Mẫu vật phân tích tốt nhất là các mẫu tươi vừa thành thục mới thu hái. Phân tích tất cả các đặc điểm hình thái và các cấu trúc hiển vi. Trước hết, cắt một phần quả thể nấm gồm một phần mô mũ và thể sinh sản (phiến nấm). Tách khoảng 2 – 3
phiến với cả phần mô mũ rồi dùng dao cắt vuông góc với phiến. Các lát cắt như vậy cho phép quan sát được nhiều yếu tố như quan hệ giữa thể sinh sản và mô mũ, cấu trúc mô bất thụ (trama) của thể sinh sản, lớp sinh sản và các thành phần của nó như sợi nấm, đảm, liệt bào và đảm bào tử. Ngoài ra, để quan sát rõ hơn hệ thống sợi nấm ta dùng kim nhọn tách mô của mũ hay cuống nấm rồi để trên lam, dùng hai kim nhọn tách nhỏ sợi nấm ra mà quan sát theo chiều dài của sợi. Để tìm đầy đủ các loại sợi nên lấy sợi từ các phần khác nhau cũng như các giai đoạn phát triển khác nhau của nấm.
Những lát cắt mẫu tươi thường được quan sát trong nước cất, còn những lát cắt mẫu khô phải tiến hành quan sát trong những dung dịch đặc biệt như dung dịch KOH 3 - 5% hay dung dịch amoniac 10% có tác dụng làm cho mô phồng lên trở lại trạng thái ban đầu.
Khi phân tích mẫu vật phải chụp ảnh, vẽ lại và đo kích thước chính xác các cấu trúc hiển vi quan sát được, các cấu trúc cần nghiên cứu sâu được đo kích thước và chụp ảnh bằng kính hiển vi điện tử, các đặc điểm được ghi chép thêm vào phiếu điều tra cùng với những đặc điểm đã ghi ngoài thiên nhiên và đặc điểm bên ngoài của nấm.