Xác định chỉ thị phân tử liên kết gen kháng bệnh xanh lùn ở cây bông cỏ

Header Page of 128 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI  NGUYỄN THỊ LAN HOA LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI – 2013 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page of 128 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI  NGUYỄN THỊ LAN HOA Chuyên ngành Mã số D Chọ g ố g : 62 62 01 11 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP NGƯỜI HƯ NG D N TS Ng TS Ng HOA HỌC ễ Thị Tha h Thủ ễ V Ga g HÀ NỘI – 2013 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 g Header Page of 128 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan kết nghiên cứu trình bày luận án thực Các số liệu kết nghiên cứu nêu luận án trung thực chưa công bố công trình nghiên cứu khác Tơi xin cam đoan giúp đỡ cám ơn, tài liệu trích dẫn rõ nguồn gốc Hà Nội, tháng năm 2013 Tác giả luận án Ng ễ Thị La Hoa luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page of 128 ii LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án này, nghiên cứu sinh nhận tận tình giúp đỡ nhiều tập thể cá nhân Nghiên cứu sinh xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến Tiến sỹ Nguyễn Thị Thanh Thủy, Tiến sỹ Nguyễn Văn Giang người thầy tận tình dẫn dắt, động viên tạo điều kiện thuận lợi suốt q trình nghiên cứu khoa học hồn thành luận án Nghiên cứu sinh biết ơn ý kiến đóng góp quý báu PGS TS Nguyễn Hồng Minh Thầy Cô Bộ môn Di truyền chọn Giống – Khoa Nông học giúp đỡ tận tình Thầy, Cơ cơng tác Ban Quản lý Đào tạo – Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội suốt trình học tập Tác giả xin chân thành cảm ơn cán bộ, bạn bè đồng nghiệp công tác Bộ môn Sinh học Phân tử - Viện Di truyền Nơng nghiệp, Phòng Nghiên cứu Công nghệ Sinh học – Viện nghiên cứu Bông PTNN Nha Hố Bộ môn Đa dạng Sinh học Nông nghiệp – Trung Tâm Tài nguyên Thực vật chia sẻ kinh nghiệm, giúp đỡ động viên suốt trình thực luận án Nghiên cứu sinh xin trân trọng gửi lời cảm ơn t i Ban ãnh Đạo Trung tâm Tài nguyên Thực vật, Ban ãnh Đạo Viện Di truyền Nông nghiệp, Ban ãnh Đạo Viện nghiên cứu Bông PTNN Nha Hố tạo điều kiện học tập giúp đỡ tận tình trình thực nghiên cứu Cuối cùng, tác giả xin cảm ơn gia đình bạn bè động viên khích lệ suốt q trình học tập hoàn thành luận án Hà Nội, tháng năm 2013 Tác giả luận án Nguyễn Thị Lan Hoa luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page of 128 iii MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt vi Danh mục bảng vii Danh mục hình ix Tính cấp thiết đề tài 1 ngh a khoa học thực ti n đề tài 3 ục tiêu đề tài Những đóng góp luận án ối tượng ph m vi nghiên cứu C N 1.1 T N NT L C CC ỀT Cây nghiên cứu đa d ng di truyền 1.1.1 Nguồn gốc, xuất xứ phân lo i nguồn gen (Gossypium L.) 1.1.2 a d ng kích thước, thành phần trình tự genome bơng 1.1.3 Nghiên cứu đa d ng di truyền sử dụng thỉ phân tử 1.1.4 a d ng nguồn gen 13 19 Những nghiên cứu bệnh xanh lùn h i 20 1.2.1 Bệnh xanh lùn h i lịch sử phát 20 1.2.2 Triệu chứng tác h i bệnh xanh lùn 23 1.2.3 Nguyên nhân gây bệnh 25 1.2.4 Nghiên cứu tính kháng bệnh xanh lùn h i 29 1.2 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page of 128 1.2.5 iv Chọn t o giống kháng bệnh xanh lùn 31 Nghiên cứu lập đồ di truyền tiềm ứng dụng 1.3 cải tiến giống (Gossypium L.) 33 1.3.1 Nghiên cứu lập đồ di tuyền 33 1.3.2 