3Luận văn xác định chỉ thị phân tử liên kết gen kháng bệnh xanh lùn ở cây bông cỏ

ii LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án này, nghiên cứu sinh nhận tận tình giúp đỡ nhiều tập thể cá nhân Nghiên cứu sinh xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến Tiến sỹ Nguyễn Thị Thanh Thủy, Tiến sỹ Nguyễn Văn Giang người thầy tận tình dẫn dắt, động viên tạo điều kiện thuận lợi suốt q trình nghiên cứu khoa học hồn thành luận án Nghiên cứu sinh biết ơn ý kiến đóng góp quý báu PGS TS Nguyễn Hồng Minh Thầy Cô Bộ môn Di truyền chọn Giống – Khoa Nông học giúp đỡ tận tình Thầy, Cơ cơng tác Ban Quản lý Đào tạo – Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội suốt trình học tập Tác giả xin chân thành cảm ơn cán bộ, bạn bè đồng nghiệp công tác Bộ môn Sinh học Phân tử - Viện Di truyền Nơng nghiệp, Phịng Nghiên cứu Công nghệ Sinh học – Viện nghiên cứu Bông PTNN Nha Hố Bộ môn Đa dạng Sinh học Nông nghiệp – Trung Tâm Tài nguyên Thực vật chia sẻ kinh nghiệm, giúp đỡ động viên suốt trình thực luận án Nghiên cứu sinh xin trân trọng gửi lời cảm ơn t i Ban ãnh Đạo Trung tâm Tài nguyên Thực vật, Ban ãnh Đạo Viện Di truyền Nông nghiệp, Ban ãnh Đạo Viện nghiên cứu Bông PTNN Nha Hố tạo điều kiện học tập giúp đỡ tận tình trình thực nghiên cứu Cuối cùng, tác giả xin cảm ơn gia đình bạn bè động viên khích lệ suốt q trình học tập hoàn thành luận án Hà Nội, tháng năm 2013 Tác giả luận án Nguyễn Thị Lan Hoa iii MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt vi Danh mục bảng vii Danh mục hình ix Tính cấp thiết đề tài 1 ngh a khoa học thực ti n đề tài 3 ục tiêu đề tài Những đóng góp luận án ối tượng ph m vi nghiên cứu C N 1.1 T N NT L C CC ỀT Cây nghiên cứu đa d ng di truyền 1.1.1 Nguồn gốc, xuất xứ phân lo i nguồn gen (Gossypium L.) 1.1.2 a d ng kích thước, thành phần trình tự genome bơng 1.1.3 Nghiên cứu đa d ng di truyền sử dụng thỉ phân tử 1.1.4 a d ng nguồn gen 13 19 Những nghiên cứu bệnh xanh lùn h i 20 1.2.1 Bệnh xanh lùn h i lịch sử phát 20 1.2.2 Triệu chứng tác h i bệnh xanh lùn 23 1.2.3 Nguyên nhân gây bệnh 25 1.2.4 Nghiên cứu tính kháng bệnh xanh lùn h i 29 1.2 iv 1.2.5 Chọn t o giống kháng bệnh xanh lùn 31 Nghiên cứu lập đồ di truyền tiềm ứng dụng 1.3 cải tiến giống (Gossypium L.) 33 1.3.1 Nghiên cứu lập đồ di tuyền 33 1.3.2 Nghiên cứu lập đồ gen TL 39 1.3.3 Tiềm ứng dụng thành tựu nghiên cứu hệ gen cải tiến di truyền trồng kháng bệnh 41 Những nghiên cứu sử dụng thị phân tử lập đồ phân 1.4 tử nước N CH TL 45 ,N D N N N NC 47 2.1 ật liệu nghiên cứu 47 2.2 Nội dung nghiên cứu 49 2.3 Thời gian địa điểm nghiên cứu 50 2.3.1 Thời gian nghiên cứu 50 2.3.2 ịa điểm nghiên cứu 50 hương pháp nghiên cứu 51 2.4 2.4.1 hương pháp đánh giá đa d ng di truyền giống cỏ sử dụng thị R 51 2.4.2 hương pháp t o lập quần thể lập đồ 2.4.3 hương pháp phân tích di truyền gen kháng bệnh xanh lùn 55 thơng qua kiểu hình tính kháng quần thể 2.4.4 hương pháp lập đồ gen kháng bệnh xanh lùn xác định thị liên kết dựa quần thể phân ly F2 C N 3.1 3.1.1 56 T N NC T L N ánh giá nguồn