- Nghiên cứu bảo quản Bộ sinh phẩm.
N ấm trong dạ dày được phát hiện bằng test PCR khuếch đại một đoạn AD 300 cặpbazotừ vùng ITS2 (hình 21) Theo kết quả phân tích, tỷ lệ nhiễm nấm dạ dày cao
AAACATTAAA AATAAGACTTTAATTTTCAA TATTTTATGA AAACAAAGCC TTAATTCCAT 60 TAATAACTAT GATAATGTTT TGAATTTTTA TTTTTAAGAT ATTTTCAAGG TATCTTTAAT
AATAAAATGC TAGAATTAAT CCCTTGAAAC ATTAACAAAG TTAATCGTTT TTAAAGTTGC 180 AAAAATCATT GAAGGAGTTA ATTGAAGT
73 >M105
AAAATGAGCC AAGGAATTTT TTAAAAACAT TAAAAAATAA GACTTTAATT TTCAATATTT 60 TATGAAAACA AAGCCTTAAT TCCATTAATA ACTATGATAA TGTTTTGAAT TTTTATTTTT 120 TATGAAAACA AAGCCTTAAT TCCATTAATA ACTATGATAA TGTTTTGAAT TTTTATTTTT 120 AAGATATTTT CAAGGTATCT TTAATAATAA AATGCTAGAA TTAGTCCTTT AAAACATTAA 180 CAAAGTTAAT CGTTTTTAAA GTTGCAAAAA TCATTGAAGG AGTTAATTGA AGT
>M106
AAAACGATCA AAGGAATTTT TTAAAAACAT TAAAAAATAA GGCTTTAATT TTCAATATTC 60 CATATTCCAT GAAAACAAAG CCTTAAATTC CATTAATAAC TATGATAATG TTTTGAATTT 120 CATATTCCAT GAAAACAAAG CCTTAAATTC CATTAATAAC TATGATAATG TTTTGAATTT 120 TTATTTTTAA GATATTTTCA AGGTATCTTT AATAATAAAA TGCTAGAATT AGTCCCTTAA 180 AACATTAACA AAGTTAATCG TTTTTAAAGT TGCAAAAAAT CATTGAAGGA GTTAATTGAA 240 GT
>M107
AAAATGAGCC AAGGAATTTT TTAAAAACAT TAAAAATAAG GCTTTAATCT TCAGTATTTT 60 ATGAAAACAA AGCCTTAATT CCATTAATAA CTATGATAAT GTTTTGAATT TTTATTTTTA 120 ATGAAAACAA AGCCTTAATT CCATTAATAA CTATGATAAT GTTTTGAATT TTTATTTTTA 120 AGATATTTTC AAGGTATCTT TAATAATAAA ATGCTAGAAT TAGTCCCTTA AAACATTAAC 180 AAAGTTAATC GTTTTTAAAG TTGCAAAAAA TCATTGAAGG AGTTAATTGA AGT
>M108
AAAATGAGCC AAGGAATTTT TTAAAAACAT TAAAAAATAA GACTTTAATT TTCAATATTC 60 CATGAAAACA AAGCCTTAAA CCCCATTAAT AACTATGATA ATGTTTTGAA TTTTTATTTT 120 CATGAAAACA AAGCCTTAAA CCCCATTAAT AACTATGATA ATGTTTTGAA TTTTTATTTT 120 TAAGATATTT TCAAGGTATC TTTAATAATA AAATGCTAGA ATTAGTCCCC TAAAACATTA 180 ACAAAGTTAA TCGTTTTTAA AGTTGCAAAA AATCATTGAA GGAGTTAATT GAAGT
>M109
AAAATGAGCC AAGGAATTTT TTTAAAAACA TTAAAAAATA AGGCTTTAAT TTTCAATATT 60 TTATGAAAAC AAAGCCTTAA TTCCATTAAT AACTATGATA ATGTTTTGAA TTTTTATTTT 120 TTATGAAAAC AAAGCCTTAA TTCCATTAAT AACTATGATA ATGTTTTGAA TTTTTATTTT 120 TAAGATATTT TCAAGGTATC TTTAATAATA AAATGCTAGA ATTAGTCCCT TAAAACATTA 180 ACAAAGTTAA TCGTTTTTAA AGTTGCAAAA AATCATTGAA GGAGTTAATT GAAGT
- Phân tích tin sinh học
Vùng IR của các chủng H. pylori khoảng 235 cặp kiềm, khi được so sánh với nhau bằng các chương trình tin sinh học như Cluster, Mega, Gendoc hóa ra mang các
đột biến điểm ở một vài vị trí. Do IR mang một promotor điều khiển biểu hiện của hai protein quan trọng xác định sức sống của vi khuẩn nên các đột biến này có những ý nghĩa sinh học nhất định đối với vi khuẩn. * 20 * 40 * 60 M84 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAA-TAAGGCTTTAATTTTCAATATTTT : 60 M85 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAA-TAAGGCTTTAATTTTCAATATTTT : 60 M83 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAA-TAAGGCTTTAATTTTCAATATTTT : 60 M87 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTTTAAAAACATTAAAAAATAAGGCTTTAATTTTCAATATTTT : 62 M88 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTTTAAAAACATTAAAAAATAAGGCTTTAATTTTCAATATTTT : 62 M99 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTTTAAAAACATTAAAAAATAAGGCTTTAATTTTCAATATTTT : 62 M103 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTTTAAAAACATTAAAAAATAAGGCTTTAATTTTCAATATTTT : 62 M102 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTTTAAAAACATTAAAAAATAAGGCTTTAATTTTCAATATTTT : 62 M109 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTTTAAAAACATTAAAAAATAAGGCTTTAATTTTCAATATTTT : 62 M96 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTTTAAAAACATTAAAAAATAAGGCTTTAATTTTCAATATTTT : 62 M107 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAA-TAAGGCTTTAATCTTCAGTATTTT : 60 M89 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTT-AAAAACGTTAAAAAATAAAACTTTAATTTTCAATATTTT : 61 M105 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAAATAAGACTTTAATTTTCAATATTTT : 61 M101 : AAAACGATCAAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAAATAAGGCTTTAATTTTCAATATTCC : 61 M106 : AAAACGATCAAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAAATAAGGCTTTAATTTTCAATATTCC : 61 M94 : AAAACGATCAAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAAATAAGGCTTTAATTTTCAATATTCC : 61 M98 : AAAATGAGCCAAGGAATTGTTT-AAAAACATTAAAAAATAAGACTTTATTTTTCAATATTCC : 61 M108 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAAATAAGACTTTAATTTTCAATATTCC : 61 M97 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAAATAAGACTTTCATTTTCAATATTCC : 61
74 M104 : ---AAACATTAAAAA-TAAGACTTTAATTTTCAATATTTT : 36 M90 : AAAATGAGCAAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAAATAAGACTTTAATTTTCAATATTTT : 61 M93 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAAATAAGACTTTCATTTTCAATATTTT : 61 M95 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAAATAAGACTTTCATTTTCAATATTTT : 61 M92 : AAAATGAGCCAAGGAATTTTTT-AAAAACATTAAAAAATAAAACTTTCATTTTCAATATTTT : 61 : *************************************************************- : - aaaatgagc aaggaatttttt aaaaacattaaaaa taag ctttaattttcaatatt
* 80 * 100 * 120 M84 : AT---GAAAACAAAGCCTTAAATTCCAATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 115 M85 : AT---GAAAACAAAGCCTTAAATTCCAATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 115 M83 : AT---GAAAACAAAGCCTTAAATTCCAATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 115 M87 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 115 M88 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 115 M99 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 115 M103 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 115 M102 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 115 M109 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 115 M96 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 115 M107 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 113 M89 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 114 M105 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 114 M101 : ATATTCCATGAAAACAAAGCCTTAAAT-TCCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 122 M106 : ATATTCCATGAAAACAAAGCCTTAAAT-TCCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 122 M94 : ATATTCCATGAAAACAAAGCCTTAAAT-TCCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 122 M98 : AT---GAAAACAAAGCCTTAAATTCCCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 116 M108 : AT---GAAAACAAAGCCTTAAAC-CCCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 115 M97 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 114 M104 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 89 M90 : AT---GAAAACAAAGCCTTAATT--CCATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 114 M93 : AT---GAAAACAAAGCCTTAAATTCCAATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 116 M95 : AT---GAAAACAAAGCCTTAAATTCCAATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTT : 116 M92 : AT---GTTTTTAAATTCCAATTAACAACTATGATGATGTTTTGAATTTTT : 108 : --- : - at gaaaacaaagccttaa t c attaataactatgataatgttttgaattttt * 140 * 160 * 180 M84 : ATTTTTAAAATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 177 M85 : ATTTTTAAAATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 177 M83 : ATTTTTAAAATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 177 M87 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 177 M88 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 177 M99 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 177 M103 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 177 M102 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 177 M109 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 