Mặc dù đã có những bước phát triển quan trọng nhưng trước yêu cầu ngày càng cao của công cuộc đổi mới đất nước, nhất là trong điều kiện thực hiện Nghị quyết Đại hội X của Đảng, Luật KTNN, Luật Phòng, chống tham nhũng và Luật Thực hành tiết kiệm, chống lãng phí, hoạt động kiểm toán cũng còn một số hạn chế cần phải khắc phục, thể hiện trên một số điểm chủ yếu sau:
Thứ nhất, quy mô hoạt động kiểm toán của KTNN còn rất hạn chế so với yêu cầu phải được kiểm toán hàng năm đối với các cơ quan, đơn vị quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước là rất lớn, nhất là lĩnh vực kiểm toán ngân sách.
Theo quy định của Luật ngân sách nhà nước và Luật Kiểm toán nhà nước, báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước, báo cáo quyết toán ngân sách địa phương phải được kiểm toán trước khi Quốc hội, Hội đồng nhân dân phê
chuẩn; báo cáo quyết toán, báo cáo tài chính của các cơ quan, đơn vị, tổ chức có sử dụng ngân sách nhà nước cũng đều phải được kiểm toán. Thực tế, các đơn vị được kiểm toán trong những năm gần đây tuy đã tăng dần, nhưng mới chỉ chiếm tỷ lệ khá khiêm tốn trong tổng số các đơn vị thuộc phạm vi kiểm toán của KTNN (năm 2007 và 2008, KTNN mới chỉ kiểm toán được 50% số tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và khoảng 30% số bộ, cơ quan Trung ương, nhưng trong mỗi tỉnh (bộ) chỉ kiểm toán được khoảng 50% số huyện (đơn vị dự toán trực thuộc bộ) và mỗi huyện chỉ kiểm toán được khoảng 2 đến 3 xã.
Thứ hai, chất lượng kiểm toán và tiến độ kiểm toán còn khoảng cách so với yêu cầu của Luật Kiểm toán nhà nước, cụ thể:
- Về kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ: Báo cáo kiểm toán còn nặng về phát hiện sai sót, chưa xác nhận được tính đúng đắn tin cậy của số liệu trong báo cáo tài chính, báo cáo quyết toán; khen ít chê nhiều; khen chê đôi lúc còn chung chung; còn hiện tượng ngại va chạm, thiếu cương quyết; các vấn đề tư vấn chưa thật gắn với đời sống kinh tế - xã hội và những vấn đề nổi cộm, bức xúc hiện nay.
- Về kiểm toán hoạt động và kiểm toán chuyên đề chưa được mở rộng, nên chưa có điều kiện đi sâu, giải đáp các vấn đề bức xúc, nhức nhối trong dư luận xã hội về những hiện tượng tiêu cực xẩy ra trong việc quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước, nhất là vấn đề thất thoát, lãng phí trong đầu tư xây dựng; hiệu quả công tác giám sát hoạt động kiểm toán còn thấp, hiện tượng yêu sách, nhũng nhiễu các đơn vị được kiểm toán đôi lúc vẫn còn xảy ra, chưa được khắc phục triệt để...
- Việc chuẩn bị ý kiến về dự toán ngân sách nhà nước và phương án phân bổ ngân sách trung ương mới chỉ là bước đầu; quá trình triển khai thực hiện gặp nhiều khó khăn do chưa có đầy đủ cơ sở pháp lý, cơ chế thực hiện và
hạn chế nguồn nhân lực cũng như phương pháp chuyên môn nghiệp vụ... - Thời gian lập, phát hành báo cáo kiểm toán đã có tiến bộ nhiều, song nhìn chung còn chậm, chưa tuân thủ đầy đủ theo quy định của Luật KTNN.
Thứ ba, hiệu lực kiểm toán chưa cao, trong thời gian qua vẫn còn nhiều đơn vị không thực hiện đầy đủ, nghiêm túc các kiến nghị của KTNN. Chất lượng công tác quản lý tài chính, ngân sách, tiền và tài sản nhà nước chưa được củng cố và hoàn thiện một cách tương xứng ở các đơn vị sau khi được kiểm toán. Các sai phạm, tiêu cực, lãng phí vẫn tiếp tục xảy ra và cá biệt có trường hợp niên độ kiểm toán sau sai phạm nhiều hơn niên độ kiểm toán trước. Hoạt động kiểm toán chưa phát hiện được nhiều hành vi tiêu cực, tham nhũng để chuyển các cơ quan chức năng xử lý theo thẩm quyền.
- Việc xử lý trách nhiệm các tổ chức, cá nhân đối với các sai phạm chưa đầy đủ, nghiêm minh và kịp thời; việc khai thác, sử dụng kết quả kiểm toán phục vụ cho công tác quản lý, điều hành, kiểm tra, giám sát nhìn chung còn hạn chế.
- Việc theo dõi, kiểm tra và tổng hợp kết quả thực hiện kết luận và kiến nghị kiểm toán còn thiếu nề nếp và tính hệ thống.
Thứ tư, việc giải quyết mối quan hệ giữa mở rộng quy mô, nâng cao chất lượng kiểm toán và yêu cầu giữ gìn đạo đức, phẩm chất cán bộ, Kiểm toán viên luôn là một thách thức lớn.