Nghiên cứu biểu hiện gen matrix metalloproteinase 9 (mmp 9) của người ở e col

hướng dẫn đọc toàn văn báo cáo KQNC ! ! Bạn muốn đọc nhanh thông tin cần thiết ? Hy đọc qua Mục lục bên tay trái bạn trước đọc báo cáo ( với Acrobat 4.0 trở lên, cho trỏ chuột vào đề mục để đọc toàn dòng bị che khuất ) ! Chọn đề mục muốn đọc nháy chuột vào ! ! Bạn muốn phóng to hay thu nhỏ trang báo cáo hình ? Chọn, nháy chuột vào kích th thưước có sẵn Menu , ! Më View trªn Menu, Chän Zoom to ! Chän tû lƯ cã s½n hép kÝch th th­­íc muốn,, Nhấn OK tự điền tỷ lệ theo ý muốn Chúc bạn hài lòng với thông tin đđưược cung cÊp VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT - NGUYỄN THỊ DUNG NGHIÊN CỨU BIỂU HIỆN GEN MATRIX METALLOPROTEINASE-9 (MMP-9) CỦA NGƢỜI Ở E COLI Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Hà Nội - 2014 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ i LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc chân thành tới TS Lê Thị Bích Thảo, trưởng phịng Hóa sinh Protein, Viện Cơng nghệ Sinh học, người thầy hướng dẫn, định hướng giúp đỡ thực thành công luận văn Tôi xin gửi lời cảm ơn tới thầy cô giáo trường Đại học Thái Nguyên thầy cô thuộc Viện Sinh thái Tài nguyên Sinh vật, thầy cô Viện Công nghệ Sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam tận tình giảng dạy truyền thụ cho tơi kiến thức chuyên môn để thực luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn cô chú, anh chị phịng Hóa sinh Protein hướng dẫn tận tình, dạy tơi kiến thức thực hành phịng thí nghiệm Đặc biệt Th.S Bùi Thị Huyền người tận tình hướng dẫn, bảo tơi bước từ bắt đầu thực tập, tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ, cho lời khun q báu để tơi hồn thành luận văn Xin gửi lời cảm ơn tới gia đình, bố mẹ người sinh thành, nuôi dưỡng chỗ dựa tinh thần vững cho suốt thời gian qua Cuối xin gửi lời cảm ơn tới anh chị, bạn bè cổ vũ động viên, giúp đỡ tơi hồn thành luận văn Một lần vô cảm ơn Hà Nội, ngày tháng 12 năm 2014 Học viên Nguyễn Thị Dung Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ ii NHỮNG CHỮ VIẾT TẮT Kí hiệu a.a Tên Tiếng Anh Amino acid Tên Tiếng Việt Axit amin Amp+ Ampicilin Ampicilin APS Amonium persulphate Muối amonium persulphate bp Base pair Cặp bazơ DNA Deoxyribonucleic acid Axit Deoxyribonucleic dNTP Deoxynucleoside triphosphate Deoxynucleoside triphosphate E coli Escherichia coli Vi khuẩn Escherichia coli ECM Extracellular matrix Chất ngoại bào EDTA Ethylenediaminetetraacetic acid Axit ethylenediaminetetraacetic EtBr Ethidium bromide Ethidium bromide EtOH Ethanol Cồn ethanol IPTG Isopropyl-thio-β-D-galactoside Isopropyl-thio-β-D-galactoside Kb Kilo base 1000 cặp bazơ (1000 bp) kD Kilo Dalton Kilo Dalton LB Luria - Bertani Môi trường LB MMPs Matrix metalloproteinases Metalloproteinases chất mRNA Messenger RNA RNA thông tin MT-MMPs Membrane-type MMPs MMPs dạng màng PCR Polymerase chain reaction Phản ứng chuỗi trùng hợp rRNA Ribosomal ribonucleic acid RNA ribosome SDS Sodium dodecyl sulphate Sodium dodecyl sulphate SDS-PAGE Sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis Điện di biến tính gel polyacrylamide TAE Tris-Acetate-EDTA Tris-Acetate-EDTA TEMED N, N, N’, N’-Tetramethyl Ethylendiamine N, N, N’, N’-Tetramethyl Ethylendiamine Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ iii MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i NHỮNG CHỮ VIẾT TẮT iii MỤC LỤC iv DANH MỤC CÁC BẢNG SỬ DỤNG TRONG LUẬN VĂN vi DANH MỤC CÁC HÌNH SỬ DỤNG TRONG LUẬN VĂN vii MỞ ĐẦU CHƢƠNG I: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan Matrix metalloproteinases (MMPs) 1.1.1 Phân loại cấu trúc MMPs 1.1.2 Chức sinh học MMPs 1.2 Tổng quan Matrix metalloproteinase-9 (MMP-9) 10 1.2.1 Cấu trúc gen MMP-9 11 1.2.2 Cấu trúc protein MMP-9 12 1.2.3 Sự kích hoạt MMP-9 15 1.2.4 Chức sinh học MMP-9 15 1.3 Tiềm ứng dụng MMP-9 y học 17 1.3.1 Tiềm thị sinh học chẩn đoán bệnh tim mạch 17 1.3.2 Tiềm thị sinh học cho bệnh lý khác 20 1.4 Tình hình nghiên cứu MMP-9 Việt Nam 20 CHƢƠNG II: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 2.1 Vật liệu, hóa chất thiết bị máy móc 22 2.2 Phương pháp 24 2.2.1 Tách chiết RNA tổng số 24 2.2.2 Tổng hợp cDNA 24 2.2.3 Nhân gen MMP-9 phản ứng PCR 25 2.2.4 Phương pháp ghép nối DNA 26 2.2.5 Biến nạp plasmid vào E coli phương pháp sốc nhiệt 27 2.2.6 Tách chiết DNA plasmid 28 2.2.7 Phương pháp điện di DNA gel agarose 29 2.2.8 Thôi gel kit QIAquick Gel Extraction 29 2.2.9 Xác định trình tự DNA 30 2.2.10 Thiết kế vector biểu gen mã hóa cho MMP-9 31 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ iv 2.2.11 Biểu gen mã hóa cho protein MMP-9 31 2.2.12 Phân tích protein kỹ thuật điện di SDS-PAGE 31 2.2.13 Kỹ thuật Western blot 32 CHƢƠNG III: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 34 3.1 Kết tách dịng gen mã hố cho MMP-9 34 3.1.1 Tách chiết RNA tổng số 34 3.1.2 Nhân gen mã hoá cho MMP-9 phản ứng PCR 34 3.1.3 Tách dịng xác định trình tự gen MMP-9 36 3.2 Thiết kế vector biểu gen mã hóa cho MMP-9 43 3.3 Biểu gen MMP-9 vi khuẩn E coli BL21(DE3) 48 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 51 TÀI LIỆU THAM KHẢO 52 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ v DANH MỤC CÁC BẢNG SỬ DỤNG TRONG LUẬN VĂN Bảng Tiêu đề Bảng 1.1 Phân loại Matrix metalloproteinases Bảng 1.2 Vai trò MMPs Bảng 1.3 Trang Đa hình gen liên quan tới biểu tăng MMP-9 bệnh tim mạch 18 Bảng 2.1 Trình tự cặp mồi 22 Bảng 2.2 Hóa chất enzyme 23 Bảng 2.3 Máy móc thiết bị 23 Bảng 2.4 Thành phần phản ứng PCR 25 Bảng 2.5 Thành phần phản ứng nối ghép 26 Bảng 2.6 Thành phần môi trường nuôi cấy vi sinh vật 28 Bảng 2.7 Thành phần dung dịch đệm SDS-PAGE 32 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ vi DANH MỤC CÁC HÌNH SỬ DỤNG TRONG LUẬN VĂN Hình Tiêu đề Trang Hình 1.1 Đặc điểm cấu trúc số phân nhóm MMPs Hình 1.2 Vị trí yếu tố phiên mã promoter gen mã hóa cho MMP-9 11 Hình 1.3 Cấu trúc ba chiều MMP-9 14 Hình 3.1 Kết điện di kiểm tra sản phẩm tách RNA tổng số 34 Hình 3.2 Kết điện di kiểm tra sản phẩm PCR từ cDNA mã hóa cho MMP-9 36 Hình 3.3 Hình 3.4 Hình 3.5 Kết điện di kiểm tra sản phẩm tách DNA plasmid dòng khuẩn lạc Kết điện di kiểm tra sản phẩm cắt plasmid tái tổ hợp EcoRI Kết điện kiểm tra sản phẩm PCR trực tiếp từ khuẩn lạc chọn lọc 37 38 39 Hình 3.6 Kết xác định trình tự gen MMP-9 39 Hình 3.7 Kết so sánh trình tự protein MMP-9 42 Hình 3.8 Sơ đồ thiết kế vector biểu gen mã hóa cho MMP-9 44 Hình 3.9 Kết điện di kiểm tra đoạn gen vector sau xử lý enzyme giới hạn 45 Hình 3.10 Sơ đồ enzyme giới hạn NcoI EcoRI vector MMP9-pCR2.1 46 Hình 3.11 Kết điện di kiểm tra plasmid tái tổ hợp cho biểu MMP-9 47 Hình 3.12 Kết biểu protein điện di gel polyacrylamide 12.5% 48 Hình 3.13 Kết kiểm tra protein biểu phản ứng Western blot với kháng thể kháng MMP-9 Số hóa Trung tâm Học liệu - ĐHTN http://www.lrc-tnu.edu.vn/ vii 49 MỞ ĐẦU Ngày nay, q trình cơng nghiệp hóa, thị hóa làm thay đổi hàng loạt yếu tố môi trường, tác động trực tiếp gián tiếp đến sức khoẻ người Đồng thời áp lực sống cơng việc góp phần khơng nhỏ ảnh hưởng xấu tới người làm gia tăng tỷ lệ mắc bệnh lý nghiêm trọng tiểu đường, bệnh tim mạch, ung thư, rối loạn gây suy thoái thần kinh hay bệnh xương khớp… đe dọa tới tính mạng người Tuy nhiên, với tiến y học giúp chẩn đốn sớm đưa nhiều phương pháp điều trị hiệu quả, góp phần kéo dài tuổi thọ nâng cao chất lượng sống cho bệnh nhân Trong đó, phương pháp chẩn đốn sớm sử dụng thị sinh học (biomarkers) để tiên lượng hỗ trợ bác sĩ đưa phương pháp điều trị thích hợp Genomics proteomics kỹ thuật sử dụng phổ biến chẩn đoán sớm Nghiên cứu gen protein có chức liên quan đến biến đổi trạng thái bệnh lý khác trọng đầu tư nhiều quốc gia giới