177 M96 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 177 M107 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 175 M89 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 176 M105 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCTTTAAAACA : 176 M101 : ATTTTTAAGACATCTTTAAGGTATCTTTAGTAATAAAATGCTAAAATCAAGCCCTTAAAACA : 184 M106 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 184 M94 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 184 M98 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGTTAGAATTAGTTCCTTAAAACA : 178 M108 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCCTAAAACA : 177 M97 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAATCCCTTGAAACA : 176 M104 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAATCCCTTGAAACA : 151 M90 : ATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAAAATTAGTCCCTTAAAACA : 176 M93 : ATTTTTAAAATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 178 M95 : ATTTTTAAAATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCTTAAAACA : 178 M92 : TTTTTTAAAATTTTTTCGGGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTCCCCCCTTAAAACA : 170 : --- : - atttttaa atattttcaaggtatctttaataataaaatgctagaattagtcccttaaaaca * 200 * 220 * 240 M84 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 235
75 M85 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 235 M83 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 235 M87 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 235 M88 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAGTT- : 235 M99 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 235 M103 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 235 M102 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 235 M109 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 235 M96 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 235 M107 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 233 M89 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 234 M105 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAA-TCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 233 M101 : TTAACAGAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAGAAA-TCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 241 M106 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 242 M94 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 242 M98 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAGAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 236 M108 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 235 M97 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCA-AAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 233 M104 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCA-AAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 208 M90 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCA-AAAATCATTGAAGGAGTTAATTAAAGT- : 233 M93 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 236 M95 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 236 M92 : TTAACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT- : 228 : --- : - ttaacaaagttaatcgtttttaaagttgca aaaatcattgaaggagttaattgaagt
Vùng IR nằm giữa các gen jhp0153 và jhp0152 của H. pylori. Vùng được xác
định có chức năng điều khiển sự thích nghi của vi khuẩn dạ dày với thay đổi pH và khả năng sống của H. pylori trong dạ dày người. Các nghiên cứu của các nhà khoa học Mỹ xác nhận, các chủng H. pylori có nguồn gốc từ các vùng Đông nam Á như Nhật, Triều tiên…không mang các đoạn chèn ins180 cặp bazơ, vì thế ngắn hơn vùng IR của các chủng H. pylori có nguồn gốc từ Châu Phi. Nghiên cứu của chúng tôi xác nhận, các chủng H. pylori phân lập từ các bệnh nhân Việt Nam cũng không mang đoạn chèn ins189-bp .