Nghiên cứu lập đồ gen TL 39 1.3.3 Tiềm ứng dụng thành tựu nghiên cứu hệ gen cải tiến di truyền trồng kháng bệnh 41 Những nghiên cứu sử dụng thị phân tử lập đồ phân 1.4 tử nước N CH TL 45 ,N D N N N NC 47 2.1 ật liệu nghiên cứu 47 2.2 Nội dung nghiên cứu 49 2.3 Thời gian địa điểm nghiên cứu 50 2.3.1 Thời gian nghiên cứu 50 2.3.2 ịa điểm nghiên cứu 50 hương pháp nghiên cứu 51 2.4 2.4.1 hương pháp đánh giá đa d ng di truyền giống cỏ sử dụng thị R 51 2.4.2 hương pháp t o lập quần thể lập đồ 2.4.3 hương pháp phân tích di truyền gen kháng bệnh xanh lùn 55 thơng qua kiểu hình tính kháng quần thể 2.4.4 hương pháp lập đồ gen kháng bệnh xanh lùn xác định thị liên kết dựa quần thể phân ly F2 C N 3.1 3.1.1 56 T N NC T L N ánh giá nguồn vật liệu t o quần thể lập đồ 58 62 62 ánh giá số tiêu đ c điểm hình thái nguồn gen bơng cỏ vật liệu luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 62 Header Page of 128 v ánh giá tính kháng bệnh xanh lùn số dòng/giống 3.1.2 cỏ vật liệu 3.1.3 65 Xác định đa hình di truyền, xác định khoảng cách di truyền dòng/giống bơng cỏ tập đồn thị 3.2 R Nghiên cứu đ c điểm di truyền tính kháng bệnh xanh lùn thơng qua đánh giá kiểu hình tính kháng quần thể phân li 3.2.1 T o lập quần thể lập đồ kháng nhi m quần thể F1, F2, BC1F1 Nghiên cứu xây dựng đồ liên kết cỏ quần thể lập đồ R quần thể phân ly F2 Xác định thị phân tử 91 97 R liên kết với gen kháng bệnh xanh lùn cỏ Lập đồ liên kết gen kháng bệnh xanh lùn cỏ 104 104 ng dụng thị phân tử liên kết với gen kháng bệnh 3.4.2 xanh lùn để chọn lọc cá thể kháng bệnh BC1F1 TL 87 87 o sánh đồ di truyền 3.3.3 3.4.1 80 Nghiên cứu lập đồ di truyền cỏ sử dụng thị 3.4 79 hảo sát đa hình di truyền hai dòng/giống bố mẹ 3.3.1 3.3.2 79 hân tích di truyền tính kháng bệnh xanh lùn dựa tính 3.2.2 3.3 68 N ỀN Ị 108 114 ết luận 114 ề nghị 114 Danh mục cơng trình công bố 116 Tài liệu tham khảo 117 Phụ lục 138 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page of 128 vi DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ADN ARN AFLP A,C,G,T BSA bp CAPS cM CRM cs CTAB EST ISSR H MAS NBS-LRR LG RIL PIC PCR QTLs RAPD RFLP RGAs SFR SSRs SNP Acid Deoxyribo Nucleic Acid Ribonucleic Amplified Fragment Length Polymorphism Adenine, Cytosine, Guanine, Thyamine Bulked Segregant Analysis Base pair Cleaved Amplified Polymorphic Sequences Centimorgan Comprehensive reference map Axít Deoxyribonucleic Axít ribonucleic a hình chiều dài đo n phân cắt nhân bội Phân tích phân ly nhóm C p bazơ a hình phân đo n nhân cắt giới h n ơn vị khoảng cách đồ di truyền Bản đồ tham khảo Cộng Cetyltrimethylammonium bromide Expressed Sequence Tag o n trình tự biểu (là đo n trình tự ngắn chuỗi cDN ) Inter-Simple Sequence Repeat Trình tự xen R Observerd Heterogeneity ệ số dị hợp Marker Assisted Selection Chọn lọc nhờ thị phân tử Nucleotide binding site – ị trí liên kết nucleotit t i ùng leucine rich repeat l p l i giàu leucine Linkage group Nhóm liên kết Recombinant inbred lines Dòng tái hợp Polymorphism Information ệ số đa d ng gen Content Polymerase chain reaction hản ứng chuỗi trùng hợp Quantitative trait loci Những locut tính tr ng số lượng Randomly amplified a hình DN nhân bội ngẫu nhiên polymorphic DNA Restriction fragment length a hình chiều dài đo n phân cắt giới polymorphisms h n Resistance gene analog Những yếu tố tương tự gen kháng Super Fine