Xây dựng quy trình phát hiện nấm candida spp, bằng phương pháp multiplex pcr

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH NGUYỄN HIẾU XÂY DỰNG QUY TRÌNH PHÁT HIỆN NẤM CANDIDA SPP BẰNG PHƯƠNG PHÁP MULTIPLEX PCR LUẬN VĂN THẠC SĨ DƯỢC HỌC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH NGUYỄN HIẾU XÂY DỰNG QUY TRÌNH PHÁT HIỆN NẤM CANDIDA SPP BẰNG PHƯƠNG PHÁP MULTIPLEX PCR NGÀNH: DƯỢC LÝ VÀ DƯỢC LÂM SÀNG MÃ SỐ: 8720205 LUẬN VĂN THẠC SĨ DƯỢC HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS TS NGUYỄN TÚ ANH TS TRẦN QUỐC VIỆT THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2021 LỜI CAM ĐOAN Tôi tên Nguyễn Hiếu, học viên khóa 2019 – 2021 Trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh, chuyên ngành Dược lý Dược lâm sàng, xin cam đoan: Đây luận văn thân trực tiếp thực Bộ môn Vi Ký Sinh hướng dẫn PGS TS Nguyễn Tú Anh TS Trần Quốc Việt Các số liệu, hình ảnh, kết nghiên cứu xác, trung thực khách quan Tơi xin chịu hồn tồn trách nhiệm cam kết Tp Hồ Chí Minh, ngày 03 tháng 12 năm 2021 Người viết cam đoan (Ký ghi rõ họ tên) i MỤC LỤC MỤC LỤC i DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT iv DANH MỤC HÌNH v DANH MỤC BẢNG vii DANH MỤC SƠ ĐỒ viii CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Candida spp 1.1.1 Tổng quan 1.1.2 Đặc điểm chung 1.2 Khả gây bệnh 1.2.1 Nhiễm nấm Candida không xâm lấn 1.2.2 Nhiễm nấm Candida xâm lấn 1.3 Yếu tố độc lực 1.4 Các điều kiện thuận lợi để vi nấm Candida spp gây bệnh 11 1.5 Dịch tễ học 13 1.6 Dịch tễ tình hình đề kháng thuốc kháng nấm Việt Nam 15 1.7 Xét nghiệm chẩn đoán, kháng nấm đồ điều trị nhiễm Candida spp 16 1.7.1 Xét nghiệm chẩn đoán 16 1.7.2 Kháng nấm đồ 18 1.7.3 Điều trị theo kinh nghiệm 19 1.7.4 Điều trị theo tác nhân gây bệnh 20 1.8 Các phương pháp định danh Candida spp 21 1.9 Các phương pháp chẩn đoán nhiễm Candida spp 22 ii 1.9.1 Quan sát hình thái 22 1.9.2 Phản ứng sinh hóa 24 1.9.3 Phương pháp sinh học phân tử 24 1.10 PCR multiplex PCR 24 1.11 Tin sinh học 27 1.12 Các nghiên cứu nước 28 2.1 Đối tượng nghiên cứu 30 2.2 Vật liệu nghiên cứu 30 2.2.1 Dụng cụ 30 2.2.3 Hóa chất 31 2.2.4 Môi trường nuôi cấy phân lập vi nấm 32 2.3 Phương pháp nghiên cứu 32 2.3.1 Pháp phát Candida spp theo phương pháp truyền thống 33 2.3.2 Phát Candida spp PCR multiplex PCR 34 2.3.4 Giải trình tự 39 2.3.3 Biện giải kết 39 2.4 Y đức 39 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 