1. Trang chủ
  2. » Luận Văn - Báo Cáo

Nghiên cứu phát triển kit lamp phát hiện neisseria meningitidis

70 1 0

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

THÔNG TIN TÀI LIỆU

Thông tin cơ bản

Tiêu đề Nghiên Cứu Phát Triển Kit LAMP Phát Hiện Neisseria Meningitidis
Tác giả Nguyễn Thu Trang
Người hướng dẫn PGS.TS. Trương Quốc Phong, TS. Võ Viết Cường
Trường học Đại học Bách Khoa Hà Nội
Chuyên ngành Công nghệ Sinh học
Thể loại luận văn thạc sĩ
Năm xuất bản 2023
Thành phố Hà Nội
Định dạng
Số trang 70
Dung lượng 3,3 MB

Cấu trúc

  • CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN (14)
    • 1.1 Tổng quan về bệnh viêm màng não mô cầu (14)
    • 1.2 Dịch tễ học của bệnh viêm màng não mô cầu ngoài và trong nước (15)
      • 1.2.1 Ngoài nước (15)
      • 1.2.2 Trong nước (17)
    • 1.3 Đặc điểm sinh học của N. meningitidis (18)
      • 1.3.1. Cấu trúc thành tế bào của N. meningitidis (19)
      • 1.3.2. Đặc điểm gen đích phát hiện N. meningitidis (21)
      • 1.3.3. Đặc điểm gen đích xác định nhóm huyết thanh của N. meningitidis (23)
    • 1.4 Các kỹ thuật chẩn đoán N. meningitdis (25)
      • 1.4.1 Kỹ thuật nuôi cấy, phân lập (25)
      • 1.4.2 Kỹ thuật ngưng kết (25)
      • 1.4.3 Kỹ thuật sinh học phân tử phát hiện N. meningitidis (25)
  • CHƯƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU (28)
    • 2.1 Vật liệu nghiên cứu (28)
      • 2.1.1 Mẫu thí nghiệm (28)
      • 2.1.2 Trình tự gen ctrA của các nhóm huyết thanh khác nhau của N (28)
      • 2.1.3 Các bộ mồi sử dụng (28)
      • 2.1.4 Hóa chất (29)
      • 2.1.5 Thiết bị (29)
    • 2.2 Phương pháp nghiên cứu (30)
      • 2.2.1 Phương pháp sinh học phân tử (30)
      • 2.2.2 Các phương pháp đánh giá kết quả LAMP (35)
    • 2.3 Sơ đồ quy trình thực hiện (39)
  • CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN (40)
    • 3.1 Lựa chọn trình tự gen đích phát hiện chủng N. meningitidis (40)
    • 3.2 Thiết kế, lựa chọn bộ mồi LAMP phát hiện chủng N. meningitidis (41)
      • 3.2.1 Thiết lập điều kiện ban đầu cho phản ứng LAMP (45)
    • 3.3 Tối ưu hóa phản ứng LAMP (47)
      • 3.3.1 Tối ưu hóa nồng độ FIP/ BIP (47)
      • 3.3.2 Tối ưu hóa nồng độ mồi F-Loop/ B-Loop (48)
      • 3.3.3 Tối ưu hóa nồng độ dNTPs (49)
      • 3.3.4 Tối ưu nồng độ MgSO 4 (50)
      • 3.3.5 Tối ưu hóa hàm lượng enzyme Bst DNA polymerase (51)
      • 3.3.6 Tối ưu hóa nồng độ betaine (51)
      • 3.3.7 Tối ưu hóa nhiệt độ (52)
      • 3.3.8 Tối ưu hóa ngưỡng phát hiện (53)
      • 3.3.9 Tối ưu hóa thời gian phản ứng (53)
    • 3.4 Phương pháp hiện màu của kỹ thuật LAMP (54)
      • 3.4.1 Khảo sát sự thay đổi màu theo pH của chất chỉ thị (54)
      • 3.4.2 Kết quả sự hiện màu của phản ứng LAMP theo chất chỉ thị (55)
    • 3.5 Đánh giá các đặc tính của kit (56)
      • 3.5.1 Đánh giá độ bao phủ của mồi LAMP (56)
      • 3.5.2 Khảo sát sự biến tính nhiệt với DNA khuôn (57)
      • 3.5.3 Độ nhạy (57)
      • 3.5.4 Độ đặc hiệu (59)
      • 3.5.5 Phản ứng chéo (61)
  • TÀI LIỆU THAM KHẢO (4)

