu Hình 1.2: Tổng hợp hydrocarbon (a) Polimeolefin (b) chất thơm ankyl hóa (c) polyaromatics Hình 1.3: Este hữu (a) Nhóm este (b) Este axit bazơ (c) Este đa chức Hình 1.4: (a) Polyglycols (b) Polyphenyl ête Hình 1.5: Sự hình thành Biofilm (nguồn: Nature Review Microbiology) 15 Hình 1.6: Cấu trúc hiển vi biofilm tạo chủng vi khuẩn Rhodococcus erythrolis Pseudomonas marginalis kính hiển vi điện tử quét (SEM) (Lorenzo cộng sự, 2005) 16 Hình 3.1: Tập đồn vi sinh vật môi trường MPA 40 Hình 3.2: Khả sinh trưởng chủng vi khuẩn mơi trường khống Gost dịch có bổ sung 2% dầu DO 41 Hình 3.3 Khả phân hủy chủng vi sinh vật phân lập nguồn chất dầu DO 2% 42 Hình 3.4: Khả bắt giữ tím tinh thể màng sinh học chủng vi khuẩn sau ngày nuôi cấy 43 Hình 3.5: Biểu đồ mật độ quang học đánh giá khả tạo màng sinh học (biofilm) chủng vi khuẩn 43 Hình 3.6: Hình thái khuẩn lạc (A) hình thái tế bào (B) chủng vi khuẩn BQN24 44 Hình 3.7: Hình thái khuẩn lạc (A) hình thái tế bào (B) chủng vi khuẩn G3 45 Hình 3.8: Hình thái khuẩn lạc (A) hình thái tế bào (B) chủng vi khuẩn Xỉ 45 Hình 3.9: Cây phát sinh chủng loại dựa so sánh trình tự gen mã hóa 16S – rRNA chủng vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa BQN24 chủng vi sinh vật đại diện 47 v Hình 3.10: Khả bắt giữ tím tinh thể màng sinh học chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 nhiệt độ khác sau ngày nuôi tĩnh 49 Hình 3.11: Ảnh hưởng nhiệt độ tới khả tạo màng biofilm chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 49 Hình 3.12: Khả bắt giữ tím tinh thể màng sinh học chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 pH khác sau ngày nuôi tĩnh 50 Hình 3.13: Ảnh hưởng pH tới khả tạo màng biofilm chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 50 Hình 3.14: Khả phân hủy dầu DO nồng độ khác chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 51 Hình 3.15: Khả sinh trưởng chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 môi trường khống Gost có bổ sung nồng độ dầu DO khác 51 vi (A) (B) Hình 3.7: Hình thái khuẩn lạc (A) hình thái tế bào (B) chủng vi khuẩn G3 • Đặc điểm hình thái chủng Xỉ Chủng Xỉ màu xanh nhạt, ướt, lồi, có nhân màu trắng, đường kính 1- mm Sau tiến hành nhuộm gram, thành tế bào chủng Xỉ bắt màu hồng, chủng Xỉ chủng vi khuẩn Gr(-) Dưới kính hiển vi điện tử quét với độ phóng đại 10000, tế bào có dạng hình que, bề mặt xù xì, kích thước (0,649 – 1,25) x (0,3 – 0,5) µm (A) (B) Hình 3.8: Hình thái khuẩn lạc (A) hình thái tế bào (B) chủng vi khuẩn Xỉ Từ chủng phân lập được, chủng BQN24 chọn làm đại diện để phân loại định tên kỹ thuật sinh học phân tử 3.2 Phân loại, định tên chủng vi khuẩn BQN24 việc xác định trình tự đoạn gen mã hóa 16 rRNA 3.2.1 Tách chiết DNA tổng số chủng vi khuẩn BQN24 Tách chiết DNA tổng số công đoạn quan trọng phân loại sinh học phân tử DNA tách chiết cần đảm bảo dạng tinh sạch, không đứt gãy Trong nghiên cứu tiến hành tách chiết