Trước những năm 1990, khó khăn nhất cho các doanh nghiệp quân đội làm kinh tế là vốn từ khi bắt đầu hoạt động. Các doanh nghiệp này không được vay vốn tại các NHTM do các ngân hàng chưa hiểu nhiều về các doanh nghiệp này, địa bàn hoạt động cũng khó xác định. Năm 1994, nhu cầu vốn của các doanh nghiệp này là khoảng 2000 tỷ VNĐ nhưng các NHTM chỉ cho vay được khoảng 1/10 nhu cầu.
Trước yêu cầu đó, cần phải có một tổ chức tài chính trung gian để có thể điều hòa vốn từ các tổ chức cá nhân tạm thời nhàn rỗi vốn sang các doanh nghiệp quân đội và mở rộng ra các doanh nghiệp có nhu cầu vốn cho hoạt động kinh doanh của họ. Với ý tưởng xây dựng một định chế tài chính doanh nghiệp và phát triển doanh nghiệp quân đội trở thành một Ngân hàng TMCP Quân Đội, sau 18 tháng tích cực chuẩn bị, ngày 4/11/1994 NH TMCP Quân Đội đã chính thức đi vào hoạt động với trụ sở được đặt tại 28A Điện Biên Phủ, Hà Nội.
Trải qua hơn 18 năm hoạt động, Ngân hàng Quân Đội từ một ngân hàng chưa có tên tuổi trên địa bàn Hà Nội cũng như trong cả nước với số vốn điều lệ nhỏ 20 tỷ đồng, với 25 nhân viên với 4 phòng ban chức năng: tín dụng, kế toán, kho quỹ và văn phòng đến nay Ngân hàng Quân Đội trở thành một hệ thống, tập trung tại các thành phố, trọng điểm kinh tế của Việt Nam như: Hà Nội, Hồ Chí Minh, Hải Phòng, Đà nẵng, Biên Hoà, Vũng Tàu, Cần Thơ, Nha Trang... Với số lượng cán bộ nhân viên gần 3269 người, vốn điều lệ là hơn 7300 tỷ đồng (đến 2011).
Hiệu quả hoạt động của MB luôn được các cơ quan quản lý và các đối tác đánh giá cao. Liên tục được NHNN xếp hạng A với số điểm từ 92-98/100 điểm và trao tặng nhiều bằng khen cho những thành tích xuất sắc; nhiều năm liền giành các giải thưởng thanh toán quốc tế do các ngân hàng uy tín quốc tế trao tặng như: HSBC, Standard Chatered Bank, UBOC; được người tiêu dùng bình chọn là Thương hiệu mạnh liên tục trong 2 năm liền 2005, 2006; đạt cúp Top ten thương hiệu Việt, ngành ngân hàng…và nhiều giải thưởng có uy tín và giá trị khác.
Các sản phẩm dịch vụ của MB không ngừng được đa dạng theo hướng hoàn thiện và phát huy dịch vụ truyền thống kết hợp với phát triển các dịch vụ hiện đại như hệ thống thanh toán qua thẻ, Mobile Banking, Internet Banking.
Đi đôi với nâng cao chất lượng sản phẩm dịch vụ, MB đặc biệt chú trọng mở rộng mạng lưới kênh phân phối tại các khu vực trọng điểm của cả nước. Hiện nay, MB có hơn 150 điểm giao dịch trên cả nước, đặt quan hệ đại lý với hơn 700 ngân hàng trên thế giới để hợp tác cung cấp các dịch vụ ngân hàng toàn cầu.
Hội sở chính của ngân hàng đặt tại Hà Nội, trước đây là chi nhánh 28A- Điện Biên Phủ- Ba Đình, từ năm 2005 hội sở chính được chuyển về toà nhà Ngân hàng Quân Đội tại số 3- Liễu Giai- Ba Đình, khi đó ngân hàng gồm 18 phòng giao dịch và chi nhánh trực thuộc.
Nằm trong hệ thống mạng lưới của NH TMCP Quân Đội, Chi nhánh Hoàng Quốc Việt được thành lập vào ngày 20/11/2001. Từ đó đến nay, chi nhánh đã không ngừng hoàn thiện, hoạt động hiệu quả. Là một trong những chi nhánh có kết quả hoạt động cao của hệ thống Ngân hàng Quân Đội, được tặng nhiều danh hiệu thi đua của hệ thống. Chi nhánh MB Hoàng Quốc Việt đã đóng góp không nhỏ vào kết quả hoạt động của hệ thống.
Chi nhánh Hoàng Quốc Việt gồm 3 PGD là PGD Từ Liêm, PGD Nam Thăng Long và PGD Trần Quý Kiên, trong đó PGD Từ Liêm là PGD được khai trương
đầu tiên từ năm 2008 với số lượng nhân viên là 11 người. Địa điểm hoạt động được đặt tại tòa nhà Âu Việt, số 1 Lê Đức Thọ, Mai Dịch, Cầu Giấy, Hà Nội.