Đối với cụng tỏc kiểm tra thuế hồ sơ khai thuế GTGT tại trụ sở cơ quan thuế phải được thực hiện chuyờn sõu, phõn tớch số liệu phải cú tớnh lo gich từ đú đưa ra những đỏnh giỏ nhận xột quỏ trỡnh kờ khai của NNT nhằm phỏt hiện sai sút và ngăn chặn kịp thời những hành vi gian lận về thuế ngay từ khõu đầu.
Về cụng tỏc xõy dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra: Kế hoạch thanh tra, kiểm tra phải được xõy dựng trờn cơ sở phõn tớch, đỏnh giỏ rủi ro trờn hệ thống ứng dụng phõn tớch rủi ro, lựa chọn cỏc DN cú rủi ro cao về thuế như
cỏc DN cú quy mụ lớn, DN nhiều năm chưa được thanh tra, kiểm tra, DN kinh doanh đa ngành nghề.
Triển khai thực hiện kế hoạch thanh tra, kiểm tra phải thực hiện quyết liệt ngay từ thỏng đầu năm; triển khai việc thu thập thụng tin, phõn tớch đỏnh giỏ rủi ro xõy dựng đề cương chi tiết đảm bảo thanh tra, kiểm tra đỳng mục tiờu, trọng tõm, trọng điểm, rỳt ngắn thời gian thanh tra, kiểm tra tại DN và đảm bảo cỏc cuộc thanh tra, kiểm tra theo đỳng Quy trỡnh và quy định của Phỏp luật về thanh tra, kiểm tra; Phấn đấu hoàn thành kế hoạch thanh tra, kiểm tra cả về số lượng và chất lượng cỏc cuộc thanh tra kiểm tra.
Tăng cường cụng tỏc giỏm sỏt thanh tra, kiểm tra nhằm đảm bảo kỷ cương kỷ luật của đội ngũ cụng chức thanh tra, kiểm tra; ngăn chặn cỏc hành vi tiờu cực và gõy phiền hà cho NNT.
Tăng cường lực lượng cỏn bộ cho bộ phận thanh tra, kiểm tra; giỏm sỏt tuõn thủ đối với người nộp thuế. Xõy dựng, ban hành chế độ quy định về quản lý thanh tra, kiểm tra thuế đối với NNT trờn cơ sở quản lý rủi ro, nhằm giảm bớt phiền hà cho NNT, đồng thời phỏt hiện và xử lý kịp thời cỏc trường hợp khụng tuõn thủ phỏp luật thuế, gúp phần nõng cao tớnh tuõn thủ của người nộp thuế và đảm bảo bỡnh đẳng trong thực hiện nghĩa vụ thuế, tăng cường đổi mới ỏp dụng cỏc biện phỏp, kỹ năng để giỏm sỏt quản lý nợ thuế và cưỡng chế nợ thuế; giải quyết chớnh xỏc, kịp thời cỏc trường hợp khiếu nại, tố cỏo về thuế.
Phụ́i hợp chặt chẽ với cơ quan phỏp luật đẩy mạnh cỏc biện phỏp phũng ngừa và chống cỏc hành vi tội phạm trong lĩnh vực thuế giỏ trị gia tăng, đặc biệt là cỏc hành vi sử dụng hoỏ đơn bất hợp phỏp để trốn thuế giỏ trị gia tăng, chiếm đoạt tiền thuế của Nhà nước.
Đẩy mạnh cụng tỏc kiểm tra, thanh tra nội bộ ngành về việc chấp hành kỷ cương, kỷ luật và thực hiện cỏc quy trỡnh nghiệp vụ trong cụng tỏc quản lý
thuế GTGT, thực hiện đồng bộ nghiờm tỳc cỏc biện phỏp kinh tế, hành chớnh trong cụng tỏc thu thuế. Việc gian lận trốn thuế luụn là vấn đề bức xỳc trong cụng tỏc quản lý thuế và đang ngày càng gia tăng
Thường xuyờn tổ chức tập huấn, đào tạo, bồi dưỡng nõng cao nghiệp vụ chuyờn mụn và kỹ năng cho cụng chức kiểm tra, thanh tra.