Nghiên cứu phát triển kit lamp phát hiện neisseria meningitidis

ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Nghiên cứu phát triển kit LAMP phát Neisseria meningitidis NGUYỄN THU TRANG Ngành Công nghệ Sinh học Giảng viên hướng dẫn: PGS.TS Trương Quốc Phong TS Võ Viết Cường Viện: Công nghệ Sinh học Công nghệ Thực phẩm Hà Nội, 2023 ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Nghiên cứu phát triển kit LAMP phát Neisseria meningitidis NGUYỄN THU TRANG Ngành Công nghệ Sinh học Giảng viên hướng dẫn: PGS.TS Trương Quốc Phong Chữ ký GVHD TS Võ Viết Cường Chữ ký GVHD Viện: Công nghệ Sinh học Công nghệ Thực phẩm Hà Nội, 2023 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc BẢN XÁC NHẬN CHỈNH SỬA LUẬN VĂN THẠC SĨ Họ tên tác giả luận văn : Nguyễn Thu Trang Đề tài luận văn: Nghiên cứu phát triển kit LAMP phát Neisseria meningitidis Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số SV: 20211182M Tác giả, Người hướng dẫn khoa học Hội đồng chấm luận văn xác nhận tác giả sửa chữa, bổ sung luận văn theo biên họp Hội đồng ngày 14 tháng năm 2023 với nội dung sau: STT Yêu cầu chỉnh sửa phản biện hội đồng Chỉnh sửa cụm từ “Bệnh nhiễm não mô cầu” thành “Bệnh viêm màng não mô cầu” Mục 1.4 cần có tiểu mục riêng kỹ thuật LAMP ứng dụng kỹ thuật LAMP chẩn đoán N meningitidis Trích dẫn nguồn tài liệu tham khảo cho Hình 1.1, 1.4 đến 1.7, 1.10 đến 1.13; Bảng 1.1 Trích dẫn nguồn tài liệu tham khảo cho thơng tin, số liệu đơn vị Quân đội Cần làm rõ đối tượng nghiên cứu mục 2.1 Nội dung chỉnh sửa, bổ sung, làm rõ (ghi số trang chỉnh sửa) Đã chỉnh sửa phần Tóm tắt luận văn, Danh mục từ viết tắt, từ trang 1, 2, 43 Đã bổ sung thêm mục 1.4.3.1 1.4.3.2 (trang 123, 13) Đã trích dẫn nguồn tài liệu tham khảo cho Hình Bảng theo u cầu Đã trích dẫn nguồn tài liệu tham khảo cho thông tin, số liệu đơn vị Quân đội (tài liệu tham khảo số 7) Đã bổ sung đối tượng nghiên cứu mục 2.1.1: Mẫu DNA khuôn tinh từ chủng N meningitidis (trang 15) Chỉnh sửa cụm “mẫu dương” Đã sửa trang 15, 22, 30, 41, 43, 45 thành “mẫu dương tính”, “mẫu âm” thành “mẫu âm tính” Cần chỉnh sửa tên mục 2.1.3 Đã chỉnh sửa tên mục 2.1.3 từ “Oligonucleotide” thành “Các mồi sử dụng” 10 11 12 13 14 15 16 Cần bổ sung thông tin mồi sử dụng luận văn Cần bổ sung tên hãng sản xuất thiết bị mục 2.1.5 Cần kiểm tra lại phần đánh số thứ tự phương pháp phần Phương pháp nghiên cứu Chỉnh sửa từ “Cấu trúc vỏ” thành “Cấu trúc thành tế bào” Bổ sung Accession number chủng N meningitidis týp huyết khác Bổ sung trình tự mồi vào kết luận Bổ sung cột Giải nghĩa vào Danh mục từ viết tắt Sửa dấu “.” thành dấu “,” số thập phân In nghiên tên báo phần Tài liệu tham khảo Đã bổ sung thông tin mồi sử dụng luận văn (trang 15) Đã bổ sung (trang 16) Đã kiểm tra chỉnh sửa mục 2.2.1.1, 2.2.1.2 (trang 17, 19) mục 2.2.2, 2.2.2.1, 2.2.2.2, 2.2.2.3 (trang 23- 26) Đã chỉnh sửa mục 1.3.1 (trang 6) Đã bổ sung mục 3.1 (trang 28) Đã bổ sung mục Kết luận (trang 51) Đã bổ sung Đã sửa trang từ 17 đến 14 Đã chỉnh sửa (trang 51 đến trang 55) Ngày 16 tháng 03 năm 2023 Giáo viên hướng dẫn Tác giả luận văn CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG LỜI CẢM ƠN Với lòng biết ơn sâu sắc, em xin gửi lời cảm ơn tới thầy cô Viện Công nghệ Sinh học Công nghệ Thực phẩm anh chị Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga tận tình dạy em suốt thời gian vừa qua Đặc biệt, em xin bày tỏ lịng biết ơn tới PGS.TS Trương Quốc Phong, Phó Viện trưởng, giảng viên mơn Vi Sinh - Hóa Sinh - Sinh học Phân tử, Viện Công nghệ Sinh học Công nghệ Thực phẩm, Đại học Bách Khoa Hà Nội TS Võ Viết Cường Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga bảo, hướng dẫn tận tình tạo điều kiện cho em tham gia nghiên cứu, hoàn thành luận văn Em xin gửi lời cảm ơn tới toàn thể bạn/ anh/ chị/ em, thầy làm việc Phịng Thí nghiệm Proteomics phịng ban khác thuộc Trung tâm Nghiên cứu Phát triển Công nghệ Sinh học, Đại học Bách Khoa Hà Nội Cảm ơn người giúp đỡ tạo điều kiện tốt cho em trình thực luận văn Cuối cùng, em xin gửi lời cảm ơn chân thành đến bố mẹ anh chị em, bạn bè, người gia đình ln sát cánh, động viên, chỗ dựa tinh thần cho em trình học tập nghiên cứu Trong trình thực luận văn, thời gian kiến thức hạn chế nên có thiếu sót khơng thể tránh khỏi Em mong nhận đóng góp ý kiến, bảo tận tình q thầy để luận văn hồn thiện Em xin chân thành cảm ơn! TÁC GIẢ LUẬN VĂN Nguyễn Thu Trang TÓM TẮT LUẬN VĂN Đề tài: Nghiên cứu phát triển kit LAMP phát Neisseria meningitidis Tác giả luận văn: Nguyễn Thu Trang Khóa: 2021A Cán hướng dẫn chính: PGS TS Trương Quốc Phong – Viện Công nghệ Sinh học & Công nghệ Thực phẩm – Đại học Bách khoa Hà Nội Cán hướng dẫn phụ: TS Võ Viết Cường – Trung tâm Nhiệt đới Việt – Nga Nội dung tóm tắt:  Lý chọn đề tài Bệnh viêm màng não mô cầu (NMC) bệnh truyền nhiễm cấp tính, gây dịch lây truyền qua đường hô hấp nhiễm loại song cầu Neisseria meningitidis Vi khuẩn cư trú vùng hầu họng người lây theo giọt nước nhỏ tiết qua đường hô hấp Bệnh nhiễm NMC lâm sàng: viêm màng não mủ, nhiễm khuẩn huyết, sốc nhiễm khuẩn, viêm khớp, viêm màng ngồi tim viêm màng não mủ nhiễm khuẩn huyết thường gặp Người sống điều kiện đông đúc, chật hẹp nhà trẻ, trường học, khu tập thể, doanh trại quân đội thường có nguy gây lây nhiễm cao Vi khuẩn xâm nhập vào thể người qua đường mũi họng, từ lan tỏa vào máu gây nhiễm trùng máu qua đường máu đến màng não gây viêm màng não mủ gây viêm màng não mủ kèm theo nhiễm trùng huyết Bệnh thường để lại di chứng nặng nề chậm phát triển tinh thần, điếc, liệt với tỷ lệ từ 10 đến 20%, tỷ lệ tử vong từ đến 15% Bệnh tiến triển nhanh tử vong vòng 24 sau phát bệnh Bệnh khó phát giai đoạn sớm triệu chứng giống với bệnh viêm màng não nhiễm siêu vi thông thường Hiện giới thành cơng việc chẩn đốn vi khuẩn N meningitidis phương pháp LAMP (Loop-mediated isothermal amplification) So với phương pháp PCR, Real-time PCR, LAMP có nhiều ưu điểm như: độ xác cao, đơn giản, giá thành thấp, khơng địi hỏi trang thiết bị đại đặc biệt thời gian thực ngắn kết đọc mắt thường Nhưng việc chẩn đốn sớm bệnh viêm não mơ cầu vi khuẩn N meningitidis gây nên kỹ thuật LAMP chưa có nhóm nghiên cứu Việt Nam thực Vì đề tài có ý nghĩa khoa học thực tiễn Do đó, nhóm nghiên