Tình hình khiếu kiện tại Tòa án đối với các quyết định hành chính về đất đai có nhiều nguyên nhân nhưng chủ yếu do 4 nguyên nhân:
Thứ nhất, sự bất cập của hệ thống chính sách, pháp luật về đất đai. Các văn bản pháp luật điều chỉnh lĩnh vực đất đai tại Việt Nam quá nhiều, từ đó đôi khi dẫn đến sự chồng chéo về nội dung điều chỉnh. Trong thời gian ngắn, có nhiều văn bản quy phạm pháp luật được ban hành thể hiện tính thiếu ổn định, không nhất quán về chính sách đất đai đã gây lúng túng trong việc thực hiện, vận dụng của các ngành, các cấp trong quá trình thực thi chính sách pháp luật về đất đai. Chính sách pháp luật của nhà nước về quản lý, sử dụng đất đai qua các thời kỳ có nhiều thay đổi, thiếu tính ổn định, kế thừa, còn bất cập, chưa đồng bộ, có những quy định chưa sát thực tế, thiếu cụ thể.
Thứ hai, từ nguyên nhân thứ nhất dẫn đến việc nhận thức pháp luật ở một số nơi, một số chỗ đôi còn chưa toàn diện. Do đó việc ban hành các quyết định hành chính có nhiều hạn chế
Ví dụ, có dự án chỉ có thông báo giải phóng mặt bằng nhưng không có quyết định thu hồi đất, không thông báo trước về kế hoạch, phương án thu hồi đất cho người có đất bị thu hồi, thực hiện cưỡng chế giải phóng mặt bằng trong khi chưa bố trí đất tái định cư.
chính trong lĩnh vực thu hồi đất, bồi thường giải phóng mặt bằng, chuyển mục đích sử dụng đất nhằm mục đích phát triển kinh tế-xã hội, quyết định giải quyết tranh chấp đất đai... còn có sai sót như: bồi thường hỗ trợ giải phóng mặt bằng chưa đúng đối tượng, việc áp giá bồi thường, vị trí đất, diện tích đất có trường hợp chưa đúng, chưa đủ; chưa chấp hành đúng và đầy đủ trình tự, thủ tục thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ và tái định cư.
Bên cạnh đó, việc thu hồi đất không có căn cứ theo quy định tại Điều 38 Luật đất đai, không tổ chức đấu giá quyền sử dụng đất, đấu thầu dự án có sử dụng đất theo quy định của pháp luật; khi thu hồi đất để giao cho một số doanh nghiệp sử dụng đất với mục đích kinh doanh lại áp giá bồi thường đối với loại đất được sử dụng vì mục đích an ninh, quốc phòng, lợi ích quốc gia, lợi ích công cộng và phát triển kinh tế mà không thực hiện việc tổ chức cho các bên thỏa thuận về việc bồi thường...
Đối với một số dự án việc bồi thường, hỗ trợ giữa những người bị thu hồi đất còn chưa kịp thời, thiếu công bằng, thiếu công khai, dân chủ. Có địa phương sai sót trong quyết định thu hồi đất dẫn đến quyết định cưỡng chế cũng sai.
Thứ ba, sự yếu kém trong nhận thức pháp luật, sự sa sút về phẩm chất đạo đức của người có thẩm quyền trong lĩnh vực quản lý đất đai.
Như trong trường hợp cán bộ cấp xã lập hồ sơ đề nghị cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất ngay cả khi đang thửa đất đó đang có tranh chấp, hoặc còn sơ sài trong xác định chủ sử dụng quyền sử dụng đất thực sự mà chỉ xác định theo hiện trạng sử dụng đất. Từ đó lập hồ sơ đề nghị cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất sai đối tượng. Theo đó, cơ quan cấp trên có thẩm quyền cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cũng quan liêu, chủ quan dẫn đến quyết định cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất sai.
do việc triển khai một số dự án chưa đảm bảo những điều kiện cần thiết theo quy định; trong quá trình triển khai thực hiện có những sai phạm như không tuân thủ trình tự, thủ tục, thiếu công khai, dân chủ; công tác tái định cư, giải quyết các chính sách cho người dân có đất bị thu hồi làm chưa tốt, chưa công bằng, chưa quan tâm giải quyết các lợi ích chính đáng của người dân.
Cơ chế và sự phối hợp giữa các ngành, các cấp, các cơ quan chưa tốt, còn có tình trạng lập phương án hoặc điều chỉnh phương án quy hoạch xây dựng đô thị, quy hoạch điểm dân cư nông thôn không phù hợp, gây xáo trộn đời sống sinh hoạt của người dân.
Còn có tình trạng giao đất trái thẩm quyền; giao đất, cho thuê đất không đúng đối tượng, không đúng quy hoạch; sử dụng tiền thu từ quỹ đất công ích trái quy định của pháp luật. Một số cơ quan trả lời những kiến nghị, hướng dẫn, giải thích thắc mắc của nhân dân không cặn kẽ, rõ ràng, không đúng trọng tâm.
Còn có tình trạng cửa quyền, nhũng nhiễu trong việc thực hiện các thủ tục hành chính về đất đai; quá trình giải quyết hồ sơ chậm, gây phiền hà, sách nhiễu cho người dân.
Một bộ phận cán bộ, công chức cơ sở năng lực yếu, hạn chế về kiến thức pháp luật, không được đào tạo sâu chuyên môn, nghiệp vụ, thiếu trách nhiệm trong thực hiện nhiệm vụ; có một bộ phận sa sút phẩm chất đạo đức, tiêu cực, gian lận trong lập phương án bồi thường về đất đai, lợi dụng chức vụ, quyền hạn, lạm dụng các chương trình, dự án của nhà nước để trục lợi, lợi dụng chức quyền để chia chác đất đai.
Nguyên nhân cuối cùng là người dân thiếu hiểu biết pháp luật. Nhận thức của người dân về chính sách, pháp luật đất đai và pháp luật về khiếu nại, tố cáo, khiếu kiện nhìn chung còn nhiều hạn chế, trong khi việc tuyên truyền, phổ biến của các cơ quan có trách nhiệm chưa tốt. Từ việc hạn chế trong nhận
thức pháp luật nên người dân khi chưa hài lòng về quyết định hành chính, hành vi hành chính của cơ quan, người có thẩm quyền thì cho rằng đó là quyết định, hành vi sai phạm nên khởi kiện đến Tòa án. Tòa án nhận tài liệu chứng cứ, thấy đủ điều kiện thì thụ lý giải quyết vụ án, trong quá trình giải quyết mới đưa ra phán quyết về tính đúng đắn của quyết định hành chính, hành vi hành chính đó.