Kiểm toán Nhà nước được thành lập theo Nghị định số 70/CP ngày 11/7/1994 của Chính phủ để giúp Thủ tướng Chính phủ thực hiện chức năng kiểm tra, xác nhận tính đúng đắn, hợp pháp của tài liệu và số liệu kế toán, báo cáo quyết toán của cơ quan Nhà nước, các đơn vị sự nghiệp, đơn vị kinh tế nhà nước và các đoàn thể quần chúng, các tổ chức xã hội sử dụng kinh phí do ngân sách nhà nước cấp. KTNN thực hiện kiểm toán theo chương trình, kế hoạch kiểm toán hàng năm do Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, cung cấp kết quả kiểm toán cho Chính phủ và các cơ quan nhà nước khác theo quy định của Chính phủ. Tổng KTNN do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm và miễn nhiệm, chịu trách nhiệm trước Chính phủ toàn bộ công tác KTNN. Tổ chức và hoạt động KTNN trong giai đầu mới thành lập được thực hiện theo Quyết định số 61/TTg ngày 24/01/1995 của Thủ tướng Chính phủ về việc ban hành Điều lệ tổ chức và hoạt động của KTNN.
Để đảm bảo cơ sở pháp lý cho KTNN hoạt động trong điều kiện chưa có Luật Kiểm toán nhà nước, trong quá trình hoàn thiện hệ thống pháp luật, Nhà nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam đã bổ sung một số quy phạm pháp luật trong các luật điều chỉnh các hoạt động thuộc các lĩnh vực khác có phát sinh các mối quan hệ kiểm toán để đảm bảo tính đầy đủ về mặt pháp lý cho hoạt động kiểm toán ở các lĩnh vực trên, cụ thể là:
- Luật Ngân sách nhà nước (ban hành năm 1996) có các điều 69, 70, 73, 74 quy định về hoạt động Kiểm toán Nhà nước trong lĩnh vực ngân sách nhà nước.
- Luật Doanh nghiệp nhà nước (ban hành năm 1995) có Điều 12 quy định về nghĩa vụ của doanh nghiệp nhà nước trong thực hiện chế độ kiểm toán.
- Luật Ngân hàng Nhà nước Việt Nam (ban hành năm 1997) có điều 48 quy định về Báo cáo tài chính của Ngân hàng Nhà nước phải được Kiểm toán Nhà nước kiểm toán và xác nhận.
- Quy chế quản lý đầu tư và xây dựng (ban hành năm 1999) có điều 57 quy định trách nhiệm của các tổ chức kiểm toán trong thẩm tra quyết toán.
Đặc biệt Luật Ngân sách nhà nước được Quốc hội khoá XI thông qua tại kỳ họp thứ hai, ngày 16/12/2002 đã xác định tính độc lập, quy định chức năng của Kiểm toán Nhà nước trong kiểm toán ngân sách nhà nước và trách nhiệm báo cáo kết quả kiểm toán với Quốc hội, Uỷ ban Thường vụ Quốc hội, Chính phủ và các cơ quan khác theo quy định của pháp luật; thực hiện kiểm toán khi Quốc hội, Uỷ ban Thường vụ Quốc hội, Chính phủ có yêu cầu. Đây là văn bản pháp lý rất quan trọng quy định đầy đủ hơn chức năng, nhiệm vụ của Kiểm toán Nhà nước, đặt nền tảng quan trọng cho việc xác định địa vị pháp lý, chức năng và nhiệm vụ của Kiểm toán Nhà nước trong Luật Kiểm toán nhà nước sau này.
Sau hơn 10 năm hoạt động và phát triển, cơ sở pháp lý cho hoạt động, kiểm tra, kiểm soát về tài chính và tài sản nhà nước của KTNN là Nghị định số 70/CP ngày 11/7/1994 và các văn bản pháp luật có liên quan đã bộc lộ nhiều vấn đề hạn chế, nhất là về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức bộ máy của KTNN cũng như loại hình kiểm toán mà KTNN được thực thi. Để khắc phục những hạn chế nêu trên; đồng thời, hoàn thiện một bước cơ sở pháp lý về tổ chức và hoạt động của KTNN cho phù hợp với yêu cầu cải cách nền hành chính nhà nước, ngày 13/8/2003 Chính phủ ban hành Nghị định số 93/2003/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của KTNN thay thế Nghị định số 70/CP ngày 11/7/1994 của Chính phủ và bãi bỏ quy định tại các Chương I, II, III Điều lệ tổ chức và hoạt động của KTNN ban hành kèm theo Quyết định số 61/TTg ngày 24/01/1995 của Thủ tướng Chính phủ. Nghị định số 93/2003/NĐ-CP là một bước tiến quan trọng, xác định KTNN là cơ quan thuộc Chính phủ, thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan thuộc Chính phủ quản lý nhà nước về ngành, lĩnh vực theo quy định của Chính phủ. Ngoài chức năng kiểm toán báo cáo tài chính, Nghị định số
93/2003/NĐ-CP còn chính thức xác nhận chức năng kiểm toán tính tuân thủ pháp luật và tính kinh tế trong quản lý, sử dụng ngân sách nhà nước và tài sản công.
