Hiện nay có rất nhiều thông tin khác nhau cho việc chăm sóc và bảo quản giống kefir. Cách đơn giản nhất là làm khô chúng bằng không khí rồi gói trong giấy và giữ nơi khô mát, những hạt này vẫn có thể hoạt động tốt sau một hay nhiều năm. Sau đó ngâm chúng vào nước, lọc sạch và thả vào một tách sữa để yên trong vài ngày, chúng sẽ hoạt động trở lại.
Hầu hết các phương pháp đều đề nghị nên rửa giống trước khi sử dụng, nhưng một số khác lại không cho phép, họ cho rằng hệ vi sinh vật có lợi xung quanh con giống sẽ bị xáo trộn hoặc bị tiêu điệt hoàn toàn trong nước có chlorine hay flourine và đừng rửa giống ngoại trừ mục đích làm khô hay muốn ngừng lên men trong thời gian ngắn. Giống Kefir dẻo dai hơn mọi người nghĩ, có thể đặt chúng trong sữa tươi và trữ trong tủ lạnh ở 40C khi bạn không muốn nó lên men. Tốt nhất nên thay sữa mỗi tuần để giữ giống và nuôi chúng luôn hoạt động.
Ngoài ra, có một cách trữ giống khác là đặt nó trong tủ đông một thời gian dài mà không có vấn đề gì đến việc tái kích hoạt giống.
Kefir sẽ có chất lượng tốt trong khoảng 14 ngày nếu trữ ở 40C. Theo phương pháp chế biến hiện nay người ta có thể thêm công đoạn ủ chín bằng cách sau khi cho lên men ở nhiệt độ phòng, làm lạnh xuống ở 14÷160C khoảng 12 đến 14 giờ. Lúc này tốc độ trao đổi chất của vi khuẩn và nấm men bị chậm lại. Khi sản phẩm đã đạt đến độ chua yêu cầu, đưa vào bảo quản lạnh dưới 60C và sử dụng 1÷2 tuần.