Khi đề cập đến tranh chấp liên quan đến hợp đồng hợp tác kinh doanh cần đề cập đến tranh chấp trong nội bộ và các tranh chấp giữa nhóm hợp tác kinh doanh với bên thứ ba.
Tranh chấp liên quan đến hoạt động đầu tư tại Việt Nam được giải quyết thông qua thương lượng, hoà giải, Trọng tài hoặc Tòa án theo quy định của pháp luật( Điều 12 Luật
đầu tư 2005). Điều 24 Luật đầu tư nước ngoài năm 1996 qui định “Các tranh chấp giữa các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh...trước hết phải thông qua thương lượng, hoà giải. Ta có thể thấy luật đầu tư 2005 đã bổ sung được vấn đề tự do lựa chọn phương thức giải quyết tranh chấp của các bên so với luật đầu tư nước ngoài 1996.
Vấn đề giải quyết tiếp theo là tranh chấp với người thứ ba. Có thể thấy rằng trong hoạt động kinh doanh, nhóm hợp tác kinh doanh giao dịch với rất nhiều chủ thể: cá nhân, tổ chức trong nước, cá nhân, tổ chức nước ngoài. Khi qui định về tranh chấp giữa nhóm hợp tác kinh doanh với bên thứ ba là bên thứ ba gồm những ai. Điều này gây không ít khó khăn trong vấn đề giải quyết tranh chấp liên quan tới hợp đồng hợp tác kinh doanh. Việc thực hiện những hợp đồng, giao dịch bên lề nhằm phục vụ cho hợp đồng BCC cũng sẽ gây phân vân cho bên thứ ba khi không tồn tại một đại diện – một công ty liên doanh giữa các nhà đầu tư. Trong khi pháp luật Việt Nam vẫn chưa có quy định cụ thể về trách nhiệm giữa các bên đối tác khi giao kết hợp đồng với bên thứ ba. Ngoài ra, các nhà đầu tư sẽ phải thỏa thuận việc lựa chọn con dấu của một trong hai bên để phục vụ cho việc kí kết các hợp đồng với bên thứ ba. Nếu rủi ro xảy ra, cụ thể khi các bên bất đồng quan điểm trong việc sử dụng con dấu để ký kết hợp đồng, thì dự án đầu tư đó sẽ phải dừng lại và chờ đợi giải quyết theo các biện pháp đã nêu ở trên.