Công tác quản lý điều hành kế hoạch chưa có biện pháp cụ thể và cơ chế hữu hiệu để thu hút sử dụng lực lượng lao động tay nghề cao, đặc biệt với các công trình có quy mô lớn, kết cấu phức tạp, yêu cầu kỹ thuật cao.
Khả năng nắm bắt thông tin về thị trường, chủ đầu tư, đối thủ cạnh tranh còn yếu. Công ty đã có bộ phận Marketig riêng nhưng chưa phát huy vai trò của mình. Công tác Marketing còn do vài cá nhân trong Ban Giám Đốc và các Giám Đốc đơn vị thực hiện. Cách làm này không theo một chương trình hay một chiến lược cụ thể nào cả mà chỉ dựa vào sự năng động của cá nhân. Quan hệ giữa Công ty và chủ đầu tư chưa thực sự khăng khít để giúp Công ty dễ dàng lọt vào “ Danh sách ngắn” để tham gia dự thầu.
Tính phù hợp, khả thi của phương án so với các nhà thầu khác. Việc đưa ra các biện pháp thi công tổng thể và chi tiết được thực hiện bởi các chuyên gia kỹ thuật, các kỹ sư xây dựng. Trong mỗi dự án, chủ đầu tư đều cung cấp bản vẽ và thiết kế kỹ thuật cho các nhà thầu, ngoài ra các nhà thầu còn được tổ chức đi thăm hiện trường. Thông thường mỗi nhà thầu sẽ đưa ra đề xuất kỹ thuật dựa trên thế mạnh của mình và chỉ ra những đề xuất kỹ thuật thuộc lĩnh vực của mình có ưu thế mới đạt hiệu quả.
Do trong quá trình xây dựng chịu ảnh hưởng thời tiết và sử dụng nhiều lao động bên ngoài, lao động mùa vụ tay nghề kém sẽ gây ra thiếu an toàn lao động và dẫn đến khó khăn trong việc bảo đảm chất lượng công trình.
Công tác cải tiến kỹ thuật chưa được quan tâm đúng mức, mặc dù có cải tiến nâng cao kỹ thuật nhưng chưa đồng bộ và thiếu trọng điểm và thường phải đi thuê ngoài hoặc nhận từ Tổng công ty. Vẫn còn sử dụng máy móc đã cũ để thi công dẫn đến chất lượng kém hiệu quả, tiến độ thi công không cao.
Công ty vẫn trong tình trạng thiếu vốn, đặc biệt là vốn lưu động. Để có dược nguồn vốn này, Công ty chủ yếu dựa và các tổ chức tín dụng mới đảm bảo tiến độ cấp vốn cho công trình. Tuy nhiên, khi hoàn thiện công trình, các chủ đầu tư cố kéo dài thời gian thanh toán số tiền còn lại hoặc không có khả năng trả hết số vốn đầu tư làm cho Công ty thực sự gặp khó khăn về vốn và làm tăng khoản nợ ngân hàng và các khoản nợ khác. Điển hình là năm 2001 Công ty đã vay ngân hàng 20 tỷ với mức lãi suất là 0.8% thì trong một năm Công ty sẽ phải trả lãi suất ngân hàng bằng số lượng trả cho cán bộ công nhân viên trong
toàn Công ty . Vấn đề thiếu vốn sản xuất cũng ảnh hưởng đến chi phí cho vấn đề thiết kế, làm chi phí này giảm sút nên chưa có tác dụng kích thích cán bộ làm thiết kế nỗ lực trong công việc.