41 3.1 Thu nhận mẫu 41 3.2 Phân lập mẫu nấm môi trường CHROMagar Candida 44 3.3 Kết thử nghiệm tạo ống mầm 47 3.4 Thực PCR chủng Candida chuẩn 48 3.5 Multiplex PCR 51 3.6 Phân tích trình tự đoạn gen khuếch đại 58 iii 3.7 So sánh kết phát Candida spp phương pháp 59 CHƯƠNG BÀN LUẬN 62 4.1 Mẫu bệnh phẩm nhiễm Candida spp 62 4.2 Phân lập Candida spp môi trường CHROMagar Candida 62 4.3 Thử nghiệm tạo ống mầm 63 4.4 PCR chủng Candida spp chuẩn 64 4.5 Multiplex PCR phát 04 loài Candida spp 64 4.6 Phân tích trình tự gen khuếch đại 65 4.7 So sánh phát Candida spp phương pháp 65 4.8 Bàn luận chung 70 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 73 5.1 Kết luận 73 5.2 Kiến nghị 75 TÀI LIỆU THAM KHẢO 76 iv DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Từ viết tắt Từ nguyên Tiếng Việt Centers for Disease Control Trung tâm kiểm soát phòng and Prevention ngừa dịch bệnh Mỹ DNA Deoxyribonucleic Acid Acid deoxyribonucleic ICU Intensive Care Unit Đơn vị Chăm sóc tích cực Infectious diseases society of Hiệp hội bệnh truyền nhiễm America Mỹ CDC IDSA IGS Intergenic spacer ITS Internal transcribed spacer NAC Non-albicans Candida Các lồi Candida khơng phải Candida albicans National Center for Trung tâm Thông tin Công Biotechnology Information nghệ sinh học Quốc gia Mỹ PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi Polymerase RNA Ribonucleic Acid Acid ribonucleic VVC Vulvovaginal Candidiasis Bệnh nấm Candida âm đạo NCBI v DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Phân loại Candida spp Hình 1.2 Hình thái nấm Candida spp Hình 1.3 Hình thái khóm nấm Candida spp mơi trường SDA Hình 1.4 Trình tự đoạn ITS, IGS tế bào nhân thật 21 Hình 1.5 Ống mầm quan sát kính hiển vi X100 22 Hình 1.6 Bào tử bao dày C albicans 23 Hình 1.7 Khóm nấm Candida spp CHROMagar Candida 23 Hình 1.8 Các bước chu kỳ PCR 25 Hình 1.9 Multiplex PCR 26 Hình 3.1 Khóm nấm màu xanh CHROMagar Candida 45 Hình 3.2 Khóm nấm màu trắng CHROMagar Candida 45 Hình 3.3 Khóm nấm màu tím CHROMagar Candida 46 Hình 3.4 Khóm nấm màu xanh kim loại CHROMagar Candida 46 Hình 3.5 Khóm nấm mẫu 09, 27, 38 CHROMagar Candida 46 Hình 3.6 Ống mầm quan sát kính hiển vi X100 số mẫu nấm 47 Hình 3.7 Ống mầm giả quan sát kính hiển vi X100 số mẫu 48 Hình 3.8 Sản phẩm PCR nhiệt độ gắn mồi 55 oC sau điện di 49 Hình 3.9 Sản phẩm PCR nồng độ MgSO4 2,2 mM sau điện di 49 Hình 3.10 