Từ khi thành lập Tổng cục thuế, công tác quản lý thuế ngày càng đƣợc cải cách và hiện đại hóa, mô hình quản lý thuế theo chức năng đã mang lại hiệu quả tốt. Tuy nhiên, thực tiễn công tác quản lý thuế cho thấy vẫn còn sự giàn trải, chƣa xây dựng đƣợc các phƣơng pháp quản lý phù hợp cho từng đối tƣợng nộp thuế để quản lý hiệu quả giữa các đối tƣợng tuân thủ pháp luật về thuế tốt và các đối tƣợng tuân thủ chƣa tốt, giữa các đối tƣợng có số thuế nộp Ngân sách nhà nƣớc lớn và đối tƣợng có số thuế nộp Ngân sách nhà nƣớc thấp. Dẫn tới làm giảm hiệu quả, hiệu lực trong việc hỗ trợ, tuyên truyền cũng nhƣ kiểm soát, quản lý thu thuế đối với từng đối tƣợng nộp thuế.
Luật quản lý thuế ra đời đã tạo hành lang pháp lý để ngành thuế cả nƣớc thực hiện đổi mới phƣơng thức quản lý theo hƣớng hiện đại, chuyên nghiệp, hiệu quả, tạo sự chủ động cho ngƣời nộp thuế, tránh lãng phí nguồn nhân lực và tài chính của cơ quan thuế.
Sau gần 5 năm triển khai Luật quản lý thuế, đến nay nhìn chung bộ máy cơ quan thuế các cấp đã đi vào hoạt động ổn định và hiệu quả, nhiệm vụ các bộ phận cơ cấu thuộc cơ quan thuế các cấp đã đƣợc quy định cụ thể, rõ ràng, giảm bớt đƣợc sự chồng chéo, xoá bỏ bớt các bộ phận không cần thiết, bƣớc đầu đã tạo điều kiện thuận lợi cho ngƣời nộp thuế thực hiện các thủ tục hành chính thuế và nghĩa vụ với ngân sách nhà nƣớc. Tổ chức quản lý thuế theo chức năng đã chuyên môn hoá, đánh giá đúng thực trạng quản lý thuế nên đã giúp Cơ quan thuế chỉ đạo các bộ phận chức năng thực hiện tốt nhiệm vụ quản lý thuế.
46
Việc Vụ Quản lý thuế các doanh nghiệp lớn ra đời đã giải quyết đƣợc các hạn chế của công tác quản lý thuế Doanh nghiệp lớn thời gian trƣớc. Công tác quản lý thuế đã đƣợc thực hiện có trọng tâm, trọng điểm. Tuy nhiên, hiện tại Vụ quản lý thuế Doanh nghiệp lớn chỉ tổ chức thành 2 phòng: phòng Cơ sở dữ liệu và phòng Tổng hợp. Chức năng nhiệm vụ chính chỉ là dề xuất các hƣớng dẫn cụ thể về chính sách thuế, cơ chế quản lý thuế đối với Doanh nghiệp lớn đƣợc lựa chọn theo Quyết định số 856/QĐ-BTC. Về cơ bản, bộ phận Quản ý thuế đối với doanh nghiệp lớn mới chỉ dừng lại ở bƣớc sơ khai: Xây dựng cơ sở dữ liệu và đề xuất về cơ chế chính sách, về quản lý thuế với các Doanh nghiệp lớn mà chƣa trực tiếp thực hiện các chức năng của quy trình quản lý thuế.