Sự dung hợp giữa Phật giáo với tín ngưỡng thờ cúng tổ tiên của người Việt Nam còn được thể hiện rõ nét ở cách thức bài trí thờ tự trong chùa và trong bàn thờ gia tiên, thành hoàng…
Ở trong chùa, cách thức bào trí thờ tự được sắp xếp theo một trật tự từ trên cao xuống. Chùa có rất nhiều tượng Phật (Buddha); Bồ Tát (Bodhisattva) cùng với tượng các thiên thần Phật giáo khác, rất đa dạng và phong phú. Qua khảo sát một số chùa ở Hà Nội, đặc biệt là chùa Lý Triều Quốc sư, Chùa Bồ Đề, chùa Pháp Vân… cho thấy, ngoài những đặc trưng riêng của chùa, còn toát lên sự hội nhập với văn hóa tín ngưỡng thờ cúng tổ tiên thể hiện qua việc bài trí tượng thờ trong Phật điện:
Trong chùa, chính điện bao giờ cũng là nơi trung tâm của sự thờ cúng. Ở đây có rất nhiều bàn thờ được đặt ở chính giữa và làm thành những bậc từ cao xuống thấp. Không có một công thức chung nào cho sự bài trí tượng ở các chùa Hà Nội. Vị trí của các tượng thay đổi một cách linh hoạt tùy theo từng ngôi chùa. Nguyên nhân là do số lượng tượng không ngừng tăng lên sau mỗi lần trùng tu chùa (một số tượng mới được thêm vào bên cạnh các tượng cũ); các tín đồ cung tiến tượng vào chùa; đưa tượng từ các ngôi chùa bị đổ, bị hỏng về thờ…. Chính vì vậy, trên thực tế ở một số chùa, có những pho tượng trùng lặp nhau. Tuy nhiên, các pho tượng trùng lặp vẫn được bày cạnh nhau vì theo quan niệm của người Việt, các đấng, các vị an tọa bao nhiêu, thì họ càng yên tâm về mặt tâm linh bấy nhiêu. Điều này dẫn đến một số chùa có rất nhiều tượng như: chùa Mía (tức Sùng Nghiêm Tự, Hà Nội) có tới 287 pho tượng, chùa Trăm Gian (tức Quảng Nghiêm Tự, Hà Nội) có 153 pho tượng…. Tuy nhiên, cách bài trí thường tuân thủ như sau: ở tầng cao nhất của ban thờ giữa, ở chính điện, sát vách tường, thường có ba pho tượng gọi là "Tam thế" tức các vị Phật ở ba thời gian quá khứ - hiện tại - vị lai. Ba vị Phật này chỉ là đại diện cho vô số Phật trong mọi thời gian và không gian, theo quan niệm của Phật giáo Đại Thừa. Phía dưới ba pho Tam thế là ba pho “Di Đà Tam tôn” gồm tượng Phật A Di Đà (Amitasha) ở giữa; tượng Bồ Tát Quan Thế Âm (Avalokitesvara) ở bên trái và tượng Bồ Tát Đại Thế Chí (Mahasthamapra) ở bên phải. Tượng Phật A Di Đà thường có kích thước lớn hơn các tượng khác.
Sự có mặt ở vị trí đặc biệt của tượng Phật A Di Đà cùng với tượng các Bồ Tát Quan Thế Âm và Đại Thế Chí đã nói lên ý nghĩa quan trọng của tín ngưỡng Tịnh Độ trong Phật giáo. Ở Hà Nội không có một phái Tịnh Độ riêng biệt, nhưng tín ngưỡng Tịnh Độ phổ biến rộng rãi, làm thành một cơ tầng bình dân cho Phật giáo. Theo tín ngưỡng này, người ta tin có một cõi Tịnh Độ hay Tây Phương Cực Lạc, nơi có Phật A Di Đà ngự trị, các Bồ Tát Quán Thế Âm và Đại Thế Chí đã tiếp dẫn linh hồn cho chúng sinh về nơi đó. Người ta chỉ cần nhất tâm niệm danh hiệu Phật A Di Đà (nhiều lần) là có thể vãng sinh ở cõi Tây Phương cực lạc. Tên A Di Đà Phật đã trở thành lời chào nhau của các tín đồ Phật giáo Việt Nam. Đây cũng là cơ sở để lý giải ý nghĩa cho các lễ nghi thờ cúng, cầu siêu, cúng đàn trong thờ cúng tổ tiên của người Việt, với mong muốn Phật độ sinh cho tổ tiên được siêu thoát về miền Tây phương cực lạc.