Resolution ộ phân giải cao Simple sequence repeats Những trình tự l p l i đơn giản Single nucleotide a hình nucleotit polymorphisms luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page of 128 vii DANH MỤC CÁC BẢNG Tê bả g TT Trang 2.1 Danh sách dòng/giống bơng cỏ nghiên cứu 47 2.2 Thành phần đệm chiết 51 2.3 Thành phần đệm rửa 51 2.4 Thành phần đệm rửa 52 2.5 Thành phần hóa chất gel olyacrylamide 53 2.6 Bố trí thời vụ cho thí nghiệm đồng ruộng 55 2.7 Các cấp độ kháng, nhi m bệnh xanh lùn 57 3.1 Các tiêu hình thái giống bơng cỏ, Ninh Thuận năm 009 3.2 63 ết đánh giá lây nhi m bệnh xanh lùn dòng/giống bơng cỏ 67 3.3 a hình locut R giống bơng cỏ 3.4 a trận tương đồng/khoảng cách di truyền giống 69 nghiên cứu theo Nei (1978) 3.5 3.6 3.7 75 Bảng tổng hợp tiêu chọn c p bố mẹ làm vật liệu lai t o quần thể 78 Danh sách quần thể phân li sử dụng nghiên cứu 80 ết đánh giá tỷ lệ nhi m bệnh xanh lùn hệ quần thể 3.8 82 hân ly kiểu hình tính kháng bệnh xanh lùn hệ c p lai 3.9 ết khảo sát đánh giá đa hình thị B10 dòng KXL002 3.10 c điểm nhóm liên kết đồ di truyền luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 84 R giống 89 97 Header Page 10 of 128 3.11 viii o sánh phân ly kiểu gen kiểu hình tính kháng bệnh xanh lùn quần thể BC1F1(B10xKXL002)xB10 3.12 hân tích đồng phân ly thị N 110 1169 gen kháng Kxl N T số 10 quần thể BC1F1(B10xKXL002)xB10 3.13 112 hân tích đồng phân ly thị BNL 646 gen kháng Kxl N T số 10 quần thể BC1F1(KXL002xB10)xB10 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 10 of 128 112 Header Page 163 of 128 Bả g Ph í h A o a ho lo BNL 960 Anova: Single Factor SUMMARY Groups Count Sum Average Variance 0.47107 A 171 313 1.830409 B 100 259 2.59 0.264545 ANOVA Source of Variation Between Groups Within Groups SS 36.4071 106.2719 Total 142.679 %R2 25.51679 df MS F 36.4071 92.15523 269 0.395063 270 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 163 of 128 P-value 5.89E-19 F crit 3.87626 Header Page 164 of 128 Bả g Ph í h hóm l ê ế 10 bằ g phầ m m Mapma e ge há g Kxl ê h ễm sắ hể số TL ************************************************************************ * Output from: Tue Jul 14 03:19:27 2010 * * * * MAPMAKER/EXP * * (version 3.0b) * * * ************************************************************************ 'photo' is on: file is 'KXL.OUT' 2> prepare data kxl.raw preparing data from file 'KXL.RAW' ok F2 intercross data (271 individuals, 11 loci) ok unable to run file 'KXL.PRE' skipping initialization saving genotype data in file 'KXL.DAT' ok saving map data in file 'KXL.MAP' ok saving traits data in file 'KXL.TRA' ok 3> print name on 'print names' is on 4> print map on 'print maps' is on 5> cent func kosambi centimorgan function: Kosambi 6> sequence all sequence #1= all 7> make chromosome c10 chromosomes defined: c10 8> attach c10 BNL0256 - attached to c10 BNL2983 - attached to c10 NAU3993 - attached to c10 NAU3342 - attached to c10 BNL2960 - attached to c10 MUCS023 - attached to c10 NAU0921 - attached to c10 NAU1182 - attached to c10 BNL1169 - attached to c10 BNL3646 - attached to c10 NAU1236 - attached to c10 ok 9> framework c10 setting framework for chromosome c10 ======================================================================== c10 framework: Markers BNL0256 BNL2983 NAU3993 NAU3342 BNL2960 MUCS023 NAU0921 Distance 9.6 cM 24.0 cM 