vật liệu t o quần thể lập đồ 58 62 62 ánh giá số tiêu đ c điểm hình thái nguồn gen bơng cỏ vật liệu 62 v ánh giá tính kháng bệnh xanh lùn số dịng/giống 3.1.2 bơng cỏ vật liệu 3.1.3 65 Xác định đa hình di truyền, xác định khoảng cách di truyền dịng/giống bơng cỏ tập đoàn thị 3.2 R Nghiên cứu đ c điểm di truyền tính kháng bệnh xanh lùn thơng qua đánh giá kiểu hình tính kháng quần thể phân li 3.2.1 T o lập quần thể lập đồ kháng nhi m quần thể F1, F2, BC1F1 Nghiên cứu xây dựng đồ liên kết cỏ quần thể lập đồ R quần thể phân ly F2 Xác định thị phân tử 91 97 R liên kết với gen kháng bệnh xanh lùn cỏ Lập đồ liên kết gen kháng bệnh xanh lùn cỏ 104 104 ng dụng thị phân tử liên kết với gen kháng bệnh 3.4.2 xanh lùn để chọn lọc cá thể kháng bệnh BC1F1 TL 87 87 o sánh đồ di truyền 3.3.3 3.4.1 80 Nghiên cứu lập đồ di truyền cỏ sử dụng thị 3.4 79 hảo sát đa hình di truyền hai dòng/giống bố mẹ 3.3.1 3.3.2 79 hân tích di truyền tính kháng bệnh xanh lùn dựa tính 3.2.2 3.3 68 N ỀN Ị 108 114 ết luận 114 ề nghị 114 Danh mục cơng trình cơng bố 116 Tài liệu tham khảo 117 Phụ lục 138 vi DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ADN ARN AFLP A,C,G,T BSA bp CAPS cM CRM cs CTAB EST ISSR H MAS NBS-LRR LG RIL PIC PCR QTLs RAPD RFLP RGAs SFR SSRs SNP Acid Deoxyribo Nucleic Acid Ribonucleic Amplified Fragment Length Polymorphism Adenine, Cytosine, Guanine, Thyamine Bulked Segregant Analysis Base pair Cleaved Amplified Polymorphic Sequences Centimorgan Comprehensive reference map Cetyltrimethylammonium bromide Expressed Sequence Tag Axít Deoxyribonucleic Axít ribonucleic a hình chiều dài đo n phân cắt nhân bội Phân tích phân ly nhóm C p bazơ a hình phân đo n nhân cắt giới h n ơn vị khoảng cách đồ di truyền Bản đồ tham khảo Cộng o n trình tự biểu (là đo n trình tự ngắn chuỗi cDN ) Inter-Simple Sequence Repeat Trình tự xen R Observerd Heterogeneity ệ số dị hợp Marker Assisted Selection Chọn lọc nhờ thị phân tử Nucleotide binding site – ị trí liên kết nucleotit t i ùng leucine rich repeat l p l i giàu leucine Linkage group Nhóm liên kết Recombinant inbred lines Dòng tái hợp Polymorphism Information ệ số đa d ng gen Content Polymerase chain reaction hản ứng chuỗi trùng hợp Quantitative trait loci Những locut tính tr ng số lượng Randomly amplified a hình DN nhân bội ngẫu nhiên polymorphic DNA Restriction fragment length a hình chiều dài đo n phân cắt giới polymorphisms h n Resistance gene analog Những yếu tố tương tự gen kháng Super Fine Resolution ộ phân giải cao Simple sequence repeats Những trình tự l p l i đơn giản Single nucleotide a hình nucleotit polymorphisms vii DANH MỤC CÁC BẢNG Tê bả g TT Trang 2.1 Danh sách dịng/giống bơng cỏ nghiên cứu 47 2.2 Thành phần đệm chiết 51 2.3 Thành phần đệm rửa 51 2.4 Thành phần đệm rửa 52 2.5 Thành phần hóa chất gel olyacrylamide 53 2.6 Bố trí thời vụ cho thí nghiệm đồng ruộng 55 2.7 Các cấp độ kháng, nhi m bệnh xanh lùn 57 3.1 Các tiêu hình thái giống bơng cỏ, Ninh Thuận năm 009 3.2 63 ết đánh giá lây nhi m bệnh xanh lùn dịng/giống bơng cỏ 67 