Xác định chỉ thị phân tử liên kết gen kháng bệnh xanh lùn ở cây bông cỏ

BỘ GIÁO DỤC VÀ ðÀO TẠO TRƯỜNG ðẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI  NGUYỄN THỊ LAN HOA XÁC ðỊNH CHỈ THỊ PHÂN TỬ LIÊN KẾT GEN KHÁNG BỆNH XANH LÙN Ở CÂY BÔNG CỎ LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI – 2013 BỘ GIÁO DỤC VÀ ðÀO TẠO TRƯỜNG ðẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI  NGUYỄN THỊ LAN HOA XÁC ðỊNH CHỈ THỊ PHÂN TỬ LIÊN KẾT GEN KHÁNG BỆNH XANH LÙN Ở CÂY BÔNG CỎ Chuyên ngành : Di truyền Chọn giống trồng Mã số : 62 62 01 11 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC TS Nguyễn Thị Thanh Thủy TS Nguyễn Văn Giang HÀ NỘI – 2013 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… i LỜI CAM ðOAN Tơi xin cam đoan kết nghiên cứu trình bày luận án thực Các số liệu kết nghiên cứu ñã nêu luận án trung thực chưa cơng bố cơng trình nghiên cứu khác Tơi xin cam ñoan giúp ñỡ ñã ñược cám ơn, tài liệu trích dẫn rõ nguồn gốc Hà Nội, tháng năm 2013 Tác giả luận án Nguyễn Thị Lan Hoa Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… ii LỜI CẢM ƠN ðể hồn thành luận án này, nghiên cứu sinh ñã nhận ñược tận tình giúp đỡ nhiều tập thể cá nhân Nghiên cứu sinh xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc ñến Tiến sỹ Nguyễn Thị Thanh Thủy, Tiến sỹ Nguyễn Văn Giang người thầy tận tình dẫn dắt, ñộng viên tạo ñiều kiện thuận lợi suốt trình nghiên cứu khoa học hoàn thành luận án Nghiên cứu sinh biết ơn ý kiến đóng góp q báu PGS TS Nguyễn Hồng Minh Thầy Cô Bộ môn Di truyền chọn Giống – Khoa Nông học giúp đỡ tận tình Thầy, Cơ cơng tác Ban Quản lý ðào tạo – Trường ðại học Nơng nghiệp Hà Nội suốt q trình học tập ñây Tác giả xin chân thành cảm ơn cán bộ, bạn bè đồng nghiệp cơng tác Bộ môn Sinh học Phân tử - Viện Di truyền Nông nghiệp, Phịng Nghiên cứu Cơng nghệ Sinh học – Viện nghiên cứu Bông PTNN Nha Hố Bộ môn ða dạng Sinh học Nông nghiệp – Trung Tâm Tài nguyên Thực vật ñã chia sẻ kinh nghiệm, giúp ñỡ ñộng viên suốt trình thực luận án Nghiên cứu sinh xin trân trọng gửi lời cảm ơn tới Ban Lãnh ðạo Trung tâm Tài nguyên Thực vật, Ban Lãnh ðạo Viện Di truyền Nông nghiệp, Ban Lãnh ðạo Viện nghiên cứu Bơng PTNN Nha Hố tạo điều kiện học tập giúp đỡ tận tình trình thực nghiên cứu Cuối cùng, tác giả xin cảm ơn gia đình bạn bè động viên khích lệ suốt q trình học tập hoàn thành luận án Hà Nội, tháng năm 2013 Tác giả luận án Nguyễn Thị Lan Hoa Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… iii MỤC LỤC Lời cam ñoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt vi Danh mục bảng vii Danh mục hình ix MỞ ðẦU 1 Tính cấp thiết đề tài Ý nghĩa khoa học thực tiễn ñề tài 3 Mục tiêu ñề tài Những ñóng góp luận án ðối tượng phạm vi nghiên cứu CHƯƠNG I TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ðỀ TÀI 1.1 Cây bơng nghiên cứu đa dạng di truyền 5 1.1.1 Nguồn gốc, xuất xứ phân loại nguồn gen (Gossypium L.) 1.1.2 ða dạng kích thước, thành phần trình tự genome bơng 1.1.3 Nghiên cứu ña dạng di truyền sử dụng thỉ phân