Sản phẩm PCR nồng độ Taq 1,25 UI sau điện di 50 Hình 3.11 Sản phẩm PCR nồng độ dNTP 0,2 mM sau điện di 50 Hình 3.12 Sản phẩm PCR nồng độ mồi 0,12 pmol sau điện di 50 Hình 3.13 Sản phẩm multiplex PCR nhiệt độ gắn mồi 59 oC sau điện di 52 Hình 3.14 Sản phẩm multiplex PCR nồng độ MgSO4 2,8 mM sau điện di 52 Hình 3.15 Sản phẩm multiplex PCR nồng Taq polymerase 1,5 UI sau điện di 53 Hình 3.16 Sản phẩm multiplex PCR với nồng độ dNTP 0,2 mM sau điện di 53 Hình 3.17 Sản phẩm multiplex PCR với nồng độ mồi tối ưu sau điện di 54 Hình 3.18 Sản phẩm multiplex PCR từ mẫu nấm 01 - 08 sau điện di 56 vi Hình 3.19 Sản phẩm multiplex PCR từ mẫu nấm 09 - 16 sau điện di 56 Hình 3.20 Sản phẩm multiplex PCR từ mẫu nấm 17 - 24 sau điện di 57 Hình 3.21 Sản phẩm multiplex PCR từ mẫu nấm 25 - 32 sau điện di 57 Hình 3.22 Sản phẩm multiplex PCR từ mẫu nấm 33 - 40 sau điện di 57 vii DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Màu sắc khóm nấm Candida spp CHROMgar Candida Bảng 1.2 Một số đặc điểm gây bệnh Candida 13 Bảng 1.3 Dịch tễ loài Candida spp gây bệnh giai đoạn 1997 - 2016 14 Bảng 1.4 Dịch tễ loài Candida spp gây bệnh theo vùng địa lý 14 Bảng 1.5 Phân bố Candida spp phân lập từ mẫu bệnh phẩm 15 Bảng 1.6 So sánh xét nghiệm chẩn đoán Candida spp 17 Bảng 1.7 Nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) số thuốc kháng nấm 18 Bảng 1.8 Phổ tác dụng số thuốc kháng nấm 20 Bảng 1.9 Một số giải pháp tối ưu hóa multiplex PCR 27 Bảng 2.1 Thiết bị 30 Bảng 2.2 Hóa chất 31 Bảng 2.3 Thành phần dung dịch chiết DNA 34 Bảng 2.4 Thành phần dung dịch phân tán DNA 35 Bảng 2.5 Các cặp mồi đặc hiệu Candida spp 36 Bảng 2.6 Thành phần PCR 36 Bảng 2.7 Thành phần multiplex PCR 37 Bảng 3.1 Mẫu nấm thu nhận Bệnh viện Quân Y 175 41 Bảng 3.2 Mẫu nấm thu nhận Bệnh viện Đại học Y Dược TP.HCM 42 Bảng 3.3 Mẫu nấm thu nhận Bệnh viện Lê Văn Thịnh 43 Bảng 3.4 Thành phần PCR đơn 51 Bảng 3.5 Điều kiện PCR đơn 51 Bảng 3.6 Thành phần multiplex PCR phát 04 lồi Candida 54 Bảng 3.7 Chương trình multiplex PCR phát 04 loài Candida 55 Bảng 3.8 Kết phân tích trình tự nucleotide sản phẩm PCR 58 Bảng 3.9 Kết phát Candida spp phân lập CHROMagar Candida, thử nghiệm ống mầm multiplex PCR 59 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC ỐNG MẦM, ỐNG MẦM GIẢ, TẾ BÀO HẠT MEN CỦA NẤM CANDIDA TỪ MẪU BỆNH PHẨM Ống mầm Candida spp 10 11 12 13 25 26 28 30 34 35 40 