3.3 a hình locut R giống cỏ 3.4 a trận tương đồng/khoảng cách di truyền giống 69 nghiên cứu theo Nei (1978) 3.5 3.6 3.7 75 Bảng tổng hợp tiêu chọn c p bố mẹ làm vật liệu lai t o quần thể 78 Danh sách quần thể phân li sử dụng nghiên cứu 80 ết đánh giá tỷ lệ nhi m bệnh xanh lùn hệ quần thể 3.8 82 hân ly kiểu hình tính kháng bệnh xanh lùn hệ c p lai 3.9 ết khảo sát đánh giá đa hình thị B10 dịng KXL002 3.10 c điểm nhóm liên kết đồ di truyền 84 R giống 89 97 viii 3.11 o sánh phân ly kiểu gen kiểu hình tính kháng bệnh xanh lùn quần thể BC1F1(B10xKXL002)xB10 3.12 hân tích đồng phân ly thị N 110 1169 gen kháng Kxl N T số 10 quần thể BC1F1(B10xKXL002)xB10 3.13 112 hân tích đồng phân ly thị BNL 646 gen kháng Kxl N T số 10 quần thể BC1F1(KXL002xB10)xB10 112 ix DANH MỤC CÁC HÌNH TT Tên hình Trang 2.1 đồ bước triển khai thực đề tài 2.2 uy trình xác định nhóm liên kết genome khoảng cách di truyền thị 2.3 2.4 3.1 3.2 3.3 R 59 uy trình xác định vị trí gen kháng đồ nhi m sắc thể thị liên kết với gen kháng 60 Quy trình kiểm tra có m t gen kháng cá thể BC1F1 61 nh rệp gây h i luồi D16-2 Thí nghiệm đánh giá bệnh dịng/giống bơng nhà lưới ,T T gel agarose ,5% 3.7 3.8 đồ lai t o quần thể Các cấp đánh giá bệnh xanh lùn cỏ 81 85 ết đánh giá đa hình hai giống B10 (BC75) R gel agarose FR ,5% 90 ết điện di sản phẩm CR quần thể F với c p mồi BNL3395 gel agarose SFR 3,5% (chỉ thị đồng trội/1 locut) 3.11 76 hân ly kiểu hình kháng/nhi m bệnh xanh lùn quần thể F2 XL00 thị 3.10 73 79 (B10xKXL002) 3.9 72 đồ hình biểu di n mối quan hệ giống nghiên cứu theo khoảng cách di truyền 3.6 68 nh điện di sản phẩm CR số giống nghiên cứu với số c p mồi nhóm N 3.5 66 nh điện di sản phẩm CR số giống nghiên cứu với số c p mồi nhóm BNL gel agarose FR ,5% 3.4 50 92 Kết điện di sản phẩm CR quần thể F2 với c p mồi BNL 656 gel agarose FR ,5% (chỉ thị đồng trội/nhiều locut) 92 x 3.12 ết điện di sản phẩm CR quần thể F với c p mồi BNL3090 gel agarose SFR 3,5% (chỉ thị R trội khuếch đ i locut) 3.13 93 ết điện di sản phẩm CR quần thể F với c p mồi BNL2921 gel agarose SFR 3,5% (chỉ thị đồng trội) 3.14 93 ết điện di sản phẩm CR quần thể F với c p mồi BNL3261 gel agarose SFR 3,5% (chỉ thị đồng trội) 3.15 94 ết điện di sản phẩm CR quần thể F với c p mồi TMD03 gel agarose SFR 3,5% (chỉ thị đồng trội) 3.16 94 Bản đồ di truyền nhóm liên kết bơng cỏ (G arboreum) xây dựng từ quần thể F (B10x XL00 ) 3.17 3.18 96 So sánh vị trí thị R nhóm liên kết a, b với đồ liên kết hệ gen (G.arboreum) o sánh vị trí thị a ( 008) [11 ] R nhóm liên kết L 98 với đồ liên kết hệ gen 3.19 o sánh vị trí thị 99 R nhóm liên kết L 6, LGA11 với đồ liên kết hệ gen 3.20 100 nh điện di sản phẩm CR mồi BNL 59, BNL405 với cá thể quần thể F (B10 x XL00 ) 3.21 o sánh vị trí thị liên kết L 6, L R BNL 101 59 BNL 569 nhóm với đồ liên kết hệ gen a cs (2008) 3.22 ị trí gen kháng bệnh nhi m sắc thể số 10 xác định với thị 3.23 103 R liên kết hân tích kiểu gen số cá thể quần thể BC 1F1 với thị NAU1169 gel agarose SFR 3,5% 3.24 106 109 hân tích kiểu gen số cá thể quần thể