tử 13 1.1.4 ða dạng nguồn gen 19 1.2 Những nghiên cứu bệnh xanh lùn hại 20 1.2.1 Bệnh xanh lùn hại lịch sử phát 20 1.2.2 Triệu chứng tác hại bệnh xanh lùn 23 1.2.3 Nguyên nhân gây bệnh 25 1.2.4 Nghiên cứu tính kháng bệnh xanh lùn hại bơng 29 1.2.5 Chọn tạo giống kháng bệnh xanh lùn 31 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… iv 1.3 Nghiên cứu lập ñồ di truyền tiềm ứng dụng cải tiến giống (Gossypium L.) 33 1.3.1 Nghiên cứu lập đồ di tuyền bơng 33 1.3.2 Nghiên cứu lập đồ gen QTL 39 1.3.3 Tiềm ứng dụng thành tựu nghiên cứu hệ gen cải tiến di truyền trồng kháng bệnh 1.4 41 Những nghiên cứu sử dụng thị phân tử lập ñồ phân tử nước CHƯƠNG VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 45 47 2.1 Vật liệu nghiên cứu 47 2.2 Nội dung nghiên cứu 49 2.3 Thời gian ñịa ñiểm nghiên cứu 50 2.3.1 Thời gian nghiên cứu 50 2.3.2 ðịa ñiểm nghiên cứu 50 Phương pháp nghiên cứu 51 2.4 2.4.1 Phương pháp ñánh giá ña dạng di truyền giống cỏ sử dụng thị SSR 51 2.4.2 Phương pháp tạo lập quần thể lập ñồ 55 2.4.3 Phương pháp phân tích di truyền gen kháng bệnh xanh lùn thơng qua kiểu hình tính kháng quần thể 2.4.4 56 Phương pháp lập ñồ gen kháng bệnh xanh lùn xác ñịnh thị liên kết dựa quần thể phân ly F2 58 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 62 3.1 3.1.1 ðánh giá nguồn vật liệu tạo quần thể lập ñồ 62 ðánh giá số tiêu ñặc ñiểm hình thái nguồn gen bơng cỏ vật liệu Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 62 v 3.1.2 ðánh giá tính kháng bệnh xanh lùn số dịng/giống bơng cỏ vật liệu 3.1.3 Xác định đa hình di truyền, xác ñịnh khoảng cách di truyền dịng/giống bơng cỏ tập đồn thị SSR 3.2 3.2.1 Tạo lập quần thể lập ñồ 3.2.2 Phân tích di truyền tính kháng bệnh xanh lùn dựa tính kháng nhiễm quần thể F1, F2, BC1F1 3.3.1 Nghiên cứu xây dựng ñồ liên kết cỏ 3.3.3 3.4 79 79 80 87 Khảo sát đa hình di truyền hai dịng/giống bố mẹ quần thể lập ñồ 3.3.2 68 Nghiên cứu đặc điểm di truyền tính kháng bệnh xanh lùn thơng qua đánh giá kiểu hình tính kháng quần thể phân li 3.3 65 87 Nghiên cứu lập đồ di truyền bơng cỏ sử dụng thị SSR quần thể phân ly F2 91 So sánh ñồ di truyền 97 Xác ñịnh thị phân tử SSR liên kết với gen kháng bệnh xanh lùn bơng cỏ 3.4.1 Lập đồ liên kết gen kháng bệnh xanh lùn cỏ 3.4.2 Ứng dụng thị phân tử liên kết với gen kháng bệnh xanh lùn ñể chọn lọc cá thể kháng bệnh BC1F1 KẾT LUẬN VÀ ðỀ NGHỊ 104 104 108 114 Kết luận 114 ðề nghị 115 Danh mục cơng trình cơng bố 116 Tài liệu tham khảo 117 Phụ lục 140 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… vi DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ADN ARN AFLP A,C,G,T BSA bp CAPS cM CRM cs CTAB EST ISSR H MAS NBS-LRR LG RIL PIC PCR QTLs RAPD RFLP RGAs SFR SSRs SNP Acid Deoxyribo Nucleic Acid Ribonucleic Amplified Fragment Length Polymorphism Adenine, Cytosine, Guanine, Thyamine Bulked Segregant Analysis Base pair Cleaved Amplified Polymorphic Sequences Centimorgan Comprehensive reference map Axít Deoxyribonucleic Axít ribonucleic ða hình chiều dài đoạn