DNA tổng số 45 chủng vi khuần BQN24 theo mơ tả Zhou cộng (1996) Vì thời gian có hạn nên chúng tơi lựa chọn đối tượng BQN24 để tiến hành định danh lý do: - Chủng vi khuẩn BQN24 có khả sinh trưởng phát triển tốt mơi trường Gost có bổ sung 2% dầu tổng số - Chủng BQN24 có khả phân hủy dầu tổng số khả tạo màng tốt chủng tiến hành nghiên cứu 3.2.2 Nhân đoạn gen mã hóa 16S rRNA kĩ thuật PCR Sử dụng DNA tổng số chủng vi khuẩn BQN24 làm khuôn, cặp mồi đặc hiệu (27F 1527R) chu trình nhiệt mô tả phần phương pháp mục 2.2.4 DNA tổng số chủng BQN24 nghiên cứu tách chiết sử dụng đoạn mồi đặc hiệu để khuếch đại gen 16S- rRNA với kỹ thuật PCR trình bày mục 2.2.5 Kết kiểm tra sản phẩm PCR gel điện di cho thấy có băng có kích thước khoảng 1500 bp, phù hợp với kích thước gen 16S –rRNA vi khuẩn Sản phẩm PCR tinh giải trình tự Viện Cơng nghệ sinh học Kết giải trình tự phân tích đoạn gen 16S rRNA chủng vi khuẩn cho thấy đoạn gen 16S-rRNA chủng BQN24 tương đồng cao 99% với đoạn tương ứng chủng Pseudomonas aeruginosa vi khuẩn thuộc loài S164S (JF513146) Dựa kết tìm kiếm ngân hàng gen, kết hợp phân tích Bioedit, ClutalX alignment Mega xây dựng phát sinh chủng loại 46 Hình 3.9: Cây phát sinh chủng loại dựa so sánh trình tự gen mã hóa 16S – rRNA chủng vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa BQN24 chủng vi sinh vật đại diện 47 Qua hình 3.9, chúng tơi nhận thấy chủng vi khuẩn BQN24 có quan hệ gần gũi mức độ tương đồng cao với loài thuộc chi Pseudomonas có mức độ tương đồng tới 99% với chủng Pseudomonas aeruginosa SG-1 Dựa vào đặc điểm khuẩn lạc, hình thái tế bào so sánh trình tự gen mã hóa 16S rRNA chủng vi khuẩn BQN24, đặt tên chủng vi khuẩn BQN24 Pseudomonas aeruginosa BQN24 Trình tự đoạn gen mã hóa 16S rRNA chủng đăng kí Ngân hàng Genbank NCBI với mã số KC178570 (Phụ lục 1) Hiện có số tác giả giới có số nghiên cứu khả sản xuất chất hoạt hóa bề mặt, màng sinh học hay khả phân hủy hydrocarbon chủng vi khuẩn thuộc chi Pseudomonas aeruginosa Trong nghiên cứu Zhang cộng (2005), nghiên cứu Sự phân hủy sinh học dầu thô Pseudomonas aeruginosa với có mặt rhamnolipids Nghiên cứu Beal cộng (2000), nghiên cứu vai trò chất hoạt động bề mặt sinh học rhamonolipid hấp thu khống hóa hexacane Psedomanas aeruginosa Trong nghiên cứu, Haijun cộng (2022) nghiên cứu Suy thối dầu thơ chủng Pseudomonas aeruginosa AQNU-1 phân lập từ vùng đất ngập nước hồ bị ô nhiễm dầu 3.3 Một số yếu tố ảnh hưởng đến hình thành màng sinh học chủng vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa BQN24 Sự sinh trưởng phát triển vi sinh vật việc chịu ảnh từ đặc điểm riêng biệt chủng lồi vi sinh vật cịn chịu ảnh hưởng lớn điều kiện nhiệt độ Trong nghiên cứu hình thành, phát triển màng sinh học chủng vi sinh vật việc xác định yếu tố ảnh hưởng tối ưu yếu tố điều cần thiết Yếu tố ảnh hưởng lớn tới hình thành màng sinh học sinh trưởng tế bào vi sinh vật nhiệt độ Đây yếu tố dễ kiểm