Có thể thấy điểm khác nhau cơ bản về mô hình cơ quan đăng ký bất động sản của Cộng hòa Liên bang Đức so với Việt Nam, đó là sự thống nhất về tổ chức và sự tập trung về thẩm quyền. Ở Cộng hòa Liên bang Đức, việc đăng ký được tập trung tại một cơ quan có thẩm quyền là Tòa án khu vực nơi
có bất động sản và cơ quan đăng ký có thẩm quyền đăng ký theo địa hạt. Trong khi đó, cơ quan đăng ký bất động sản của Việt Nam còn có sự phân tán về thẩm quyền đăng ký (phân theo cấp hành chính) tùy thuộc vào tư cách chủ thể có quyền sở hữu, quyền sử dụng bất động sản đó. Chính mô hình cơ quan đăng ký bất động sản của Việt Nam đang thể hiện những bất cập như sau:
Thứ nhất, mô hình cơ quan đăng ký hiện nay chưa thể hiện được chủ
trương cải cách hành chính, chưa tách biệt hoàn toàn chức năng đăng ký là hoạt động dịch vụ công với chức năng quản lý nhà nước.
Trong hoạt động đăng ký hiện đang bao gồm hai khâu: khâu xác lập quyền sở hữu bất động sản thông qua việc cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất của Ủy ban nhân dân và khâu đăng ký các biến động về quyền, về hiện trạng đối với bất động sản tại các Văn phòng đăng ký. Việc cơ quan quản lý hành chính các cấp tham gia vào quá trình công nhận việc xác lập các quyền dân sự đối với bất động sản làm cho việc đăng ký bất động sản thường có xu hướng bị hành chính hóa, theo đó, việc xác lập các quyền, lợi ích hợp pháp đối với bất động sản từ các quan hệ dân sự, kinh tế bị phụ thuộc vào ý chí của cơ quan đăng ký nhiều hơn là các căn cứ luật định. Hơn nữa, đăng ký xác lập quyền đối với tài sản theo quy định của pháp luật dân sự là một nhiệm vụ thứ yếu so với những nhiệm vụ khác của các cơ quan hành chính, cơ quan quản lý về bất động sản. Do đó, trên thực tế các cơ quan này chưa thực sự chú trọng đến công tác đăng ký bất động sản, đặc biệt là đăng ký các giao dịch về bất động sản không làm chuyển dịch quyền sở hữu, quyền sử dụng đất (chỉ thực sự chú trọng đến khâu đăng ký lần đầu tiên đối với bất động sản nhằm nắm được những thông tin mang tính kỹ thuật, đáp ứng các yêu cầu quản lý hành chính đối với bất động sản đó), từ đó gây ảnh hưởng đến quyền, lợi ích hợp pháp của người dân.
Thứ hai, mô hình cơ quan đăng ký phân tán theo tư cách chủ thể của
thửa đất, nhưng nếu chủ sử dụng là tổ chức thì việc đăng ký bất động sản đối với thửa đất đó phải được thực hiện tại cơ quan cấp tỉnh; sau đó nếu chuyển quyền sử dụng cho cá nhân, hộ gia đình thì việc đăng ký bất động sản đối với thửa đất đó lại được thực hiện tại cơ quan cấp huyện. Do đó, nếu mỗi bất động sản chỉ có một bộ hồ sơ duy nhất, thì mỗi khi chuyển giao thẩm quyền đăng ký sẽ phải chuyển giao cả hồ sơ pháp lý của bất động sản đó.
Trong một thời gian dài trước khi Quốc hội ban hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật liên quan đến đầu tư xây dựng cơ bản, việc cấp Giấy chứng nhận quyền sở hữu, quyền sử dụng đối với bất động sản do nhiều cơ quan thực hiện (Sở Xây dựng, Sở Tài nguyên và Môi trường giúp Ủy ban nhân dân cấp tỉnh thực hiện việc cấp giấy). Ở địa phương, mô hình cơ quan đăng ký thể hiện sự không ổn định về tổ chức, chưa thống nhất về thẩm quyền, thể hiện cụ thể qua khảo sát thực tiễn như sau:
Năm 2005, khi tổ chức khảo sát tại Thành phố Hồ Chí Minh về thực trạng tổ chức và đăng ký bất động sản thì Sở Tài nguyên và Môi trường thành phố (Trung tâm Thông tin Tài nguyên Môi trường và đăng ký nhà đất) thực hiện đăng ký thống nhất cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở và quyền sử dụng đất ở. Tuy nhiên, đến thời điểm khảo sát năm 2007, kể từ thời điểm Luật nhà ở có hiệu lực thì Sở Xây dựng thành phố thực hiện cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở (theo báo cáo của Sở Xây dựng Thành phố Hồ Chí Minh, từ năm 2005 đến nay, toàn thành phố cấp được 31.980 Giấy chứng nhận theo Luật Nhà ở, trong đó chỉ có 941 Giấy 1 quyền). Riêng giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở và quyền sử dụng đất ở thì vẫn do Trung tâm Thông tin Tài nguyên Môi trường và đăng ký nhà đất) thực hiện. Thực trạng này dẫn đến hậu quả là việc quản lý hồ sơ không thống nhất, thông tin về bất động sản không tập trung, bị gián đoạn, Nhà nước tốn kém nhiều chi phí cho mỗi lần thay đổi về hệ thống cơ quan đăng ký bất động sản [18, tr. 7].
Sự không thống nhất về thẩm quyền giữa các cơ quan đăng ký tại mỗi địa phương thể hiện ở chỗ: có những địa phương tách bạch giữa cơ quan đăng ký, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và cơ quan đăng ký, cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, công trình xây dựng. Mô hình này theo đúng các quy định của pháp luật hiện hành và là mô hình chủ yếu tại các tỉnh, thành phố hoặc khu vực có mức độ phát triển kinh tế chưa cao, thị trường bất động sản ít sôi động, ví dụ như Lào Cai, Thái Bình, Đắk Lắc, Cà Mau. Tuy nhiên, có địa phương lại thống nhất chức năng đăng ký, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và đăng ký, cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, công trình xây dựng vào một cơ quan như Thành phố Hồ Chí Minh, thành phố Huế thuộc tỉnh Thừa thiên - Huế...
Thứ ba, về thẩm quyền đăng ký hiện nay được xác định theo địa giới
hành chính. Việc xác định thẩm quyền theo phương thức này mặc dù tạo nên sự rõ ràng, minh bạch về thẩm quyền nhưng lại chưa thật sự thuận lợi cho người dân khi đăng ký bất động sản. Trên thực tế, có những địa phương, người dân muốn đến văn phòng đăng ký bất động sản của địa phương mình cũng phải đi hết mấy ngày đường, trong khi đó, có thể đến một văn phòng đăng ký của một đơn vị hành chính khác gần hơn rất nhiều.