cứu thực đề tài: "Nghiên cứu phát triển kit LAMP phát Neisseria meningitidis"  Mục đích đề tài • Lựa chọn thành cơng gen đặc hiệu N meningitidis • Thiết kế mồi dùng phản ứng LAMP xác định thành phần kit LAMP phát N meningitidis • Tối ưu thành công điều kiện phản ứng LAMP • Thành cơng đánh giá đặc tính kit LAMP dựa panel mẫu chuẩn  Nội dung nghiên cứu đề tài • Xác định trình tự gen đích N meningitidis • Khảo sát, thiết kế cặp mồi dùng phản ứng LAMP nghiên cứu thành phần kit LAMP phát N meningitidis • Tối ưu điều kiện phản ứng LAMP • Đánh giá đặc tính kit LAMP dựa mẫu chuẩn  Phương pháp nghiên cứu • Phương pháp PCR khuếch đại gen đích • Kỹ thuật LAMP • Kỹ thuật màu đánh giá kết LAMP  Kết luận • Thành cơng xác định trình tự gen đích phát N meningitidis: Gen ctrA • Thiết kế thành cơng mồi dùng phản ứng LAMP • Tối ưu thành công điều kiện nồng độ thành phần kit LAMP phát N meningitidis • Đánh giá đặc tính kit LAMP với độ bao phủ týp huyết A, B, C; độ nhạy đạt 100% độ đặc hiệu đạt 100% MỤC LỤC CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan bệnh viêm màng não mô cầu 1.2 Dịch tễ học bệnh viêm màng não mơ cầu ngồi nước 1.2.1 Ngoài nước 1.2.2 Trong nước 1.3 Đặc điểm sinh học N meningitidis 1.3.1 Cấu trúc thành tế bào N meningitidis 1.3.2 Đặc điểm gen đích phát N meningitidis 1.3.3 Đặc điểm gen đích xác định nhóm huyết N meningitidis 10 1.4 Các kỹ thuật chẩn đoán N meningitdis 12 1.4.1 Kỹ thuật nuôi cấy, phân lập 12 1.4.2 Kỹ thuật ngưng kết 12 1.4.3 Kỹ thuật sinh học phân tử phát N meningitidis 12 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 15 2.1 Vật liệu nghiên cứu 15 2.1.1 Mẫu thí nghiệm 15 2.1.2 Trình tự gen ctrA nhóm huyết khác N meningitidis 15 2.1.3 Các mồi sử dụng 15 2.1.4 Hóa chất 16 2.1.5 Thiết bị 16 2.2 Phương pháp nghiên cứu 17 2.2.1 Phương pháp sinh học phân tử 17 2.2.2 Các phương pháp đánh giá kết LAMP 22 2.3 Sơ đồ quy trình thực 26 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 27 3.1 Lựa chọn trình tự gen đích phát chủng N meningitidis 27 3.2 Thiết kế, lựa chọn mồi LAMP phát chủng N meningitidis 28 3.2.1 Thiết lập điều kiện ban đầu cho phản ứng LAMP 32 3.3 Tối ưu hóa phản ứng LAMP 34 3.3.1 Tối ưu hóa nồng độ FIP/ BIP 34 3.3.2 Tối ưu hóa nồng độ mồi F-Loop/ B-Loop 35 3.3.3 Tối ưu hóa nồng độ dNTPs 36 3.3.4 Tối ưu nồng độ MgSO4 37 3.3.5 Tối ưu hóa hàm lượng enzyme Bst DNA polymerase 38 3.3.6 Tối ưu hóa nồng độ betaine 38 3.3.7 Tối ưu hóa nhiệt độ 39 3.3.8 Tối ưu hóa ngưỡng phát 40 3.3.9 Tối ưu hóa thời gian phản ứng 40 3.4 Phương pháp màu kỹ thuật LAMP 41 3.4.1 Khảo sát thay đổi màu theo pH chất thị 41 3.4.2 Kết màu phản ứng LAMP theo chất thị 42 3.5 Đánh giá đặc tính kit 43 3.5.1 Đánh giá độ bao phủ mồi LAMP 43 3.5.2 Khảo sát biến tính nhiệt với DNA khn 44 3.5.3 Độ nhạy 44 3.5.4 Độ đặc hiệu 46 3.5.5 Phản ứng chéo 48 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 50 TÀI LIỆU THAM KHẢO 53 DANH MỤC HÌNH VẼ Hình 1.1: Em bé sống sót sau mắc bệnh viêm màng não mơ cầu[1] Hình 1.2: Sự lưu hành nhóm huyết gây bệnh giới [2] Hình 1.3: Tỷ lệ nhiễm NMC khu vực khác giới [2] Hình 1.4: Ảnh hiển