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn 37 39 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Ống mầm giả Candida spp 01 22 03 09 23 24 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn 14 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tế bào hạt men Candida spp 02 04 05 06 07 08 15 17 18 19 20 27 29 21 31 26 32 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn 33 16 38 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC TRÌNH TỰ GEN ĐẶC HIỆU CÁC LỒI CANDIDA Mẫu 07 - Candida albicans GGTGGGATTGTAATCACTTCCAGACTCTCCCCACTCGTCGACTTGGCCTT AAACACATTGCAATAGCCCAGAGAAGAACTCTCTGTATTCTTGCAATTGT CTTTTCTGCTTTCGCATATAGTACCTCCGAGCGCAGTTTCACACTGCAAA AACGTGTCCACTAACAAACTATTTTTCCAGTGCGCACCTACAAAATCAAT TTGGCTGTGCAGCAGACAAAAGGTGAGCCTCTGCCATAGTTGAAAACGAA AAAAGGTGACTTTTGCGGGTCTTGACACTTAGCGAAATTCAAAAAAAATT TTGTCTAAATTCCCCTTCCCCATACAAAATGGACAACTTGTGTAGGGTAT ACCAGTACAACTAAATGGCTGTTACTACTAAGTTTGGTCTGGAGATTATT TTTATCCATTTTCTGTTGTTTCCCGTTTGAACCAGATGATACCTCTTTTT TGACTGACCCACCCAAAGGGCAGATGGCAATTCTTCCCCTCCTATACAGA CACCAGTTTTGACATTCTAATTTTTAAAAACTAAACCATCCCAGGCTGGC AAAATCTAAAAA Mẫu 28 - Candida albicans AGATTAATTCCATGCCCTGAGGATGAGTTTAGTTTTTTAAAAATTGAAA AATGTCCAAAACTGGTTGTGCTGTATAGGAGGGGTAAGAATTTGCCATT CTGCCCCTTTGGGTGGGTCAGTCAAAAAAAGAGGTATCACTCTGGTTCA AACGGGAAACAACAGAAAATGGGATAAAAATAATCTCCAGACCAAACT TAGTAGTAACAGCCATTTTAGTTGTACTGGTATACCCTACACAAGTTGTC CATTTTGTATGGGGAAGGGGAATTTAGACAAAATTTTTTTTTGAATTTCG CTAAGTGTCAAGACCCGCAAAAGTCACCTTTTTTCGTTTTCAACTATGGC AGAGGCTCACCTTTTGTCTGCTGCACAGCCAAATTGATTTTGTAGGTGCG CACTGGAAAAATAGTTTGTTAGTGGACACGTTTTTGCAGTGTGAAACTG CGCTCGGAGGTACTATATGCGAAAGCAGAAAAGACAATTGCAAGAATA CAGAGAGTTCTTCTCTGGGCTATTGCAATGTGTTTAAGGCCAAGTCGAC GAGTGGGGAGAGTCTGGAAGTGATATACACATCACGACCTACTTTATAC GCTACGTTCGACATGG Mẫu 31 - Candida albicans ATTTTATTTCCATGCCCTGAGGATGAGTTTGGTTTTTTATTTTTTGAAAAA TGTCCAAAACTGGTTGTGCTGTATAGGAGGGGTAAGAATTTGCCCTTTT GCCCCTTTGGGTGGGTCAGTCAAAAAAAGAGGTATCACTTTGGTTCAAA CGGGAAACAACAGAAAATGGGATAAAAATAATTTCCAGACCAAACTTA GTAGTAACAGCCCTTTTAGTTGTACTGGTATACCCTACACAAGTTGCCCC TTTTGTATGGGGAAGGGGAATTTAGACAAAATTTTTTTTTTGAATTTCGC Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh TAATTGTCAAGACCCGCAAAAGTCACCTTTTTTCGTTTTCAACTATGGCA GAGGCTCACCTTTTGTCTGGTGCACAGCCAAATTGATTTTGTGGGTGCGC ACTGGAAAAACAGTTTGTTAGTGGACACGTTTTTGCAGTGTGAAACTGC GCTCGGAGGTACTATATGCGAAAGCAGAAAAGACAATTGCAAGAATAC AGAGAGTTCTTCTCTGGGCTATTGCAATGTGTTTAAGGCCAATTCGACG AGTGGAGAGAGTCTGGAAGTGATATACACATCACGACCTACTTTATACC CTACTCTCAACATGG Mẫu 34 - Candida albicans GACCAGGGTGTGTATATCACTTCCAGACTCTCCCCACTCGTCGACTTGGC CTTAAACACATTGCAATAGCCCAGAGAAGAACTCTCTGTATTCTTGCAAT TGTCTTTTCTGCTTTCGCATATAGTACCTCCGAGCGCAGTTTCACACTGC AAAAACGTGTCCACTAACAAACTGTTTTTCCAGTGCGCACCCACAAAATC AATTTGGCTGTGCAGCAGACAAAAGGTGAGCCTCTGCCATAGTTGAAAAC GAAAAAAGGTGACTTTTGCGGGTCTTGACACTTAGCGAAATTCAAAAAAA TTTTTTGTCTAAATTCCCCTTCCCCATACAAAATGGGCAGCCTATACAAG GCATATCATTACAACTAAAATGGCTGTTACTACTAAGTTTGGTCTGGAGA TTATTTTTATCCCATTTTCTGTTGTTTCCCGTTTGAACCAGAGTGATACC TCTTTTTTTTGACTGACCCACCCAAATGGGCAGAATGGCAAATTCTTACC CCTCCTTATACAGCACAACCAGTTTTGGGACATTTTTTAATTTTTAAAAA ACTAAACTCATCCTCAGGGCATGGCCAATAAATTCTTGCTAA Mẫu 37 - Candida albicans GGAAGCGTTTTAAATTGTAATGTCCAAAACTGGTTGTGCTGTATAGGAGG GGTAAGAATTTGCCATTCTGCCTCTTTGGGTGGGTCAGTCAAAAAAAGAG GTATCACTCTGGTTCAAACGGGAAACAACAGAAAATGGGATAAAAATAAT CTCCAGACCAAACTTAGTAGTAACAGCCATTTTAGTTGTACTGGTATACC CTACACAAGTTGTCCATTTTGTATGGGGAAGGGGAATTTAGACAAAAAAT TTTTTTGAATTTCGCTAAGTGTCAAGACCCGCAAAAGTCACCTTTTTTCG TTTTCAACTATGGCAGAGGCTCACCTTTTGTCTGGTGCACAGCCAAATTG ATTTTGTGGGTGCGCACTGGAAAAACAGTTTGTTAGTGGACACGTTTTTG CAGTGTGAAACTGCGCTCGGAGGTACTATATGCGAAAGCAGAAAAGACAA TTGCAAGAATACAGAGAGTTCTTCTCTGGGCTATTGCAATGTGTTTAAGG CCAAGTCGACGAGTGGGGAGAGTCTGGAAGTGATATACACATCACGACCT ACTTTATACGCTACGTTCGACATGGATCTA Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Mẫu 15 - Candida parapsilosis CCAAAAATTCCTTACCTCCAGTTGATGGATGTCAACATAATGTGAGAGCT TCAAACTTGGAATATCCAGGAACTCCACAATCAATCAAGAATTACTTTGA AGCTGCATTGCACGCAATTTTGGGCTTTGATTTGGGTCCAGATGTTAAGA GAGATAAGGTTACTTTGGGCGGATTGCTCAAGTTGGAACGTTTTGCTTTT TAGATGATGTAAAACATTGCGTTTAGAAATTTGTATCATTATGTACAGAA TGTATTATTAGTTTGATTTAGAAGAAACCTGTTTTGCAGACAGATGTGTT TCTTATCATGGCCATTAATTGCGCAATGGTCCGCTACCCAATAGCTTGGT GAATGGTCATAGGTGCGATAAAGTGCTATGCAGAAAAGCATGATTATCGT TTCTGCACGAGGGATGGCTCAATTGCTTATAAGCACTATGGGGGCTGAGT CGCTTGGTGTA Mẫu 16 - Candida parapsilosis TGGGAGGGTAAAGGCCTCCAGTTGATGGATGTCAACATAATGTGAGAGC TTCAAACTTGGAATATCCAGGAACTCCACAATCAATCAAGAATTACTTTG AAGCTGCATTGCACGCAATTTTGGGCTTTGATTTGGGTCCAGATGTTAAG AGAGATAAGGTTACTTTGGGCGGATTGCTCAAGTTGGAACGTTTTGCTTT TTAGATGATGTAAAACATTGCGTTTAGAAATTTGTATCATTATGTACAGA ATGTATTATTAGTTTGATTTAGAAGAAACCTGTTTTGCAGACAGATGTGTT TCTTATCATGGCCATTAATTGCGCAATGGTCCGCTACCCAATAGCTTGGT GAATGGTCATAGGTGCGATAAAGTGCTATGCAGAAAAGCATGATTATCGT TTCTGCACGAGGGATGGCTCAATTGCTTATAAGCACTATGGGGGCTGAGT CGCTTGGTGTAA Mẫu 19 - Candida parapsilosis