Hồ sơ khai thuế bao gồm Tờ khai thuế và các tài liệu liên quan làm căn cứ để doanh nghiệp khai thuế, tính thuế với cơ quan thuế. Trong hồ sơ khai thuế phải ghi đầy đủ các thông tin định danh của doanh nghiệp, phù hợp với thông tin khai trong hồ sơ đăng ký thuế và được lưu trữ trong cơ sở dữ liệu đăng ký thuế của cơ quan thuế.
Năm 2009, căn cứ danh sách số lượng người nộp thuế phải kiểm tra hồ sơ khai thuế đánh giá rủi ro các đã được lãnh đạo Cục phê duyệt, phòng kiểm tra số 4 đã tiến hành kiểm tra theo quy trình 528 là 139 doanh nghiệp. Qua kết quả kiểm tra hồ sơ khai thuế TNDN năm 2009 đã có kết quả như sau: số lượt hồ sơ khai thuế TNDN đã kiểm tra là 557 lượt, trong đó thực hiện điều chỉnh 5 hồ sơ, cụ thể là: 1 hồ sơ trong kế hoạch do kê khai trùng hoạt động chuyển wuyeefn sử dụng đất tại các Tỉnh, đơn vị nộp tờ khai đã thay thế điều chỉnh giảm 271.071.994 triệu đồng; có 4 hồ sơ ngoài kế hoạch do xác định sai thuế suất do chuyển lỗ không đúng, các đơn vị nộp tờ khai thay thế điều chỉnh tăng 962.298.006 triệu đồng. Có thể nói, bước kiểm tra hồ sơ kê khai thuế là bước rất quan trọng trong công tác quản lý thuế TNDN, hồ sơ khai thuế nói lên tình hình sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp trong năm và cũng thể hiện rõ trách nhiệm của doanh nghiệp với việc thực hiện nghĩa vụ thuế đối với Nhà nước. Vì thế để phát hiện những gian lận của doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ hồ sơ khai thuế, nhất là việc kê khai giảm doanh thu, tăng chi phí chịu thuế... vào so với thực tế để trốn lậu thuế làm giảm số thuế phải nộp,lập bảng kê khống; mua hàng tự kê khai giá rồi ghi địa chỉ vùng sâu, vùng xa; lập hóa đơn bán hàng thấp hơn giá thanh toán...của doanh nghiệp.
Trong công tác kiểm tra hồ sơ khai thuế TNDN phần kiểm tra có thể nói là quan trọng đó là kiểm tra tờ khai thuế TNDN. Qua kiểm tra Cục thuế Hà Nội có kết quả về tình hình quản lý tờ khai năm 2009.
Bảng 11
Tình hình quản lý tờ khai năm 2009 chi tiết theo địa bàn quản lý của phòng
St t Quận Tổng số ĐTNT đang hoạt động Số ĐTNT nộp tờ khai thường xuyên Số ĐTNT không nộp tờ khai thường xuyên Số ĐTNT không nộp tờ khai
1 Đ.ĐA 252 220 31 12 T.XUÂN 49 44 5