- Đại hội đồng cổ đông: là cơ quan có thẩm quyền cao nhất của công ty, bao gồm tất cả có các quyền sau: Thông qua kế hoạch phát triển của công ty, thông qua báo cáo tài chính hằng năm, các báo cáo của ban kiểm soát, của HĐQT và các kiểm toán viên; bầu, bãi nhiệm, miễn nhiệm thành viên HĐQT và ban kiểm soát; phê chuẩn việc HĐQT bổ nhiệm Tổng Giám đốc điều hành.
- Hội đồng quản trị: Là cơ quan quản lý cao nhất của công ty, có đầy đủ quyền hạn để thay mặt công ty quyết định các vấn đề liên quan đến mục tiêu và lợi ích của công ty, ngoại trừ các vấn đề thuộc quyền hạn của đại hội đồng cổ đông, HĐQT do đại hội đồng cổ đông bầu ra. Đứng đầu HĐQT là Chủ tích hội đồng quản tri. HĐQT của Công ty cổ phần XNK Thủy Sản Miền Trung có 5 thành viên.
- Ban kiểm soát: Do đại hội đồng cổ đông bầu ra, gồm 3 thành viên. BKS là tổ chức thay mặt cổ đông để kiểm soát mọi hoạt động sản xuất kinh doanh, quản trị và điều hành công ty. BKS có quyền hạn và trách nhiệm sau đây: Đề xuất việc lựa chọn công ty kiểm toán độc lập; kiểm tra các báo cáo tài chính trước khi trình HĐQT; xem xét những kết quả điều tra nội bộ và ý kiến phản hồi của ban quản lý công ty.
- Ban điều hành:
* Giám đốc công ty: Do Tổng Giám đốc Việt Nam bổ nhiệm.
GĐ là người chịu trách nhiệm trước pháp luật và có quyền quyết định, điều hành chung cho mọi hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty.
* Phó giám đốc công ty tham mưu trợ giúp cho giám đốc. Các PGĐ phụ trách tài chính, phụ trách về kinh doanh đầu tư, phụ trách về nội chính, phụ trách kinh doanh thức ăn chăn nuôi tôm. Các PGĐ đều tín nhiệm vị trí trưởng ban hoặc GĐ đơn vị chuyên về lĩnh vực mà mình phục trách.