BC1F1 với thị BNL3646 gel Polyacrylamide 8% 109 M Tí h ấp h ế Đ U đ Bông vải trồng lấy sợi tự nhiên lấy dầu hàng đầu giới, trồng tập trung t i nhiều khu vực 80 nước, chiếm ,5% diện tích canh tác hàng năm tính tồn cầu đ t sản lượng triệu (Natural fibers website, 2009) Tuy nhiên, ngành trồng nước phải đối m t với nhiều lo i bệnh dịch h i (Fang cs., 2010; Connell cs., 1998) Trong lo i bệnh h i bông, bệnh xanh lùn (cotton blue disease CBD) lo i bệnh gây h i bơng vải (Gossypium L.) lan truyền vector truyền bệnh rệp Aphis gossypii Bệnh gây thiệt h i kinh tế nghiêm trọng hầu trồng giới có iệt Nam (Connell cs., 1998; Lê uang uyền cs., 2007) Bệnh gây h i thường xuyên từ nửa cuối thập kỷ 60 kỷ trước với 25- 0% diện tích trồng số vùng làm giảm -6% tổng sản lượng (Watkins, 1981) Thiệt h i dịch bệnh lên tới 80% ghi nhận nhiều bang Bra-xin, Cộng hòa Trung hi, Ác-hen-ti-na … (Diste Fano cs., 2010; Fang cs., 2010; Silva cs., 2008) nước ta, bệnh xanh lùn ghi nhận lần t i Nha ố, Ninh Thuận vào năm 1984-1985 nhanh chóng lan rộng tỉnh trồng nước, làm giảm 10-15% suất bơng trung bình năm, có lên đến 0% (Lê uang uyền cs., 007) Cho tới nay, bệnh xanh lùn lo i bệnh gây h i nghiêm trọng vải (Nguyen, 2002, 1997) nguyên nhân gây ảnh hưởng lớn cho việc mở rộng diện tích nâng cao suất ngành iệt Nam iện nay, giống tứ bội trồng phổ biến vùng trồng Bả g Ph í h A o a ho lo BNL 960 Anova: Single Factor SUMMARY Groups Count Sum Average Variance 0.47107 A 171 313 1.830409 B 100 259 2.59 0.264545 ANOVA Source of Variation Between Groups Within Groups SS 36.4071 106.2719 Total 142.679 %R2 25.51679 df MS 36.4071 92.15523 269 0.395063 270 F P-value 5.89E-19 F crit 3.87626 Bả g Ph í h hóm l ê ế 10 bằ g phầ m m Mapma e ge há g Kxl ê h ễm sắ hể số TL ************************************************************************ * Output from: Tue Jul 14 03:19:27 2010 * * * * MAPMAKER/EXP * * (version 3.0b) * * * ************************************************************************ 'photo' is on: file is 'KXL.OUT' 2> prepare data kxl.raw preparing data from file 'KXL.RAW' ok F2 intercross data (271 individuals, 11 loci) ok unable to run file 'KXL.PRE' skipping initialization saving genotype data in file 'KXL.DAT' ok saving map data in file 'KXL.MAP' ok saving traits data in file 'KXL.TRA' ok 3> print name on 'print names' is on 4> print map on 'print maps' is on 5> cent func kosambi centimorgan function: Kosambi 6> sequence all sequence #1= all 7> make chromosome c10 chromosomes defined: c10 8> attach c10 BNL0256 - attached to c10 BNL2983 - attached to c10 NAU3993 - attached to c10 NAU3342 - attached to c10 BNL2960 - attached to c10 MUCS023 - attached to c10 NAU0921 - attached to c10 NAU1182 - attached to c10 BNL1169 - attached to c10 BNL3646 - attached to c10 NAU1236 - attached to c10 ok 9> framework c10 setting framework for chromosome c10 ======================================================================== c10 framework: Markers BNL0256 BNL2983 NAU3993 NAU3342 BNL2960 MUCS023 NAU0921 Distance 9.6 cM 24.0 