- Quản lý chặt chẽ cán bộ hải quan nhằm ngăn chặn những tiêu cực trong quy trình thủ tục hải quan nhập khẩu nói riêng và làm thủ tục hải quan nói chung.
- Cải tiến quy trình thực hiện thủ tục hải quan theo hướng đơn giản hoá, chính xác, hiệu quả và thống nhất trong tất cả các chi cục hải quan, phù hợp với yêu cầu của hoạt động xuất nhập khẩu nhằm đem lại hiệu quả thiết thực về kinh tế, xã hội.
- Cơ quan hải quan cần lắng nghe ý kiến, những vướng mắc từ phía doanh nghiệp, từ đó điều chỉnh cho phù hợp với thực tế quy trình làm TTHQ tại các doanh nghiệp.
- Tăng cường thanh tra chống buôn lậu, tạo sự cạnh tranh lành mạnh trong kinh doanh xuất nhập khẩu hàng hoá.
- Kiến nghị với bộ tài chính về chính sách quản lý, thời hạn nộp thuế đối với doanh nghiệp không được hưởng ân hạn về thuế: việc không áp dụng chế độ ưu đãi ân hạn thuế cho doanh nghiệp chưa thực hiện tốt quy trình hải quan nhập khẩu là hoàn toàn hợp lý. Chính sách này giúp khuyến khích các doanh nghiệp thực hiện tốt quy trình, đồng thời hạn chế rủi ro về thất thoát thuế nhập khẩu trong quá trình truy thu. Thời hạn nộp trong ngày ngay sau khi hồ sơ hàng hoá được thông quan và phải tiến hành nộp vào ngân sách nhà nước ngay trong ngày mới được giải phóng hàng, nếu không phải có bảo lãnh của ngân hàng đã đem lại không ít khó khăn trong mục tiêu tối thiểu hoá thời gian và chi phí hoạt động hải quan của công ty.
- Kiến nghị với bộ tài chính về việc tái cơ cấu tổ chức, mạng lưới hải quan với cơ cấu tổ chức theo 3 cấp quản lý gồm: Tổng cục Hải quan, Cục hải quan tỉnh, liên tỉnh; Chi cục Hải quan cửa khẩu và tương đương. Cơ cấu quản lý này đôi khi làm hạn chế mối liên hệ giữa các cấp chi cục, kéo theo sự thiếu hụt về thông tin chỉ đạo và phản hồi hoặc các thông tin đến chậm, kém hiệu quả. Do đó ảnh hưởng tới hoạt động của doanh nghiệp.
- Với các cơ quan hải quản phải tổ chức đào tạo nghiệp vụ thường xuyên cho cán bộ hải quan để cán bộ hải quan có thể hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện đúng quy trình TTHQ nhập khẩu hàng hoá một cách nhanh nhất. Đồng thời cần xây dựng lực lượng cán bộ hải quan trong sạch, vững mạnh. Nâng cao tư tưởng chính trị và đạo đức nghề nghiệp cho cán bộ hải quan bằng cách đẩy mạnh công tác giáo dục truyền thống, giáo dục ý thưc nghề nghiệp và trách nhiệm với công tác hải quan một cách thường xuyên hơn và phải được lồng ghép vào công việc chuyên môn; làm cho đội ngũ cán bộ, công chức hải quan nhận thức đầy đủ và nâng cao lòng tự hào nghề nghiệp, dũng cảm đấu tranh với sai phạm, tiêu cực phát sinh trong công việc hàng ngày. Có thể công tác thực hiện quy trình thủ tục hải quan của doanh nghiệp mới nhanh và đảm bảo tính công bằng.
- Cơ quan hải quan cần tiếp tục đẩy mạnh hơn nữa công tác hướng dẫn, giải thích cho các doanh nghiệp về các văn bản, nghị định, chính sách mới về quy chế mặt hàng, quy định quản lý hàng hoá nhập khẩu.
- Cần công khai các chính sách pháp luật liên quan đến hải quan để cập nhật và cung cấp thông tin cho các nhân viên hải quan và cộng đồng doanh nghiệp.
- Cơ quan hải quan cần tăng cường hợp tác với doanh nghiệp hơn nữa nhằm tạo thuận lợi tối đa cho doanh nghiệp tuân thủ pháp luật, hoàn thiện việc thực hiện quy trình TTHQ. Cụ thể, cần duy trì việc gặp mặt định kì giữa hải quan và doanh nghiệp. qua đó, hai bên có thể trao đổi những thắc mắc, đề xuất những sửa đổi tạo điều kiện thuận lợi trong công việc cho nhau và làm cơ sở giúp cho quy trình ngày càng thông thoáng và hoàn thiện hơn.