Nhân lực của công ty chuyên về nghiệp vụ hải quan còn yếu và thiếu nguồn nhân lực. một số nhân viên kinh doanh còn chưa nắm bắt được đầy đủ các thủ tục hải quan, cũng như các văn bản liên quan đến hoạt động nhập hàng hoá của nhà nước. có một số trường hợp, do trình độ tiếng anh còn chưa cao, nên đôi khi gặp khó khăn trong việc xem xét các chứng từ, chuẩn bị hồ sơ hải quan, đặc biệt là trong quá trình khai hải quan.
Đối với bộ phận mua bán đã không thực hiện tốt khâu kiểm tra sự phù hợp giữa các chứng từ trong hồ sơ hải quan và cập nhật thông tin tốt từ phía đối tác gây sai sót trong thông tin về lượng hàng gửi đến, thông tin về tên hàng, những điều khoản giao hàng trong hợp đồng và hóa đơn.
Đối với nhân viên nhập khẩu của công ty có vai trò rà soát hồ sơ, ký duyệt trước khi hồ sơ đem nộp cho cơ quan hải quan. Chuyên viên hải quan đã chưa thực hiện kiểm tra tốt hồ sơ hải quan trước khi ký đồng ý nộp hồ sơ hải quan, cụ thể chưa kiểm tra kĩ dẫn đến không phát hiện được những sai sót có trong các chứng từ mà phía đối tác cung cấp.
Hải quan Việt Nam đang trong quá trình đổi mới theo hướng hội nhập, vì vậy trong những hoạt động thuộc quy trình hải quan nhập khẩu không thiếu những thay đổi. Khi doanh nghiệp chưa cập nhật kịp thời sự thay đổi ấy sẽ tạo ra những sai sót trong quá trình thực hiện. Việc thay đổi mã số tên hàng nhập khẩu và việc chưa cập nhật kịp thời của VT1 là nguyên nhân của áp sai mã tên hàng nhập khẩu và nhầm lẫn
trong việc xác định mã thuế suất hàng hóa nhập khẩu.
Ngoài nguyên nhân từ năng lực của nhân viên hải quan công ty VT1, việc trao đổi thông tin giữa chuyên viên hải quan của công ty với các bộ phận liên quan cũng chưa hợp lý. Bài toán về nhân sự luôn là bài toán phức tạp. Chỉ với duy nhất một nhân viên chuyên làm thủ tục hải quan ngoài việc quản lý các lô hàng nhập khẩu, việc kiểm tra chi tiết từng hồ sơ có xảy ra sai sót là điều khó tránh khỏi.
Ngoài ra, một yếu tố khác đến từ phía cơ quan hải quan cũng làm cho quy trình thực hiện thủ tục hải quan nhập khẩu mặt hàng thiết bị viễn thông của công ty trở nên khó khăn hơn. Nhiều khi cơ quan hải quan đưa hàng hóa của doanh nghiệp xếp vào luồng vàng, luồng đỏ là không hợp lý. Sở dĩ có sự không hợp lý này là do hiểu biết của hải quan về hàng hóa nhập khẩu đó còn ít, trình độ tiếng Anh của cán bộ hải quan không tốt không thể đọc được thông tin ghi trên hàng nhập khẩu được viết bằng tiếng Anh. Hoặc cán bộ hải quan cố tình gây khó khăn cho công ty để gây tiêu cực. Bên cạnh đó, việc làm thủ tục hải quan tuy đã cải tiến phải qua ít cửa hơn nhưng vẫn bị chậm trễ làm ảnh hưởng đến tiến độ nhận hàng do thái độ làm việc thiếu trách nhiệm, thiếu tích cực, lơ là của phía cán bộ hải quan. Đôi khi các yêu cầu về quy chuẩn hồ sơ hải quan giữa các chi cục hải quan là khác nhau không thống nhất như thêm loại giấy tờ này, bỏ loại giấy tờ kia, làm cho doanh nghiệp bị bất ngờ lúng túng khó thích nghi được.
Một nguyên nhân nữa, người xuất khẩu Trung Quốc là người chuẩn bị chứng từ gửi cho người nhập khẩu ( VT1) nên việc để ra tình trạng thiếu chứng từ, thông tin trên chứng từ không khớp là do lỗi người xuất khẩu đã sơ ý trong khâu chuẩn bị, không kiểm tra hoặc không phát hiện ra lỗi trước khi gửi. Còn việc chứng từ đến muộn cũng có một phần lỗi là do người xuất khẩu khi họ chuẩn bị và gửi chứng từ muộn hoặc do lỗi của người vận chuyển chứng từ đến người nhập khẩu. Thêm vào đó, khi xảy ra lỗi và liên hệ yêu cầu sửa đổi, bổ sung, làm rõ vấn đề thì có trường hợp đối tác không hợp tác nhiệt tình dẫn đến chứng từ sửa đổi đến muộn khiến cho việc thực hiện quy trình TTHQ lâu hơn.