vi điện tử Neisseria meningitidis (màu xanh), sợi pili (màu vàng)[11] Hình 1.5: Neisseria meningitidis dịch não tủy[12] Hình 1.6: Neisseria meningitidis sống mơi trường thạch máu[9] Hình 1.7: Màng tế bào cắt ngang [15] cấu trúc màng N meningitidis Hình 1.8: Cấu trúc LOS N meningitidis [19] Hình 1.9: Sơ đồ tổ chức vùng vỏ polysaccharide chủng N meningitidis, biểu diễn nhóm huyết A, E, B/C, W/Y [27] Hình 1.10: Bản đồ gen capsule (CPS) Nmen[34] 11 Hình 1.11: Hình ảnh ni cấy N meningitidis mơi trường thạch chocolate có kháng sinh[9] 12 Hình 2.1: Sơ đồ nguyên tắc hoạt động phương pháp PCR ……………….17 Hình 2.2: Vị trí sáu vùng đặc trưng gen bốn loại mồi LAMP 19 Hình 2.3: Tiến trình phản ứng LAMP bước đến 11 21 Hình 2.4: Điện di gel Agarose sản phẩm LAMP 22 Hình 2.5: Nguyên tắc phương pháp phát phản ứng LAMP dương tính dựa vào tượng xuất kết tủa trắng magnesium pyrophosphate (Mg2P2O7) 23 Hình 2.6: Nguyên tắc phát phản ứng LAMP dương tính thuốc thử HNB 24 Hình 2.7: Phát phản ứng LAMP thị màu dựa vào độ giảm pH phản ứng 24 Hình 2.8: Nguyên tắc phát phản ứng LAMP Calcein 25 Hình 2.9: Nguyên tắc phát phản ứng LAMP SYBR 26 Hình 2.10: Sơ đồ quy trình thực 26 Hình 3.1: Trình tự gen ctrA so sánh cơng cụ Multalin từ nhóm huyết khác N meningitidis ……………………………………27 Hình 3.2: Kết điện di phản ứng LAMP mồi theo thứ tự A, B, C, D 30 Hình 3.3: Kết PCR khuếch đại gen ctrA nhóm huyết A, B, C 31 Hình 3.4: Vị trí bắt cặp cặp mồi LAMP với khn đích 32 Hình 3.5: Ảnh điện di phổ sản phẩm phản ứng LAMP 33 Hình 3.19: Kết điện di kiểm tra đổi màu chất thị thực phản ứng LAMP Lane 1: Mẫu âm (Tương ứng mẫu âm ống Hình 3.18) Lane 2: Mẫu dương (Tương ứng mẫu dương ống Hình 3.18) 3.5 Đánh giá đặc tính kit 3.5.1 Đánh giá độ bao phủ mồi LAMP Sau thành phần kit tối ưu, nhóm nghiên cứu thực phản ứng với mẫu lâm sàng nhóm huyết gây bệnh chính: nhóm A, B, C Kết thể mồi thiết kế bao phủ với nhóm huyết gây bệnh hình ảnh điện di cho thấy phổ sản phẩm (Hình 3.20) Mặt khác, giống với nhóm huyết thành A, B, C, phần mềm blast, nhóm huyết gây bệnh lại Y, W-135 dự đốn bao phủ cặp mồi nêu mẫu lâm sàng nhóm huyết Y, W-135 chưa tìm thấy Việt Nam Hình 3.20: Kết đánh giá độ bao phủ kit LAMP Lane 1: Mẫu âm Lane 2: Mẫu nhóm huyết A Lane 3: Mẫu nhóm huyết B Lane 4: Mẫu nhóm huyết B Lane 5: Mẫu nhóm huyết C Lane 6: Mẫu nhóm huyết C 43 3.5.2 Khảo sát biến tính nhiệt với DNA khn Việc biến tính DNA khuôn 95°C phút cắm nhanh đá lạnh khiến cho DNA khuôn ban đầu duỗi xoắn Đây thời điểm thuận lợi cho mồi bắt cặp bắt đầu phản ứng khuếch đại sản phẩm Thật vậy, kết sau 60 phút phản ứng, sản phẩm điện di thể từ phút 40 phản ứng với khn có biến tính (Hình 3.21), màu chất thị đổi từ hồng sang cam vàng, ngược lại, với khn khơng biến tính phản ứng khơng xảy (Hình 3.22) Hình 3.21: Kết điện di kiểm tra biến tính nhiệt với DNA khn Lane 1: Mẫu dương tính (Tương ứng mẫu dương khơng biến tính ống Hình 3.22) Lane 2: Mẫu dương tính (Tương ứng mẫu dương có biến tính ống Hình 3.22) Hình 3.22: Khảo sát biến tính nhiệt với DNA khn Ống 1: Mẫu dương tính với DNA khn khơng biến tính (màu hồng) Ống 2: Mẫu dương