cM 1.6 cM 38.4 cM 23.4 cM 2.8 cM 15.5 cM 10 11 NAU1182 BNL1169 BNL3646 NAU1236 10.0 cM 9.5 cM 20.4 cM -155.2 cM 11 markers log-likelihood= -390.84 ======================================================================== 10> photo kxl ************************************************************************ * Output from: Tue Jul 14 03:22:37 2010 * * * * MAPMAKER/EXP * * (version 3.0b) * * * ************************************************************************ data from 'KXL.RAW' are loaded F2 intercross data (271 individuals, 11 loci) 'photo' is on: file is 'KXL.OUT' 11> prepare data kxl.raw save current data set first? [yes] y saving genotype data in file 'KXL.DAT' ok saving map data in file 'KXL.MAP' ok preparing data from file 'KXL.RAW' ok F2 intercross data (271 individuals, 11 loci) ok map data in file 'KXL.MAP' is old not loading unable to run file 'KXL.PRE' skipping initialization saving genotype data in file 'KXL.DAT' ok saving map data in file 'KXL.MAP' ok saving traits data in file 'KXL.TRA' ok 12> print name on 'print names' is on 13> print map on 'print maps' is on 14> cent func kosambi centimorgan function: Kosambi 15> sequence all sequence #1= all 16> make chromosome c10 chromosomes defined: c10 17> attach BNL0256 BNL2983 NAU3993 NAU3342 BNL2960 MUCS023 NAU0921 NAU1182 BNL1169 BNL3646 NAU1236 ok c10 attached attached attached attached attached attached attached attached attached attached attached to to to to to to to to to to to c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 18> framework c10 setting framework for chromosome c10 ======================================================================== c10 framework: Markers BNL0256 BNL2983 NAU3993 NAU3342 BNL2960 MUCS023 NAU0921 NAU1182 BNL1169 10 BNL3646 11 NAU1236 Distance 9.6 cM 24.0 cM 1.6 cM 38.4 cM 23.4 cM 2.8 cM 15.5 cM 6.8 cM 12.9 cM 20.4 cM -155.4 cM 11 markers log-likelihood= -389.87 ======================================================================== 19> save saving genotype data in file 'KXL.DAT' ok saving map data in file 'KXL.MAP' ok 20> q save data before quitting? [yes] y saving map data in file 'KXL.MAP' ok goodbye ************************************************************************ * Output from: Tue Jul 14 03:24:20 2010 * * * * MAPMAKER/QTL * * (version 1.1b) * * * ************************************************************************ 'photo' is on: file is 'KXL.OUT' 2> load kxl data files 'KXL1.DATA' and 'KXL.TRAITS' are loaded (271 intercross progeny, 12 loci, trait) Unable to load any saved QTL map data 3> print name on 'print names' is on 4> sequence [all] The sequence is now '[all]' 5> show linkage map linkage maps: ============================================================= BNL0256-BNL2983 10.5 cM 9.5 % BNL2983-NAU3993 29.5 cM 22.3 % NAU3993-NAU3342 1.6 cM 1.6 % NAU3342-BNL2960 51.8 cM 32.3 % BNL2960-MUCS023 28.7 cM 21.8 % MUCS023-NAU0921 2.9 cM 2.8 % NAU0921-NAU1182 17.9 cM 15.1 % NAU1182-NAU1169 7.2 cM 6.7 % NAU1169-BNL3646 14.6 cM 12.7 % BNL3646-NAU1236 