Mặt tiến bộ trong tư tưởng yêu nước của Phan Bội Châu chính là sự đổi mới trong quan niệm về yêu nước và đường lối cứu nước. Là một người từng xuất thân từ cửa Khổng sân Trình nhưng Phan Bội Châu đã có một thái độ rất dứt khoát đối với chế độ phong kiến. Với ông, yêu nước không nhất thiết phải yêu vua, đất nước này càng không phải là của vua. Vì thế chống giặc cứu nước là vì nòi giống, dân tộc Việt Nam chứ không vì một triều đại hay một dòng họ nào cả. Ông đã đưa ra chủ trương chống phong kiến triệt để. Khác với các nho sĩ yêu nước ở giai đoạn cuối thế kỉ XIX, Phan Bội Châu đứng lên chống Pháp là để giành lại độc lập và tiến tới xây dựng xã hội mới, không cần có vua.
Tiến bộ hơn một số nho sĩ cùng thời như Phan Chu Trinh, Phan Bội Châu đã đặt ra nhiệm vụ giải phóng đất nước bằng con đường bạo động cách mạng. Ông từng nêu rõ "Thù dân tộc không lấy máu rửa không sạch". Thơ văn ông tràn trề tinh thần quyết chiến đấu, ngùn ngụt như lửa, ồ ạt như lũ : "Lắng xuống mà suy nghỉ rồi hăng hái vùng lên vung tay mà hô lớn : kẻ
thù, kẻ thù, ta thề phải tiêu diệt hết rồi mới ăn cơm sáng".
Theo quan niệm của Phan Bội Châu nhiệm vụ cứu nước là rất quan trọng và cấp bách trong hoàn cảnh hiện tại. Tuy nhiên, vấn đề cải cách xã hội, tiến lên xây dựng một chế độ mới, chế độ dân chủ tư sản, theo gương Nhật Bản cũng là rất cần thiết, phải thực hiện ngay trong thời điểm bấy giờ. Với ông tất cả những việc làm trên là yêu nước, là đóng góp lớn cho xã hội, là cứu nguy cho giống nòi.