tính với DNA khn có biến tính (màu cam vàng) 3.5.3 Độ nhạy Để đánh giá độ nhạy kit LAMP, nhóm nghiên cứu thực phản ứng 30 mẫu dương tính lâm sàng (là bệnh nhân mắc bệnh viêm màng não mô cầu, DNA khuôn tách chiết tinh sạch) Độ nhạy kit tính cơng thức: Kết điện di gel agarose 2% cho thấy tất 30 mẫu dương tính thực sau thực phản ứng LAMP cho dải sản phẩm với kích thước khác (Hình 3.37) Mặt khác, tất đổi màu từ hồng sang vàng ngưỡng phát 104 (Hình 3.24) Điều chứng tỏ độ nhạy kit 100% Do đó, nhóm nghiên cứu kết luận: Độ nhạy kit LAMP 100% 44 - 11 12 13 14 21 22 23 24 15 25 16 26 17 27 10 18 19 20 28 29 30 Hình 23: Kết điện di đánh giá độ nhạy phản ứng LAMP Lane từ đến 30 tương ứng với ống từ đến 30 Hình 3.24 45 - 11 21 12 13 22 23 14 15 24 16 25 17 26 18 27 28 10 19 20 29 30 Hình 24: Kết đánh giá độ nhạy phản ứng LAMP thị màu 3.5.4 Độ đặc hiệu Để đánh giá độ đặc hiệu kit LAMP, nhóm nghiên cứu thực phản ứng 30 mẫu âm tính lâm sàng (là bệnh nhân không mắc bệnh viêm màng não mô cầu mà có triệu chứng lâm sàng giống với bệnh viêm màng não mô cầu, DNA khuôn tách chiết tinh sạch) Độ đặc hiệu kit tính cơng thức: Kết hình ảnh điện di cho thấy tất 30 mẫu âm tính xuất băng dimer nhất, khơng có dải sản phẩm (Hình 3.25) Bên cạnh đó, màu chất thị khơng đổi màu (màu hồng), điều chứng tỏ độ đặc hiệu kit 100% (Hình 3.26) Do đó, nhóm nghiên cứu kết luận: Độ đặc hiệu kit LAMP 100% 46 11 12 13 21 22 23 14 24 15 25 16 26 17 27 18 19 28 29 10 20 30 Hình 25: Kết điện di đánh giá độ đặc hiệu phản ứng LAMP Lane từ đến 30 tương ứng với ống từ đến 30 Hình 3.26 47 11 12 13 21 22 23 14 24 15 25 16 26 10 17 18 19 20 27 28 29 30 Hình 26: Kết đánh giá độ đặc hiệu phản ứng LAMP thị màu 3.5.5 Phản ứng chéo Nhóm nghiên cứu thực phản ứng chéo với chủng: Candida albicans ATCC 10028 Escherichia coli ATCC 25922 Kết kit LAMP khơng có phản ứng chéo với chủng này, điều thể hình ảnh điện di gel agarose 2% khơng xuất dải sản phẩm mà có băng dimer (Hình 3.27) Ngồi ra, màu hỗn hợp phản ứng khơng thay đổi (màu hồng) (Hình 3.28) 48 Hình 27: Kết điện di đánh giá phản ứng chéo kit LAMP Lane 1: Sản phẩm LAMP chủng Candida albicans ATCC 10028 (tương ứng ống Hình 3.32) Lane 2: Sản phẩm LAMP chủng Escherichia coli ATCC 25922 (tương ứng ống Hình 3.32) Hình 28: Đánh giá phản ứng chéo kit LAMP thị màu Ống 1: Phản ứng LAMP với DNA khuôn chủng Candida albicans ATCC 10028 Ống 2: Phản ứng LAMP với DNA khuôn chủng Escherichia coli ATCC 25922 49 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ Kết luận Trình tự mồi dùng cho phản ứng LAMP phát chủng Neisseria meningitidis mồi thứ tư nhóm nghiên cứu tự thiết kế, có trình tự sau: Mồi FIP BIP Trình tự theo chiều 5’-3’ Thơng số AACACACCACGCGCATCAGCTTATCG - Tm = 68,8°C - %GC = 50% CTTTCTGAAGCCAT - Độ dài mồi = 40bp TGTTCCGCTATACGCCATTGGTTTTT - Tm = 66,7°C - %GC = 38,9% TTTTCACTGAAATAACCTTGAGCAAT - Độ dài mồi = 54bp CC FL GATCTTGCAAACCGCCCATA - Tm = 55,7°C - %GC = 50% - Độ dài mồi = 20bp BL CGGCAGAACGTCAGGATAA - Tm = 54,6°C - %GC = 52,6% - Độ dài mồi = 19bp F3 GGTGGGGAGAACACAAGAAAT - Tm = 55,1°C - %GC = 47,6% - Độ dài mồi = 21bp B3 