Nội dung

TỔNG QUAN

Tổng quan về bệnh viêm màng não mô cầu

Bệnh viêm màng não mô cầu (NMC) là một bệnh truyền nhiễm cấp tính, gây dịch được lây truyền qua đường hô hấp do nhiễm loại song cầu Neisseria meningitidis Vi khuẩn cư trú tại vùng hầu họng của người và lây theo các giọt nước nhỏ bài tiết qua đường hô hấp Bệnh nhiễm NMC có các thể lâm sàng: viêm màng não mủ, nhiễm khuẩn huyết, sốc nhiễm khuẩn, viêm khớp, viêm màng ngoài tim trong đó viêm màng não mủ và nhiễm khuẩn huyết là thường gặp hơn Người sống trong điều kiện đông đúc, chật hẹp như nhà trẻ, trường học, khu tập thể, doanh trại quân đội thường có nguy cơ gây lây nhiễm cao Vi khuẩn xâm nhập vào cơ thể người qua đường mũi họng, từ đó lan tỏa vào máu gây nhiễm trùng máu hoặc qua đường máu đến màng não gây viêm màng não mủ hoặc gây viêm màng não mủ kèm theo nhiễm trùng huyết Bệnh thường để lại di chứng nặng nề như chậm phát triển tinh thần, điếc, liệt với tỷ lệ từ 10- 20%, tỷ lệ tử vong từ 8 đến 15% Bệnh tiến triển nhanh và có thể tử vong trong vòng 24 giờ sau khi phát bệnh Bệnh rất khó phát hiện trong giai đoạn sớm vì triệu chứng giống với các bệnh viêm màng não do nhiễm siêu vi thông thường.

Hình 1 1: Em bé sống sót sau khi mắc bệnh viêm màng não mô cầu[1].

Dựa vào kháng nguyên polysaccharide N meningitidis được chia thành 13 nhóm huyết thanh (A, B, C, D, 29-E, H, I, K, L, W-135, X, Y và Z), trong đó 9 nhóm thường gặp (A, B, C, D, X, Y, Z, W-135 và 29-E) và 4 nhóm ít gặp (H, I,

K, L); 5 nhóm chủ yếu gây viêm màng não và nhiễm trùng huyết, chiếm 95% (A,

B, C, Y và W-135) Dịch NMC ở các khu vực trên thế giới do các nhóm huyết thanh khác nhau gây nên [2] (Hình 1.2).

Hình 1.2: Sự lưu hành các nhóm huyết thanh gây bệnh trên thế giới [2].

Dịch tễ học của bệnh viêm màng não mô cầu ngoài và trong nước

Theo ước tính trên toàn thế giới có khoảng 1,2 triệu ca nhiễm NMC xảy ra mỗi năm, hơn 100.000 trường hợp tử vong Vùng địa lý bao gồm các nước cận Sahara - Châu Phi được xem là vành đai viêm màng não do NMC, thường xuyên bị ảnh hưởng theo chu kỳ với tỷ lệ mắc bệnh lên tới 1000 ca bệnh/ 100.000 dân trong các vụ dịch và 10 - 25 ca bệnh/ 100.000 trong thời gian giữa các vụ dịch.

Từ năm 2010, khu vực này đã sử dụng vắc xin cộng hợp MenAfriVac dự phòng NMC nhóm nên A tỷ lệ mắc bệnh tại khu vực này đã giảm đáng kể Tại Burkina Faso, tỷ lệ mắc bệnh giảm xuống 5 trường hợp/100.000 dân năm 2013 Chương trình tiêm phòng vắc xin đang được mở rộng ở khu vực này, một số quốc gia tỷ lệ mắc bệnh giảm xuống 2-3 ca bệnh/ 100.000 dân Gần đây, có sự thay đổi về cơ cấu nhóm huyết thanh gây bệnh ở các nước trong khu vực Tỷ lệ nhiễm NMC nhóm huyết thanh W, X và Y có xu hướng gia tăng [3, 4].

