- Mô tả và phân tích cấu trúc: Những phương pháp được tiến hành dựa trên công bố của các tác giả có uy tín. Quan điểm nghiên cứu được dựa trên phương pháp của UNESCO về phân tích cấu trúc và hình thái thảm thực vật (1979) [11].
- Phương pháp điều tra dựa trên bản đồ và khảo sát thực địa: Các điểm khảo sát và tuyến khảo sát được thiết lập trải rộng qua tất cả các đơn vị thảm thực vật của các hệ sinh thái khác nhau theo tuyến sông. Các điểm khảo sát được định vị tọa độ bằng GPS trên bản đồ, từ đó thiết lập hệ thống tuyến khảo sát và các hệ thống điểm quan sát lấy mẫu. Có 3 tuyến khảo sát chính:
+ Tuyến 1: Trên sông Nhuệ, bắt đầu trừ ngã ba Phù Vân đi Nhật Tựu. + Tuyến 2: Trên sông Đáy, bắt đầu từ ngã ba Phù Vân đi Tượng Lĩnh.
+ Tuyến 3: Trên sông Đáy, bắt đầu từ nơi hợp dòng của hai nhánh sông xuôi đến Gián Khẩu.
Tuyến khảo sát của chúng tôi thiết lập từ sát mép nước tới các hệ sinh thái ven sông và các hệ sinh thái ngập nước ngọt thường xuyên. Đây là diện tích chủ yếu của vùng nghiên cứu với sự hiện diện đầy đủ các thành phần của hệ sinh thái thủy vực sông. Để phân tích thực trạng thực vật, chúng tôi thu thập mẫu, quan sát các yếu tố cấu thành thảm thực vật và hệ thực vật cả về cấu trúc không gian, cấu trúc thành phần loài (Wittaker - 1962) các nhân tố môi trường.
- Đánh giá tính đa dạng quần xã thực vật: Cơ bản dựa trên quan điểm hệ sinh thái (Tansley, 1935)