Trong số protein quan tâm, Matrix metalloproteinases (MMPs) họ protein endopeptidases kẽm điều hồ chặt chẽ, bất hoạt protein ngoại bào đồng thời tái tạo lại mô liên kết trạng thái bình thường phát triển phôi, sinh sản tái tổ hợp mô trạng thái bệnh sinh ung thư di căn, viêm mãn tính, bệnh tim mạch, tổn thương mơ rối loạn thần kinh (Klein and Bischoff, 2011) Do đó, MMPs coi thị sinh học chẩn đoán, tiên lượng kiểm tra bệnh khác bệnh tiểu đường, bệnh tim mạch, ung thư, rối loạn gây suy thoái thần kinh nhiễm trùng (Galliera et al, 2014) Họ matrix metalloproteinases gồm sáu phân nhóm, phân nhóm gelatinase MMP-9 (gelatinase B) có chức chủ yếu việc phá vỡ mạng lưới ngoại bào, phá huỷ nhiều loại protein ngoại bào bao gồm gelatin, collagen type IV nhiều protein màng MMP-9 điều hoà chủ yếu mức độ phiên mã sau dịch mã kích hoạt zymogen ức chế chất ức -1- chế nội sinh TIMP-1 Đã có nhiều nghiên cứu MMP-9, đặc biệt tiềm làm thị sinh học chẩn đoán sớm bệnh lý tim mạch, viêm (Halade et al, 2013), loạn dưỡng Duchene (Nadarajah et al, 2011), ung thư tuyến tiền liệt (Gong et al, 2014) … Vì vậy, MMP-9 ngày trọng nghiên cứu ứng dụng làm nhân tố thị cho chẩn đoán trước giai đoạn điều trị bệnh Với mục tiêu đó, chúng tơi tiến hành đề tài nghiên cứu: “Nghiên cứu biểu gen Matrix metalloproteinase-9 (MMP-9) ngƣời E coli” nhằm tạo protein tái tổ hợp matrix metalloproteinase-9 người để phục vụ cho nghiên cứu tạo kháng thể kháng MMP-9, hỗ trợ chẩn đoán phương pháp sinh học đại thấm miễn dịch, hoá mô miễn dịch, Western Blot -2- Vector pET32c (+) vector pCR2.1 tái tổ hợp xử lý đồng thời với hai enzyme giới hạn NcoI EcoRI để tạo đầu dính tương hợp đoạn gen cần chèn vector Sản phẩm phản ứng cắt enzyme điện di kiểm tra gel agarose 0.8% (Hình 3.9) Hình 3.9 Kết điện di kiểm tra đoạn gen vector sau xử lý enzyme giới hạn A: Kết điện di kiểm tra sản phẩm cắt NcoI EcoRI M: Thang DNA chuẩn kb (SM0333, Fermentas); ĐC 1: Vector pET32c sau mở vòng dạng mạch thẳng; ĐC 2: Sản phẩm MMP9-pCR2.1 xử lý NcoI EcoRI B: Kết điện di kiểm tra sản phẩm sau gel M: Thang DNA chuẩn kb (SM0333, Fermentas); ĐC 1: Sản phẩm MMP-9 sau gel; ĐC 2: Vector pET32c mở vịng sau thơi gel Kết điện di Hình 3.9.A cho thấy đường chạy số cho băng có kích thước khoảng 5.9 kb tương ứng với kích thước vector pET32c (+) sau mở vòng dạng mạch thẳng, đường chạy số xuất ba băng DNA với kích thước 1585 bp, 2121 bp 2345 bp tương ứng với điểm cắt enzyme NcoI EcoRI Hình 3.10 - 45 - EcoRI (3920) EcoRI NcoI MMP-9 2121 bp EcoRI (7) MMP9-pCR2.1 NcoI (1585) Hình 3.10: Sơ đồ enzyme giới hạn NcoI EcoRI vector MMP9-pCR2.1 Sau kit QIAGEN sử dụng để tách vector pET32c gen đích mơ tả phần phương pháp mục 2.2.8 kết thể Hình 3.9.B Kết cho thấy sản phẩm thơi gel cho băng đảm bảo độ tinh cao để sử dụng cho phản ứng nối ghép Sau làm tách chiết từ gel agarose, DNA mã hóa cho MMP-9 vector pET32c (+) nối ghép với nhờ enzyme T4 ligase, ủ qua đêm 14oC Sản phẩm ghép nối biến nạp vào chủng E coli DH5α để chọn dòng vector pET32c (+) có chứa gen MMP-9 Vector tái tổ hợp ký hiệu pET32c-MMP9 Kiểm tra có mặt gen mã hóa cho MMP-9 vector pET32c (+) Trong trình ghép nối gen vào vector biểu pET32c (+) có trường hợp vector pET32c (+) tự đóng vịng mà khơng chứa đoạn gen đích Vì vậy, để xác định dòng tế bào mang plasmid tái tổ hợp mong muốn, dòng khuẩn lạc tiến hành kiểm tra, chọn lọc phương pháp PCR trực tiếp từ khuẩn lạc cắt kiểm tra plasmid tái tổ hợp enzyme giới hạn NcoI EcoRI Kết thể Hình 3.11 - 46 - Hình 3.11 Kết điện di kiểm tra plasmid tái tổ hợp cho biểu MMP-9 A: Kết điện di kiểm tra sản phẩm PCR trực tiếp từ khuẩn lạc M: Thang DNA chuẩn kb (SM0333, Fermentas); ĐC 1,2,3: Sản phẩm PCR ba dòng khuẩn lạc chọn lọc; ĐC 4: Đối chứng dương (Sản phẩm PCR gen MMP-9 từ cDNA) B: Kết điện di kiểm tra sản phẩm cắt NcoI EcoRI M: Thang DNA kb chuẩn (SM0333, Fermentas); ĐC 