Tỷ lệ mắc bệnh nhiễm NMC khu vực châu Mỹ Latin trong 5 năm gần đây khoảng 0,1-1,8 trường hợp/ 100.000 dân Nhóm huyết thanh gây bệnh chủ yếu là

B, C, nhóm W mới nổi với độc lực cao lưu hành ở Argentina, Brazil và Chi Lê, nhóm huyết thanh A không thấy xuất hiện trong nhiều năm nay Ở khu vực Bắc

Mỹ, bệnh xảy ra rải rác hoặc thành dịch, tỷ lệ mắc bệnh 0,12 - 0,22 trường hợp/ 100.000 dân Trong thời gian 10 năm (1997-2007), tỷ lệ mắc bệnh giảm 64,1% từ 0,92 trường hợp xuống 0,33 trường hợp/ 100.000 dân, tỷ lệ này giảm xuống 0,12/100.000 năm 2015, tỷ lệ tử vong 16,2% Nhóm huyết thanh gây bệnh chủ yếu là B, C, W và Y Tại Châu Âu, nhóm huyết thanh A gây bệnh ở nhiều nước trong suốt hai cuộc chiến tranh thế giới Vào những năm 80 của thế kỷ trước, có sự chuyển đổi sang nhóm huyết thanh B và C Sau khi vắc xin phòng NMC nhóm

C được sử dụng ở châu Âu vào những năm 90, số trường hợp nhiễm NMC do nhóm C đã giảm đáng kể Đến năm 2011, nhóm huyết thanh B gây ra 73,6% trường hợp nhiễm NMC, nhóm C chiếm 14,4% Gần đây, tỷ lệ nhiễm NMC nhóm Y và W có xu hướng gia tăng ở một số nước Năm 2013, ở Thụy Điển nhóm Y chiếm gần 50%, tỷ lệ mắc mới tăng từ 0,66 lên 0,95 trường hợp/ 100.000 dân trong thời gian 2010 - 2012 Tỷ lệ nhiễm NMC nhóm W có xu hướng gia tăng ở Anh từ năm 2009, đến năm 2014 nhóm W chiếm 15% trường hợp nhiễm NMC, tỷ lệ tử vong nhiễm MNC ở châu Âu khoảng 8,7% [5].

Tại châu Á, dữ liệu dịch tễ học nhiễm NMC ở khu vực ít được công bố do hệ thống giám sát còn hạn chế, chưa được quan tâm đầy đủ Tỷ lệ nhiễm NMC

Ngày đăng: 04/06/2023, 12:55

Nguồn tham khảo

Tài liệu tham khảo Loại Chi tiết
1. Aswat R, et.al. "Clinical Profile of Adult Meningococcal Disease Patients Admitted". November 2004 to June 2006 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Clinical Profile of Adult Meningococcal Disease Patients Admitted
2. Rouphael NG, Stephens DS. "Neisseria meningitidis: biology, microbiology, and epidemiology". Methods Mol Biol. 2012;799:1-20 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Neisseria meningitidis: biology, microbiology, and epidemiology
3. Mustapha MM, Harrison LH. "Vaccine prevention of meningococcal disease in Africa: Major advances, remaining challenges". Human vaccines &immunotherapeutics. 2018;14(5):1107-15 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Vaccine prevention of meningococcal diseasein Africa: Major advances, remaining challenges
4. Tzeng YL, Datta AK, Strole CA, Lobritz MA, Carlson RW, Stephens DS."Translocation and surface expression of lipidated serogroup B capsular Polysaccharide in Neisseria meningitidis". Infection and immunity.2005;73(3):1491-505 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Translocation and surface expression of lipidated serogroup B capsularPolysaccharide in Neisseria meningitidis
5. Gabutti G, Stefanati A, Kuhdari P. "Epidemiology of Neisseria meningitidis infections: case distribution by age and relevance of carriage". Journal of preventive medicine and hygiene. 2015;56(3):E116-20 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Epidemiology of Neisseria meningitidisinfections: case distribution by age and relevance of carriage
6. CNESPS AcdGdLd. "Dati e evidenze disponibili per l’utilizzo dei vaccini anti-pneumococcici nei soggettia rischio di qualsiasi età e per l’eventuale ampliamento dell’offerta ai soggettianziani". Dicembre 2013 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Dati e evidenze disponibili per l’utilizzo dei vaccinianti-pneumococcici nei soggettia rischio di qualsiasi età e per l’eventualeampliamento dell’offerta ai soggettianziani

TÀI LIỆU CÙNG NGƯỜI DÙNG

TÀI LIỆU LIÊN QUAN

w