soát (Dolan, 2002; Moscoso cộng 2006) ❖ Ảnh hưởng nhiệt độ Để xác định điều kiện tối ưu cho hình thành biofilm vi khuẩn BQN24 chúng tơi tiến hành thí nghiệm với bước mơ tả mục 2.2.5 Kết 48 thí nghiệm thể hình 3.10 3.11 ĐC 15℃ 17℃ 25℃ 30℃ 45℃ 50℃ Hình 3.10: Khả bắt giữ tím tinh thể màng sinh học chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 nhiệt độ khác sau ngày ni tĩnh Hình 3.11: Ảnh hưởng nhiệt độ tới khả tạo màng biofilm chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 Quan sát hình 3.10 3.11 nhận thấy, chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 có khả hình thành màng biofilm tốt khoảng nhiệt độ từ 25℃ đến 30℃ Tuy nhiên, nhiệt độ tối ưu cho chủng tạo màng sinh học 30℃ sau 72h (3 ngày) nuôi tĩnh ❖ Ảnh hưởng pH pH ảnh hưởng tới tính thấm qua màng, hoạt động chuyển hóa vật chất tế bào, hoạt tính enzyme, hình thành ATP, từ ta thấy pH có ảnh hưởng lớn tới khả hình thành màng sinh học vi khuẩn 49 Hình 3.12: Khả bắt giữ tím tinh thể màng sinh học chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 pH khác sau ngày nuôi tĩnh Hình 3.13: Ảnh hưởng pH tới khả tạo màng biofilm chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 Khả tạo màng chủng vi khuẩn chịu ảnh hưởng lớn thay đổi pH Các nghiên cứu pH vi khuẩn thường pH trung tính Do đó, chúng tơi tiến hành khảo sát ảnh hưởng pH lên khả tạo màng chủng vi khuẩn dải pH đến pH theo mô tả mục 2.2.6 Kết thí nghiệm thể hình 3.12 hình 3.13 Quan sát hình 3.12 cho thấy, chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 có khả tạo màng tốt dải pH – , khả tạo màng tốt pH - Kết phù hợp với quan điểm Lê Gia Hy (2010) cho rằng, đa số chủng vi khuẩn sinh trưởng pH (Lê Gia Hy, 2010) 50 3.4 Đánh giá khả phân hủy dầu DO màng sinh học chủng vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa BQN24 ➢ Đánh giá khả phân hủy dầu chủng vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa BQN24 nồng độ khác Trong nghiên cứu thử khả xử lý dầu nồng độ khác (2%, 3%, 4%,5%,6%), cho thấy ảnh hưởng lớn đến sinh trưởng khả phân hủy dầu DO chủng vi khuẩn Sau ngày, nhận thấy phân hủy dầu DO chủng BQN24 rõ rệt (Hình 3.14) Hình 3.14: Khả phân hủy dầu DO nồng độ khác chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 Hình 3.15: Khả sinh trưởng chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 mơi trường khống Gost có bổ sung nồng độ dầu DO khác Từ hình 3.14 3.15 thấy chủng vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa BQN24 có khả phát triển tốt tất nồng độ dầu DO, nhiên nồng độ dầu DO 2%, 3% 4% ngày thứ chủng vi khuẩn sinh trưởng phát triển tốt 51 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ Kết luận: Từ mẫu nước thải kho xăng Ngoại Quan – Vịnh Vân Phong – Nha Trang, tiến hành phân lập chủng chủng vi khuẩn: BQN24, Xỉ 2, G3, DGD 9, DGPG1, Bùn sắt SV Trong chủng BQN24, Xỉ G3 có khả phân sinh trưởng phát triển môi trường Gost bổ sung 2% dầu DO