Chính phủ cần phải làm rõ vị trí mô hình QLNN về môi trường trên địa bàn KKT thông qua BQL.
Thứ nhất, nếu xác định BQL là một cấp quản lý theo lãnh thổ thì phải lập thủ tục trình Quốc hội quyết định việc bổ sung thêm đơn vị hành chính lãnh thổ và thành lập cấp chính quyền theo lãnh thổ để việc quản lý được dễ dàng và thuận tiện hơn. Tuy nhiên khi đó CP cũng phải làm rõ mô hình chính quyền theo lãnh thổ này là chính quyền đô thị hay nông thôn, và liệu mô hình chính quyền đó có đáp ứng được nhu cầu phát triển của KKT không hay phải giải quyết tiếp các cơ chế đặc thù cho
chính quyền kiểu này,…Khu Kinh tế Nghi Sơn - Thị trấn Còng, huyện Tĩnh Gia lập quy hoạch và các đề án hình thành mới các thị trấn: Hải Bình, Nghi Sơn, Hải Thanh, Hải Ninh; nâng cấp, mở rộng thị trấn Còng sang xã Nguyên Bình, Bình Minh, Hải Hòa, Hải Nhân thành đô thị loại V. Ban quản lý Khu kinh tế Nghi Sơn đặt ra mục tiêu đến năm 2012-2013 hoàn thành việc điều chỉnh địa giới và thành lập các đô thị để đến năm 2015, BQL KKT chủ trì tiến hành lập đề án thành lập thành phố (đô thị loại III) Nghi Sơn - Tĩnh Gia. Nhưng cho đến nay những mục tiêu đặt ra vẫn còn dậm chân tại chỗ.Chính vì thế BQLKKT cần có những chính sách cũng như những kế hoạch hợp lý nhằm đẩy nhanh quá đô thị hóa. Một khi làm rõ được mô hình chính quyền là BQLKKT mới có thể QLNN chung cũng như QLNN về môi trường mới được dễ dàng và thuận tiện.
Về mặt dài hạn, khi mô hình chính quyền đô thị đã dược luật hóa và có hiệu lực, các vấn đề của BQLKKT sẽ được giải quyết cơ bản nếu chuyển BQL thành cấp chính quyền đô thị.
Thứ hai, nếu không xem BQL là một cấp quản lý thì phải làm cho hoạt động QLNN của BQL đơn giản, rõ ràng và thuận lợi hơn theo hai cách: một là cắt giảm các chức năng QLNN về môi trường của BQL và chỉ tập trung vào hai chức năng chính là thu hút đầu tư và đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng của KKT, chức năng quản lý môi trường sẽ được thực hiện bởi các cơ quan của CP và CQĐP ba cấp như hiện tại; hai là giữ nguyên chức năng QLNN về môi trường hiện tại của BQL nhưng phải làm rõ việc phân cấp, ủy quyền cho BQL từ CP, các bộ và UBND cấp tỉnh về việc quản lý môi trường. Phải đưa ra quy chế phối hợp giữa các cơ quan liên quan trong lĩnh vực bảo vệ môi trường một cách rõ ràng các nhóm công việc phối hợp và cách thức phối hợp, trách nhiệm cụ thể của mỗi bên tránh sự chồng chéo trong quản lý. Giải pháp cắt giảm chức năng của BQL có thể giúp làm tinh gọn bộ máy hành chính, BQL chỉ tập trung vào thu hút đầu tư và phát triển cơ sở hạ tầng của KKT với vai trò như là một đơn vị sự nghiệp, chức năng QLNN về môi trường vẫn sẽ được tổ chức thực hiện bởi các cơ quan của CP và CQĐP ba cấp như hiện tại. Việc
này sẽ góp phần giảm các chồng chéo trong chức năng nhiệm vụ QLNN về môi trường giữa BQL với các cơ quan liên quan, nhưng để thực hiện tốt nhiệm vụ QLNN về môi trường trên địa bàn thì ở các cơ quan thuộc CP phải tổ chức bộ phận theo dõi KKT để thường xuyên thực hiện công tác quản lý trên địa bàn, và cũng phải tổ chức bộ phận tương tự như thế ở CQĐP. Việc này có thể khả thi ở cấp địa phương nhưng không khả thi đối với các cơ quan thuộc CP và xét cho cùng, nếu bộ máy tinh gọn ở nơi này thì lại phình ra ở nơi khác không phải là giải pháp tốt.