Tiêu chuẩn để phân loại HBV là dựa trên sự khác nhau của chuỗi trong toàn bộ gen của HBV và đến nay đã xác định HBV ở người có 10 kiểu gen được đặt tên từ A đến J [98]. Một số kiểu gen HBV được tiếp tục phân loại dưới kiểu gen (subtyp). Khi trình tự bộ gen HBV khác nhau trên 8% nucleotit được phân loại kiểu gen và 4 - 8% được phân loại dưới kiểu gen. Nhiều nghiên cứu đã cho thấy kiểu gen, dưới kiểu gen có phân bố địa lý khác nhau, liên quan đến tiến triển của bệnh, đáp ứng điều trị thuốc kháng vi rút và tiên lượng. Kiểu gen A, B, C, D và F được phân chia thành nhiều dưới kiểu gen nhưng không có các dưới kiểu gen cho các kiểu gen E, G, H. Kiểu gen A chủ yếu ở châu Phi cận sa mạc Sahara, Bắc Âu và Tây Phi, kiểu gen B và C phổ biến ở châu Á, trong đó kiểu gen C phát hiện chủ yếu ở Đông Nam Á, kiểu gen D chủ yếu ở châu Phi, châu Âu, các nước Địa Trung Hải và Ấn Độ, kiểu gen G ở Pháp, Đức và Hoa Kỳ, kiểu gen H thường gặp ở các nước Trung và Nam Mỹ. Kiểu gen I gặp ở Việt Nam và Lào [118]. Kiểu gen mới nhất của HBV là kiểu gen J đã được xác nhận ở quần đảo Ryukyu, Nhật Bản [142]. Phân bố địa lý của kiểu gen HBV có thể liên quan đến khả năng phơi nhiễm. Ví dụ kiểu gen B và C thường gặp ở vùng dịch tễ cao, chủ yếu lây truyền chu sinh hoặc lây truyền dọc. Kiểu gen khác chủ yếu ở các khu vực lây truyền ngang. Do đó kiểu gen có vai trò quan trọng trong điều tra dịch tễ học mắc bệnh. Phân bố kiểu gen khác nhau giữa các nước và thậm chí giữa các vùng trong một nước. Sự khác biệt bệnh học giữa các kiểu gen đã được hiểu rõ một phần. Tải lượng HBV-ADN trong tế bào gan, ngoài tế bào và HBeAg ở kiểu gen B và C cao hơn so với kiểu gen A và D. HBV-ADN và kháng nguyên gắn kết trong tế bào gan có thể đóng vai trò quan trọng gây tổn thương tế bào gan. Ngoài ra khả năng nhân lên cao của kiểu gen C có thể là lý do tăng tổn thương tế bào gan.
Nghiên cứu về kiểu gen của HBV tại Việt Nam, các tác giả đã xác định được kiểu gen A đến G trong huyết thanh của BN nhiễm HBV tại Việt Nam [146]. Kiểu gen B, C và D phổ biến ở những BN viêm gan vi rút B mạn, xơ gan và HCC
[147],[148] trong khi kiểu gen A thường gặp ở những người mang HBV [146]. Theo nghiên cứu của tác giả Bùi Hữu Hoàng trên BN xơ gan và HCC, Nguyễn Trường Sơn ở người lành mang HBV và BN mắc bệnh gan thuộc các khu vực khác nhau tại miền Bắc và miền Nam đều phát hiện được 2 kiểu gen là B và C với các tỷ lệ dao động là 60 - 80% với kiểu gen B, 20 - 30% với kiểu gen C [7],[14].
Hình 1.5: Phân bố kiểu gen vi rút viêm gan B trên thế giới [130],[140]