Trong số chủng vi khuẩn, chọn chủng BQN24 có khả sinh trưởng phát triển tốt nguồn chất dầu DO Chủng vi khuẩn BQN24 vi khuẩn Gr(-) Dưới kính hiển vi điện tử quét với độ phóng đại 10000, tế bào BQN24 có dạng hình que ngắn, bề mặt xù xì, kích thước (2,4 - 2,6) x (0,3 - 0,5) µm Chủng định danh Pseudomonas aeruginosa BQN24, đăng kí NCBI với mã số KC178570 Chủng BQN24 có khả tạo màng sinh học tốt nhiệt độ 25-30 oC pH Chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 có khả xử lý dầu tốt nồng độ dầu DO 3% ngày thứ Kiến nghị: ➢ Nghiên cứu thêm khả phân hủy dầu DO màng sinh học từ hỗn hợp chủng vi khuẩn có khả tạo màng sinh học tốt phân lập nhằm nâng cao hiệu xử lý nước thải ô nhiễm dầu ➢ Thử nghiệm đánh giá khả phân huỷ nước thải ô nhiễm dầu lấy từ Vịnh Vân Phong, Khánh Hoà, Nha Trang ➢ Từ bước đầu nghiên cứu cho thấy kết chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 có khả xử lý dầu tốt chủng thí nghiệm Nghiên cứu thêm chủng Pseudomonas aeruginosa BQN24 cho mơ hình sản xuất chế phẩm từ vi sinh vật xử lý dầu 52 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt Bùi Thị Kim Anh, Đặng Đình Kim, Akihiko Maruyama (2007), “Ứng dụng kĩ thuật phân tích phân tử để xác định thành phần số lượng vi sinh vật thí nghiệm xử lý nhiễm dầu phương pháp sinh học”, Tạp chí Cơng Nghệ Sinh học 5(4): 505 – 521 Cung Thị Ngọc Mai (2011), “Nghiên cứu khả phân hủy sinh học hợp chất vòng thơm vi khuẩn phân lập từ nước thải khu công nghiệp Từ Liêm”, luận văn thạc sĩ sinh học – Viện sinh thái Tài nguyên sinh vật – Viện Khoa học Công Nghệ Việt Nam Đinh Thị Thúy Hằng, Lê Gia Hy, Lưu Thị Bích Thảo (1998), “Vi sinh vật phân hủy hydrocarbon dầu mỏ”, Tạp chí Khoa học Cơng nghệ, 16(3): 1– 12 Lại Thúy Hiền, Nguyễn Thị Thu Huyền, Đỗ Thu Phương, Phạm Thị Hằng, Vương Thị Nga, Lê Thị Nhi Cơng, Nguyễn Thị n, Nguyễn Bá Tú, Hồng Văn Thắng (2010), Nghiên cứu tạo chất hoạt hóa bề mặt sinh học từ vi sinh vật nhằm ứng dụng ngành công nghiệp xử lý môi trường, Hội nghị Khoa học kỷ niệm 35 năm Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam, 199-209 Nguyễn Bá Hữu, Trần Thị Tường Vi, Nghiêm Ngọc Minh, Đặng Thị Cẩm Hà (2007) Phân hủy sinh học dầu diesel hydrocarbon thơm đa nhân số chủng vi khuẩn phân lập từ nước thải nhiễm dầu kho cảng B12, Quảng Ninh Tạp chí Khoa học Cơng nghệ - Đại học Thái Nguyên 2(42): 59 – 66 Cung Thị Ngọc Mai, Nguyễn Thùy Linh, Nguyễn Văn Bắc, Vũ Thị Thanh, Nghiêm Ngọc Minh (2011), Nghiên cứu khả phân hủy diesel chủng vi khuẩn BTL5 phân lập từ nước thải cơng nghiệp, Tạp chí Sinh học, 33(4), 86-91 Nguyễn Bá Diến (2011), “Tổng quan pháp luật quốc tế phòng, chống 53 bồi thường thiệt hại nhiễm dầu biển”, Tạp chí Khoa học ĐHQGHN – Luật học 27: 30 – 41 Nguyễn Bá Hữu, Trần Thị Tường Vi, Nghiêm Ngọc Minh, Đặng Thị Cẩm Hà (2007), “Phân hủy sinh học dầu diesel hydrocarbon thơm đa nhân số chủng vi khuẩn phân lập từ nước thải nhiễm dầu kho cảng B12, Quảng