1: Đối chứng dương (sản phẩm PCR gen MMP-9 từ cDNA); ĐC 2: Plasmid dòng sau xử lý NcoI EcoRI Kết điện di Hình 3.11.A cho thấy đường chạy số xuất băng sáng có kích thước khoảng 2.1 kb tương ứng với băng DNA đường chạy số (sản phẩm PCR gen MMP-9 từ cDNA), đường chạy khơng thấy xuất băng DNA Sau đó, dòng plasmid (dòng 2) chọn để xử lý hai enzyme giới hạn NcoI EcoRI kết thể Hình 3.11.B Kết Hình 3.11.B cho thấy đường chạy số xuất băng DNA, băng có kích thước khoảng 5.9 kb tương ứng với kích thước vector pET32c (+) mở vịng; băng có kích thước khoảng 2.1 kb tương ứng với băng DNA đường chạy số (sản phẩm PCR gen MMP-9 từ cDNA) so với thang DNA chuẩn (M) Hai kết khẳng định plasmid dòng tế bào chứa vector tái tổ hợp pET32c-MMP9 Như vậy, vector tái tổ hợp pET32c-MMP9 mang gen mã hóa cho MMP-9 thiết kế thành cơng chọn dòng vi khuẩn E - 47 - coli DH 5α Plasmid dòng chọn để biểu tách chiết tinh trước sử dụng làm nguyên liệu cho việc biểu tế bào vi khuẩn E coli BL21(DE3) 3.3 Biểu gen MMP-9 vi khuẩn E coli BL21(DE3) Tế bào E coli BL21(DE3) chứa tổ hợp gen pET32c-MMP9 nuôi cấy môi trường LB đặc Sau đó, dịng tế bào chuyển sang mơi trường LB lỏng có bổ sung Amp+ nồng độ cuối 100 µg/ml Dịch tế bào sau cấy chuyển với tỷ lệ 1% nuôi lắc 37oC, 200 vòng/phút OD600 nm đạt từ 0.6-0.8 bổ sung IPTG đến nồng độ cuối mM để cảm ứng Tiếp theo sinh khối tế bào thu thời điểm 0h (trước cảm ứng) 5h (sau cảm ứng) Kết thúc thí nghiệm, thu dịch tế bào có chứa protein tái tổ hợp phá tế bào siêu âm sau ly tâm tách pha để điện di kiểm tra biểu protein dung hợp Kết điện di protein tổng số mẫu thể Hình 3.12 Hình 3.12 Kết biểu protein điện di gel polyacrylamide 12.5% Trong M: Thang protein chuẩn (PI-26610, Thermo Scientific); ĐC 3: Protein tổng số thời điểm 0h (trước cảm ứng); ĐC 1,2: Protein tổng số dòng tế bào thời điểm 5h sau cảm ứng IPTG Kết điện di Hình 3.12 cho thấy đường chạy số 1, protein tổng số dòng tế bào thu thời điểm 5h sau cảm ứng IPTG xuất băng - 48 - protein đậm nét có kích thước khoảng 96 kDa so với thang protein chuẩn, không thấy xuất băng mẫu đối chứng đường chạy số Thực chất protein MMP-9 có kích thước khoảng 78 kDa, đưa vào vector biểu tạo thành tổ hợp gen mới, đồng thời số protein vector pET32c (+) biểu Việc đồng biểu tạo điều kiện thuận lợi cho bước tách chiết tinh chế protein mong muốn Do protein xuất có kích thước khoảng 96 kDa phù hợp với tính tốn lý thuyết (bao gồm 109 a.a Trx đuôi His.Tag, S.Tag) Vị trí cắt protease enterkinase phía trước gen mã hóa cho MMP-9 tạo điều kiện thuận lợi cho việc tinh chế Kết cho thấy protein MMP-9 tái tổ hợp biểu E coli Để khẳng định protein MMP-9 tái tổ hợp có biểu xác hay không, tiến hành kiểm tra protein kỹ thuật Western blot với kháng thể kháng MMP-9 Kết Western blot thể Hình 3.13 Hình 3.13 Kết kiểm tra protein biểu phản ứng Western blot với kháng thể kháng MMP-9 M: Thang marker protein chuẩn (SM0671, Fermentas); ĐC 1: Protein biểu Western blot kỹ thuật nhạy, nhận dạng protein hỗn hợp sau chúng phân tách dựa trọng lượng phân tử, kích thước điện tích điểm đẳng điện Để nhận diện protein, phản ứng Western blot - 49 - thực với kháng thể thứ kháng MMP-9 Trong phản ứng này, hỗn hợp protein biểu đóng vai trị kháng nguyên Với kháng thể thứ hai cộng hợp với enzyme Horseradish peroxidase (HRP), protein phát với nồng độ thấp (khoảng 10 picogram) thời gian ngắn Kết Hình 3.13 cho thấy protein MMP-9 tái tổ hợp (ở đường chạy số xuất băng có kích thước khoảng 100 kDa) cho phản ứng dương tính với kháng thể kháng MMP-9 Từ kết đưa kết luận biểu thành công protein MMP-9 tái tổ hợp dạng dung hợp với thioredoxin vi khuẩn E coli - 50 - KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN Từ kết thu trên, chúng tơi có số kết luận sau: Đã tách dịng giải trình tự gen mã hóa cho MMP-9 có độ dài tương ứng khoảng 2121 bp mã hóa 707 a.a Đã