Hai địa lục Châu Phi và Châu Á , cho đến nay vẫn có tỷ lệ ung thư dạ dày hoàn toàn tương phản: thấp ở Châu Phi và cao ở Đông Nam Á. Một số vùng khác có tỷ lệ
ung thư trung bình so với thế giới, trong đó có Việt Nam. Cái gọi là sự bí ẩn Châu Á và châu Phi, cho đến nay vẫn chưa được giải thích ngã ngũ.
Dựa trên các kết quả giải trình tự vùng IR của 24 chủng H. pylori phân lập từ
Việt Nam và 66 chủng H. pylori do các nhà khoa học Mỹ cung cấp, một cây phả hệ được xây dựng liên kết các chủng H. pylori nguồn gốc Đông Nam Á và các chủng H.
pylori từ các vùng địa lý khác trên thế giới được trình bầy ở dưới Trên cây phả hệ, các chủng H. pylori Việt Nam có xu hướng tụ lại thành một nhóm cách biệt với các chủng khác trên thế giới.
76
Hình23. Cây phả hệ cuả trình tự vùng IR giữa gen jhp0153 và jhp0152. Các trình tự
chủng H. pylori Việt Nam (từ số M83-M109) và 66 chủng nhận từ phía Mỹ (M1- M82). Các chủng vi khuẩn Việt Nam được khoang vòng tròn trên cây phả hệ.
77
Hình 24. Hình 23. Cây phả hệ cuả các trình tự vùng IR giữa các gen jhp0153 và
jhp0152. Các trình tự IR của các chủng H. pylori Việt Nam (từ số M83-M109), chủng nhận từ phía Mỹ (M1-M82) và các trình tự của các chủng vi khuẩn H. pylori khai thác từ Website.
d2. Khảo sát chỉ thị sinh học CagA của 27 chủng H. pylori
-PCR test
Phần 3’ của gen cagA chứa EPYIA motif được khuếch đại bằng PCR với cặp mồi đặc thù, kết quảđược trình bầy ở hình 25.
78
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 2 0 21 22 23 24 25 26 27
Hình 25. Đầu 3’ của gen cagA trong các chủng HP có thể khác nhau về kích thước. Hai chủng 5ABvà 5CB (mũi tên 2), 7AB và 7 CB (mũi tên 2) có vùng 3’ của gen cagA
ngắn hoặc dài hơn so với các chủng H. pylori khác.
Ghi chú: Số thứ tự từ 1-27
1(19CB) 2(1AB) 3(1CB) 4(3AB) 5(3CB) 6(3AG) 7(3GC) 8(4AG) 9(4CG) 10(5AB) 11(5CB) 12(7AB) 13(7CB) 14(8CB) 15(4AB) 16(17AB) 17(19AB) 18(21AB) 19(23AB) 20(24AB) 11(5CB) 12(7AB) 13(7CB) 14(8CB) 15(4AB) 16(17AB) 17(19AB) 18(21AB) 19(23AB) 20(24AB) 21 (24CB) 22(25CB) 23(26AB) 24(26CB) 25(27AB) 26 (A302) 27(A306).
Theo hình 25, đoạn ADN khuếch đại từđầu 3' gen cagA của phần lớn chủng H.
pylori có kích thướcmong đợinhư nhau, trừ bốn chủng 5AB,5CB cho sản phẩm PCR ngắn hơn và chủng 7AB, 7CB.cho sản phẩm PCR dài hơn thường lệ.
-Trình tựđầu 3’ gen cagA của một số chủng H. pyloriđược xác định.