Ninh”, Tạp chí Khoa học Cơng Nghệ, Đại học Thái Nguyên, 42(2), pp 59 – 66 Lê Gia Hy (2010), “Giáo trình vi sinh vật học”, NXB Khoa học tự nhiên công nghệ: 111-120, 136-140 10 Nguyễn Hồng Lộc (2007), “Giáo trình sinh học phân tử”, NXB Đại Học Huế: 177 – 180 11 Cục Bảo Vệ Môi trường – Bộ Tài Nguyên Môi Trường Việt Nam (2007), “Nhận định chuyên gia hội thảo: Đánh giá tác động ô nhiễm dầu đến hệ sinh thái biển, ven biển lượng giá thiệt hại kinh tế” Tiếng Anh Andersson S (2009), “Characterization of bacterial biofilms for wastewater treament”, Royal Institute of Technology (KTH) Sweden: – 15 Atlas RM (1995) “Bioremediation of petroleum pollutant” International Biodeterioration and Biodegeradation 35: 317 – 327 Brumolle M., Webb S J., Rao D., Lars H., Soren J S and Kjelleberg S (2006), “Enhanced biofilm formation and increased resistance to antimicrobial agents and bacterial invasion are caused by synergistic interactions in multispecies biofilms”, Applied and Enviromental Microbiology 72: 3916 – 3923 Braken K B., Pamp S J., Gjermansen M., Bertrand J J., Klausen M., Givskov M., Whitchurch C B., Engel J N., Tolker Nielsen T (2008), “Roles of type IV pili, flagellum – mediated motility and extracellular DNA in the formation of mature multicellular structures in Pseudomonas 54 aeruginosa biofilms”, Enviromental Microbiology 10(9): 233 – 243 Battersby, N S (2000) The biodegradability and microbial toxicity testing of lubricants–some recommendations Chemosphere, 41(7), 1011-1027 Bajpai, Divya, and V K Tyagi "Biodiesel: source, production, composition, properties and its benefits." Journal of OLEo science 55.10 (2006): 487-502 Beal R, Betts WB Role of rhamnolipid biosurfactants in the uptake and mineralization of hexadecane in Pseudomonas aeruginosa J Appl Microbiol 2000 Jul;89(1):158-68 Campbell R C K (2010), “Gulf spill Is the Largest of Its Kind, Scientists Say”, The New York Times Cheng K C., Demirci A And Catchmark J M (2010), “Advances in biofilm reactors for production of value added products”, Applied Microbiology and Biotechnology 87: 445 – 466 10 Dongyou L (2006) “Identification, subtyping and virulence determination of Listeria monocytogenes, an important foodborne pathogen” Journal of Medical Microbiology 55: 645 – 659 11 Davey M E., O’Toole G A (2000) “Microbial biofilm: from ecology to molecular genetics”, Microbiology and Molecular Biology Reviews, 64(4): 847 – 867 12 Dolan R M (2002), “Biofilm: microbial life on surfaces”, Emerging Infectious Diseases 8(9): 881 – 890 13 Fingas M.,Charles J (2000), “Effects of oil spills on the environment”, The basic of oil spill cleanup, Lewis Publishers, United States of American, International Standard Book 1, pp 55670 – 56673 14 Garreett R T., Bhakoo M., Zhang Z (2008), “Review: Bacterrial adhesion and biofilms on sunrfaces”, Progress in Natural Sience 18: 1049 – 1056 15 Gawdzik B., Gawdzik J (2011), “Impact of pollution with oil derivatives on the natural environment and methods of their removal”, Ecological 55 Chemistry and Engineering S 18(3): 346 – 357 16 Kokare C R., Chakraborty S., Khopade A N and Mahadik K R.