Việc bài trí ba pho Di Đà Tam tôn với pho tượng Quan Âm có nhiều kiểu khác nhau. Nguyên nhân là do tín ngưỡng Quan Âm có một vị trí độc lập, không nhất thiết lúc nào cũng phải gắn liền với tín ngưỡng Tịnh Độ A Di Đà. Người Việt coi Quan Âm là nữ thần cứu khổ cứu nạn, có thể giúp nhân dân, đặc biệt là phụ nữ và trẻ em, vượt qua các bệnh tật, tai ương. Tín ngưỡng này có lẽ đã kết hợp với tín ngưỡng các nữ thần có nguồn gốc từ dân gian của người Việt. Tượng Quan Âm có thể được thờ ở chùa hoặc thờ ở nhà bên cạnh ở bàn thờ tổ tiên và thường được đặt cao hơn.
Trong các chùa Hà Nội, tượng Quan Âm cũng rất đa dạng và có nhiều loại. Tượng “Quan Âm Tống Tử” là hình tượng một người phụ nữ bế một em bé, bên cạnh có con vẹt. Tượng này gắn liền với câu chuyện dân gian kể rằng (Thị Kính bị chồng là Thiện Sỹ nghi oan đã cải trang làm trai, lấy tên là Kính Tâm, đi tu ở chùa. Có một cô gái là Thị Mầu say mê Thị Kính nhưng lại bị cự tuyệt. Về sau, Thị Mầu đã đem đứa con hoang mới sinh của mình
vứt vào chùa, đổ oan cho Thị Kính là bố đứa trẻ. Thị Kính đã nhẫn nhục, nuôi nấng đứa trẻ, và sau này, bà trở thành Bồ Tát Quan Âm. Con vẹt là hiện thân của Thiện Sỹ).
Tượng “Quan Âm Nam Hải” là tượng Quan Âm ở trên biển. Người Trung Hoa đã coi Potalaka, nơi ở của Avalokitesvara theo truyền thuyết Ấn Độ, là núi Phổ Đà trên quần đảo Chu Sơn gần Hàng Châu. Đến lượt người Việt Nam lại đồng nhất Nam Hải, nơi ở của Quan Âm với Biển Việt Nam.
“Xem trong biển nước Nam ta
Phổ môn có đức Phật Bà Quan Âm”[xem 26].
Một loại tượng Quan Âm khác có nhiều tay, được coi là “Quan Âm Chuẩn Đề” (Cundi-Avalokitesvara) trong loại tượng Quan Âm nhiều tay, có kiểu “Thiên Thủ Thiên Nhãn” (Suhasrahaja - Sahasranetra) với nghìn tay nghìn mắt (ở giữa những bàn tay có hình một con mắt). Pho tượng kiểu này ở chùa Bút Tháp (tỉnh Bắc Ninh) do nhà điêu khắc họ Trương tạc năm 1656 được coi là niềm tự hào của điêu khắc cổ Việt Nam.
Trong chùa, các tượng Quan Âm Tống Tử, Quan Âm Nam Hải thường được bày trên các ban thờ ở góc hai bên ban thờ chính ở nhà thượng điện. Tượng Quan Âm nhiều tay có lúc đặt trên bàn thờ chính, cũng có lúc bày ở bàn thờ riêng. Tượng Quan Âm nghìn tay nghìn mắt chùa Bút Tháp đặt ở gian bên cạnh của bàn thờ chính. Ở một số chùa, tượng Quan Âm còn được đặt trong các động đắp bằng vôi vữa.