GCCATTGGGTGGGTTAGCCATCCCTCGTGCAGAAACGATAATCATGCTTT TCTGCATAGCACTTTATCGCACCTATGACCATTCACCAAGCTATTGGGTA GCGGACCATTGCGCAATTAATGGCCATGATAAGAAACACATCTGTCTGCA AAACAGGTTTCTTCTAAATCAAACTAATAATACATTCTGTACATAATGAT ACAAATTTCTAAACGCAATGTTTTACATCATCTAAAAAGCAAAACGTTCC AACTTGAGCAATCCGCCCAAAGTAACCTTATCTCTCTTAACATCTGGACC CAAATCAAAGCCCAAATTGCGTGCAATGCAGCTTCAAAGTAATTCTTGAT TGATTGTGGAGTTCCTGGATATTCCAAGTTTGAAGCTCTCACATTATGTT GACATCCATCAACTGGAGGCTGTCCATTGAAACGATTGATAATCCAAGTC AAAGCAGCTGGT Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Mẫu 20 - Candida parapsilosis TACACCAAAGGGACTCAGCCCCCATAGTGCTTATAAGCAATTGAGCCAT CCCTCGTGCAGAAACGATAATCATGCTTTTCTGCATAGCACTTTATCGCA CCTATGACCATTCACCAAGCTATTGGGTAGCGGACCATTGCGCAATTAA TGGCCATGATAAGAAACACATCTGTCTGCAAAACAGGTTTCTTCTAAAT CAAACTAATAATACATTCTGTACATAATGATACAAATTTCTAAACGCAA TGTTTTACATCATCTAAAAAGCAAAACGTTCCAACTTGAGCAATCCGCC CAAAGTAACCTTATCTCTCTTAACATCTGGACCCAAATCAAAGCCCAAA ATTGCGTGCAATGCAGCTTCAAAGTAATTCTTGATTGATTGTGGAGTTCC TGGATATTCCAAGTTTGAAGCTCTCACATTATGTTGACATCCATCAACTG GAGGCTGTCCATTGAAACGATTGATAATCCAAGTCAAAGCCAGCTGGT Mẫu 29 - Candida parapsilosis TACACCAAAGGGACTCAGCCCCCATAGTGCTTATAAGCAATTGAGCCAT CCCTCGTGCAGAAACGATAATCATGCTTTTCTGCATAGCACTTTATCGCA CCTATGACCATTCACCAAGCTATTGGGTAGCGGACCATTGCGCAATTAA TGGCCATGATAAGAAACACATCTGTCTGCAAAACAGGTTTCTTCTAAAT CAAACTAATAATACATTCTGTACATAATGATACAAATTTCTAAACGCAA TGTTTTACATCATCTAAAAAGCAAAACGTTCCAACTTGAGCAATCCGCC CAAAGTAACCTTATCTCTCTTAACATCTGGACCCAAATCAAAGCCCAAA ATTGCGTGCAATGCAGCTTCAAAGTAATTCTTGATTGATTGTGGAGTTCC TGGATATTCCAAGTTTGAAGCTCTCACATTATGTTGACATCCATCAACTG GAGGCtGTCCAKTGAAACGATTGATAATCCAAGTCAAAGCCAGCTGGT Mẫu 02 - Candida glabrata GTTTTAGCCTATGGGGACTTGACACGCTACTGCTGCACGTTCCATGGCCA ACATCCACAGCAACAAGAACGTCTCCTCGTCTCAGTGGCACATGCAAAAC GCTTCAATCTTGCTGACTGCAGGTTACGATTCCCGTGCTGCGTTGACCGA TGTTAGAATATCAGACGAGGCTCAGATGTCCACGCAGCACGGGAATCGT AACCTGCAGTCAGCAAGATTGAAGCGTTTTGCATGTGCCACTGAGACGAG GAGACGTTCTTGTTGCTGTGGATGTTGGCCATGGAACGTGCAGCAGTAGC GTTGTTCAAGTCCCATAGCTTAACGGTGTGATCAGCAGATGTAGAGGCAA GCACGGT Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Mẫu 04 - Candida glabrata CGTTTTAGCTATGGGACTTGTACAACGCTACTGCTGCACGTTCCATGGCC AATATCCACAGCAACAAGAACGTCTCCTCGTCTCAGTGGCACATGCAGAA CGCTTCAATCTTGCTGACTGCAGGTTACGATTCCCGTGCTGCGTTGACCG ATGTTAGAATATCAGACGAGGCTCAGATGTCA Mẫu 17 - Candida glabrata CTCTTTGCCTATGGGGGACTTGACAACGCTACTGCTGCACGTTCCATGGC CAACATCCACAGCAACAAGAACGTCTCCTCGTCTCAGTGGCACATGCAGA