Từ năm 2008, mã số đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế đã đƣợc thống nhất thành “Mã số doanh nghiệp” theo cơ chế một cửa liên thông, các mẫu tờ khai, hồ sơ hoàn thuế đƣợc thay đổi rõ ràng, rút gọn, các đơn vị có thể thực hiện việc nộp thuế thông qua ngân hàng, thực hiện cải cách các thủ tục hành chính và đề xuất đơn giản hóa 76% các thủ tục hành chính thuế, ƣớc tính cắt giảm đƣợc 35% chi phí tuân thủ chung cho xã hội.
Quy trình quản lý kê khai thuế đƣợc xây dựng, thƣờng xuyên sửa đổi, nâng cấp, kiểm tra chặt chẽ tờ khai thuế hàng tháng. Bắt đầu từ tháng 8/2009, Tổng cục Thuế đã triển khai hệ thống nộp hồ sơ kê khai thuế qua mạng đối với các doanh nghiệp tại 4 địa bàn : Hà Nội, Tp. Hồ Chí Minh, Đà Nẵng và Bà Rịa Vũng Tàu cho các tờ khai thuế Giá trị gia tăng, thu nhập doanh
49
nghiệp, tiêu thụ đặc biệt, tài nguyên, thu nhập cá nhân, Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn, tờ khai thuế nhà thầu nƣớc ngoài.
Trong năm 2011, Tổng cục thuế chỉ đạo triển khai hệ thống khai thuế qua mạng tới 22 tỉnh, thành phố, đƣa tổng số địa phƣơng triển khai hệ thống khai thuế qua mạng lên 41, đến nay đã có tới hơn 50.000 Doanh nghiệp thực hiện khai thuế qua mạng, mỗi tháng có trên 60.000 hồ sơ khai thuế, báo cáo sử dụng hóa đơn đƣợc gửi qua mạng internet. Đối với doanh nghiệp lớn thuộc Tổng cục Thuế quản lý, đến hết năm 2011 tỉ lệ các doanh nghiệp triển khai kê khai thuế qua mạng đã đạt gần 90% , việc nộp tờ khai thuế trực tuyến hàng tháng đã đƣợc các doanh nghiệp ủng hộ, giảm đƣợc tối đa thời gian xếp hàng nộp tờ khai bằng giấy của các doanh nghiệp nhƣ trƣớc đây và giảm tải công việc cho cán bộ thuế, phần mềm quản lý tờ khai thuế có chức năng tính phạt nộp chậm trực tiếp nên tỉ lệ nộp chậm tờ khai ngày càng giảm dần.
Thực hiện cải cách thủ tục hành chính thuế, ngành thuế đã phối hợp với các cơ quan chức năng liên quan thực hiện cấp mã số thuế cho ngƣời nộp thuế đúng thời gian quy định, rà soát đối chiếu với các cơ quan liên quan, xác định chính xác số đơn vị đang hoạt động, ngừng hoạt động, hạn chế các đối tƣợng bỏ trốn, xử phạt nghiêm những đơn vị vi phạm thủ tục đăng ký, kê khai, nộp thuế theo quy định tại luật quản lý thuế, thông tin kịp thời trên internet để các đơn vị dễ dàng tra cứu thông tin của các doanh nghiệp đối tác.
Một số hạn chế và nguyên nhân trong công tác quản lý đăng ký và kê khai thuế :
Chƣa có báo cáo phân tích đánh giá tình hình kê khai, nộp tờ khai thuế toàn ngành, đối với các doanh nghiệp lớn, hoạt động sản xuất kinh doanh phức tạp trên nhiều địa bàn khác nhau nên công tác kê khai thuế cũng thƣờng phức tạp và chậm hơn các doanh nghiệp vừa và nhỏ, tuy nhiên quy định về kê khai hiện vẫn thực hiện chung cho tất cả các doanh nghiệp, do vậy đã gây khó
50
khăn cho các doanh nghiệp lớn, một số quy định về thời hạn thực hiện các thủ tục về thuế chƣa phù hợp với thực tế hoạt động của doanh nghiệp lớn.
Các doanh nghiệp lớn phần lớn đều chấp hành tốt công tác đăng ký và kê khai thuế, tuy nhiên vẫn còn tồn tại một số doanh nghiệp không nộp hoặc chậm nộp tờ khai thuế. Ví dụ trong tháng 12/2011, với 415 doanh nghiệp thuộc Tổng cục Thuế quản lý, có 62 hồ sơ chậm nộp tờ khai, và 189 hồ sơ chƣa nộp.
Một số doanh nghiệp còn lo ngại về độ an toàn, bảo mật của thiết bị chữ ký số do chƣa có đủ các văn bản quy định trách nhiệm sử dụng, bảo quản chứng thƣ, chƣa có thủ tục chính thức về việc đăng ký và bảo hành. Phần mềm quản lý chứng thƣ số còn chƣa tích hợp đƣợc với một số ứng dụng của ngƣời dùng.
Ứng dụng tại các cơ quan thuế đƣợc xây dựng trong thời gian ngắn nên còn nhiều lỗi trong quá trình triển khai sử dụng. Đƣờng truyền Internet chƣa đáp ứng yêu cầu đặc biệt là thời điểm gần đến hạn cuối kê khai. Việc thƣờng xuyên nâng cấp phần mềm Hệ thống kê khai thuế cũng là vấn đề gây bức xúc cho cán bộ kế toán thuế tại các doanh nghiệp.