phân cắt nhân bội Phân tích phân ly nhóm Cặp bazơ ða hình phân ñoạn nhân ñược cắt giới hạn ðơn vị khoảng cách ñồ di truyền Bản ñồ tham khảo Cộng Cetyltrimethylammonium bromide Expressed Sequence Tag ðoạn trình tự biểu (là đoạn trình tự ngắn chuỗi cDNA) Inter-Simple Sequence Repeat Trình tự xen SSR Observerd Heterogeneity Hệ số dị hợp Marker Assisted Selection Chọn lọc nhờ thị phân tử Nucleotide binding site – Vị trí liên kết nucleotit Vùng leucine rich repeat lặp lại giàu leucine Linkage group Nhóm liên kết Recombinant inbred lines Dòng tái hợp Polymorphism Information Hệ số ña dạng gen Content Polymerase chain reaction Phản ứng chuỗi trùng hợp Quantitative trait loci Những locut tính trạng số lượng ða hình ADN nhân bội ngẫu nhiên Randomly amplified polymorphic DNA Restriction fragment length ða hình chiều dài đoạn phân cắt giới polymorphisms hạn Resistance gene analog Những yếu tố tương tự gen kháng Super Fine Resolution ðộ phân giải cao Simple sequence repeats Những trình tự lặp lại đơn giản ða hình nucleotit Single nucleotide polymorphisms Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… vii DANH MỤC CÁC BẢNG TT Tên bảng Trang 2.1 Danh sách dịng/giống bơng cỏ nghiên cứu 47 2.2 Thành phần ñệm chiết 51 2.3 Thành phần ñệm rửa I 51 2.4 Thành phần ñệm rửa II 52 2.5 Thành phần hóa chất gel Polyacrylamide 53 2.6 Bố trí thời vụ cho thí nghiệm đồng ruộng 55 2.7 Các cấp ñộ kháng, nhiễm bệnh xanh lùn 57 3.1 Các tiêu hình thái giống cỏ, Ninh Thuận năm 2009 3.2 63 Kết ñánh giá lây nhiễm bệnh xanh lùn dòng/giống bơng cỏ 67 3.3 ða hình locut SSR 31 giống bơng cỏ 69 3.4 Ma trận tương đồng/khoảng cách di truyền giống nghiên cứu theo Nei (1978) 3.5 75 Bảng tổng hợp tiêu chọn cặp bố mẹ làm vật liệu lai tạo quần thể 78 3.6 Danh sách quần thể phân li sử dụng nghiên cứu 80 3.7 Kết ñánh giá tỷ lệ nhiễm bệnh xanh lùn hệ quần thể 3.8 Phân ly kiểu hình tính kháng bệnh xanh lùn hệ cặp lai 3.9 3.10 82 84 Kết khảo sát đánh giá đa hình thị SSR giống B10 dịng KXL002 89 ðặc điểm nhóm liên kết ñồ di truyền 97 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… viii 3.11 So sánh phân ly kiểu gen kiểu hình tính kháng bệnh xanh lùn quần thể BC1F1(B10xKXL002)xB10 3.12 Phân tích đồng phân ly thị NAU1169 gen kháng Kxl NST số 10 quần thể BC1F1(B10xKXL002)xB10 3.13 110 112 Phân tích đồng phân ly thị BNL3646 gen kháng Kxl NST số 10 quần thể BC1F1(KXL002xB10)xB10 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 112 ======================================================================== 31> sequence group14 sequence #15= group14 32> map ======================================================================== Map: Markers Distance 49 BNL3626 21.5 cM 45 BNL3582 32.1 cM 30 BNL3031 37.4 cM 11 BNL1672 44.0 cM 103 NAU3052 48.3 cM 16 BNL1707 70.0 cM 104 NAU3166 84.2 cM 57 BNL3948 103.3 cM 67 BNL4053 -103.3 cM markers log-likelihood= -289.14 ======================================================================== 33> quit save data before quitting? [yes] y saving