Hệ thống kho thuốc tại khoa Dược bệnh viện Y Dược cổ truyền tỉnh Phú Thọ gồm có 6 kho: kho chính thuốc, kho lẻ nội trú, kho lẻ ngoại trú, kho dịch truyền, kho hóa chất và kho thuốc đông y.
Các kho được xây dựng theo đúng yêu cầu chuyên môn và đảm bảo thực hiện 5 chống : chống nóng ẩm, chống côn trùng, mối mọt, chuột, chống cháy nổ, chống bão lụt và chống mất trộm.
Thuốc gây nghiện, thuốc hướng tâm thần được cất giữ trong tủ có khóa chắc chắn. Thuốc được nhập vào kho được phân loại theo từng nhóm khác nhau (phân loại theo tác dụng dược lý) và theo nguyên tắc FEFO (first expry first out) để tránh tồn kho những thuốc hết hạn sử dụng thuận lợi cho việc bảo quản và cấp phát. Hàng tháng có báo cáo tồn kho. Có chế độ báo cáo đặc biệt về các thuốc có hạn dùng dưới 6 tháng.
Khoa Dược tiến hành kiểm kê thuốc mỗi tháng một lần với sự tham gia của kế toán theo dõi dược, thống kê dược và thủ kho. Thống kê dược và kế toán theo dõi dược đối chiếu số lượng trên sổ sách với số lượng kiểm kê thực tế để làm báo cáo xuất – nhập – tồn trong tháng. Kế toán theo dõi dược còn đối chiếu giữa lượng thuốc các khoa thực lĩnh tại khoa Dược qua phiếu lĩnh thuốc và lượng thuốc các khoa thật sự sử dụng cho bệnh nhân thông qua bệnh án. Khoa Dược tiến hành kiểm kê tất cả các kho vào ngày cuối tháng và lấy số liệu kiểm kê thực tế đó là số liệu của tồn của đầu tháng sau và là cơ sở để dự trù thuốc cho tháng sau.