(2009), “Biofilm: Importance and applications”, Indian Journal of Biotechnology Vol 8: 159 – 168 17 Harayama S., Kishira H., Kasai Y And Shutsubo K (1999), “Petroleum biodegradation in marine environments”, Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology 1(1): 63 – 70 18 Liu, Haijun, Guo Yang, Hui Jia, and Bingjie Sun 2022 "Crude Oil Degradation by a Novel Strain Pseudomonas aeruginosa AQNU-1 Isolated from an Oil-Contaminated Lake Wetland" Processes 10, no 2: 307 19 Liming Y., Kennetch G B., David R A And Grant J B (2003, “Biofilm specific cross species induction of antimicrobial compound in Bacilli”, Applied and Enviromental Microbiology 69(7): 3719 – 3727 20 Moscoso M., Garcia E., Lopez R (2006), “Biofilm Formation by Streptococcus pneumoniae: Role of choline, extracellular, DNA, and capsular polysaccharide in microbial accretion”, Journal of Bacteriology, 188(22), pp 7785 – 7795 21 Mullis KB and Faloona FA (1987) “Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase – catalyzed chain reation” Methods Enzymol 155: 335 – 350 22 Morikawa M, Kagihiro S, Haruki M, Takano K, Branda S, Kolter R, and Kanaya S (2006), “Biofilm fromation by a Bacillus subtillis strain that produces gamma – polygutamate”, Microbiology 152: 2801 – 2807 23 O’Toole G A., Kolter R(1998), “Initiation of biofilm formation in Pseudomonas fluorescens WCS365 proceeds via multiple, convergent signaling pathways: a genetic analysis”, Molecular Microbiology 28: 449 – 46 24 O’Toole G., Kaplan B H., Kolter R (2000), “Biofilm formation as microbial development”, Annual Review in Microbiology, 54: 49 – 79 25 Jesus G.m., Silvia G.A., Ana I.A., Francisco R.V (1999), “Use of 16S – 56 23S Ribosomal gên spacer region in studies of prokaryotic diversity”, Journal of Microbiological Methods, 36, pp 55 – 64 26 Zhou J., Bruns M A And Tiedje J.M (1996) DNA Recovery from soils of diverse compostion”, Applied and Enviromental Microbiology, 62(2) Pp 316 – 322 27 Zhang GL, Wu YT, Qian XP, Meng Q Biodegradation of crude oil by Pseudomonas aeruginosa in the presence of rhamnolipids J Zhejiang Univ Sci B 2005 Aug;6(8):725-30 28 IARC Working Group on the Evaluation of Carcinogenic Risks to Humans Occupational Exposures in Petroleum Refining; Crude Oil and Major Petroleum Fuels Lyon (FR): International Agency for Research on Cancer; 1989 (IARC Monographs on the Evaluation of Carcinogenic Risks to Humans, No 45.) DIESEL FUELS 29 Wang, Fang, et al "The effect of alkanol chain on the interfacial composition and thermodynamic properties of diesel oil microemulsion." Fuel 87.12 (2008): 2517-2522 57 PHỤ LỤC Pseudomonas sp enrichment culture clone