1.6 cM 38.4 cM 23.4 cM 2.8 cM 15.5 cM luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 164 of 128 Header Page 165 of 128 10 11 NAU1182 BNL1169 BNL3646 NAU1236 10.0 cM 9.5 cM 20.4 cM -155.2 cM 11 markers log-likelihood= -390.84 ======================================================================== 10> photo kxl ************************************************************************ * Output from: Tue Jul 14 03:22:37 2010 * * * * MAPMAKER/EXP * * (version 3.0b) * * * ************************************************************************ data from 'KXL.RAW' are loaded F2 intercross data (271 individuals, 11 loci) 'photo' is on: file is 'KXL.OUT' 11> prepare data kxl.raw save current data set first? [yes] y saving genotype data in file 'KXL.DAT' ok saving map data in file 'KXL.MAP' ok preparing data from file 'KXL.RAW' ok F2 intercross data (271 individuals, 11 loci) ok map data in file 'KXL.MAP' is old not loading unable to run file 'KXL.PRE' skipping initialization saving genotype data in file 'KXL.DAT' ok saving map data in file 'KXL.MAP' ok saving traits data in file 'KXL.TRA' ok 12> print name on 'print names' is on 13> print map on 'print maps' is on 14> cent func kosambi centimorgan function: Kosambi 15> sequence all sequence #1= all 16> make chromosome c10 chromosomes defined: c10 17> attach BNL0256 BNL2983 NAU3993 NAU3342 BNL2960 MUCS023 NAU0921 NAU1182 BNL1169 BNL3646 NAU1236 ok c10 attached attached attached attached attached attached attached attached attached attached attached to to to to to to to to to to to c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 c10 18> framework c10 setting framework for chromosome c10 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 165 of 128 Header Page 166 of 128 ======================================================================== c10 framework: Markers BNL0256 BNL2983 NAU3993 NAU3342 BNL2960 MUCS023 NAU0921 NAU1182 BNL1169 10 BNL3646 11 NAU1236 Distance 9.6 cM 24.0 cM 1.6 cM 38.4 cM 23.4 cM 2.8 cM 15.5 cM 6.8 cM 12.9 cM 20.4 cM -155.4 cM 11 markers log-likelihood= -389.87 ======================================================================== 19> save saving genotype data in file 'KXL.DAT' ok saving map data in file 'KXL.MAP' ok 20> q save data before quitting? [yes] y saving map data in file 'KXL.MAP' ok goodbye ************************************************************************ * Output from: Tue Jul 14 03:24:20 2010 * * * * MAPMAKER/QTL * * (version 1.1b) * * * ************************************************************************ 'photo' is on: file is 'KXL.OUT' 2> load kxl data files 'KXL1.DATA' and 'KXL.TRAITS' are loaded (271 intercross progeny, 12 loci, trait) Unable to load any saved QTL map data 3> print name on 'print names' is on 4> sequence [all] The sequence is now '[all]' 5> show linkage map linkage maps: ============================================================= BNL0256-BNL2983 10.5 cM 9.5 % BNL2983-NAU3993 29.5 cM 22.3 % NAU3993-NAU3342 1.6 cM 1.6 % NAU3342-BNL2960 51.8 cM 32.3 % BNL2960-MUCS023 28.7 cM 21.8 % MUCS023-NAU0921 2.9 cM 2.8 % NAU0921-NAU1182 17.9 cM 15.1 % NAU1182-NAU1169 7.2 cM 6.7 % NAU1169-BNL3646 14.6 cM 12.7 % BNL3646-NAU1236 24.4 cM 19.3 % ============================================================= luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 