AATGCGCATCAGCCATATTCA - Tm = 61,4°C - %GC = 42,9% - Độ dài mồi = 21bp Sau trình khảo sát nghiên cứu, kit LAMP phát chủng Neisseria meningitidis bao gồm thành phần với nồng độ sau: • Nng mi FIP/BIP: 1,5àM mi mi ã Nng mi F-Loop/B-Loop: 0,8àM mi mi ã Nng mi F3/B3: 0,2àM mi mi ã Nng MgSO4: 4mM ã Nng độ dNTPs: 1,0mM • Nồng độ betaine: 1,2M • Hoạt độ enzyme Bst DNA polymerase: 4U • Chất thị Kit LAMP thực thời gian 40 phút 65ºC với thị màu chuyển từ màu hồng sang màu cam vàng thời gian 60 phút với thị màu chuyển từ màu hồng sang màu vàng 50 Kit LAMP có độ bao phủ với nhóm huyết A, B, C dự đốn nhóm huyết Y, W-135 Ngưỡng phát kit 104 (tương ứng với 23,3 pg genome) với độ nhạy 100%, độ đặc hiệu 100% Kit khơng có phản ứng chéo với chủng: Candida albicans ATCC 10028 Escherichia coli ATCC 25922 Kiến nghị • Đánh giá kit LAMP quy mơ lớn – số mẫu lâm sàng nhiều • Thử nghiệm phản ứng chéo kit LAMP với nhiều chủng khác • Nghiên cứu hạn sử dụng kit LAMP 51 52 TÀI LIỆU THAM KHẢO Aswat R, et.al "Clinical Profile of Adult Meningococcal Disease Patients Admitted" November 2004 to June 2006 Rouphael NG, Stephens DS "Neisseria meningitidis: biology, microbiology, and epidemiology" Methods Mol Biol 2012;799:1-20 Mustapha MM, Harrison LH "Vaccine prevention of meningococcal disease in Africa: Major advances, remaining challenges" Human vaccines & immunotherapeutics 2018;14(5):1107-15 Tzeng YL, Datta AK, Strole CA, Lobritz MA, Carlson RW, Stephens DS "Translocation and surface expression of lipidated serogroup B capsular Polysaccharide in Neisseria meningitidis" Infection and immunity 2005;73(3):1491-505 Gabutti G, Stefanati A, Kuhdari P "Epidemiology of Neisseria meningitidis infections: case distribution by age and relevance of carriage" Journal of preventive medicine and hygiene 2015;56(3):E116-20 CNESPS AcdGdLd "Dati e evidenze disponibili per l’utilizzo dei vaccini anti-pneumococcici nei soggettia rischio di qualsiasi età e per l’eventuale ampliamento dell’offerta soggettianziani" Dicembre 2013 Thu VTX "Nghiên cứu đặc điểm sinh học tính kháng kháng sinh neisseria meningitidis ổ dịch lưu hành quân đội" Virji M "Pathogenic neisseriae: surface modulation, pathogenesis and infection control" Nature reviews Microbiology 2009;7(4):274-86 Mola SJ NL, Weisse ME "Treatment and Prevention of N meningitidis Infection" Infections in Medicine 2008:128-33 10 Ryan KJ RC, eds New York: McGraw-Hill "Sherris Medical Microbiology" 2004:329-33 11 Bazan JA PA, Kirkcaldy RD, Briere EC, Maierhofer C, Turner AN, et al "Notes from the Field: Increase in Neisseria meningitidis-Associated Urethritis Among Men at Two Sentinel Clinics - Columbus, Ohio, and Oakland County, Michigan, 2015" Morbidity and Mortality Weekly Report June 2016 12 Ryan KJ RC, eds "Sherris Medical Microbiology" 2004:329–33 53 13 Rahman MM, Kolli VSK, Kahler CM, Shih G, Stephens DS, Carlson RW "The membrane phospholipids of Neisseria meningitidis and Neisseria gonorrhoeae as characterized by fast atom bombardment mass spectrometry" Microbiology (Reading, England) 2000;146 ( Pt 8):1901-11 14 Antignac