BQN24 16S ribosomal RNA gene, partial sequence GenBank: KC178570.1 FASTA Graphics Go to: LOCUS 2013 DEFINITION RNA ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE Ninh JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL of KC178570 1440 bp DNA linear ENV 19-FEB- Pseudomonas sp enrichment culture clone BQN24 16S ribosomal gene, partial sequence KC178570 KC178570.1 ENV Pseudomonas sp enrichment culture clone BQN24 Pseudomonas sp enrichment culture clone BQN24 Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas; environmental samples (bases to 1440) Cung,M.T.N., Le,C.T.N and Nghiem,M.N Part of 16S rRNA of PSeudomonas sp BQN24 isolated from Quang Coastal in Vietnam Unpublished (bases to 1440) Cung,M.T.N., Le,C.T.N and Nghiem,M.N Direct Submission Submitted (15-NOV-2012) Environmental Biotechnology, Institute Biotechnology, No 18 Hoang Quoc Viet Street, Ha Noi +084, Viet Nam FEATURES source Location/Qualifiers 1440 /organism="Pseudomonas sp enrichment culture clone BQN24" rRNA /mol_type="genomic DNA" /isolation_source="sludge" /db_xref="taxon:1293514" /clone="BQN24" /environmental_sample /country="Viet Nam: Quang Ninh coast" 1440 /product="16S ribosomal RNA" ORIGIN tgcaagtcga gcggatgaag ggagcttgct cctggattca gcggcggacg ggtgagtaat 61 gcctaggaat ctgcctggta gtgggggata acgtccggaa acgggcgcta ataccgcata 58 121 181 241 301 361 421 481 541 601 661 721 781 841 901 961 1021 1081 1141 1201 1261 1321 1381 cgtcctgagg gattagctag gatgatcagt gaatattgga cggattgtaa acgttaccaa gtgcaagcgt atgtgaaatc tagagggtgg gtggcgaagg acaggattag ttgagatctt ggttaaaact gaagcacgcg tgcctcggga ggctaagttc taaggagact ccttcggcca gtggagctaa gaagtcggaa tgtacacacc aagggggacg gagaaagtgg ttggtggggt cacactggaa caatgggcga agcactttaa cagaataagc taatcggaat cccgggctca tggaatttcc cgaccacctg ataccctggt agtggcgcag caaatgaatt aagaacctta actcagcaca cgtaacgagc gccggtgaca gggctacaca tcccataaaa tcgctagtaa gcccgtcaca gttaccacgg gggatcttcg aaaggcctac ctgagacacg aagcctgatc gttgggagga accggctaac tactgggcgt acctgggaac tgtgtagcgg gactgatact agtccacgcc ctaacgcgat gacgggggcc cctggccttg ggtgctgcat gcaaccctgt aaaccggagg cgtgctacaa ccgatcgtag tcgtgaatca ccatgggagt agtgattcat 59 gacctcacgc caaggcgacg gtccagactc cagccatgcc agggcagtaa ttcgtgccag aaagcgcgcg tgcatccaaa tgaaatgcgt gacactgagg gtaaacgatg aagtcgaccg cgcacaagcg acatgctgaa ggctgtcgtc ccttagttac aaggtgggga tggtcggtac tccggatcgc gaatgtcacg gggttgctcc gactggggtg tatcagatga atccgtaact ctacgggagg gcgtgtgtga gttaatacct cagccgcggt taggtggttc actactgagc agatatagga tgcgaaagcg tcgactagcc cctggggagt gtggagcatg actttccaga actcgtgtcg cagcaccacg tgacgtcaag aaagggtgcc agtctgcaac gtgaatacgt agaagtagct aagtcgtaac gcctaggtcg ggtctgagag cagcagtggg agaaggtctt tgctgttttg aatacgaagg agcaagttgg tagagtacgg aggaacacca tggggagcaa gttgggatcc acggccgcaa tggtttattc gatggattgg tgagatgttg ggtggcactc tcatcatggc aagccgcgag tcgactgcgt tcccgggcct agttaaccgc aaggtaacca