166 of 128 Header Page 167 of 128 6> trait The current trait is: (weight) 7> trait The current trait is now: (weight) 8> show trait Trait (weight): -distribution: quartile | fraction within n deviations: mean sigma skewness kurtosis ratio | 1/4 1/2 7.43 1.67 0.43 -1.28 1.33 | 0.10 0.26 0.57 1.00 1.00 -4.09 4.92 5.76 6.60 7.43 8.27 9.10 9.94 10.77 11.61 | | |************************************************* |************************************************************ |******************************************* |************************ |******************** |********** |*************************************************** | 9> make trait logwt=log(weight) New trait number (logwt) had been added to the data set -distribution: mean sigma 0.86 0.10 skewness 0.24 kurtosis -1.32 quartile | ratio | 1.36 | fraction within n deviations: 1/4 1/2 0.06 0.32 0.57 1.00 1.00 -0.67 0.72 0.76 0.81 0.86 0.91 0.96 1.00 1.05 1.10 | |********** |************************************** |****************************************** |****************************************************** |************************** |********************** |************************************************************ | | 10> scan QTL maps for trait (weight): Sequence: [all] LOD threshold: 2.00 Scale: 0.25 per '*' No fixed-QTLs Scanned QTL genetics are free POS WEIGHT DOM %VAR LOG-LIKE | -| BNL0256-BNL2983 10.5 cM 0.0 -0.210 -0.188 0.9% 0.231 | 2.0 -0.277 -0.199 1.4% 0.331 | 4.0 -0.341 -0.198 2.0% 0.452 | 6.0 -0.395 -0.184 2.5% 0.583 | 8.0 -0.435 -0.160 2.9% 0.713 | 10.0 -0.455 -0.129 3.1% 0.829 | luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 167 of 128 Header Page 168 of 128 -| 0.0 -0.457 -0.121 3.1% 0.854 | 2.0 -0.490 -0.125 3.7% 0.908 | 4.0 -0.523 -0.131 4.3% 0.960 | 6.0 -0.552 -0.137 4.9% 1.008 | 8.0 -0.576 -0.142 5.5% 1.046 | 10.0 -0.588 -0.137 5.8% 1.071 | 12.0 -0.591 -0.124 6.0% 1.081 | 14.0 -0.584 -0.106 5.9% 1.075 | 16.0 -0.569 -0.085 5.7% 1.054 | 18.0 -0.547 -0.062 5.3% 1.021 | 20.0 -0.519 -0.035 4.8% 0.980 | 22.0 -0.488 -0.014 4.3% 0.934 | 24.0 -0.458 -0.007 3.9% 0.884 | 26.0 -0.427 -0.002 3.4% 0.834 | 28.0 -0.397 -0.005 3.0% 0.783 | -| 0.0 -0.373 -0.009 2.7% 0.746 | -| 0.0 -0.410 0.044 3.3% 0.903 | 2.0 -0.446 0.027 3.8% 0.980 | 4.0 -0.487 0.004 4.5% 1.068 | 6.0 -0.530 -0.024 5.3% 1.168 | 8.0 -0.579 -0.064 6.4% 1.282 | 10.0 -0.633 -0.115 7.6% 1.411 | 12.0 -0.693 -0.184 9.3% 1.556 | 14.0 -0.754 -0.255 11.2% 1.715 | 16.0 -0.820 -0.344 13.7% 1.886 | 18.0 -0.890 -0.450 16.8% 2.067 | 20.0 -0.969 -0.586 20.9% 2.254 | 22.0 -1.438 -1.771 74.8% 6.003 | 24.0 -1.433 -1.781 75.0% 6.380 | 26.0 -1.428 -1.790 75.1% 6.585 | 28.0 -1.427 -1.790 75.2% 6.622 | 30.0 -1.425 -1.792 75.2% 6.489 | 32.0 -1.004 -0.485 21.3% 2.664 | 34.0 -0.959 -0.381 18.7% 2.621 | 36.0 -0.916 -0.293 16.6% 2.572 | 38.0 -0.878 -0.236 15.1% 2.520 | 40.0 -0.840 -0.190 13.7% 2.463 | 42.0 -0.802 -0.156 12.4% 2.403 | 44.0 -0.763 -0.134 11.2% 2.341 | 46.0 -0.724 -0.120 10.1% 2.278 | 48.0 -0.687 -0.114 9.1% 2.216 | 50.0 -0.649 -0.112 8.2% 2.155 | -| 0.0 -0.617 -0.111 7.4% 2.102 | 2.0 -0.661 -0.123 8.5% 2.245 | 4.0 -0.705 -0.143 9.7% 2.391 | 6.0 -0.745 -0.170 10.8% 2.537 | 8.0 -0.783 -0.208 12.0% 2.677 | 10.0 -0.813 -0.247 13.1% 2.805 | 12.0 -0.837 -0.292 14.0% 2.917 | 14.0 -0.851 -0.328 14.6% 3.003 | 16.0 -0.854 -0.358 14.9% 3.060 | 