ACGCTTCAATCTTGCTGACTGCAGGTTACGATTCCCGTGCTGCGTTGACC GATGTTAGAATATCAGACGAGGCTCAGATGTCCACGCAGCACGGGAATCG TAACCTGCAGTCAGCAAGATTGAAGCGTTCTGCATGTGCCACTGAGACGA GGAGACGTTCTTGTTGCTGTGGATGTTGGCCATGGAACGTGCAGCAGTAG CGTTGTTCAAGTCCCATAGCTTAACAGTGTGATCAGCAGATGTAGAGGCA AGCACGGTAA Mẫu 32 - Candida glabrata CCCCCCCTTAGCTCTGGGACTTGACACGCTACTGCTGCACGTTCCATGGC CAACATCCACAGCAACAAGAACGTCTCCTCGTCTCAGTGGCACATGCAGA ACGCTTCAATCTTGCTGACTGCAGGTTACGATTCCCGTGCTGCGTTGACC GATGTTAGAATATCAGACGAGGCTCAGATGTCAAAGCAGCACGGGAATCG TAACCTGCAGTCAGCAAGATTGAAGCGTTCTGCATGTGCCACTGAGACGA GGAGACGTTCTTGTTGCTGTGGATGTTGGCCATGGAAGTGCAGCAGTAGC GTTGTTAAGTCCCATAGCTTAACAGTGTGATCAGCAGATGTAAAGGCAAG CACGGTAA Mẫu 33 - Candida glabrata CCCCCCATAGGCTCGGGGATTGACACGCTACTGCTGCACGTTCCATGGCC AACATCCACAGCAACAAGAACGTCTCCTCGTCTCAGTGGCACATGCAAAA CGCTTCAATCTTGCTGACTGCAGGTTACGATTCCCGTGCTGCGTTGACCG ATGTTAGAATATCAGACGAGGCTCAGATGTCAACGCAGCACGGGAATCGT AACCTGCAGTCAGCAAGATTGAAGCGTTTTGCATGTGCCACTGAGACGAG GAGACGTTCTTGTTGCTGTGGATGTTGGCCATGGAACGTGCAGCAGTAGC GTTGTTCAAGTCCCATAGCTTAACGGTGTGATCAGCAGATGTAGAGGCAA GCACGGTA Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Mẫu 01 - Candida tropicalis TGGCATTTTGAAGCTTGTTTAGGCCAAGTCGACGAGTGGGGAGAGTCTGG AAGGGATATACACATCCTGACCTACTTTATACGCTACGTTCGACATGGA Mẫu 09 - Candida tropicalis TTGGATATTGAGCTTGTTTAGGCCAAGTCGACGAGTGGGGAGAGTCTGGA AGGGATATACACATCCTGACCTACTCTATACGCTACGTTCGACATGGA Mẫu 22 - Candida tropicalis TAGTACACAAAAAAGTGAAGCAATTCATTGGGTAATATTGAGCTTGTTTA AGGCCAAGTCGACGAGTGGGGAGAGTCTGGAAGGGATATACACATCCTG ACCTACTCTATACGCTACGTTCGGCAAAA Mẫu 23 - Candida tropicalis TAATAAAGAAAACAGTGAAGCAATTCATTGGAATATTGAGCTTGTTTAAG GCCAAGTCGCACGAGTGGGGAGAGTCTGGAAGGGATATACACCTCCTGA GCTACTCTATACGCTACGTTCGGCATTAG Mẫu 24 - Candida tropicalis TTCAGAAGAAAACAGTGAAGCAATTCATTGGAATATTGAGCTTGTTTAAG GCCAAGTCGACGAGTGGGGAGAGTCTGGAAGGGATATACACATCGTGAC CTACTTTATACGCTACGTTCGGGGAAG Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC 6: THÔNG TIN BỆNH NHÂN LẤY MẪU BỆNH PHẨM BỆNH VIỆN QUÂN Y 175 STT Ký hiệu mẫu Họ Tên Giới tính Tuổi Mẫu bệnh phẩm Khoa lâm sàng 07 Chu Thị H Nữ 64 Đàm Khoa Ngoại tiết niệu 12 Tống Thị Q Nữ 77 Nước tiểu Khoa Hồi sức tích cực 13 Nguyễn Kiếu T Nữ 41 Đàm Khoa Răng Hàm Mặt 14 Trần Quang Kim K Nam 44 Nước tiểu Khoa Hồi sức tích cực 15 Lê Trung Q Nam 26 Nước tiểu Khoa Hồi sức tích cực 16 Nguyễn Văn Y Nam 85 Nước tiểu Khoa Ngoại tiết niệu 21 Trần Tấn Đ Nam 20 Đàm Khoa Hồi sức tích cực 22 Nguyễn