Nhiệm vụ của Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố:
- Ban hành theo thẩm quyền và tổ chức thực hiện văn bản quy phạm pháp luật về tài nguyên nước;
- Lập, phê duyệt, công bố và tổ chức thực hiện quy hoạch tài nguyên nước, kế hoạch điều tra cơ bản, điều hòa, phân phối tài nguyên nước, phục hồi nguồn nước bị ô nhiễm, cạn kiệt;
- Khoanh định, công bố vùng cấm, vùng hạn chế khai thác nước dưới đất, vùng cần bổ sung nhân tạo nước dưới đất và công bố dòng chảy tối thiểu, ngưỡng khai thác nước dưới đất theo thẩm quyền, khu vực cấm, khu vực tạm thời cấm khai thác cát, sỏi và các khoáng sản khác trên sông; công bố danh mục hồ, ao, đầm phá không được san lấp;
- Tổ chức ứng phó, khắc phục sự cố ô nhiễm nguồn nước; theo dõi, phát hiện và tham gia giải quyết sự cố ô nhiễm nguồn nước liên quốc gia theo thẩm quyền; lập, quản lý hành lang bảo vệ nguồn nước, vùng bảo hộ vệ sinh khu vực lấy nước sinh hoạt; bảo đảm nước sinh hoạt trong trường hợp hạn hán, thiếu nước hoặc xảy ra sự cố ô nhiễm nguồn nước;
- Tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật về tài nguyên nước;
- Cấp, gia hạn, điều chỉnh, đình chỉ, thu hồi giấy phép về tài nguyên nước và cho phép chuyển nhượng quyền khai thác tài nguyên nước theo thẩm quyền; hướng dẫn việc đăng ký khai thác, sử dụng tài nguyên nước;
- Tổ chức thực hiện các hoạt động điều tra cơ bản, giám sát tài nguyên nước theo phân cấp; báo cáo Bộ Tài nguyên và Môi trường kết quả điều tra cơ bản tài nguyên nước, tình hình quản lý, khai thác, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước, phòng, chống và khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra trên địa bàn;
- Xây dựng cơ sở dữ liệu; quản lý, lưu trữ thông tin, dữ liệu về tài nguyên nước;
- Thanh tra, kiểm tra, giải quyết tranh chấp, xử lý vi phạm pháp luật về tài nguyên nước.
Giúp việc cho các tỉnh trong việc quản lý tài nguyên nước là các Sở chuyên ngành như: Sở Tài nguyên và Môi trường; Sở Khoa học và Công nghệ; Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Sở Xây Dựng; Sở Kế hoạch và Đầu tư; Sở Giao thông vận tải; Sở Công Thương và Sở Tài Chính, trong đó, Sở Tài nguyên môi trường đóng vai trò chủ chốt, chủ trì và tổ chức thực hiện các công tác quản lý. Cụ thể như sau:
- Sở Tài nguyên và Môi trường: Thực hiện chức năng quản lý tài nguyên nước ở cấp tỉnh và thành phố;
- Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn: Nước cho nông nghiệp, công trình thủy lợi, ngư nghiệp, sản xuất muối, cấp phép xả thải vào các hệ thống thủy lợi;
- Sở Giao thông vận tải: Giao thông thủy và cảng địa phương, hệ thống cấp thoát nước;
- Sở Khoa học và Công nghệ: Triển khai các công trình nghiên cứu đến tài nguyên và môi trường;
- Sở Công thương: Thủy điện;
- Sở xây dựng: Các công trình xử lý nước thải; - Sở Y tế: Chất lượng nước cho ăn uống và sản xuất; - Sở Tài chính: Thuế, phí tài nguyên nước;
- Sở Kế hoạch và Đầu tư: Quy hoạch phát triển KT-XH của thành phố; - Sở Công an: Thanh tra tài nguyên và môi trường.