map data in file 'Linkage.MAP' ok saving two-point data in file 'Linkage.2PT' ok goodbye Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… Bảng Phân tích Anova cho locut BNL2960 Anova: Single Factor SUMMARY Groups Count Sum Average Variance 0.47107 A 171 313 1.830409 B 100 259 2.59 0.264545 ANOVA Source of Variation Between Groups Within Groups SS 36.4071 106.2719 Total 142.679 %R2 25.51679 df MS F 36.4071 92.15523 P-value 5.89E-19 F crit 3.87626 269 0.395063 270 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nơng nghiệp ……………………… Bảng Phân tích nhóm liên kết với gen kháng Kxl nhiễm sắc thể số 10 phần mềm Mapmaker QTL ************************************************************************ * Output from: Tue Jul 14 03:19:27 2010 * * * * MAPMAKER/EXP * * (version 3.0b) * * * ************************************************************************ 'photo' is on: file is 'KXL.OUT' 2> prepare data kxl.raw preparing data from file 'KXL.RAW' ok F2 intercross data (271 individuals, 11 loci) ok unable to run file 'KXL.PRE' skipping initialization saving genotype data in file 'KXL.DAT' ok saving map data in file 'KXL.MAP' ok saving traits data in file 'KXL.TRA' ok 3> print name on 'print names' is on 4> print map on 'print maps' is on 5> cent func kosambi centimorgan function: Kosambi 6> sequence all sequence #1= all 7> make chromosome c10 chromosomes defined: c10 8> attach c10 BNL0256 - attached BNL2983 - attached NAU3993 - attached NAU3342 - attached BNL2960 - attached MUCS023 - attached NAU0921 - attached NAU1182 - attached BNL1169 - attached BNL3646 - attached NAU1236 - attached ok to to to to to to to to to to to c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 9> framework c10 setting framework for chromosome c10 ======================================================================== c10 framework: Markers BNL0256 BNL2983 NAU3993 Distance 9.6 cM 24.0 cM 1.6 cM Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 7 10 11 NAU3342 BNL2960 MUCS023 NAU0921 NAU1182 BNL1169 BNL3646 NAU1236 38.4 cM 23.4 cM 2.8 cM 15.5 cM 10.0 cM 9.5 cM 20.4 cM -155.2 cM 11 markers log-likelihood= -390.84 ======================================================================== 10> photo kxl ************************************************************************ * Output from: Tue Jul 14 03:22:37 2010 * * * * MAPMAKER/EXP * * (version 3.0b) * * * ************************************************************************ data from 'KXL.RAW' are loaded F2 intercross data (271 individuals, 11 loci) 'photo' is on: file is 'KXL.OUT' 11> prepare data kxl.raw save current data set first? [yes] y saving genotype data in file 'KXL.DAT' ok saving map data in file 'KXL.MAP' ok preparing data from file 'KXL.RAW' ok F2 intercross data (271 individuals, 11 loci) ok map data in file 'KXL.MAP' is old not loading unable to run file 'KXL.PRE' skipping initialization saving genotype data in file 'KXL.DAT' ok saving map data in file 'KXL.MAP' ok saving traits data in file 'KXL.TRA' ok 12> print name on 'print names' is on 13> print map on 'print maps' is on 14> cent func kosambi centimorgan function: Kosambi 15> sequence all sequence #1= all 16> make chromosome c10 chromosomes defined: c10 17> attach BNL0256 BNL2983 NAU3993 NAU3342 BNL2960 MUCS023 NAU0921 NAU1182 BNL1169 BNL3646 NAU1236 ok c10 attached attached attached attached attached attached attached attached attached attached attached to to to to to to to to to to to c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 18> framework c10 setting framework for chromosome c10 ======================================================================== c10 framework: Markers BNL0256 BNL2983 NAU3993 NAU3342 BNL2960 MUCS023 NAU0921 NAU1182 BNL1169 10 BNL3646 11 NAU1236 Distance 9.6 cM 24.0 cM 1.6 cM 38.4 cM 23.4 cM 2.8 cM 15.5 cM 6.8 cM 12.9 cM 20.4 cM -155.4 cM 11 markers log-likelihood= -389.87 ======================================================================== 19> save saving genotype data in file 'KXL.DAT' ok saving map data in file 'KXL.MAP' ok 20> q save data before quitting? [yes] y saving map data in file 'KXL.MAP' ok goodbye ************************************************************************ * Output from: Tue Jul 14 03:24:20 2010 * * * * MAPMAKER/QTL * * (version 1.1b) * * * ************************************************************************ 'photo' is on: file is 'KXL.OUT' 2> load kxl data files 'KXL1.DATA' and 'KXL.TRAITS' are loaded (271 intercross progeny, 12 loci, trait) Unable to load any saved QTL map data 3> print name on 'print names' is on 4> sequence [all] The sequence is now '[all]' 5> show linkage map linkage maps: ============================================================= BNL0256-BNL2983 10.5 cM 9.5 % BNL2983-NAU3993 29.5 cM 22.3 % NAU3993-NAU3342 1.6 cM 1.6 % NAU3342-BNL2960 51.8 cM 32.3 % BNL2960-MUCS023 28.7 cM 21.8 % MUCS023-NAU0921 2.9 cM 2.8 % NAU0921-NAU1182 17.9 cM 15.1 % NAU1182-NAU1169 7.2 cM 6.7 % NAU1169-BNL3646 14.6 cM 12.7 % BNL3646-NAU1236 24.4 cM 19.3 % ============================================================= Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 6> trait The current trait is: (weight) 7> trait The current trait is now: (weight) 8> show trait Trait (weight): -distribution: mean sigma 7.43 1.67 skewness 0.43 kurtosis -1.28 quartile | ratio | 1.33 | fraction within n deviations: 1/4 1/2 0.10 0.26 0.57 1.00 1.00 -4.09 4.92 5.76 6.60 7.43 8.27 9.10 9.94 10.77 11.61 | | |************************************************* |************************************************************ |******************************************* |************************ |******************** |********** |*************************************************** | 9> make trait logwt=log(weight) New trait number (logwt) had been added to the data set -distribution: mean sigma 0.86 0.10 skewness 0.24 kurtosis -1.32 quartile | ratio | 1.36 | fraction within n deviations: 1/4 1/2 0.06 0.32 