Dưới ba pho tượng Di Đà Tam tôn đã nói ở trên, là tượng Phật Thích Ca Mầu Ni (Sakyamuni) ở giữa; tượng Bồ Tát Văn Thù Sư Lợi (Manjusri) ở bên trái và tượng Bồ Tát Phổ Hiền (Samantabhadra) ở bên phải. Thích Ca ngồi trên tòa sen; cũng có tượng Văn Thù Bồ tát ngồi trên lưng con sư tử màu xanh và Phồ Hiền Bồ tát ngồi trên lưng con voi màu trắng. Bộ ba tượng này thể hiện cảnh Phật Thích Ca đang thuyết pháp. Đôi khi, người ta
thay vào vị trí của Văn Thù và Phổ Hiền là hai đệ tử của Thích Ca là Ca Diếp (Kasyapa) và Anan Đà (Ananda).
Tượng Thích Ca trong chùa Hà Nội thường có một số kiểu khác nhau, diễn tả những giai đoạn khác nhau trong cuộc đời của Phật. Tượng Tuyết Sơn biểu hiện thần kỳ Thích Ca tu khổ hạnh trong núi Tuyết, tức Himalaya, có thân hình gầy guộc, ngực hiện rõ những chiếc xương sườn. Việt Nam có nhiều pho tượng Tuyết Sơn đẹp, đặc sắc như chùa Tây Phương, chùa Mía…
Tượng Nhập Niết Bàn (Parinivana) là tượng Thích Ca nằm nghiêng trên bàn tay bên phải, mắt lim dim trong các chùa Hà Nội, kiểu tượng này hiếm nhưng cũng có một số pho đẹp như ở chùa Mía hay chùa Trấn Quốc…
Kiểu tượng phổ biến là Thái tử Tất Đạt Đa, đó là hình một hài nhi tay phải chỉ lên trời, tay trái chỉ xuống đất.
Theo truyền thuyết, lúc Thái tử Tất Đạt Đa (Dahhasitta) ra đời, có chín con rồng (ở Ấn Độ là naga) phun nước tắm. Vì thế, tượng Thái tử Tất Đạt Đa thường đặt dưới Tòa Cửu Long (một vòm chạm hình chín con rồng bay xung quanh), giữa những đám mây, với các hình như Thiên thần, Tiên nữ và có khi cả Bát bộ kim cương. Kiểu tượng này gọi là Tòa Cửu Long (chín rồng). Tượng Thái tử Tất Đạt Đa và Tòa Cửu Long thường được bày ở tầng dưới cùng của bàn thờ chính. Hai bên tượng Thái tử Tất Đạt Đa, người ta thường đặt tượng Đế Thích (indra) và tượng Phạm Vương, còn gọi là Phạm Thiên (Brahma). Như đã biết ở Ấn Độ, Indra và Brahma được đưa vào thần điện Phật giáo khá sớm. Trên các điêu khắc Phật giáo ở Gandhara và Mathura, đã có hình Indra và Brahma đứng hai bên đức Phật cùng với sự lan truyền của Phật giáo, tín ngưỡng về Indra và Brahma như những người bảo vệ đức Phật cũng được đưa tới các nước Đông Á và Đông Nam Á. Ở
Việt Nam, Indra - Đế Thích và Brahma - Phạm Thiên được coi là các chúa tể của thế giới người và thần, nên khi đức Thích Ca chưa thành đạo, họ phải ở luân hồi bên cạnh để hộ trì. Vì họ được quan niệm là những ông vua, nên tượng của họ được tạo trong tư thế ngồi ngai báu, đội mũ miện, mặc áo cồn.
Tuy nhiên, ở một số nước châu Á, Indra có một vị trí quan trọng hơn Brahma đó là do tín ngưỡng của nhân dân [27;60-71].
Tín ngưỡng về Indra thường hòa lẫn vào tín ngưỡng dân gian. Ở vùng Bắc Bộ nước ta cũng vậy, từ xưa, Đế Thích không chỉ được thờ phụng riêng [63;48-49]. Đã có những ngôi chùa dành riêng cho việc thờ Đế Thích, như chùa Vua ở Hà Nội.