A, Rousselle JC, Namane A, Labigne A, Taha MK, Boneca IG "Detailed structural analysis of the peptidoglycan of the human pathogen Neisseria meningitidis" The Journal of biological chemistry 2003;278(34):31521-8 15 Corless CE, Guiver M, Borrow R, Edwards-Jones V, Fox AJ, Kaczmarski EB "Simultaneous detection of Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, and Streptococcus pneumoniae in suspected cases of meningitis and septicemia using real-time PCR" Journal of clinical microbiology 2001;39(4):1553-8 16 Bentley SD, Vernikos GS, Snyder LA, Churcher C, Arrowsmith C, Chillingworth T, et al "Meningococcal genetic variation mechanisms viewed through comparative analysis of serogroup C strain FAM18" PLoS genetics 2007;3(2):e23 17 Zughaier SM, Tzeng YL, Zimmer SM, Datta A, Carlson RW, Stephens DS "Neisseria meningitidis lipooligosaccharide structure-dependent activation of the macrophage CD14/Toll-like receptor pathway" Infection and immunity 2004;72(1):371-80 18 Zughaier S, Steeghs L, van der Ley P, Stephens DS "TLR4-dependent adjuvant activity of Neisseria meningitidis lipid A" Vaccine 2007;25(22):44019 19 Raetz CR, Whitfield C "Lipopolysaccharide endotoxins" Annual review of biochemistry 2002;71:635-700 20 McKenna JP, Fairley DJ, Shields MD, Cosby SL, Wyatt DE, McCaughey C, et al "Development and clinical validation of a loop-mediated isothermal amplification method for the rapid detection of Neisseria meningitidis" Diagnostic microbiology and infectious disease 2011;69(2):137-44 21 Bustin SA The PCR Revolution "Basic technologies and Applications" Cambridge University Press 2004 54 22 Edwards U, Müller A, Hammerschmidt S, Gerardy-Schahn R, Frosch M "Molecular analysis of the biosynthesis pathway of the alpha-2,8 polysialic acid capsule by Neisseria meningitidis serogroup B Molecular microbiology" 1994;14(1):141-9 23 Messmer TO, Sampson JS, Stinson A, Wong B, Carlone GM, Facklam RR "Comparison of four polymerase chain reaction assays for specificity in the identification of Streptococcus pneumoniae" Diagnostic microbiology and infectious disease 2004;49(4):249-54 24 Borel T, Rose AM, Guillerm M, Sidikou F, Gerstl S, Djibo A, et al "High sensitivity and specificity of the Pastorex latex agglutination test for Neisseria meningitidis serogroup A during a clinical trial in Niger" Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene 2006;100(10):964-9 25 Borrow R, Claus H, Chaudhry U, Guiver M, Kaczmarski EB, Frosch M, et al "siaD PCR ELISA for confirmation and identification of serogroup Y and W135 meningococcal infections" FEMS microbiology letters 1998;159(2):20914 26 Claus H, Maiden MCJ, Maag R, Frosch M, Vogel U "Many carried meningococci lack the genes required for capsule synthesis and transport" Microbiology (Reading, England) 2002;148(Pt 6):1813-9 27 Bartley SN, Mowlaboccus S, Mullally CA, Stubbs KA, Vrielink A, Maiden MCJ, et al "Acquisition of the capsule locus by horizontal gene transfer in Neisseria meningitidis is often accompanied by the loss of UDP-GalNAc synthesis" Scientific Reports 2017;7(1):44442 