Sự quản lý giám sát hoạt động của các chi nhánh chưa thực sự chặt chẽ.Công ty xây dựng định mức khoán cho các chi nhánh xí nghiệp theo doanh thu nên khi chi nhánh chỉ tập trung đẩy mạnh bán hàng tăng doanh số hàng bán nhưng không tập trung vào công tác thu tiền dẫn đến đọng vốn tại khâu trung gian (Hệ thống đại lý) khiến cho vòng quay vốn chậm chi phí sử dụng vốn tăng nên gây nhiều rủi ro cho công ty.
Việc nhận thanh toán bằng tiền mặt vẫn chiếm tỷ lệ khá lớn trong các hoạt động mua bán tại công ty.
Do đặc điểm hoạt động kinh doanh thuốc trừ sâu phụ thuộc vào nhiều yếu tố khách quan như tháng 1 là tháng mới bắt đầu là vụ chiêm, kết hợp với thời tiết rét lạnh kéo dài, nên lượng thuốc bảo vệ tiêu thụ được ít, vì vậy trong tháng 1 công ty chủ yếu chi mà chưa có thu dẫn đến tạm thời kinh doanh chưa có lãi.
Quản lao động dưới góc độ thời gian làm việc được thông qua "Bảng chấm công"."Bảng chấm công" chỉ theo dõi được ngày công làm việc làm việc mà không theo dõi được số giờ làm việc. Do vậy, việc trả lương chưa thực sự thoả đáng so với thời gian thực tế đi làm của người lao động.
Công ty vẫn còn hạn chế trong vấn đề tiền thưởng cho người lao động, chủ yếu mới chỉ thưởng vào cuối năm, chưa có hình thức thưởng hợp lý để khuyến khích động viên tinh thần người lao động.
Công ty không theo dõi tài khoản cấp hai của tài khoản 334. Gây khó khăn cho việc theo dõi tiền công chi cho người lao động vào lực lượng lao động thuê ngoài.