Kiểm soát thu, chi ngân sách cũng được xem là một hệ thống thông tin áp dụng và vận hành trong các đơn vị công. Do vậy, toàn bộ thông tin hay dữ liệu đầu vào, quá trình xử lý, công cụ xử lý và các báo cáo đầu ra cũng cần có sự kiểm soát để góp phần đáp ứng mục tiêu của tổ chức, ngăn chặn và tối thiểu hóa các rủi ro có thể đe dọa đến quá trình hoạt động theo chức năng của chính đơn vị đó. Thường xuyên kiểm soát hệ thống thông tin không những giúp cho đơn vị nắm vững trạng thái hoạt động của mình mà còn hiểu rõ hơn về môi trường xung quanh, về các phía đối tác, các bên liên quan và cấp trên hoặc cấp dưới trực thuộc, từ đó có thể đưa ra những quyết sách thích hợp.
Hệ thống thông tin trong một tổ chức là một hệ thống bao gồm các công cụ, phương tiện, quy trình, quy định và những người sử dụng những yếu tố đó trong việc thu thập, tổ chức, lưu trữ, xử lý và cung cấp thông tin phục vụ quản lý đơn vị. Về cấu trúc, một hệ thống thông tin trong thời đại phát triển công nghệ tin học cao trên toàn cầu luôn gồm 2 phần: phần bên trong (phục vụ xử lý các hoạt động bên trong đơn vị) và phần bên ngoài (xử lý các giao dịch với bên ngoài). Từ đó, kiểm soát thông tin bao gồm kiểm soát nội dung (chứng từ, sổ sách, báo cáo, quy trình chuyển tin...) và kiểm soát về hình thức hoặc kỹ thuật (phần mềm, hệ thống công nghệ, công cụ xử lý, điện toán.) trong quá trình vận hành. Việc kiểm soát cần được thực hiện một cách thường xuyên, liên tục để có thể nhận được các thông tin phản
hồi đầy đủ, đúng thời điểm, qua đó có những phương án xử lý kịp thời theo yêu cầu của từng bộ phận, công việc.