18.0 -0.848 -0.379 14.8% 3.082 | 20.0 -0.831 -0.382 14.3% 3.070 | 22.0 -0.807 -0.382 13.5% 3.024 | 24.0 -0.774 -0.366 12.4% 2.950 | 26.0 -0.737 -0.346 11.2% 2.854 | 28.0 -0.695 -0.318 9.8% 2.743 | -| 0.0 -0.680 -0.309 9.4% 2.705 | 2.0 -0.719 -0.398 10.7% 2.945 | -| BNL2983-NAU3993 29.5 cM NAU3993-NAU3342 1.6 cM NAU3342-BNL2960 51.8 cM * ** ***************** ****************** ******************* ******************* ****************** *** *** *** *** ** ** ** ** * * BNL2960-MUCS023 28.7 cM * * ** *** *** **** **** ***** ***** ***** ***** ***** **** **** *** MUCS023-NAU0921 2.9 cM *** **** NAU0921-NAU1182 17.9 cM luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 168 of 128 Header Page 169 of 128 0.0 -0.701 -0.366 9.9% 2.851 | 2.0 -0.826 -0.431 13.6% 3.472 | 4.0 -0.952 -0.493 17.9% 4.176 | 6.0 -1.057 -0.532 21.7% 4.892 | 8.0 -1.130 -0.540 24.5% 5.541 | 10.0 -1.177 -0.526 26.0% 6.071 | 12.0 -1.197 -0.492 26.4% 6.455 | 14.0 -1.196 -0.442 25.8% 6.680 | 16.0 -1.167 -0.364 24.1% 6.743 | -| 0.0 -1.116 -0.270 21.7% 6.683 | 2.0 -1.391 -0.586 34.6% 9.661 | 4.0 -1.497 -0.654 39.6% 12.072 | ************************************ 6.0 -1.537 -0.651 41.1% 13.766 | ************************************ -| 0.0 -1.548 -0.640 41.4% 14.579 | ************************************ 2.0 -1.894 -1.073 72.9% 24.517 | ************************************ 4.0 -1.916 -1.035 74.4% 27.781 | ************************************ 6.0 -1.925 -1.013 75.1% 29.411 | ************************************ 8.0 -1.929 -1.000 75.1% 30.171 | ************************************ 10.0 -1.928 -0.991 74.7% 30.217 | ************************************ 12.0 -1.923 -0.982 73.7% 29.365 | ************************************ 14.0 -1.910 -0.953 71.1% 25.965 | ************************************ -| 0.0 -1.750 -0.593 53.6% 21.001 | ************************************ 2.0 -1.900 -0.846 66.9% 21.843 | ************************************ 4.0 -1.908 -0.919 72.3% 22.008 | ************************************ 6.0 -1.905 -0.938 74.2% 21.584 | ************************************ 8.0 -1.900 -0.944 75.0% 20.687 | ************************************ 10.0 -1.893 -0.948 75.4% 19.381 | ************************************ 12.0 -1.885 -0.952 75.4% 17.658 | ************************************ 14.0 -1.876 -0.957 75.2% 15.453 | ************************************ 16.0 -1.864 -0.963 74.5% 12.626 | ************************************ 18.0 -1.847 -0.967 73.0% 8.915 | 20.0 -1.129 0.337 24.1% 6.120 | 22.0 -0.954 0.560 19.7% 5.307 | 24.0 -0.814 0.653 16.5% 4.727 | -| **** ****** ********* ************ *************** ***************** ****************** ******************* ******************* NAU1182-NAU1169 7.2 cM ******************* ******************************* NAU1169-BNL3646 14.6 cM BNL3646-NAU1236 24.4 cM **************************** ***************** ************** *********** Results have been stored as scan number 11> show peak LOD score peaks for scan 1.1 of trait (weight) Sequence: [all] No fixed-QTLs luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 169 of 128 Header Page 170 of 128 Scanned QTL genetics are free Peak Threshold: 2.00 Falloff: -2.00 ======================================================================== QTL-Map for peak 1: Confidence Interval: Left Boundary= NAU3342-BNL2960 + 22.0 Right