Thu 5 năm giai đoạn 2001-2005 đạt tốc thu khá cao 13,24%/năm, trung bình mỗi năm thu 12585,8 tỷ đồng/năm, tăng trên 80% so với giai đoạn trước 1996-2000. Biến động số thu là khá lớn, năm thấp nhất chỉ tăng 0,12% (2001), còn năm cao nhất tăng thu tới 35,12% (năm 2002). Nguyên nhân của những biến động chủ yếu là do sự thay đổi trong cơ chế chính sách thu của Nhà nước, làm mở rộng đối tượng nộp thuế tại địa bàn Hà Nội, làm tăng và giảm mức thu trên nhiều đối tượng nộp thuế,... Thực tế công tác thu vì vậy không phản ánh hết qua số biến động tăng giảm hàng năm của tổng số thu NSNN trên địa bàn. Qua những phân tích trên, có thể kết luận: nếu loại bỏ sự tác động của các yếu tố cơ chế chính sách làm tăng số đối tượng thu cho Hà Nội, số thu còn chưa tương xứng với tiềm năng phát triển kinh tế Thủ đô. Công tác thu trong 5 năm qua ngày càng được nâng cao, nhưng nạn trốn thuế, gian lận thuế, và nhiều hình thức thất thu khác vẫn còn khá phổ biến.
Nền kinh tế nước nhà nói chung và của Hà Nội nói riêng vẫn lấy kinh tế nhà nước làm chủ đạo, bởi vậy, thu từ các DNNN thường xuyên là khoản thu chính của ngân sách. Thành phố Hà Nội có thuận lợi là nơi tập trung của nhiều DNNN đầu ngành, những DN hoạt động có hiệu quả, và đạt tốc độ tăng trưởng khá cao (các Tổng Công ty Bưu chính viễn thông, Du lịch,...), cùng với quá trình sắp xếp lại và cổ phần hóa các DNNN, thu ngân sách từ khu vực này đạt được nhiều thành tựu. Trong giai đoạn 2001-2005, chính sách thu từ khu vực DNNN có nhiều biến động: Từ năm 2002 không thu sử dụng vốn của doanh nghiệp, thay đổi cơ chế hạch toán toàn ngành về hạch toán và thu nộp thuế tại địa phương, thuế GTGT của Tổng công ty bưu chính viễn thông từ năm 2004 chuyển về thu tại địa phương, điều chỉnh thuế suất thuế TNDN từ 32% xuống 28% từ năm 2004... Thu từ khu vực DN có vốn đầu tư nước ngoài thực hiện rất tốt, các DN đều có ý thức chấp hành đúng luật lệ. Thu từ DN ngoài quốc doanh còn chưa tương xứng với tiềm năng phát triển. Ý thức nộp thuế của các DN này còn kém, trốn thuế diễn biến phức tạp với nhiều hình thức nên số thu còn nhỏ. Chủ yếu các DN trốn thuế bằng việc khai thác quy trình kê khai, nộp thuế, hoàn thuế GTGT các DN tính theo phương pháp khấu trừ; trốn thuế TNDN bằng nhiều hình thức gian lận như không suất hóa đơn bán, mua hóa đơn đầu vào trái pháp luật,... Các khoản thu phí, lệ phí, lệ phí trước bạ,... được thực hiện tốt, do có pháp lệnh thu phí lệ phí, và quá trình phân cấp các khoản thu về cho quận huyện. Thu từ nhà đất nhìn chung còn có thể khai thác thêm. Thu từ dầu thô là khoản thu không nằm trong diện có thể chủ động khai thác của Thành phố, và là khoản thu không thực sự bền vững đối với NSNN.
Tóm lại, qua phân tích tình hình thu, có thể thấy lĩnh vực thu ngân sách là vấn đề hệ trọng của thành phố, tuy có một số thành tựu nhưng 5 năm qua công tác hành thu, cơ chế chính sách thu vẫn còn nhiều hạn chế.