thiết kế vector biểu pET32c-MMP9 mang gen mã hóa MMP-9 E coli biểu protein MMP-9 tái tổ hợp dạng dung hợp với Trx có kích thước khoảng 96 kDa KIẾN NGHỊ Tiếp tục nghiên cứu điều kiện biểu tối ưu MMP-9 E coli Tinh protein MMP-9 phương pháp sắc ký phục vụ cho nghiên cứu tạo kháng thể kháng MMP-9 - 51 - TÀI LIỆU THAM KHẢO TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT Đỗ Hữu Chí, Lê Thị Bích Thảo, Nguyễn Tiến Dũng, Phạm Đức Đan, Bùi Thị Huyền, Nguyễn Thị Minh Phương, Đỗ Dỗn Lợi, Nguyễn Bích Nhi, Phan Văn Chi (2013) Xác định đa hình nucleotide đơn vùng promoter đoạn gen Matrix metalloproteinase-9 bệnh nhân hội chứng mạch vành cấp Tạp chí Cơng nghệ Sinh học 11(2): 203-210 Lê Thị Huyền Trang, Thái Thị Thùy Linh, Lê Thị Tuyết Lan (2012) Đột biến gen Matrix metalloprotease bệnh nhân phổi tắc nghẽn mãn tính Tạp chí Y học Thành Phố Hồ Chí Minh 16(1): 54-57 Nguyễn Thị Ngọc Hà, Tạ Văn Tờ, Đỗ Hịa Bình, Phan Thị Phi Phi (2008) Vai trị Matrix metalloproteinase -9 (MMP-9) di ung thư vòm mũi họng Tạp chí Nghiên cứu Y học 58(5): 1-7 Nguyễn Thị Ngọc Hà, Tạ Văn Tờ, Đỗ Hòa Bình, Phan Thị Phi Phi (2010) Vai trị Matrix metalloproteinase -9 (MMP-9) tạo mạch di ung thư vịm mũi họng Tạp chí Ung thư học Việt Nam 1:655-661 TÀI LIỆU TIẾNG ANH Bergers G, Brekken R, McMahon G, Vu TH, Itoh T, Tamaki K, Tanzawa K, Thorpe P, Itohara S, Werb Z, Hanahan D (2000) Matrix metalloproteinase-9 triggers the angiogenic switch during carcinogenesis Nat Cell Biol 2(10): 737744 Blankenberg S, Rupprecht HJ, Poirier O, Bickel C, Smieja M, Hafner G, Meyer J, Cambien F, Tiret L (2003) Plasma concentrations and genetic variation of matrix metalloproteinase and prognosis of patients with cardiovascular disease Circulation 107:1579–1585 Bond M, Chase AJ, Baker AH, Newby AC (2001) Inhibition of transcription factor NF-kappaB reduces matrix metalloproteinase-1, -3 and -9 production by vascular smooth muscle cells Cardiovasc Res 50(3): 556-565 - 52 - Demacq C, Vasconcellos VB, Marcaccini AM, Gerlach RF, Silva WA Jr, Tanus-Santos JE (2008) Functional polymorphisms in the promoter of the matrix metalloproteinase-9 (MMP-9) gene are not linked with significant plasma MMP-9 variations in healthy subjects Clin Chem Lab Med 46(1): 5763 Dufour A, Sampson NS, Li J, Kuscu C, Rizzo RC, Deleon JL, Zhi J, Jaber N, Liu E, Zucker S, Cao J (2011) Small-molecule anticancer compounds selectively target the hemopexin domain of matrix metalloproteinase-9 Cancer Res 71: 4977–4988 10 Eisen AZ, Jeffrey JJ, Gross J (1968) Human skin collagenase Isolation and mechanism of attack on the collagen molecule Biochim Biophys Acta 151(3): 637645 11 Engsig MT, Chen QJ, Vu TH, Pedersen AC, Therkidsen B, Lund LR, Henriksen K, Lenhard T, Foged NT, Werb Z, Delaissé JM (2000) Matrix metalloproteinase and vascular endothelial growth factor are essential for osteoclast recruitment into developing long bones J Cell Biol 151(4): 879-889 12 Fallah S, Seifi M, Ghasemi A, Firoozrai M, Samadikuchaksaraei A (2010) Matrix metalloproteinase-9 and paraoxonase Q/R192 gene polymorphisms and the risk of coronary artery stenosis in Iranian subjects J Clin lab Anal 24: 305-310 13 Farina AR, Mackay AR (2014) Gelatinase B/MMP-9 in Tumour Pathogenesis and Progression Cancers (Basel) 6(1): 240-96 14 Fertin M, Dubois E, Belliard A, Amouyel P, Pinet F, Bauters C (2012) Usefulness of circulating biomarkers for the prediction of left ventricular remodeling after myocardial infarction Am J Cardiol 110(2): 277-283 15 Folgueras AR, Pendás AM, Sánchez LM, López-Otin C (2004) Matrixmetalloproteinases in cancer: from new functions to improved inhibition strategies Int J Dev Biol 48(5-6): 411-424 - 53 - 16 Galliera E, Tacchini L, Corsi Romanelli MM (2014) Matrix metalloproteinases as biomarkers of disease: updates and new insights Clin Chem Lab Med 17 