24.4 cM 19.3 % ============================================================= 6> trait The current trait is: (weight) 7> trait The current trait is now: (weight) 8> show trait Trait (weight): -distribution: quartile | fraction within n deviations: mean sigma skewness kurtosis ratio | 1/4 1/2 7.43 1.67 0.43 -1.28 1.33 | 0.10 0.26 0.57 1.00 1.00 -4.09 4.92 5.76 6.60 7.43 8.27 9.10 9.94 10.77 11.61 | | |************************************************* |************************************************************ |******************************************* |************************ |******************** |********** |*************************************************** | 9> make trait logwt=log(weight) New trait number (logwt) had been added to the data set -distribution: mean sigma 0.86 0.10 skewness 0.24 kurtosis -1.32 quartile | ratio | 1.36 | fraction within n deviations: 1/4 1/2 0.06 0.32 0.57 1.00 1.00 -0.67 0.72 0.76 0.81 0.86 0.91 0.96 1.00 1.05 1.10 | |********** |************************************** |****************************************** |****************************************************** |************************** |********************** |************************************************************ | | 10> scan QTL maps for trait (weight): Sequence: [all] LOD threshold: 2.00 Scale: 0.25 per '*' No fixed-QTLs Scanned QTL genetics are free POS WEIGHT DOM %VAR LOG-LIKE | -| BNL0256-BNL2983 10.5 cM 0.0 -0.210 -0.188 0.9% 0.231 | 2.0 -0.277 -0.199 1.4% 0.331 | 4.0 -0.341 -0.198 2.0% 0.452 | 6.0 -0.395 -0.184 2.5% 0.583 | 8.0 -0.435 -0.160 2.9% 0.713 | 10.0 -0.455 -0.129 3.1% 0.829 | -| 0.0 -0.457 -0.121 3.1% 0.854 | 2.0 -0.490 -0.125 3.7% 0.908 | 4.0 -0.523 -0.131 4.3% 0.960 | 6.0 -0.552 -0.137 4.9% 1.008 | 8.0 -0.576 -0.142 5.5% 1.046 | 10.0 -0.588 -0.137 5.8% 1.071 | 12.0 -0.591 -0.124 6.0% 1.081 | 14.0 -0.584 -0.106 5.9% 1.075 | 16.0 -0.569 -0.085 5.7% 1.054 | 18.0 -0.547 -0.062 5.3% 1.021 | 20.0 -0.519 -0.035 4.8% 0.980 | 22.0 -0.488 -0.014 4.3% 0.934 | 24.0 -0.458 -0.007 3.9% 0.884 | 26.0 -0.427 -0.002 3.4% 0.834 | 28.0 -0.397 -0.005 3.0% 0.783 | -| 0.0 -0.373 -0.009 2.7% 0.746 | -| 0.0 -0.410 0.044 3.3% 0.903 | 2.0 -0.446 0.027 3.8% 0.980 | 4.0 -0.487 0.004 4.5% 1.068 | 6.0 -0.530 -0.024 5.3% 1.168 | 8.0 -0.579 -0.064 6.4% 1.282 | 10.0 -0.633 -0.115 7.6% 1.411 | 12.0 -0.693 -0.184 9.3% 1.556 | 14.0 -0.754 -0.255 11.2% 1.715 | 16.0 -0.820 -0.344 13.7% 1.886 | 18.0 -0.890 -0.450 16.8% 2.067 | 20.0 -0.969 -0.586 20.9% 2.254 | 22.0 -1.438 -1.771 74.8% 6.003 | 24.0 -1.433 -1.781 75.0% 6.380 | 26.0 -1.428 -1.790 75.1% 6.585 | 28.0 -1.427 -1.790 75.2% 6.622 | 30.0 -1.425 -1.792 75.2% 6.489 | 32.0 -1.004 -0.485 21.3% 2.664 | 34.0 -0.959 -0.381 18.7% 2.621 | 36.0 -0.916 -0.293 16.6% 2.572 | 38.0 -0.878 -0.236 15.1% 2.520 | 40.0 -0.840 -0.190 13.7% 2.463 | 42.0 -0.802 -0.156 12.4% 2.403 | 44.0 -0.763 -0.134 11.2% 2.341 | 46.0 -0.724 -0.120 10.1% 2.278 | 48.0 -0.687 -0.114 9.1% 2.216 | 50.0 -0.649 -0.112 8.2% 2.155 | -| 0.0 -0.617 -0.111 7.4% 2.102 | 2.0 -0.661 -0.123 8.5% 2.245 | 4.0 -0.705 -0.143 9.7% 2.391 | 6.0 -0.745 -0.170 10.8% 2.537 | 8.0 -0.783 -0.208 12.0% 2.677 | 10.0 -0.813 -0.247 13.1% 2.805 | 12.0 -0.837 -0.292 14.0% 2.917 | 14.0 -0.851 -0.328 14.6% 3.003 | 16.0 -0.854 -0.358 14.9% 3.060 | 18.0 -0.848 -0.379 14.8% 3.082 | 20.0 -0.831 -0.382 14.3% 3.070 | 22.0 -0.807 -0.382 13.5% 3.024 | 24.0 -0.774 -0.366 12.4% 2.950 | 26.0 -0.737 -0.346 11.2% 2.854 | 28.0 -0.695 -0.318 9.8% 2.743 | -| 0.0 -0.680 -0.309 9.4% 2.705 | 2.0 -0.719 -0.398 10.7% 2.945 | -| BNL2983-NAU3993 29.5 cM NAU3993-NAU3342 1.6 cM NAU3342-BNL2960 51.8 cM * ** ***************** ****************** ******************* ******************* ****************** *** *** *** *** ** ** ** ** * * BNL2960-MUCS023 28.7 cM * * ** *** *** **** **** ***** ***** ***** ***** ***** **** **** *** MUCS023-NAU0921 2.9 cM *** **** NAU0921-NAU1182 17.9 cM 0.0 -0.701 -0.366 9.9% 2.851 | 2.0 -0.826 -0.431 13.6% 3.472 | 4.0 -0.952 -0.493 17.9% 4.176 | 6.0 -1.057 -0.532 21.7% 4.892 | 8.0 -1.130 -0.540 24.5% 5.541 | 10.0 -1.177 -0.526 26.0% 6.071 | 12.0 -1.197 -0.492 26.4% 6.455 | 14.0 -1.196 -0.442 25.8% 6.680 | 16.0 -1.167 -0.364 24.1% 6.743 | -| 0.0 -1.116 -0.270 21.7% 6.683 | 2.0 -1.391 -0.586 34.6% 9.661 | 4.0 -1.497 -0.654 39.6% 12.072 | ************************************ 6.0 -1.537 -0.651 41.1% 13.766 | ************************************ -| 0.0 -1.548 -0.640 41.4% 14.579 | ************************************ 2.0 -1.894 -1.073 72.9% 24.517 | ************************************ 4.0 -1.916 -1.035 74.4% 27.781 | ************************************ 6.0 -1.925 -1.013 75.1% 29.411 | ************************************ 8.0 -1.929 -1.000 75.1% 30.171 | ************************************ 10.0 -1.928 -0.991 74.7% 30.217 | ************************************ 12.0 -1.923 -0.982 73.7% 29.365 | ************************************ 14.0 -1.910 -0.953 71.1% 25.965 | ************************************ -| 0.0 -1.750 -0.593 53.6% 21.001 | ************************************ 2.0 -1.900 -0.846 66.9% 21.843 | ************************************ 4.0 -1.908 -0.919 72.3% 22.008 | ************************************ 6.0 -1.905 -0.938 74.2% 21.584 | ************************************ 8.0 -1.900 -0.944 75.0% 20.687 | ************************************ 10.0 -1.893 -0.948 75.4% 19.381 | ************************************ 12.0 -1.885 -0.952 75.4% 17.658 | ************************************ 14.0 -1.876 -0.957 75.2% 15.453 | ************************************ 16.0 -1.864 -0.963 74.5% 12.626 | ************************************ 18.0 -1.847 -0.967 73.0% 8.915 | 20.0 -1.129 0.337 24.1% 6.120 | 22.0 -0.954 0.560 19.7% 5.307 | 24.0 -0.814 0.653 16.5% 4.727 | -| **** ****** ********* ************ *************** ***************** ****************** ******************* ******************* NAU1182-NAU1169 7.2 cM ******************* ******************************* NAU1169-BNL3646 14.6 cM BNL3646-NAU1236 24.4 cM **************************** ***************** ************** *********** Results