Hai luật thuế mới Thuế GTGT và TNDN do nhà nước ban hành từ năm 1999, nhất là thuế GTGT bước đầu thực hiện có nhiều khó khăn và phức tạp. Các chính sách thuế được sửa đổi, bổ sung nhiều lần và rải rác ở các văn bản khác nhau của Chính phủ, Bộ tài chính, Tổng cục Thuế nên việc cập nhật để áp dụng là điều không dễ dàng. Tuy nhiên qua việc thực hiện áp dụng luật thuế GTGT tại Chi cục Thuế huyện Thới Lai đã có nhiều cố gắng trong công tác quản lý thu thuế và đã mang lại những kết quả đáng khích lệ, cụ thể:
- Về công tác quản lý đối tượng nộp thuế: Chi cục Thuế đã phối hợp với cơ quan cấp giấy đăng ký kinh doanh (Phòng Kinh Tế huyện) để quản lý đầy đủ, kịp thời các hộ cá thể đăng ký kinh doanh đưa vào diện quản lý thu thuế; đảm bảo không bỏ sót các nguồn thu trên địa bàn, chống thất thu về số hộ, về số thuế. Đồng thời ban hành quy chế phối hợp với Phòng Kinh Tế huyện để thực hiện hỗ trợ trao đổi thông tin trong quản lý thuế và quản lý đăng ký kinh doanh.
- Về công tác kiểm tra tờ khai thuế GTGT và Thuế TNDN: Được thực hiện khá tốt, việc chấp hành nộp tờ khai của doanh nghiệp và hộ cá thể ngày càng đi vào nề nếp; chất lượng tờ khai ngày càng nâng lên, góp phần hoàn
thành chỉ tiêu kế hoạch thu thuế chung hàng năm. Đối với hộ cá thể nộp thuế khoán, hàng năm đều thực hiện công tác điều tra, khảo sát doanh thu, thu nhập và mức thuế của từng hộ kinh doanh cá thể nhằm quản lý thu thuế đối với hộ kinh doanh cá thể đúng theo quy trình quản lý thuế đối với hộ kinh doanh số 1201/TCT/QĐ/TCCB ngày 26/07/2004 và 2248/QĐ-TCT ngày 28/12/2012 ( kể từ ngày 28/12/2012 quyết định số 1201 sẽ được thay thế bởi quyết định 2248), từ đó số thuế lập bộ của hộ kinh doanh cá thể năm sau luôn cao hơn năm trước, góp phần đưa số thuế CTN-NQD trên địa bàn hoàn thành kế hoạch được giao.
- Về công tác đôn đốc thu nợ thuế: Nhìn chung còn gặp một số khó khăn, hạn chế song vẫn thực hiện được một số công việc quan trọng trong công tác giảm nợ tồn đọng, bởi Chi cục Thuế bám sát thực hiện tương đối tốt theo quy trình nghiệp vụ về quy trình quản lý nợ thuế theo quyết định số 752/QĐ-TCT ngày 14/05/2010 và quyết định số 1395/QĐ-TCT của Tổng cục Thuế. Tổng số nợ đến cuối ngày 31/12/2010 là 3.429 triệu đồng (trong đó doanh nghiệp là 2.676 triệu đồng, hộ cá thể là 753 triệu đồng), đến cuối ngày 31/12/2012 là 4.002 triệu đồng (trong đó doanh nghiệp là 3.387 triệu đồng và hộ cá thể là 615 triệu đồng). Nhìn chung, tuy Chi cục Thuế huyện Thới Lai đã áp dụng nhiều biện pháp theo quy trình quản lý nợ thuế của Tổng cục Thuế để thu hồi các khoản thuế còn nợ nhưng kết quả thu còn thấp và đặc biệt chưa tác động mạnh đến người nộp thuế nên kết quả thu thuế CTN-NQD qua các năm ở một số nguồn thu không cao lắm và cũng chưa đạt được dự toán thu NSNN đã đề ra.
- Về công tác kiểm tra, thanh tra đối tượng nộp thuế: Chi cục Thuế đều thực hiện đúng theo trình tự và thủ tục quy định được ban hành theo quy trình thanh tra, kiểm tra số 406/QĐ-TCT ngày 05/05/2009 của Tổng cục Thuế. Tuy cán bộ làm công tác thanh tra kiểm tra còn chưa đạt mức quy định, trình độ chuyên môn về hạch toán kế toán chưa đồng điều nên chưa thực hiện đúng kế hoạch kiểm tra của đơn vị, nhưng qua các năm không có trường hợp nào vượt giới hạn quy định do lỗi của cơ quan thuế. Tuy nhiên cán bộ kiểm tra còn gặp một số khó khăn như thông qua kết luận còn kéo dài do đối tượng nộp thuế kéo dài việc thuyết minh, giải thích hoặc cung cấp tài liệu, chứng cứ chậm…