Gong Y, Chippada-Venkata UD, Oh WK (2014) Roles of matrix metalloproteinases and their natural inhibitors in prostate cancer progression Cancers (Basel) 6(3): 1298-1327 18 Grimm T, Chovanová Z, Muchová J, Sumegová K, Liptáková A, Duracková Z, Högger P (2006) Inhibition of NF-kappaB activation and MMP-9 secretion by plasma of human volunteers after ingestion of maritime pine bark extract (Pycnogenol) J Inflamm (Lond) 3: 19 Gross J, Lapiere CM (1962) Collagenolytic activity in amphibian tissues: a tissue culture assay Proc Natl Acad Sci U S A 48: 1014-1022 20 Halade GV, Jin YF and Lindsey ML (2013) Matrix metalloproteinase (MMP)9: a proximal biomarker for cardiac remodeling and a distal biomarker for inflammation Pharmacol Ther 139(1): 32-40 21 http://www.uniprot.org/uniprot/P14780 22 Jones GT (2014) Matrix metalloproteinases in biologic samples Adv Clin Chem 65: 199-219 23 Khan MM, Simizu S, Suzuki T, Masuda A, Kawatani M, Muroi M, Dohmae N, Osada H (2012) Protein disulphide isomerase-mediated disulphide binds regulate gelatinolytic activity and secretion of matrix metalloproteinase-9 Exp Cell Res, 318(8): 904–911 24 Klein T, Bischoff R (2011) Physiology and pathophysiology of matrix metalloproteases Amino Acids 41(2):271-290 25 Kobayashi N, Hata N, Kume N, Yokoyama S, Shinada T, Tomita K, Kitamura M, Shirakabe A, Inami T, Yamamoto M, Seino Y, Mizuno K (2011) Matrix metalloproteinase-9 for the earliest stage acute coronary syndrome Circ J 75(12): 2853-2861 26 Nadarajah VD, van Putten M, Chaouch A, Garrood P, Straub V, Lochmüller H, Ginjaar HB, Aartsma-Rus AM, van Ommen GJ, den Dunnen JT, 't Hoen PA - 54 - (2011) Serum matrix metalloproteinase-9 (MMP-9) as a biomarker for monitoring disease progression in Duchenne muscular dystrophy (DMD) Neuromuscul Disord 21(8):569-578 27 Laemmli UK (1970) Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 Nature 227(5259): 680-685 28 Li H, Zhang K, Liu LH, Ouyang Y, Bu J, Guo HB, Xiao T (2014) A systematic review of matrix metalloproteinase as a biomarker of survival in patients with osteosarcoma Tumour Biol 35(6): 5487-5491 29 Liu G, Zhang X, Lin H, Wang H, Li Q, Ni J, Zhu C (2006) Effects of Ecadherin on mouse embryo implantation and expression of matrix metalloproteinase -2 and -9 Biochem Biophys Res Commun 343(3): 832-838 30 Lyons JG, Birkedal-Hansen B, Moore WG, O'Grady RL, Birkedal-Hansen H (1991) Characteristics of a 95-kDa matrix metalloproteinase produced by mammary carcinoma cells Biochemistry 30(6): 1449-1456 31 Nagase H, Visse R, Murphy G (2006) Structure and function of matrix metalloproteinases and TIMPs Cardiovasc Res 69(3): 562-573 32 Nanda DP, Dutta K, Ganguly KK, Hajra S, Mandal SS, Biswas J, Sinha D (2014) MMP-9 as a potential biomarker for carcinoma of oral cavity: a study in eastern India Neoplasma 61(6):747-757 33 Ndinguri MW, Bhowmick M, Tokmina-Roszyk D, Robichaud TK, Fields GB (2012) Peptide-based selective inhibitors of matrix metalloproteinase-mediated activities Molecules 17(12):14230-14248 34 Newby AC (2005) Dual role of matrix metalloproteinases (matrixins) in intimal thickening and atherosclerotic plaque rupture Physiol Rev 85: 1-31 35 Ma HP, Li W, Liu XM (2014) Matrix metalloproteinase is involved in airway inflammation in cough variant asthma Exp Ther Med 8(4): 1197-1200 36 Maeda S, Haneda M, Guo B, Koya D, Hayashi K, Sugimoto T, Isshiki K, Yasuda H, Kashiwagi A, Kikkawa R (2001) Dinucleotide repeat polymorphism of matrix metalloproteinase-9 gene is associated with diabetic nephropathy - 55 - Kidney Int 60: 1428–1434 37 Mahmud A, Zhou S, Ryan AW, Jerrard-Dunne P, Feely J (2009) A haplotype at the MMP-9 locus is associated with high-blood pressure and arterial stiffness in patients with essential hypertension Artery Res 3: 17–23 38 Mainardi CL, Dixit SN, Kang AH (1980) Degradation of type IV (basement membrane) collagen by a proteinase isolated from human polymorphonuclear leukocyte granules J Biol Chem 255(11): 5435-5441 39 Massova I, Kotra LP, Fridman R, Mobashery S (1998) Matrix metalloproteinases: structures, evolution, and diversification FASEBJ 12(12): 1075-1095 40 Mizon-Gérard F, de Groote P, Lamblin N, Hermant X, Dallongeville J, Amouyel P, Bauters C, Helbecque N (2004) Prognostic impact of matrix metalloproteinase gene polymorphisms in patients with heart failure according to the aetiology of left ventricular systolic dysfunction Eur Heart J 25: 688693 41 Mullis K, Faloona F, Scharf S, Saiki R, Horn G, Erlich H (1986) Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: the polymerase chain reaction Cold Spring Harb Symp Quant Biol 51(1): 263-273 42 Murphy G, Cawston TE, Galloway WA, Barnes MJ, Bunning RA, Mercer E, Reynolds JJ, Burgeson RE (1981) Metalloproteinases from rabbit bone culture medium degrade types IV and V collagens, laminin and fibronectin Biochem J 199( 3): 807-811 43 Murphy G, Reynolds JJ, Bretz U, Baggiolini M (1982) Partial purification of collagenase and gelatinase from human polymorphonuclear leucocytes Analysis of their actions on soluble and insoluble collagens Biochem J 203(1): 209-210 44 Murphy G, Ward R, Hembry RM, Reynolds JJ, Kuhn K, Tryggvason K (1989) Characterization ofgelatinase from pig polymorphonuclear leucocytes A metalloproteinase resembling tumour type IV collagenase Biochem J 258(2): 463- 56 - 472 45 O’Farrell TJ, Guo R, Hasegawa H, Pourmotabbed T (2006) Matrix metalloproteinase-1 takes advantage of the induced fit mechanism to cleave the triple-helical type I collagen molecule Biochemistry 45: 15411–15418 46 O’Farrell TJ, Pourmotabbed T (2000) Identification of structural elements important for matrix metalloproteinase type V collagenolytic activity as revealed by chimeric enzymes Role of fibronectin-like domain and active site of gelatinase B J Biol Chem 275: 27964–27972 47 Ogura Y, Tajrishi MM, Sato S, Hindi SM, Kumar A (2014) Therapeutic potential of matrix metalloproteinases in Duchenne muscular dystrophy Front Cell Dev Biol 2: 11 48 Opstad TB, Pettersen AA, Weiss TW, Akra S, Øvstebø R, Arnesen H, Seljeflot I (2012) Genetic variation, gene-expression and circulating levels of matrix metalloproteinase-9 in patients with stable coronary artery disease ClinicaChimicaActa 413: 113–120 49 Page-McCaw A, Ewald AJ and Werb Z (2007) Matrix metalloproteinases and the regulation of tissue remodelling Nat Rev Mol Cell Biol 8(3): 221-233 50 Peters DG, Kassam A, St Jean PL, Yonas H, Ferrell RE (1999) Functional polymorphism in the matrix metalloproteinase-9 promoter as a potential risk factor for intracranial aneurysm Stroke 30: 2612–2616 51 Provot S, Schipani E (2005) Molecular mechanisms of endochondral bone development Biochem Biophys Res Commun 328(3): 658-665 52 Sambrook J, Russel WD (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd, ed, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY 53 Sanger F, Nicklen S, Coulson AR (1977) DNA sequencing with chainterminating inhibitors Proc Natl Acad Sci U S A 74(12): 5463-5467 54 Sbardella D, Fasciglione GF, Gioia M, Ciaccio C, Tundo GR, Marini S, Coletta M (2012) Human matrix metalloproteinases: an ubiquitarian class of enzymes involved in several pathological processes Mol Aspects Med 33(2): 119-208 - 57 - 55 Sopata I, Dancewicz AM (1974) Presence of a gelatin-specific proteinase and its latent form in human leucocytes Biochim Biophys Acta 370: 510-523 56 Squire IB, Evans J, Ng LL, Loftus IM, Thompson MM (2004) Plasma MMP-9 and MMP-2 following acute myocardial infraction in man: correlation with echocardiographic and neurohumoral parameters of left ventricular dysfunction J Card Fail 10: 328-333 57 Van