Xây dựng phương án tách dòng gen ampc beta lactamase có khả năng kháng kháng sinh của enterobacteriaceae

ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI Viện công nghệ sinh học cơng nghệ thực phẩm BÁO CÁO THÍ NGHIỆM TIN SINH HỌC Đề tài: Xây dựng phương án tách dịng gen AmpC beta lactamasecó khả kháng kháng sinh Enterobacteriaceae Giảng viên hướng dẫn: GS Nguyễn Văn Cách Nội dung thảo luận I Gen AmpC II Quy trình phương pháp Gen AmpC Lý lựa chọn đề tài - Kháng thuốc trở thành vấn đề y tế toàn cầu đặc biệt nước phát triển Mỗi năm có hàng chục ngàn người tử vong kháng thuốc hàng chục tỷ USD cho kháng thuốc - Đáng báo động Việt Nam xuất vi khuẩn đa kháng thuốc , mức độ kháng ngày gia tăng đặc biệt nhóm gram âm WHO xếp Việt Nam vào nhóm quốc gia có tỉ lệ kháng thuốc kháng sinh cao giới - Vì vậy, đề tài em muốn tìm kiếm đoạn mồi thích hợp cho việc tách dòng khuếch đại gen kháng kháng sinh AmpC Enterobacteriaceae nhằm mục đích nghiên cứu khả kháng kháng sinh vi khuẩn gram âm Gen AmpC AmpC β-Lactamase cephalosporinase quan trọng lâm sàng mã hóa nhiễm sắc thể nhiều loại Enterobacteriaceae số sinh vật khác, chúng trung gian kháng với cephalothin, cefazolin, cefoxitin, hầu hết penicillin Ở nhiều vi khuẩn, enzyme AmpC cảm ứng biểu mức độ cao đột biến Sự biểu mức gây đề kháng với cephalosporin phổ rộng bao gồm cefotaxime, ceftazidime ceftriaxone vấn đề đặc biệt bệnh nhiễm trùng Enterobacter aerogenes Enterobacter cloacae, chủng phân lập ban đầu dễ bị kháng tác nhân Vi khuẩn đường ruột (Enterobacteriaceae ) - Truy cập: NCBI/taxonomy/Enterobacteriaceae - Ta phát sinh hay dòng dõi Crambe maritima https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=543 Quy trình phương pháp Tìm kiếm thơng tin NCBI Bước 1: Tìm kiếm sở liệu NCBI Đường dẫn: https://www.ncbi.nlm.nih gov/ Tìm kiếm thơng tin NCBI Tiếp theo bước 1, Truy cập: NCBI/nucleotide/AmpC gene Tìm kiếm thơng tin NCBI Sau ta lựa chọn báo để tiến hành chạy Clustal Omega Để tìm báo phù hợp ta click vào phần taxonomy hình để xem dịng dõi đề cập báo Ưu tiên thuộc họ vi khuẩn đường ruột (Enterobacteriaceae ) Chọn Taxonomyn Taxonomy Sử lý tìm vùng bảo thủ clustal omega Bước 2: Tìm vùng bảo thủ Tìm báo có liên quan báo Copy đoạn gen ngơn ngữ FASTA vào chương trình Clustal omega Đường dẫn: https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/cl ustalo/ Tìm vùng bảo thủ Clustal omega Copy gene ngôn ng ngôn ngữ FASTA FASTA Chọn Taxonomyn DNA Sau Tìm vùng bảo thủ Clustal omega Sau ấn “submit” kết n “submit” kết t trên n trên Đã xuấn “submit” kết t n vùng bả o thủ Thiết kế đoạn mồi BLAST - primer － Bước 3: Thiết kế đoạn mồi Vì mẫu X08081.1 mẫu chi với đối tượng cần tách gen nên chọn mạch làm mạch khuôn để thiết kế mồi Sau thử nhiều đoạn khác em định lựa chọn: Lựa chọn vùng để thiết kế đoạn mồi xuôi từ nu thứ 215 đến nu thứ 240 25 nu Thiết kế đoạn mồi BLAST - primer Sau thử nhiều đoạn khác em định lựa chọn: Lựa chọn vùng để thiết kế đoạn mồi xuôi từ nu thứ 465 đến nu thứ 495 30 nu Thiết kế đoạn mồi BLAST – primer Sử dụng chương trình Primer-BLAST Đường dẫn: https://www.ncbi nlm.nih.gov/tools/ primer-blast/ Lựa chọn vùng a chọn Taxonomyn vùng để tạo mồi tạo mồi o mồi i xuôi , ngư ợcc Lựa chọn độ dài sản phẩm PCR Lựa chọn nhiệt độ gắn mồi Thiết kế đoạn mồi BLAST – primer ... mồi thích hợp cho việc tách dòng khuếch đại gen kháng kháng sinh AmpC Enterobacteriaceae nhằm mục đích nghiên cứu khả kháng kháng sinh vi khuẩn gram âm Gen AmpC AmpC β -Lactamase cephalosporinase... USD cho kháng thuốc - Đáng báo động Việt Nam xuất vi khuẩn đa kháng thuốc , mức độ kháng ngày gia tăng đặc biệt nhóm gram âm WHO xếp Việt Nam vào nhóm quốc gia có tỉ lệ kháng thuốc kháng sinh cao... thảo luận I Gen AmpC II Quy trình phương pháp Gen AmpC Lý lựa chọn đề tài - Kháng thuốc trở thành vấn đề y tế toàn cầu đặc biệt nước phát triển Mỗi năm có hàng chục ngàn người tử vong kháng thuốc