Có những vướng mắc tồn tại trên trong việc giải quyết khiếu kiện hành chính về đất đai tại Tòa án là do những nguyên nhân sau:
Hệ thống pháp luật nước ta chưa thực sự thống nhất, đồng bộ, đôi chỗ còn chưa được hướng dẫn, giải thích rõ ràng. Theo đó việc áp dụng pháp luật nội dung cũng như pháp luật hình thức chưa thống nhất, mỗi nơi có một cách hiểu khác nhau nên việc áp dụng pháp luật đề giải quyết vụ án hành chính cũng không đồng nhất.
Mô hình tổ chức Tòa án theo lãnh thổ hành chính hiện nay đã tạo ra việc xét xử của Tòa án chưa thực sự theo nguyên tắc: xét xử độc lập và tuân theo pháp luật vì còn có những hiện tượng can thiệp của chính quyền địa phương, của tổ chức Đảng vào hoạt động xét xử. Mặc dù sự lãnh đạo của Đảng đối với hoạt động xét xử là một nguyên tắc hiến định và cần phải tăng cường đổi mới phương thức lãnh đạo của Đảng để Tòa án thực hiện tốt chức năng xét xử. Song nếu sự can thiệp không đúng của chính quyền địa phương và tổ chức Đảng vào hoạt động xét xử các vụ án hành chính về đất đai sẽ khiến các vụ án hay các quyết định của Tòa án thiếu khách quan và chính xác. Thực tế giải quyết các vụ án hành chính cho thấy vẫn còn sự lệ thuộc phần nào của Tòa án cấp huyện với chính quyền địa phương. Do đặc thù của vụ án
hành chính về đất đai có một bên trong vụ án là người bị kiện là cơ quan nhà nước hoặc người có thẩm quyền trong cơ quan hành chính nhà nước nên Thẩm phán giải quyết các vụ án hành chính thường chịu những sức ép nhất định. Điều này không chỉ ảnh hưởng đến tính độc lập khi xét xử của Tòa án mà còn là một trong những nguyên nhân dẫn đến chất lượng xét xử các vụ án hành chính chưa cao. Bên cạnh đó đội ngũ Thẩm phán giải quyết án hành chính tại Tòa án nhân dân cấp huyện không phải là Thẩm phán chuyên trách mà là Thẩm phán giải quyết tất cả các loại án. Vì thế trình độ chuyên môn không chuyên sâu, nhất là đối với việc giải quyết loại án khó, mới như án hành chính.
Pháp luật về thi hành án hành chính, nhất là bản án hành chính trong lĩnh vực quản lý đất đai còn sơ sài, chưa mang tính bắt buộc, giới hạn cụ thể về thời gian buộc phải thi hành xong để đáp ứng nhanh chóng nhất có thể quyền, lợi ích của người khởi kiện bị xâm phạm.
Công tác tổng kết thực tiễn hàng năm đối với loại án hành chính về đất đai, hướng dẫn áp dụng thống nhất pháp luật giải quyết vụ án hành chính chưa đáp ứng đầy đủ, kịp thời yêu cầu công tác xét xử. Nguyên nhân là do Tòa chưa chú trọng làm tốt công tác tổng kết xét xử án hành chính, trên cơ sở đó để tập hợp các vướng mắc làm cơ sở cho việc đề xuất những vấn đề liên quan đến áp dụng pháp luật trong giải quyết án hành chính nói chung.