have been stored as scan number 11> show peak LOD score peaks for scan 1.1 of trait (weight) Sequence: [all] No fixed-QTLs Scanned QTL genetics are free Peak Threshold: 2.00 Falloff: -2.00 ======================================================================== QTL-Map for peak 1: Confidence Interval: Left Boundary= NAU3342-BNL2960 + 22.0 Right Boundary= NAU3342-BNL2960 + 30.0 INTERVAL NAU3342-BNL2960 1.4274 -1.7898 LENGTH 51.8 QTL-POS 28.0 GENETICS WEIGHT free DOMINANCE - chi^2= 30.495 (2 D.F.) log-likelihood= 6.62 mean= 9.541 sigma^2= 0.694 variance-explained= 75.2% ======================================================================== QTL-Map for peak 2: Confidence Interval: Left Boundary= NAU1169-BNL3646 + 6.0 Right Boundary= NAU1169-BNL3646 + 12.0 INTERVAL NAU1169-BNL3646 1.9283 -0.9906 LENGTH 14.6 QTL-POS 10.0 GENETICS WEIGHT free DOMINANCE - chi^2= 139.156 (2 D.F.) log-likelihood= 30.22 mean= 9.846 sigma^2= 0.706 variance-explained= 74.7% ======================================================================== 12> q save data before quitting? [yes] y Now saving KXL.QTLS Now saving KXL.TRAITS goodbye PHỤ LỤC B PHỤ LỤC SO SÁNH BẢN ĐỒ DI TRUYỀN N B N Ồ D TR YỀN TR N CÂY BÔN CỎ B N Ồ Hì h So sá h ị Ghi chú: L EN í hỉ hị SSR ê hóm l ê bả đ l ê ế ê hệ ge A ế LGA1 LGA đồ C R (Yu, 010) (Ref map) đồ a (2008) (JLMZ x ZJXSL ) Các đồ truy cập t i ebsite: http://www.cottonmarker.org Hì h So sá h ị í hỉ hị SSR bả đ l ê ê hóm l ê ế ê hệ ge A ế LGA4 LGA5 Ghi chú: LGA2 đồ C R (Yu mith, 010) (Ref map) đồ a (2008) (JLMZ x ZJXSLS) Cá c đồ truy cập t i ebsite: http://www.cottonmarker.org Hì h So sá h ị Ghi chú: L í hỉ hị SSR ê hóm l ê bả đ l ê ế ê hệ ge A ế LGA6 LGA đồ C R (Yu mith, 010) (Ref map) đồ a (2008) (JL Z x ZJX L ) Các đồ truy cập t i ebsite: http://www.cottonmarker.org Hì h So sá h ị Ghi chú: L í hỉ hị SSR ê hóm l ê bả đ l ê ế ê hệ ge A ế LGA8 LGA9 đồ C R (Yu mith, 010) (Ref map) đồ a (2008) (JLMZ x ZJX L ) Các đồ truy cập t i ebsite: http://www.cottonmarker.org Hì h So sá h ị í hỉ hị SSR bả đ l ê Ghi chú: L ê ế hóm l ê ế LGA10 LGA11 ê hệ ge A đồ C R (Yu mith, 010) (Ref map) đồ a (2008) (JL Z x ZJX L ) Các đồ truy cập t i ebsite: http://www.cottonmarker.org Hì h So sá h ị í hỉ hị SSR bả đ l ê Ghi chú: L ê ế hóm l ê ế LGA1 LGA13 ê hệ ge A đồ C R (Yu mith, 010) (Ref map) đồ a (2008) (JL Z x ZJX L ) Các đồ truy cập t i ebsite: http://www.cottonmarker.org ... phân ly F2 Xác định thị phân tử 91 97 R liên kết với gen kháng bệnh xanh lùn cỏ Lập đồ liên kết gen kháng bệnh xanh lùn cỏ 104 104 ng dụng thị phân tử liên kết với gen kháng bệnh 3.4.2 xanh lùn. .. tính kháng bệnh xanh lùn nói riêng giống bơng cỏ iệc xác định di truyền tính kháng bệnh thị phân tử R liên kết với gen kháng bệnh xanh lùn giống cỏ Nghệ n không nhằm xác định nguồn gen mà mở khả... giống kháng bệnh xanh lùn nước ta Mụ ê đ ề tài “ ác định ch thị phân tử liên kết g n kháng bệnh xanh lùn cỏ" chúng tơi thực nhằm tìm hiểu sở di truyền tính kháng bệnh xanh lùn ở mức phân tử, cung