Boundary= NAU3342-BNL2960 + 30.0 INTERVAL NAU3342-BNL2960 1.4274 -1.7898 LENGTH 51.8 QTL-POS 28.0 GENETICS WEIGHT free DOMINANCE - chi^2= 30.495 (2 D.F.) log-likelihood= 6.62 mean= 9.541 sigma^2= 0.694 variance-explained= 75.2% ======================================================================== QTL-Map for peak 2: Confidence Interval: Left Boundary= NAU1169-BNL3646 + 6.0 Right Boundary= NAU1169-BNL3646 + 12.0 INTERVAL NAU1169-BNL3646 1.9283 -0.9906 LENGTH 14.6 QTL-POS 10.0 GENETICS WEIGHT free DOMINANCE - chi^2= 139.156 (2 D.F.) log-likelihood= 30.22 mean= 9.846 sigma^2= 0.706 variance-explained= 74.7% ======================================================================== 12> q save data before quitting? [yes] y Now saving KXL.QTLS Now saving KXL.TRAITS goodbye luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 170 of 128 Header Page 171 of 128 PHỤ LỤC B PHỤ LỤC SO SÁNH BẢN ĐỒ DI TRUYỀN N B N Ồ D TR YỀN TR N CÂY BƠN CỎ B N Ồ Hì h So sá h ị Ghi chú: L EN í hỉ hị SSR ê hóm l ê bả đ l ê ế ê hệ ge A ế LGA1 LGA đồ C R (Yu, 010) (Ref map) đồ a (2008) (JLMZ x ZJXSL ) Các đồ truy cập t i ebsite: http://www.cottonmarker.org luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 171 of 128 Header Page 172 of 128 Hì h So sá h ị í hỉ hị SSR bả đ l ê ê hóm l ê ế ê hệ ge A ế LGA4 LGA5 Ghi chú: LGA2 đồ C R (Yu mith, 010) (Ref map) đồ a (2008) (JLMZ x ZJXSLS) Cá c đồ truy cập t i ebsite: http://www.cottonmarker.org luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 172 of 128 Header Page 173 of 128 Hì h So sá h ị Ghi chú: L í hỉ hị SSR ê hóm l ê bả đ l ê ế ê hệ ge A ế LGA6 LGA đồ C R (Yu mith, 010) (Ref map) đồ a (2008) (JL Z x ZJX L ) Các đồ truy cập t i ebsite: http://www.cottonmarker.org luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 173 of 128 Header Page 174 of 128 Hì h So sá h ị Ghi chú: L í hỉ hị SSR ê hóm l ê bả đ l ê ế ê hệ ge A ế LGA8 LGA9 đồ C R (Yu mith, 010) (Ref map) đồ a (2008) (JLMZ x ZJX L ) Các đồ truy cập t i ebsite: http://www.cottonmarker.org luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 174 of 128 Header Page 175 of 128 Hì h So sá h ị í hỉ hị SSR bả đ l ê Ghi chú: L ê ế hóm l ê ế LGA10 LGA11 ê hệ ge A đồ C R (Yu mith, 010) (Ref map) đồ a (2008) (JL Z x ZJX L ) Các đồ truy cập t i ebsite: http://www.cottonmarker.org luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 175 of 128 Header Page 176 of 128 Hì h So sá h ị í hỉ hị SSR bả đ l ê Ghi chú: L ê ế hóm l ê ế LGA1 LGA13 ê hệ ge A đồ C R (Yu mith, 010) (Ref map) đồ a (2008) (JL Z x ZJX L ) Các đồ truy cập t i ebsite: http://www.cottonmarker.org luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 176 of 128 Header Page 177 of 128 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 177 of 128 ... liên kết với gen kháng bệnh xanh lùn cỏ Lập đồ liên kết gen kháng bệnh xanh lùn cỏ 104 104 ng dụng thị phân tử liên kết với gen kháng bệnh 3.4.2 xanh lùn để chọn lọc cá thể kháng bệnh BC1F1 TL 87... truyền tính kháng bệnh xanh lùn nói riêng giống cỏ iệc xác định di truyền tính kháng bệnh thị phân tử R liên kết với gen kháng bệnh xanh lùn giống cỏ Nghệ n không nhằm xác định nguồn gen mà mở khả... giống kháng bệnh xanh lùn nước ta Mụ ê đ ề tài “ ác định ch thị phân tử liên kết g n kháng bệnh xanh lùn cỏ" chúng tơi thực nhằm tìm hiểu sở di truyền tính kháng bệnh xanh lùn bơng mức phân tử,