Cùng với các văn bản pháp lý, KTNN vừa triển khai nhiệm vụ kiểm toán, vừa tích cực nghiên cứu, đúc kết kinh nghiệm, tổng kết thực tiễn và học tập kinh nghiệm nước ngoài để xây dựng, ban hành hệ thống chuẩn mực KTNN, quy trình kiểm toán chung, các quy trình kiểm toán lĩnh vực ngân sách, doanh nghiệp nhà nước và đầu tư dự án (1999), Quy chế tổ chức và hoạt động của đoàn kiểm toán (2000), hệ thống hồ sơ mẫu biểu kiểm toán (2003) và hàng loạt các quy chế, quy định nội bộ làm cơ sở cho hoạt động nghề nghiệp kiểm toán và kiểm soát chất lượng, quản lý đạo đức nghề nghiệp của kiểm toán viên (KTV).
Tuy nhiên qua thực tiễn hoạt động, hệ thống pháp luật về kiểm toán nhà nước đã bộc lộ những bất cập và hạn chế sau đây:
Một là, trước khi Luật kiểm toán nhà nước được ban hành chưa có một văn bản luật nào quy định đầy đủ về tổ chức và hoạt động của cơ quan Kiểm toán Nhà nước Việt Nam. Trực tiếp điều chỉnh hoạt động của Kiểm toán Nhà nước là các văn bản dưới luật. Lịch sử hình thành và phát triển Kiểm toán Nhà nước của nhiều nước trên thế giới đã khẳng định hiệu lực hoạt động của cơ quan Kiểm toán Nhà nước tùy thuộc vào địa vị pháp lý, chức năng và tính độc lập của cơ quan Kiểm toán Nhà nước. Thông thường, địa vị pháp lý của cơ quan Kiểm toán Nhà nước được quy định trong Hiến pháp, các vấn đề cụ thể về tổ chức và hoạt động của Kiểm toán Nhà nước được quy định trong Luật Kiểm toán nhà nước. Thực tế đó đòi hỏi phải ban hành Luật Kiểm toán nhà nước có giá trị pháp lý cao hơn các văn bản dưới luật để quy định một cách phù hợp về tổ chức và hoạt động của Kiểm toán Nhà nước.
Hai là, địa vị pháp lý của cơ quan Kiểm toán Nhà nước trước khi Luật Kiểm toán nhà nước được ban hành còn thấp, chưa tương xứng với chức
năng, nhiệm vụ được giao đã làm giảm hiệu lực và hiệu quả của Kiểm toán Nhà nước với tư cách là cơ quan kiểm tra tài chính nhà nước cao nhất trong hệ thống kiểm soát của Nhà nước. Việc xây dựng và ban hành Luật Kiểm toán nhà nước sẽ xác định rõ ràng, hợp lý địa vị pháp lý của Kiểm toán Nhà nước để tăng cường vị thế và vai trò của Kiểm toán Nhà nước trong việc trợ giúp Chính phủ, Quốc hội quản lý, giám sát tài chính nhà nước và tài sản công.
Ba là, nhiều vấn đề cụ thể liên quan đến hoạt động của Kiểm toán Nhà nước chưa được quy định đầy đủ, đồng bộ hoặc chưa đáp ứng đầy đủ yêu cầu hội nhập kinh tế quốc tế đối với việc xây dựng nền tài chính lành mạnh, công khai và minh bạch như: các nguyên tắc hoạt động kiểm toán; quy định về kiểm toán hoạt động; quy định về giá trị pháp lý của báo cáo kết quả kiểm toán; các quy định về trách nhiệm thực hiện kiến nghị kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước; trách nhiệm báo cáo kết quả kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước; các quy định về công khai kết quả kiểm toán... đã làm giảm hiệu lực và hiệu quả hoạt động của Kiểm toán Nhà nước.
Bốn là, nhiều vấn đề liên quan đến Kiểm toán Nhà nước trong Luật Ngân sách nhà nước, Luật Ngân hàng Nhà nước và các luật khác chỉ dừng ở mức quy định chung, chưa được cụ thể hoá dẫn tới khó khăn trong quá trình thực hiện như quy định thời hạn gửi báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước; kiểm toán quyết toán ngân sách sau khi Quốc hội, Hội đồng nhân dân phê chuẩn; trách nhiệm cụ thể của Kiểm toán Nhà nước trong báo cáo kết quả kiểm toán...
Thực trạng trên đây đã ảnh hưởng tới hiệu lực, hiệu quả hoạt động của Kiểm toán Nhà nước. Để giải quyết những vướng mắc phát sinh trong thực tiễn hoạt động kiểm toán và khắc phục những hạn chế của hệ thống pháp luật
về kiểm toán nhà nước, cần phải ban hành Luật Kiểm toán nhà nước để điều chỉnh toàn diện về tổ chức và hoạt động của KTNN.