Trên bàn thờ chính ở nhà Thượng điện, ngoài tượng Phật A Di Đà, Phật Thích Ca, ở một số chùa còn có tượng Phật Di Lặc (Maitreya). Tượng Di Lặc được tạo với bộ mặt tươi cười, áo phanh để hở cái bụng to. Người Việt Nam quen gọi Di Lặc là "ông vô lo". Thật tương phản, khi tượng Di Lặc đặt bên cạnh Tuyết Sơn, gày gò khắc khổ. Di Lặc đã có mặt từ lâu trong Phật điện vùng Bắc Bộ. Nhưng dường như trong Phật giáo Bắc Bộ, Di Lặc không có một vị trí bằng A Di Đà. Hầu hết các chùa đều có tượng A Di Đà nhưng không phải chùa nào cũng có tượng Di Lặc. Ở Trung Hoa, có tín ngưỡng Tịnh Độ A Di Đà lẫn tín ngưỡng Tịnh Độ Di Lặc, nhưng ở Bắc Bộ chỉ có tín ngưỡng Tịnh Độ A Di Đà mà không có tín ngưỡng Tịnh Độ Di Lặc.
Ngoài tiền đường, thường có hai tượng Hộ Pháp (Dvarapala), những thiên thần bảo vệ Phật Pháp, mặc giáp trụ, cầm vũ khí, đứng hoặc ngồi trên lưng sấu, một loại sư tử huyền thoại. Những tượng này thường được đắp bằng đất, tướng uy phong lẫm liệt. Vì vậy mà trong ngôn ngữ người Việt có thành ngữ “to như hộ pháp”. Trong một số chùa, ở nhà tiền đường, có bày tượng Bát bộ kim cương (Vajrapani), tức tám vị thần bảo vệ của Phật, cũng
mặc giáp trụ và cầm vũ khí. Đôi khi, ở nhà bái đường, còn có các bàn thờ mười vị Diêm Vương (Yapra) được gọi là Thập điện Diêm Vương, tức mười vị vua cai quản mười tầng địa ngục. Bàn thờ mười Diêm Vương cũng có lúc được đặt sát tường ở hai bên nhà chính điện. Cảnh mười tầng địa ngục đôi khi được chạm trong những bức phù điêu hay đắp thành động diễn tả cảnh những người có tội bị các quỷ Dạ Xoa (Yakasas) hành hình bằng nhiều cách, trước mặt các Diêm Vương. Trong nhà bái đường, có thể có một số ban thờ khác, thờ Thổ Địa (Thần Đất), Long Vương hay Đức Ông, người bảo vệ tài sản của chùa. Có người cho rằng người bảo vệ tài sản của chùa này chính là Cấp Cô Độc (Anathapindika), người đã cúng nhiều tài sản cho Phật nhưng nhiều người khác không nghĩ như vậy.
Ở nhà Tổ ngoài tượng các vị sư từng trụ trì ở chùa, còn có bàn thờ đặt tượng Bồ Đề Đạt Ma (Bodhidharma), vị tổ thứ 28 ở Ấn Độ và là đầu tiên của Trung Hoa vào khoảng đầu thế kỷ VI, được coi là người sáng lập Thiền Tông ở đây. Vì Phật giáo vùng Bắc Bộ nước ta thường tự coi là thuộc phái Thiền nên đều thờ các vị tổ thứ nhất này. Tượng Bồ Đề Đạt Ma thường có mũi cao, tóc quăn, râu quai nón. Vai quảy chiếc dép cỏ được gọi là “Chích ly quy tây” (dép cỏ về Tây Phương).
Ở các chùa, hai bên dãy hành lang, người ta thường bày tượng mười tám vị La Hán (Arhat), mỗi bên chín tượng. Tuy nhiên, ở chùa Keo (Thái Bình) các tượng La Hán được bày ngay ở nhà Tiền Đường. Riêng ở chùa Tây Phương (Hà Nội), có những pho tượng đẹp bày ở hậu đường được coi là các tượng La Hán, nhưng căn cứ vào tên các vị này, như Gia Na Hóa Tu (Sanakavasa), Ba Tu Mật (Vasumitra), Phật Đà Nam Đề (Budd hanandi), Ca Tỳ Ma La (Kapimala), La Hầu La Đa (Rahulata), Tăng Già Nan Đề (Sanghanandi), Cưu Ma La Đa (Kumarata), Chà Dạ Đa (Jayata)…Chúng ta thấy đó là tên các vị tổ (trong 28 vị) người Ấn Độ mà Thiền Tông Trung
Hoa truy nguyên và thừa nhận. Như vậy, đây là tượng Tổ chứ không phải là tượng La Hán. Như vậy, qua cách thức bài trí này đã nói lên sự ảnh hưởng của tín ngưỡng tâm linh của người Việt, họ luôn nghĩ về sau cái chết và sự thờ cúng sau khi chết
Một cách thức bài trí thờ tự khác gắn với các chùa Hà Nội là thờ “hậu”. Hình thức này có mối liên hệ với tập tục thờ cúng tổ tiên rất rõ nét và đã hình thành lâu đời trong người Việt. Đó là trách nhiệm con cháu phải thờ cúng tổ tiên. Tuy nhiên, một số người bất hạnh không có con cháu để thờ cúng sau khi chết, đã nhờ gửi việc này cho nhà chùa. Họ đóng góp một số tiền hay ruộng đất và xin nhà chùa cúng lễ sau khi chết. Đây gọi là thờ “hậu” (hậu có nghĩa là thờ cúng sau khi chết, thay cho những người hậu tự, tức con cháu nối dõi). Ruộng đất của những người này cúng vào chùa được gọi là ruộng “hậu”. Trong nhiều chùa đều có bàn thờ “hậu”, thường là một hành lang với những bát hương, đặt trước những tấm bia đá, gọi là bia “hậu”, trên đó khắc rõ tên, tuổi, quê quán của những người không có con cháu nối dõi, thường là cả vợ và chồng, cùng với số tiền hoặc ruộng họ đóng vào chùa và yêu cầu được thờ ở chùa. Những bài văn bia này mang tính chất những bản “hợp đồng”. Có nhiều chùa có rất nhiều bia hậu như chùa Pháp Vân (Ninh Hiệp), các bia hậu được gắn dày đặc trên tường hành lang bao quanh chính điện.
Mặt khác, do ảnh hưởng của Phật giáo, thờ cúng tổ tiên của người Việt cũng được bài trí một cách bài bản và rất hệ thống theo một tôn ti trật tự chặt chẽ, tuy có đơn giản hơn. Trong mỗi gia đình, bàn thờ cúng tổ tiên được đặt ở giữa nhà, là vị trí trang trọng nhất, là trở thành nơi con cháu khấn vái trong những ngày tuần, ngày giỗ, ngày tết, hoặc khi có hiếu hỷ, việc to, việc nhỏ với mong muốn được gia tiên phù hộ. Mọi “thay đổi” trong gia đình đều được gia chủ kính cáo với tổ tiên.
Theo phong tục, bàn thờ gia tiên được đặt ngay tại gian chính giữa nhà. Nhà giàu có thì đồ thờ phụng được trang hoàng lộng lẫy, sơn son thếp vàng và thờ đủ thần chủ bốn đời là cao, tằng, tổ, khảo, bằng gỗ táo, trên đó đề tên, họ, chức tước, ngày tháng sinh, tử của tổ tiên. Còn nhà túng khó thì cũng có bát hương và bộ ỷ để thờ, bởi đồ thờ tự được coi là những vật linh thiêng.
Ngày nay, do tác động của nếp sống mới, gia đình có bàn thờ cổ không còn nhiều. Người ta lập bàn thờ trên một tấm ván đóng trên tường, có khi là trên nóc tủ… Đồ thờ chỉ gồm một bát hương nhỏ, khung ảnh thờ người quá cố và một số đồ thờ khác.
Tất cả con cháu cùng một dòng họ, lập chung một bàn thờ vị Thủy tổ, gọi là từ đường của dòng họ. Tại bàn thờ dòng họ có bài vị Thủy tổ. Trên bài vị thường ghi rõ đó là vị Thủy tổ của họ nào. Chẳng hạn, Vũ môn lịch đại tổ tôn thân thần chủ, nghĩa là Thần chủ Tổ tiên họ Vũ. Bài vị ngày xưa đều ghi bằng chữ Hán. Thần chủ không bao giờ thay đổi, nên gọi là bách chê bất diệu chi chủ.
Một số dòng họ không có nhà thờ riêng nên xây một đàn lộ thiên,