0.57 1.00 1.00 -0.67 0.72 0.76 0.81 0.86 0.91 0.96 1.00 1.05 1.10 | |********** |************************************** |****************************************** |****************************************************** |************************** |********************** |************************************************************ | | 10> scan QTL maps for trait (weight): Sequence: [all] LOD threshold: 2.00 Scale: 0.25 per '*' No fixed-QTLs Scanned QTL genetics are free POS WEIGHT DOM %VAR LOG-LIKE | -| BNL0256-BNL2983 10.5 cM 0.0 -0.210 -0.188 0.9% 0.231 | 2.0 -0.277 -0.199 1.4% 0.331 | 4.0 -0.341 -0.198 2.0% 0.452 | 6.0 -0.395 -0.184 2.5% 0.583 | 8.0 -0.435 -0.160 2.9% 0.713 | 10.0 -0.455 -0.129 3.1% 0.829 | -| BNL2983-NAU3993 29.5 cM Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 10 0.0 -0.457 -0.121 3.1% 0.854 | 2.0 -0.490 -0.125 3.7% 0.908 | 4.0 -0.523 -0.131 4.3% 0.960 | 6.0 -0.552 -0.137 4.9% 1.008 | 8.0 -0.576 -0.142 5.5% 1.046 | 10.0 -0.588 -0.137 5.8% 1.071 | 12.0 -0.591 -0.124 6.0% 1.081 | 14.0 -0.584 -0.106 5.9% 1.075 | 16.0 -0.569 -0.085 5.7% 1.054 | 18.0 -0.547 -0.062 5.3% 1.021 | 20.0 -0.519 -0.035 4.8% 0.980 | 22.0 -0.488 -0.014 4.3% 0.934 | 24.0 -0.458 -0.007 3.9% 0.884 | 26.0 -0.427 -0.002 3.4% 0.834 | 28.0 -0.397 -0.005 3.0% 0.783 | -| 0.0 -0.373 -0.009 2.7% 0.746 | -| 0.0 -0.410 0.044 3.3% 0.903 | 2.0 -0.446 0.027 3.8% 0.980 | 4.0 -0.487 0.004 4.5% 1.068 | 6.0 -0.530 -0.024 5.3% 1.168 | 8.0 -0.579 -0.064 6.4% 1.282 | 10.0 -0.633 -0.115 7.6% 1.411 | 12.0 -0.693 -0.184 9.3% 1.556 | 14.0 -0.754 -0.255 11.2% 1.715 | 16.0 -0.820 -0.344 13.7% 1.886 | 18.0 -0.890 -0.450 16.8% 2.067 | 20.0 -0.969 -0.586 20.9% 2.254 | 22.0 -1.438 -1.771 74.8% 6.003 | 24.0 -1.433 -1.781 75.0% 6.380 | 26.0 -1.428 -1.790 75.1% 6.585 | 28.0 -1.427 -1.790 75.2% 6.622 | 30.0 -1.425 -1.792 75.2% 6.489 | 32.0 -1.004 -0.485 21.3% 2.664 | 34.0 -0.959 -0.381 18.7% 2.621 | 36.0 -0.916 -0.293 16.6% 2.572 | 38.0 -0.878 -0.236 15.1% 2.520 | 40.0 -0.840 -0.190 13.7% 2.463 | 42.0 -0.802 -0.156 12.4% 2.403 | 44.0 -0.763 -0.134 11.2% 2.341 | 46.0 -0.724 -0.120 10.1% 2.278 | 48.0 -0.687 -0.114 9.1% 2.216 | 50.0 -0.649 -0.112 8.2% 2.155 | -| 0.0 -0.617 -0.111 7.4% 2.102 | 2.0 -0.661 -0.123 8.5% 2.245 | 4.0 -0.705 -0.143 9.7% 2.391 | 6.0 -0.745 -0.170 10.8% 2.537 | 8.0 -0.783 -0.208 12.0% 2.677 | 10.0 -0.813 -0.247 13.1% 2.805 | 12.0 -0.837 -0.292 14.0% 2.917 | 14.0 -0.851 -0.328 14.6% 3.003 | 16.0 -0.854 -0.358 14.9% 3.060 | 18.0 -0.848 -0.379 14.8% 3.082 | 20.0 -0.831 -0.382 14.3% 3.070 | 22.0 -0.807 -0.382 13.5% 3.024 | 24.0 -0.774 -0.366 12.4% 2.950 | 26.0 -0.737 -0.346 11.2% 2.854 | 28.0 -0.695 -0.318 9.8% 2.743 | -| 0.0 -0.680 -0.309 9.4% 2.705 | 2.0 -0.719 -0.398 10.7% 2.945 | -| 0.0 -0.701 -0.366 9.9% 2.851 | NAU3993-NAU3342 1.6 cM NAU3342-BNL2960 51.8 cM * ** ***************** ****************** ******************* ******************* ****************** *** *** *** *** ** ** ** ** * * BNL2960-MUCS023 28.7 cM * * ** *** *** **** **** ***** ***** ***** ***** ***** **** **** *** MUCS023-NAU0921 2.9 cM *** **** NAU0921-NAU1182 17.9 cM **** Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 11 2.0 -0.826 -0.431 13.6% 3.472 | 4.0 -0.952 -0.493 17.9% 4.176 | 6.0 -1.057 -0.532 21.7% 4.892 | 8.0 -1.130 -0.540 24.5% 5.541 | 10.0 -1.177 -0.526 26.0% 6.071 | 12.0 -1.197 -0.492 26.4% 6.455 | 14.0 -1.196 -0.442 25.8% 6.680 | 16.0 -1.167 -0.364 24.1% 6.743 | -| 0.0 -1.116 -0.270 21.7% 6.683 | 2.0 -1.391 -0.586 34.6% 9.661 | 4.0 -1.497 -0.654 39.6% 12.072 | ************************************ 6.0 -1.537 -0.651 41.1% 13.766 | ************************************ -| 0.0 -1.548 -0.640 41.4% 14.579 | ************************************ 2.0 -1.894 -1.073 72.9% 24.517 | ************************************ 4.0 -1.916 -1.035 74.4% 27.781 | ************************************ 6.0 -1.925 -1.013 75.1% 29.411 | ************************************ 8.0 -1.929 -1.000 75.1% 30.171 | ************************************ 10.0 -1.928 -0.991 74.7% 30.217 | ************************************ 12.0 -1.923 -0.982 73.7% 29.365 | ************************************ 14.0 -1.910 -0.953 71.1% 25.965 | ************************************ -| 0.0 -1.750 -0.593 53.6% 21.001 | ************************************ 2.0 -1.900 -0.846 66.9% 21.843 | ************************************ 4.0 -1.908 -0.919 72.3% 22.008 | ************************************ 6.0 -1.905 -0.938 74.2% 21.584 | ************************************ 8.0 -1.900 -0.944 75.0% 20.687 | ************************************ 10.0 -1.893 -0.948 75.4% 19.381 | ************************************ 12.0 -1.885 -0.952 75.4% 17.658 | ************************************ 14.0 -1.876 -0.957 75.2% 15.453 | ************************************ 16.0 -1.864 -0.963 74.5% 12.626 | ************************************ 18.0 -1.847 -0.967 73.0% 8.915 | 20.0 -1.129 0.337 24.1% 6.120 | 22.0 -0.954 0.560 19.7% 5.307 | 24.0 -0.814 0.653 16.5% 4.727 | -| ****** ********* ************ *************** ***************** ****************** ******************* ******************* NAU1182-NAU1169 7.2 cM ******************* ******************************* NAU1169-BNL3646 14.6 cM BNL3646-NAU1236 24.4 cM **************************** ***************** ************** *********** Results have been stored as scan number 11> show peak LOD score peaks for scan 1.1 of trait (weight) Sequence: [all] No fixed-QTLs Scanned QTL genetics are free Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 12 Peak Threshold: 2.00 Falloff: -2.00 ======================================================================== QTL-Map for peak 1: Confidence Interval: Left Boundary= NAU3342-BNL2960 + 22.0 Right Boundary= NAU3342-BNL2960 + 30.0 INTERVAL NAU3342-BNL2960 1.4274 -1.7898 LENGTH 51.8 QTL-POS 28.0 GENETICS WEIGHT free DOMINANCE - chi^2= 30.495 (2 D.F.) log-likelihood= 6.62 mean= 9.541 sigma^2= 0.694 variance-explained= 75.2% ======================================================================== QTL-Map