Thủ tục hợp đồng được quy định cụ thể để các bên biết được những giấy tờ, những công việc liên quan tạo sự ký kết hợp đồng diễn ra thuận lợi và đúng pháp luật. Vì vậy hợp đồng hợp tác kinh doanh có hiệu lực kể từ ngày được cấp giấy phép đầu tư.
Theo qui định của pháp luật hiện hành thì có bốn cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép đầu tư cho các dự án đầu tư theo hình thức hợp đồng hợp tác kinh doanh. Tuy nhiên cần lưu ý là pháp luật Việt Nam không phân cấp giấy phép đầu tư theo hình thức đầu tư mà theo tính chất của dự án đầu tư.
Theo điều 37 nghị định 108/2006/NĐ-CP: Dự án do Thủ tướng Chính phủ chấp thuận chủ trương đầu tư.
Nếu dự án nằm trong quy hoạch đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt hoặc ủy quyền phê duyệt và đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật và điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên thì cơ quan cấp Giấy chứng nhận đầu tư thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đầu tư mà không phải trình Thủ tướng Chính phủ quyết định chủ trương đầu tư. Còn không nằm trong quy hoạch đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt hoặc ủy quyền phê duyệt hoặc dự án không đáp ứng các điều kiện mở cửa thị trường quy định tại điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên thì cơ quan cấp Giấy chứng nhận đầu tư chủ trì, lấy ý kiến Bộ quản lý ngành, Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các cơ quan khác có liên quan để tổng hợp, trình Thủ tướng Chính phủ quyết định chủ trương đầu tư. Khi dự án thuộc lĩnh vực chưa có quy hoạch thì cơ quan cấp Giấy chứng nhận đầu tư lấy ý kiến Bộ quản lý ngành, Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các cơ quan khác có liên quan để tổng hợp, trình Thủ tướng Chính phủ quyết định chủ trương đầu tư.
Quy định này cho thấy luật đưa ra chỉ mới là các dự án thuộc sự chấp thuận của Thủ tướng chính phủ mà thủ tục đã rất rườm rà từ khâu giấy tờ hành chính, chưa kể đến thời gian chờ đợi phê duyệt để thực thi dự án.
Căn cứ Điều 38 nghị định 108/2006/NĐ-CP Ủy ban nhân dân cấp tỉnh thực hiện việc đăng ký đầu tư, cấp Giấy chứng nhận đầu tư đối với các dự án sau:
Dự án đầu tư ngoài khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế, bao gồm cả các dự án đầu tư quy định tại Điều 37 Nghị định này đã được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận chủ trương đầu tư.
Tại Điều 39 nghị định 108/2006/NĐ-CP dự án do Ban Quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế cấp Giấy chứng nhận đầu tư.
Ban Quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế (sau đây gọi là Ban Quản lý) thực hiện việc đăng ký đầu tư, cấp Giấy chứng nhận đầu tư đối với các dự án sau:
1. Dự án đầu tư trong khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế, bao gồm cả các dự án đầu tư quy định tại Điều 37 Nghị định này đã được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận chủ trương đầu tư.
2. Dự án đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao đối với những địa phương chưa thành lập Ban Quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất và khu công nghệ cao.
Tất cả các dự án còn lại đều thuộc cơ chế thẩm định cấp giấy phép đầu tư..Đây là một qui trình phức tạp có sự tham gia của nhiều cấp, nhiều ngành, và gây cho các nhà đầu tư nước ngoài nhiều khó khăn và tốn kém. Ở nhiều địa phương, Giấy chứng nhận đầu tư đang được sử dụng như một điều kiện để được vay vốn ngân hàng, thậm chí số vốn đầu tư được ghi trong Giấy chứng nhận đầu tư được sử dụng như yếu tố làm căn cứ xác định mức cho vay. Trong trường hợp này, Giấy chứng nhận đầu tư được hiểu là xác nhận hay chứng nhận của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về dự án đã được đánh giá về hiệu quả kinh tế - xã hội và đã được đảm bảo thực hiện bởi cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Một cách hiểu khác là, nhà đầu tư, khi đã được cấp giấy chứng nhận đầu tư, có nghĩa là về nguyên tắc, nhà đầu tư đó đã được cấp đất hoặc giao đất để thực hiện dự án đầu tư; vấn đề còn lại chỉ là xem xét để xác định cụ thể diện tích đất được giao, được thuê và các chỉ giới cụ thể. Như vậy, trong trường hợp này, Giấy chứng nhận đầu tư được hiểu là xác nhận sự thẩm định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về hiệu quả kinh tế - xã hội của dự án và đồng ý giao đất hoặc cho nhà đầu tư thuê đất cần thiết để thực hiện dự án đó. Hai cách hiểu nói trên là khá phổ biến. Tuy vậy, cả hai cách hiểu nói trên đều không đúng với bản chất và ý nghĩa của Giấy chứng nhận đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư.