Công tác quản lý thuế thực hiện theo quy trình 1209/TCT/QĐ/QTR ngày 01/10/2004 của Tổng cục thuế. đây là là quy trình mới ban hành đợc thay thế cho quy trình 1368/QĐ-TCT của Tổng cục thuế. Mặc dù đạt đợc những thành quả đáng khích lệ những trong công tác quản lý thuế vẫn còn những tồn tạI cần khắc phục:
- một số cán bộ vẫn cha thực sự học hỏi nghiên cứu các chế đọ chính sách, nhất là trong giai đoạn hiện nay chính sách thờng xuyên thay đổi, nên gặp không ít những kho khăn trong giảI quyết công việc, đấu tranh với đối tợng nộp thuế nên kết quả vẫn cha thật sự cao. Một số lợng cơ sở sản xuất vẫn nằm
ngoàI sự quản lý của Chi cục, và một số khác các doanh nghiệp có đơn xin nghỉ kinh doanh, Chi cục cha kiểm tra kịp thời, trên thực tế vẫn hoạt động, gây thất thoát tiền thuế của Nhà nớc.
- Cán bộ thuế cha năm chắc quy trình quản lý, do vậy việc xử lý các doanh nghiệp chấp hành kê khai báo cáo thuế chậm so với thời gian quy định cha kịp thời và nghiêm túc.
- Công tác rà soát tờ khai thuế GTGT và đánh giá quyết toán thuế bớc 1, do việc theo dõi tình hình thu nộp thuê cha khoa học, nghiệp vụ kế toán còn nhiều hạn chế và cha phát huy đợc tinh thần tự chủ sáng tạo, nắm bắt tình hình thực tế kinh doanh của các doanh nghiệp, nên công tác đánh giá thuế bớc 1 còn hạn chế, cha chủ động tham mu đề xuất biện pháp quản lý để ngăn chăn các hiện tợng kinh doanh trốn thuế.
- sự kết hợp giữa các tổ đội thuế cha thật sự nhuần nhuyễn, còn có hiện tợng việc ai ngời ấy làm, cha thờng xuyên kết hợp với các đội thuế xã để kiểm tra, khảo sát tình hình kinh doanh thực tế của doanh nghiệp. Sự phối hợp giữa các tổ đội còn hạn chế, đặc biệt là tổ thanh tra-kiểm tra trong việc kiểm tra xử lý các đơn vị kinh doanh trốn thuế, vi phạm pháp luật.
- ĐôI lúc cán bộ ngại khó, ngạI va chạm với các doanh nghiệp, làm việc một cách thụ động, chỉ quan tâm tới những đơn vị đã hoạt động từ trớc, còn những cơ sở mới trong tháng vẫn còn lỏng lẻo, cha đợc chú trọng hoặc có nhng làm qua loa.