for peak 2: Confidence Interval: Left Boundary= NAU1169-BNL3646 + 6.0 Right Boundary= NAU1169-BNL3646 + 12.0 INTERVAL NAU1169-BNL3646 1.9283 -0.9906 LENGTH 14.6 QTL-POS 10.0 GENETICS WEIGHT free DOMINANCE - chi^2= 139.156 (2 D.F.) log-likelihood= 30.22 mean= 9.846 sigma^2= 0.706 variance-explained= 74.7% ======================================================================== 12> q save data before quitting? [yes] y Now saving KXL.QTLS Now saving KXL.TRAITS goodbye Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 13 PHỤ LỤC B PHỤ LỤC SO SÁNH BẢN ðỒ DI TRUYỀN SO SÁNH BẢN ðỒ DI TRUYỀN TRÊN CÂY BÔNG CỎ VỚI BẢN ðỒ HỆ GEN A Hình So sánh vị trí thị SSR nhóm liên kết LGA1, LGA2 với ñồ liên kết hệ gen A Ghi chú: LGA2 ñồ CMR (Yu, 2010) (Ref_map) ñồ Ma (2008) (JLMZ x ZJXSLS) Các ñồ ñược truy cập website: http://www.cottonmarker.org Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nơng nghiệp ……………………… 14 Hình So sánh vị trí thị SSR nhóm liên kết LGA4, LGA5 với ñồ liên kết hệ gen A Ghi chú: LGA2 ñồ CMR (Yu Smith, 2010) (Ref_map) ñồ Ma (2008) (JLMZ x ZJXSLS) Các ñồ ñược truy cập website: http://www.cottonmarker.org Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nơng nghiệp ……………………… 15 Hình So sánh vị trí thị SSR nhóm liên kết LGA6, LGA7 với đồ liên kết hệ gen A Ghi chú: LGA2 ñồ CMR (Yu Smith, 2010) (Ref_map) ñồ Ma (2008) (JLMZ x ZJXSLS) Các ñồ ñược truy cập website: http://www.cottonmarker.org Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 16 Hình So sánh vị trí thị SSR nhóm liên kết LGA8, LGA9 với ñồ liên kết hệ gen A Ghi chú: LGA2 ñồ CMR (Yu Smith, 2010) (Ref_map) ñồ Ma (2008) (JLMZ x ZJXSLS) Các ñồ ñược truy cập website: http://www.cottonmarker.org Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nơng nghiệp ……………………… 17 Hình So sánh vị trí thị SSR nhóm liên kết LGA10, LGA11 với ñồ liên kết hệ gen A Ghi chú: LGA2 ñồ CMR (Yu Smith, 2010) (Ref_map) ñồ Ma (2008) (JLMZ x ZJXSLS) Các ñồ ñược truy cập website: http://www.cottonmarker.org Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 18 Hình So sánh vị trí thị SSR nhóm liên kết LGA12, LGA13 với đồ liên kết hệ gen A Ghi chú: LGA2 ñồ CMR (Yu Smith, 2010) (Ref_map) ñồ Ma (2008) (JLMZ x ZJXSLS) Các ñồ ñược truy cập website: http://www.cottonmarker.org Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận án tiến sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 19 ... cơng trình xác định ñược thị SSR liên kết với gen kháng bệnh xanh lùn bơng cỏ, có thị liên kết hai phía gen kháng sử dụng chọn tạo giống kháng bệnh xanh lùn với trợ giúp thị phân tử ðối tượng... 3.4.1 Lập ñồ liên kết gen kháng bệnh xanh lùn cỏ 3.4.2 Ứng dụng thị phân tử liên kết với gen kháng bệnh xanh lùn ñể chọn lọc cá thể kháng bệnh BC1F1 KẾT LUẬN VÀ ðỀ NGHỊ 104 104 108 114 Kết luận 114... tiêu ñề tài ðề tài ? ?Xác ñịnh thị phân tử liên kết gen kháng bệnh xanh lùn bơng cỏ" chúng tơi thực nhằm tìm hiểu sở di truyền tính kháng bệnh xanh lùn ở mức phân tử, cung cấp sở khoa học cho công