Mẫu lấy được bảo quản nơi thoáng mát. Nếu giấy bọc bị bẩn hay ướt thì được thay thế, mô tả, ghi chép tiếp những đặc điểm của nấm vào phiếu điều tra: kích thước, hình dạng, màu sắc, các đặc điểm của mặt mũ, mép mũ, bào thể, bụi bào tử, cuống nấm, thịt nấm... Những mẫu chưa phân tích được và đủ tiêu chuẩn thì cần tiến hành làm bách thảo nấm (bách thảo khô, bách thảo ngâm, bách thảo nuôi trồng).
Bách thảo khô: nấm được phơi khô tự nhiên dưới ánh nắng mặt trời hoặc sấy
khô từ từ bằng đốt than củi, bếp điện hay tủ điện ở nhiệt độ 60 - 80oC để tránh bị
biến dạng và thay đổi màu sắc nhiều. Phòng thí nghiệm có phương tiện hiện đại, mẫu có thể được làm khô theo phương pháp khô lạnh ở nhiệt độ và áp suất thấp trong tủ lạnh, phòng có nhiệt độ thấp, có bơm hút không khí ẩm nên rất ít biến dạng và giữ nguyên màu sắc.
Nấm được xếp lên phên đan hay lưới thép mắt cáo có gờ xung quanh treo lên trên nguồn nhiệt. Đối với những nấm nạc có kích thước lớn có thể chẻ đôi hoặc bổ ra làm nhiều lát mỏng hơn để sấy cho chóng khô. Nấm có thể xếp giữa các lớp giấy bản, giấy báo, lót và phủ vải mịn rồi ép và sấy khô từ từ và thay giấy để hút bớt độ
ẩm như ở thực vật bậc cao. Ngoài ra có thể xử lý mẫu như sau: dùng dao sắc bổ qua quả thể ở chính giữa nấm thành 3–4 phiến, mỗi phiến dày 1,5 – 2 mm. Những lát cắt ở giữa được giữ nguyên để quan sát thịt của mũ, phiến, quan hệ giữa phiến và cuống cũng như cuống nấm. Lát phía ngoài gồm non nửa mũ và cuống, dùng dao hay thìa nhỏ nạo hết thịt nấm, phiến nấm và chỉ giữ lại biểu bì của mũ và cuống. Đặt các lát cắt ngang, cuống và mũ nấm đã nạo thịt và sửa lại cho có dạng giống với mũ nấm lên giấy tráng gelatin rồi phủ giấy bản và sấy khô. Mẫu nấm sẽ dính vào giấy tráng gelatin. Cũng có thể trải các mẫu nấm để nguyên hay vừa bổ mỏng hoặc mới nạo lên phiến xelophan, phủ vải mịn rồi xếp giấy bản, ép và sấy khô. Sau đó nhấc mẫu ra và dán lên giấy croki bằng dung dịch xeluloit trong axeton đặc như mật ong hoặc dùng chỉ khâu như ở thực vật bậc cao.
Những mẫu nấm sau khi đã được làm khô như trên vẫn rất dễ bị ẩm trở lại, dễ bị các vi khuẩn, nấm mốc, cũng như côn trùng phá hoại, nhất là trong điều kiện nhiệt đới. Cho nên các mẫu nấm sau khi đã sấy khô, cần được bọc trong giấy bóng mờ hay để trong túi polyetylen có băng phiến hay xông hơi formalin, ete... Nhưng tốt nhất là tẩm trong dung dịch HgCl2, trong cồn như ở thực vật bậc cao. Những mẫu trên được xếp vào hộp carton, hộp gỗ hay thùng kẽm đựng mẫu, đậy kín và sắp xếp theo thứ tự quy định cho tập bách thảo khô.
Bách thảo ngâm: nấm được ngâm trong dung dịch formalin 4% hay cồn pha loãng 30 – 50%, cũng có thể dùng dung dịch hỗn hợp (1/3 cồn, 1/3 formalin và 1/3 glyxerin) để ngâm mẫu. Các dung dịch trên vẫn còn làm nấm cong queo, biến dạng và thay đổi màu sắc nên gần đây người ta đã ứng dụng phương pháp của Latz để chống lại hai hiện tượng trên, đó là trộn lẫn 25g sunfat kẽm, 10ml formalin trong 1lít nước cất rồi ngâm nấm vào. Thông thường sau khi ngâm, dung dịch trở nên vẫn đục, tuy nhiên sau 24 giờ quá trình này sẽ ngừng lại. Lúc đó có thể gặn lọc dung dịch hay thay thế để có dung dịch trong suốt.
Để có những mẫu đẹp ở vị trí như ý muốn, dùng các miếng kính cắt vừa bình thuỷ tinh, buộc toàn bộ hay từng nửa nấm bổ đôi, ngâm trong dung dịch có nồng độ thích hợp, đậy kín nắp, gắn bằng parafin nung chảy. Phương pháp bách thảo ngâm
thường được ứng dụng với nấm quả thể chất thịt.
Bách thảo nuôi trồng (herbar cultur): Cần phân lập thuần khiết nấm. Nấm có thể được phân lập thuần khiết từ quả thể, hạch nấm, mô đệm, thể hình rễ và ngay cả sợi nấm nằm trong giá thể hay rễ nấm của thực vật bậc cao. Khi phân lập nấm từ quả thể nên chọn các quả thể non hay quả thể sắp sửa hình thành bào tử thành thục. Khi phân lập phải tiến hành trong điều kiện vô trùng. Dùng tay bẻ đôi quả hay một phần của quả thể rồi dùng dao cấy hay que cấy cứng chuyên dùng cho nấm đã vô trùng cắt từng miếng mô có kích thước 2 x 2 x 2 mm hay tách từng miếng nhỏ, dài chuyển vào môi trường thích hợp trong ống thạch nghiêng hay trong đĩa petri. Khoảng 2 – 3 ngày sau nấm đã mọc sợi từ miếng mô cấy ra. Nếu bị nhiễm, cần cấy truyền để có giống thuần khiết. Không dùng cồn lau trên quả thể hay nhúng cả mẫu cấy vào dung dịch sát trùng vì sẽ ảnh hưởng tới sự mọc bình thường của sợi, trừ những trường hợp mẫu đã bị bẩn, già.
Mô nấm sau khi đã phân lập trong thạch nghiêng hay đĩa petri cần chuyển sang để ở nhiệt độ thích hợp để nấm phát triển (250
C - 300C).
Sau khi cấy truyền, nếu nấm đã thuần khiết thì kiểm tra lại dưới kính hiển vi những đặc điểm của sợi (có thể so sánh với sợi của mô nấm) rồi đánh số hiệu và chuyển vào tập bách thảo nuôi trồng.
Mẫu nấm của bách thảo nuôi trồng nếu có người chăm sóc thì 4 tuần cấy truyền một lần. Nếu thiếu người chăm sóc, có thể tráng parafin và để ở nhiệt độ thấp 40C, 3-6 tháng lại cấy truyền lại. Khi để ở nhiệt độ thấp, một số loài nấm có nhiệt độ tối thích cao có thể bị ảnh hưởng phần nào tới sinh trưởng và phát triển bình thường. Mỗi mẫu để trong bách thảo nuôi trồng cần ít nhất là 4 ống giống của các giai đoạn tuổi khác nhau: 2 ống mọc tốt của lần cấy thứ nhất, 1 ống của lần trước và 1 ống cấy lần trước nữa.