Thị Bích N Nữ 77 Nước tiểu Khoa Lồng Ngực 23 Nguyễn Duy T Nam 64 Đàm Khoa Hồi sức tích cực Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Ký hiệu mẫu Họ Tên Giới tính Tuổi Mẫu bệnh phẩm Khoa lâm sàng 28 Phan Văn N Nam 72 Dịch ổ bụng Khoa Ngoại bụng 11 29 Nguyễn Thị K Nữ 83 Catheter Khoa Chăm sóc bảo vệ sức khỏe cán TW 12 30 Ninh Văn T Nam 27 Đàm Khoa Lao phổi STT 110 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh BỆNH VIỆN ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH STT Ký hiệumẫu Họ Tên Giới tính Tuổi Mẫu bệnh phẩm Khoa lâm sàng 01 Võ Ngọc H Nữ 62 Nươc tiểu Khoa Hồi sức tích cực 02 Hồ Thị M Nữ 73 Dịch dẫn lưu Khoa Hồi sức tích cực 03 Nguyễn Thị Bích H Nữ 39 Dịch âm đạo Khoa Khám bệnh 04 Trần Thị H Nữ 61 Dịch rửa phế quản Khoa Thần kinh 05 Bùi Thị H Nữ 65 Nước tiểu Khoa Hồi sức tích cực 06 Lâm Thị O Nữ 89 Nước tiểu Khoa Thần kinh 17 Nguyễn Văn C Nam 81 Dịch ổ bụng Khoa Hồi sức tích cực 18 Võ S Nam 54 Máu Khoa Gây mê hồi sức 19 Nguyễn Thị C Nữ 80 Máu Khoa Hồi sức tích cực Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh STT Ký hiệumẫu Họ Tên Giới tính Tuổi Mẫu bệnh phẩm Khoa lâm sàng 10 20 Phạm Thị Như Y Nữ 26 Dịch âm đạo Khoa Khám bệnh 11 31 Nguyễn Văn N Nam 71 Máu Khoa Nội tiết 12 32 Nguyễn Thị Thùy D Nữ 33 Dịch âm đạo Khoa Khám bệnh 13 33 Nhan Kiến D Nam 64 Dịch dẫn lưu Khoa Hồi sức tích cực 36 Bùi Thị Lan P Nữ 31 Dịch âm đạo Khoa Khám bệnh 37 Phạm Thị M Nữ 88 Dịch rửa phế quản Khoa Hô hấp Bùi Thị H Nữ 65 Đàm Khoa Hồi sức tích cực Phan Thị Lệ Q Nữ 32 Dịch âm đạo Khoa Khám bệnh Phạm Thị Bích T Nữ 42 Dịch âm đạo Khoa Khám bệnh 14 15 16 17 18 38 39 40 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh BỆNH VIỆN LÊ VĂN THỊNH STT Ký hiệu mẫu Họ tên Giới tính Tuổi Mẫu bệnh phẩm Khoa lâm sàng 08 Hà Thị H Nữ 29 Dịch âm đạo Khoa Vi sinh 09 Đặng Thị T Nữ 32 Dịch âm đạo Khoa Vi sinh 10 Dương Thị Ngọc H Nữ 39 Dịch âm đạo Khoa Vi sinh 11 Hoài H Nữ 19 Dịch âm đạo Khoa Vi sinh 24 Trần Thị Thi T Nữ 20 Mủ vết thương Khoa Vi sinh 25 Bùi Thị Cẩm L Nữ 31 Dịch âm đạo Khoa Vi sinh 26 Đỗ Quỳnh A Nữ 21 Dịch âm đạo Khoa Vi sinh 27 Mai Thị Tỳ Tr Nữ 34 Dịch âm đạo Khoa Vi sinh 34 Vũ H Nữ 22 Dịch âm đạo Khoa Vi sinh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh STT Ký hiệu mẫu 10 35 Họ tên Giới tính Tuổi Mẫu bệnh phẩm Khoa lâm sàng - Nữ 39 Dịch âm đạo Khoa Vi sinh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn