a) Về đối tượng không chịu Thuế GTGT
Theo quy định của luật thuế GTGT hiện hành thì có quá nhiều đối tượng không thuộc diện chịu thuế GTGT (bao gồm 25 nhóm hàng hóa, dịch vụ) làm cho chính sách thuế trở nên phức tạp. Nguyên nhân của tình trạng trên là do hệ thống chính sách thuế vừa nhằm mục tiêu đảm bảo nguồn thu cho ngân sách Nhà nước vừa thực hiện chính sách xã hội.
Phạm vi áp dụng đối tượng không chịu thuế hiện nay quá rộng đã gây khó khăn rất nhiều cho cơ quan thuế trong việc kiểm soát, giám sát, đồng thời làm giảm cơ sở đánh thuế và giảm nguồn thu cho ngân sách Nhà nước. Trong nhiều trường hợp việc miễm thuế GTGT còn gây bất lợi cho cơ sở sản xuất
kinh doanh về vấn đề khấu trừ thuế. Chẳng hạn về trường hợp các ngành sản xuất sử dụng nguyên liệu không thuộc diện chịu thuế GTGT (hoặc ngược lại).
Ví dụ: Cơ sở sản xuất bột canh, mì ăn liền và những ngành có sử dụng nguyên liệu muối chẳng hạn. Vì muối không thuộc diện chịu thuế GTGT nên khi mua nguyên liệu không có thuế GTGT, trong khi đó sản phẩm tạo ra là bột canh hay mì sợi lại thuộc diện chịu thuế GTGT, nên khi bán bột canh hay mì ăn liền, thì doanh nghiệp phải phải lập hóa đơn bao gồm giá bán và thuế GTGT, thuế GTGT đầu vào không có để khấu trừ vào số thuế phải nộp (doanh nghiệp không được hiển thuế khấu trừ).
b) Về thuế suất GTGT
Việc áp dụng 3 mức thuế suất: 0%, 5% và 10% và tiêu chí phân định ranh giới áp dụng mức thuế suất 5% và 10% khá phức tạp: vừa theo tên hàng hóa, dịch vụ, vừa theo công dụng hàng hóa, dịch vụ, vừa theo tính chất của hàng hóa, dịch vụ dẫn đến việc áp dụng mức thuế suất không thống nhất, nảy sinh vướng mắc, tạo kẽ hở để gian lận trong quá trình thực hiện.
c) Về phương pháp tính thuế GTGT
Hiện nay theo luật thuế GTGT quy định hai phương pháp tính thuế là: Phương pháp khấu trừ và phương pháp tính trực tiếp trên GTGT. Trong trường hợp Doanh nghiệp thực hiện phương pháp khấu trừ thuế GTGT có quan hệ kinh tế với doanh nghiệp thực hiện tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp hoặc hộ kinh doanh thì cả hai bên đều thiệt hại. Cụ thể: Đối với doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ để tính thuế GTGT khi mua hàng hóa, dịch vụ của doanh nghiệp áp dụng phương pháp trực tiếp để tính thuế GTGT thì dù có hóa đơn bán hàng (đã có thuế GTGT) nhưng không được sử dụng để khấu trừ thuế. Bởi, theo quy định chỉ có hóa đơn GTGT hoặc hóa đơn đặc thù của các đơn vị nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế GTGT phát hành mới được khấu trừ thuế. Như vậy, trong các doanh nghiệp này mặc dù đã tuân thủ chế độ kế toán, giao dịch kinh tế có chứng từ pháp lý đầy đủ, nhưng trong chi phí hợp lý hình thành giá bán hàng hóa dịch vụ chịu thuế GTGT vẫn có một phần thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ. Khi tiêu thụ sản phẩm, doanh nghiệp phải nộp thuế GTGT đầu ra trên tổng giá trị hàng hóa. Vậy là, thuế GTGT đầu ra vẫn đang đánh chồng lên thuế GTGT đầu vào làm doanh nghiệp mất đi một khoản lợi nhuận.
d) Khấu trừ và hoàn thuế
Hiện nay cả doanh nghiệp và cơ quan thuế điều gặp khá nhiều khó khăn khi triển khai các quy định về khấu trừ và hoàn thuế. Cụ thể:
- Về khấu trừ thuế: hiện nay, một trong những điều kiện doanh nghiệp được khấu trừ thuế GTGT đầu vào là phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ trừ trường hợp tổng giá trị thanh toán đã có thuế từng lần theo hóa đơn dưới 20 triệu đồng. Việc phân biệt giao dịch có giá trị dưới 20 triệu đồng không cần phải thanh toán qua ngân hàng vẫn được khấu trừ thuế đang là một kẽ hở để các doanh nghiệp gian lận thuế bằng cách
khi tách hóa đơn có giá trị giao dịch lớn thành nhiều hóa đơn có giá trị nhỏ, cơ quan thuế rất khó kiểm soát được hiện tượng này.
- Về hoàn thuế: Đối với cơ sở xuất khẩu có số thuế đầu vào của hàng hóa xuất khẩu phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ nhỏ hơn 200 triệu đồng thì vẫn không được hoàn thuế theo tháng. Các cơ sở kinh doanh không có hoạt động xuất khẩu hay có nhưng giá trị thấp, thì dù số thuế đầu vào trong tháng phát sinh cao đến mấy vẫn không được hoàn lại theo tháng mà phải chờ đủ 3 tháng. Đây là hạn chế rất lớn của quy định về hoàn thuế vì đồng vốn của các doanh nghiệp bị đông cứng khá lâu ảnh hưởng đến quá trình kinh doanh của doanh nghiệp.