Hỗ trợ DNNVV trong thời gian qua tại tỉnh Thanh Hoá tuy đã đạt được một số kết quả nhất định như đã nêu trên nhưng so với yêu cầu phát triển DNNVV vẫn còn bộc lộ nhiều hạn chế, trở ngại nhất định. Thể hiện trên các mặt như sau:
Một là, tổ chức bộ máy và cán bộ chưa thực sự đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ hỗ trợ. Hệ thống tổ chức quản lý hỗ trợ phát triển DNNVV trên địa bàn tỉnh Thanh Hoá trong thời gian qua còn chưa được quan tâm củng cố để đảm trách các nhiệm vụ được qui định tại NĐ 90/2001/NĐ-CP ngày 23/11/2001 của Chính phủ về trợ giúp phát triển DNNVV. Các nhiệm vụ này được giao bổ sung cho các cơ quan chuyên môn của UBND tỉnh trong đó có nhiều nội dung được hiểu như nhiệm vụ kiêm nhiệm, không được bổ sung nhân lực và trang thiết bị làm việc do đó hiệu quả mang lại chưa cao.
Sở KH&ĐT được giao là cơ quan đầu mối phối hợp với Bộ KH&ĐT để thực hiện chức năng xúc tiến phát triển DNNVV trong khi chỉ dựa vào Phòng ĐKKD với một số biên chế và trang thiết bị hạn chế, thì không thể đảm đương được nhiệm vụ ngày càng nặng nề về ĐKKD và đầu mối hỗ trợ DNNVV. Ngay nhiệm vụ theo quy định của Chính phủ về ĐKKD cũng chỉ mới dừng lại được ở việc cấp giấy chứng nhận ĐKKD, còn nội dung kiểm tra doanh nghiệp sau ĐKKD cũng chưa thực hiện được nhiều, chưa nắm bắt, cập nhật những yều cầu, khó khăn cản trở đối với hoạt động của doanh nghiệp, chưa phối hợp được nhiều với các cơ quan khác trong giúp đỡ, hỗ trợ cũng như quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp; một số vi phạm của doanh nghiệp chưa phát hiện và xử lý kịp thời.
Ban điều phối thực hiện kế hoạch phát triển DNNVV trên địa bàn được quyết định thành lập năm 2006, tuy nhiên hoạt động của Ban chưa đều, hiệu quả chỉ đạo, điều hành chưa cao.
Có thể nói chưa có trung tâm đầu mối điều hành thống nhất về hoạt động hỗ trợ DNNVV. Trung tâm Xúc tiến thương mại tuy được thành lập từ năm 2000 nhưng hoạt động xúc tiến thương mại còn dừng ở mức độ kiêm tốn, kết quả hỗ trợ doanh nghiệp chưa được nhiều.
Trung tâm Khuyến công và tư vấn công nghiệp Thanh Hoá mới được thành lập tháng 9/2006, hoạt động mạng tính chuyên nghiệp, tuy nhiên để đạt hiệu quả cao cần được sự quan tâm đầu tư trang thiết bị và nhân lực cho Trung tâm.
Hai là, một số chương trình trợ giúp phát triển DNNVV theo Nghị định 90/2001/NĐ- CP ngày 23/11/2001 của Chính phủ và các chính sách hỗ trợ của địa phương còn chậm được triển khai, một số chương trình hỗ trợ đạt kết quả thấp.
Việc thực hiện một số chương trình xúc tiến thương mại trên địa bàn như cung cấp thông tin, hỗ trợ tham gia các hội chợ triển lãm trong nước và quốc tế, hỗ trợ khảo sát thị trường... thực hiện chưa được nhiều, kết quả còn hạn chế, số doanh nghiệp được thụ hưởng chưa đáng kể.
Chương trình hỗ trợ đào tạo nguồn nhân lực cho DNNVV theo Quyết định số 143/QĐ-TTg ngày 10/8/2004 của Thủ tướng Chính phủ tuy đã được triển khai thực hiện nhưng kết quả đạt được rất khiêm tốn.
địa bàn Tỉnh đã triển khai thực hiện một số năm qua, bao gồm nhiều nội dung hỗ trợ như:
- Hỗ trợ một phần kinh phí bồi thường giải phóng mặt bằng đối với đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng cụm công nghiệp, cụm làng nghề;
- Hỗ trợ lãi suất tiền vay đối với các nhà đầu tư vào lĩnh vực ngành nghề theo qui định;
- Hỗ trợ về khoa học - công nghệ; - Hỗ trợ đào tạo nghề.
Tuy nhiên, đến nay mới chỉ thực hiện hỗ trợ được đào tạo nghề.
Ba là, công tác hỗ trợ DNNVV còn có những trở ngại, như:
Một số chính sách hỗ trợ của Tỉnh còn chưa thực sự phù hợp với tình hình mới, khi Việt Nam chính thức trở thành thành viên của tổ chức thương mại thế giới, thì đòi hỏi Thanh Hoá phải rà soát lại tất cả các chính sách khuyến khích phát triển DNNVV, để loại bỏ những qui định không còn phù hợp với các cam kết của Việt Nam với WTO, nhất là sửa đổi, bổ sung nhằm đảm bảo tính thực thi cao của các cơ chế, chính sách khuyến khích của Tỉnh đối với DNNVV. Trước mắt, chính sách khuyến khích phát triển xuất khẩu đã có nhiều điểm lạc hậu, không thực hiện được nữa. Hiện nay UBND tỉnh đang chỉ đạo Sở công thương nghiên cứu xây dựng chính sách mới phù hợp.
Thanh Hoá là địa phương nghèo, nguồn thu chưa đảm bảo cân đối chi ngân sách hàng năm. Đây là một khó khăn không nhỏ trong việc thực thi các chính sách hỗ trợ của Tỉnh đối với DNNVV.