Mỗi loại nước thải cú hệ vi sinh vật đặc trưng. Nước thải sinh hoạt do chứa nhiều chất hữu cơ giàu dinh dưỡng dễ phõn giải, thỡ chứa nhiều vi khuẩn. Thụng thường chứa từ vài triệu đến vài chục triệu tế bào/ml.
- Vi khuẩn gõy thối: Pseudomonas fluorecens, P. aeruginosa, Proteus vulgaris, Bac. cereus, Bac. subtilis, Enterobacter cloacae….
- Đại diện cho nhúm vi khuẩn phõn giải đường, Cellulose, urea: Bac. cellosae, Bac. mesentericus, Clostridium, Micrococcus urea, Cytophaga. sp….
- Cỏc vi khuẩn gõy bệnh đường ruột: Nhúm Coliform, là vi sinh vật chỉ thị cho mức độ ụ nhiễm phõn trong nước ở mức độ cao, cú thể giao động từ vài chục nghỡn đến vài trăm nghỡn tế bào/ml nước thải.
Trong nước thải hữu cơ, vi sinh vật hỡnh ống giữ vai trũ quan trọng, phải kể đến vi khuẩn Sphaerptilus natans, thường hay bị nhầm với nấm nước thải, nú phủ lờn bề mặt tế bào một lớp nước cực bẩn, thường tạo thành cỏc sợi hoặc cỏc bỳi, khi bị vỡ ra sẽ trụi nổi đầy trờn mặt nước. nhúm này thường phỏt triển mạnh ở nước nhiều oxygen. Ngoài ra, vi khuẩn Sphaerptilus natans thường thấy ở cỏc nhà mỏy thải ra nhiều cellulo và nhà mỏy chế biến thực phẩm. Bờn cạnh vi khuẩn, người ta cũn gặp nhiều loại nấm, nhất là nấm men Saccharomyces, Candida, Cryptococcus, Rhodotorula, Leptomitus lacteus, Fusarium aquaeducteum….
Ngoài ra cũn cú vi khuẩn oxy húa lưu huỳnh như: Thiobacllus, Thiothrix, Beggiatoa, vi khuẩn fản nitrỏt húa: Thiobacillus denitrificans, Micrococcus denitrificans.
Trong nước thải chứa dầu người ta tỡm thấy vi khuẩn phõn giải hydrocarbon:
Pseudomonas, Nocardia….
Trong nước thải cũn cú tập đoàn khỏ phong phỳ đú là tảo, chỳng thuộc tảo silớc:
Bacillariophyta, tảo lục: , Chlorophyta, tảo giỏp: Pyrrophyta.