28 Csako G "Present and future of rapid and/or high-throughput methods for nucleic acid testing" Clin Chim Acta 2006;363(1-2):6-31 29 Parkhill J, Achtman M, James KD, Bentley SD, Churcher C, Klee SR, et al "Complete DNA sequence of a serogroup A strain of Neisseria meningitidis Z2491" Nature 2000;404(6777):502-6 30 Taha MK "Simultaneous approach for nonculture PCR-based identification and serogroup prediction of Neisseria meningitidis" Journal of clinical microbiology 2000;38(2):855-7 55 31 Frosch M, Müller A "Phospholipid substitution of capsular polysaccharides and mechanisms of capsule formation in Neisseria meningitidis" Molecular microbiology 1993;8(3):483-93 32 Mothershed Elizabeth A, Sacchi Claudio T, Whitney Anne M, Barnett Gwen A, Ajello Gloria W, Schmink S, et al "Use of Real-Time PCR To Resolve Slide Agglutination Discrepancies in Serogroup Identification of Neisseria meningitidis" Journal of clinical microbiology 2004;42(1):320-8 33 Sadler F, Fox A, Neal K, Dawson M, Cartwright K, Borrow R "Genetic analysis of capsular status of meningococcal carrier isolates" Epidemiology and infection 2003;130(1):59-70 34 Dolan-Livengood JM, Miller YK, Martin LE, Urwin R, Stephens DS "Genetic basis for nongroupable Neisseria meningitidis" The Journal of infectious diseases 2003;187(10):1616-28 35 Liu TY, Gotschlich EC, Jonssen EK, Wysocki JR "Studies on the meningococcal polysaccharides I Composition and chemical properties of the group A polysaccharide" The Journal of biological chemistry 1971;246(9):2849-58 36 Boisier P, Nicolas P, Djibo S, Taha M-K, Jeanne I, Maínassara HB, et al "Meningococcal Meningitis: Unprecedented Incidence of Serogroup X—Related Cases in 2006 in Niger" Clinical Infectious Diseases 2007;44(5):657-63 37 Ganguli S, Zapata G, Wallis T, Reid C, Boulnois G, Vann WF, et al "Molecular cloning and analysis of genes for sialic acid synthesis in Neisseria meningitidis group B and purification of the meningococcal CMP-NeuNAc synthetase enzyme" Journal of bacteriology 1994;176(15):4583-9 38 Claus H, Vogel U, Mühlenhoff M, Gerardy-Schahn R, Frosch M "Molecular divergence of the sia locus in different serogroups of Neisseria meningitidis expressing polysialic acid capsules" Molecular & general genetics : MGG 1997;257(1):28-34 39 Castiñeiras TM, Barroso DE, Marsh JW, Tulenko MM, Krauland MG, Rebelo MC, et al "Capsular switching in invasive Neisseria meningitidis", Brazil(1) Emerging infectious diseases 2012;18(8):1336-8 56 40 Zhu H, Wang Q, Wen L, Xu J, Shao Z, Chen M, et al "Development of a Multiplex PCR Assay for Detection and Genogrouping of Neisseria meningitidis" Journal of clinical microbiology 2012;50(1):46-51 41 Lee D, Kim EJ, Kilgore PE, Takahashi H, Ohnishi M, Tomono J, et al "A Novel Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay for Serogroup Identification of Neisseria meningitidis in Cerebrospinal Fluid" Front Microbiol 2016;6:1548- 42 Tanner NA, Zhang Y, Evans TC, Jr "Visual detection of isothermal nucleic acid amplification using pH-sensitive dyes" BioTechniques 2015;58(2):59-68 57