den Steen PE, Dubois B, Nelissen I, Rudd PM, Dwek RA, Opdenakker G (2002) Biochemistry and Molecular biology of gelatinase B or matrix metalloproteinase-9 (gelatinase B/MMP-9) Crit Rev Biochem Mol Biol 37: 375– 536 58 Van den Steen PE, Van Aelst I, Hvidberg V, Piccard H, Fiten P, Jacobsen C, Moestrup SK, Fry S, Royle L, Wormald MR, Wallis R, Rudd PM, Dwek RA, Opdenakker G (2006) The hemopexin and O-glycosylated domains tune gelatinase B/MMP-9 bioavailability via inhibition of binding to cargo receptors J Biol Chem 281: 18626–18637 59 Vandooren J, van den Steen PE, Opdenakker G (2013) Biochemistry and molecular biology of gelatinase B or matrix metalloproteinase-9 (gelatinase B/MMP-9): The next decade Crit Rev Biochem Mol Biol 48: 222–272 60 Van Wart HE, Birkedal-Hansen H (1990) The cysteine switch: a principle of regulation of metalloproteinase activity with potential applicability to the entire matrix metalloproteinase gene family Proc Natl Acad Sci U S A 87(14): 55785582 61 Vilen ST, Nyberg P, Hukkanen M, Sutinen M, Ylipalosaari M, Bjartell A, Paju A, Haaparanta V, Stenman UH, Sorsa T, Salo T (2008) Intracellular colocalization of trypsin-2 and matrix metalloprotease-9: possible proteolytic cascade of trypsin-2, MMP-9 and enterokinase in carcinoma Exp Cell Res 314(4): 914-926 62 Vilen ST, Salo T, Sorsa T, Nyberg P (2013) Fluctuating roles of matrix metalloproteinase-9 in oral squamous cell carcinoma ScientificWorldJournal - 58 - 2013: 920595 63 Vu TH, Shipley JM, Bergers G, Berger JE, Helms JA, Hanahan D, Shapiro SD, Senior RM, Werb Z (1998) MMP-9/gelatinase B is a key regulator of growth plate angiogenesis and apoptosis of hypertrophic chondrocytes Cell 93(3): 411422 64 William CP, Robert PM (1998), Matrix metalloproteinase, Academic press, California 65 Yabluchanskiy A, Ma Y, Iyer RP, Hall ME, Lindsey ML (2013) Matrix metalloproteinase-9: Many shades of function in cardiovascular disease Physiology (Bethesda) 28(6): 391-403 66 Yoshii N, Hamatani T, Inagaki N, Hosaka T, Inoue O, Yamada M, Machiya R, Yoshimura Y, Odawara Y (2013) Successful implantation after reducing matrix metalloproteinase activity in the uterine cavity Reprod Biol Endocrinol 11: 37 67 Zitka O, Kukacka J, Krizkova S, Huska D, Adam V, Masarik M, Prusa R, Kizek R (2010) Matrix metalloproteinases Current Medicinal Chemistry 17: 3751-3768 68 Zhang B, Henney A, Eriksson P, Hamsten A, Watkins H, Ye S (1999) Genetic variation at the matrix metalloproteinase-9 locus on chromosome 20q12.2–13.1 Hum Genet 105: 418-423 69 Zhi H, Wang H, Ren L, Shi Z, Peng H, Cui L, Ma G, Ye X, Feng Y, Shen C, Zhai X, Zhang C, Zen K, Liu N (2010) Functional polymorphisms of matrix metallopeptidase-9 and risk of coronary artery disease in a Chinese population MolBiol Rep 37:13–20 70 Wang X, Shi LZ (2014) Association of matrix metalloproteinase-9 C1562T polymorphism and coronary artery disease: a meta-analysis J Zhejiang Univ Sci B 15(3): 256-263 71 Wilhelm SM, Collier IE, Marmer BL, Eisen AZ, Grant GA, Goldberg GI (1989) SV40-transformed human lung fibroblasts secrete a 92-kDa type IV collagenase which is identical to that secreted by normal human macrophages J Biol Chem 264(29): 17213-17221 - 59 - ... tiến hành đề tài nghiên cứu: ? ?Nghiên cứu biểu gen Matrix metalloproteinase- 9 (MMP -9) ngƣời E coli” nhằm tạo protein tái tổ hợp matrix metalloproteinase- 9 người để phục vụ cho nghiên cứu tạo kháng... (MMP -9) Matrix metalloproteinase- 9 (MMP -9) thuộc phân nhóm gelatinases, có kích thước khoảng 92 kDa, protein MMP -9 (EC 3.4.24.35) cịn có tên gọi khác collagenase type IV 92 kDa, gelatinase 92 kDa... bazơ DNA Deoxyribonucleic acid Axit Deoxyribonucleic dNTP Deoxynucleoside triphosphate Deoxynucleoside triphosphate E coli Escherichia coli Vi khuẩn Escherichia coli ECM Extracellular matrix Chất