Sự đổi mới của hải quan đem lại nhiều cơ hội, thuận lợi cho doanh nghiệp, đồng thời cũng đặt ra không ít thách thức, buộc các doanh nghiệp phải thích ứng và tuân thủ một cách tuyệt đối nghiêm túc. Vấn đề cơ bản còn tồn tại trong quy trình hải quan nhập khẩu mặt hàng thiết bịviễn thông của công ty VT1 là việc áp sai mã tên hàng nhập khẩu dẫn đến sự nhầm lẫn trong việc xác định mã thuế xuất hàng hóa nhập khẩu dẫn đến xác định trị giá tính thuế sai. Bởi mặt hàng thiết bị viễn thông có nhiều bộ phận nhỏ nên khi áp mã thuế không thể không có những sai sót.
Trong bước chuẩn bị HSHQ, tuy đã dụng hệ thống mạng nội bộ, hệ thống internet, việc truyền chứng từ đã nhanh hơn so với trước kia nhưng trong một số trường hợp chuẩn bị hồ sơ vẫn còn chậm và thiếu sót. Bên cạnh đó công ty vẫn chưa hình thành được sự nhạy bén với yêu cầu của khách hàng về mặt giấy chứng nhận xuất xứ nên một số trường hợp hải quan yêu cầu giấy chứng nhận xuất xứ thì bộ hồ sơ lại không có, làm kéo dài thời gian thông quan hàng hoá. Chuẩn bị hồ sơ diễn ra sai sót dẫn tới 11% hồ sơ hàng nhập khẩu của công ty bị phân vào luồng đỏ và 52% hàng nhập khẩu rơi vào luồng vàng.
Khi khai báo và nộp HSHQ, do công ty áp dụng hình thức hải quan điện tử, nên nhiều khi việc truyền tờ khai hải quan gặp sự cố do lỗi phần mềm, lỗi mạng làm mất thời gian khai hải quan.
Có trường hợp trong tờ khai hải quan nhân viên hải quan công ty ghi tên hàng theo hợp đồng thương mại nhưng tên hàng hóa trên hóa đơn thương mại lại khác.
Thêm vào đó, có trường hợp nhân viên hải quan khai sai nơi xuất xứ hàng. Mặt hàng thiết bị viễn thông của công ty VT1 có xuất xứ Trung Quốc nhưng trên tờ khai là Đài Loan. Như vậy, thông tin có trong hồ sơ đã sai khác với sự thật, ghi trên giấy chứng nhận xuất xứ.
thể, nhân viên đã không tiến hành kiểm tra kĩ các chứng từ mà phía đối tác xuất cung cấp dẫn đến không nhận ra được sự sai khác giữa các thông tin có trong các chứng từ. Vì thế mà khi tiến hành khai hải quan nhân viên đã khai sai thông tin.
Về việc nộp thuế, công ty luôn nộp thuế đúng hạn tuy nhiên hình thức nộp thuế của công ty chỉ chuyển khoản qua ngân hàng còn chưa rõ thông tin về kết quả nộp thuế, nên trong một số trường hợp, khi nhân viên xuống chi cục hải quan để thực hiện một số thủ tục để lấy hàng ra lại thông báo là lô hàng này chưa nộp thuế.
Thêm vào đó việc phối hợp với cơ quan hải quan để thông quan hàng hóa của công ty vẫn còn thiếu sót. Do khối lượng công việc nhiều nhưng người làm thì chỉ có một nên không thể tránh khỏi có thiếu sót xảy ra.