> 1AB_HP_CagA
AGTCATTCTT GCTCCCTTGA AGCCCTACTT TACTGAGATC ATTAACTGCA GCACTTCTTC 60 TCAAAGGGAA GCCTGCTTGA TTGGCCTCAT CAAAATCAAT TGTAGCGTAA ATGGGCTCAG 120 TCAAAGGGAA GCCTGCTTGA TTGGCCTCAT CAAAATCAAT TGTAGCGTAA ATGGGCTCAG 120 GGCTAGCTGA TTGCCCTGCT CCACTGAAAC CGCCCACTCC TTTACCTGCT GATGCAATTT 180 TGTTAATCCG GTCAATTTTT CTATTTATTG CTGATGTAGC TTCGTTGAGT TGGTCAATTT 240 TTGCACTCAC CTTTTTAGCA ACTTGAGCGT AAATGGGCTC TTCAGGGCTA GCTGCTTGTC 300 CTACTTTCTT TTTATTAACT TTAGCGTAAA TAGGCTCTTC GTTGTTTTTG AGTCCATTAC 360 TATTGGATTT TCCAAAAAGT TTCTCACTCA ATTCTTTCCT GATGTCCGAA AAATTTTTGG 420 AGAGCTTTGT GGCTTCTGTT TTAGATAACC CATTACCGAC TAGGGTTCCA TTC
>1CB_HP_CagA
AGTCATTCTT GCTCCCTTGA AGCCCTACTT TACTGAGATC ATTAACTGCA GCACTTCTTC 60 TCAAAGGGAA GCCTGCTTGA TTGGCCTCAT CAAAATCAAT TGTAGCGTAA ATGGGCTCAG 120 TCAAAGGGAA GCCTGCTTGA TTGGCCTCAT CAAAATCAAT TGTAGCGTAA ATGGGCTCAG 120 GGCTAGCTGA TTGCCCTGCT CCACTGAAAC CGCCCACTCC TTTACCTGCT GATGCAATTT 180 TGTTAATCCG GTCAATTTTT CTATTTATTG CTGATGTAGC TTCGTTGAGT TGGTCAATTT 240 TTGCACTCAC CTTTTTAGCA ACTTGAGCGT AAATGGGCTC TTCAGGGCTA GCTGCTTGTC 300 CTACTTTCTT TTTATTAACT TTAGCGTAAA TAGGCTCTTC GTTGTTTTTG AGTCCATTAC 360 TATTGGATTT TCCAAAAAGT TTCTCACTCA ATTCTTTCCT GATGTCCGAA AAATTTTTGG 420 AGAGCTTTGT GGCTTCTGTT TTAGATAACC CATTACCGAC TAGGGTTCCA TTCACA
>3AB_HP_CagA
AGTCATTCTT GTTCCTTGAA GCCCTACTTT ACTGAGATCA TTAACTCCAG CGTATCTCTT 60 CAAAGGGAAG CCTGCTTGAT TGGCCTCATC AAAATCAATT GTAGCGTAAA TGGGTTCAGG 120 CAAAGGGAAG CCTGCTTGAT TGGCCTCATC AAAATCAATT GTAGCGTAAA TGGGTTCAGG 120 GCTAGCTGAT CGCCCTGCTC CACTGAAACC GCCCACTCCT TTACCTGCTG ATGCAATTTT 180 GTTAATCCGG TCAATTTTTC TATTTATTGC TGATGTAGCT TCGTTGAGTT GGTCAATTTT 240 TGCACTCACC TTTTTAGCAA CTTGAGCGTA AATGGGCTCT TCAGGGCTAG CTACTTGTCC 300 TGTTTTCTTT TTATTAACTT GAGCGTAAAT GGGCTCTTCG TTGTTTTTGA GTCCATTATT 360 ATTGTTATTG GAATTTCCAA ATAATTTCTC GTTCAATTCT TTCCTGATGT CTGAAAAATT 420 CTTGGAGAGC TTTGTGGCTT CTGTTTTAGA TAACCCATTA CCGACTAGGG TTCCATTCA
CagA 1
79 >3AG_HP_CagA
CGAGTCATTC TTGTTCCTTG AAGCCCTACT TTAGAGAGAT CATTAACTCC AGCGCTTCTT 60 CTCAAAGGGA AGCCTGCTTG ATTGGCCTCA TCAAAATCAA TTGTAGCGTA AATGGGCTCA 120 CTCAAAGGGA AGCCTGCTTG ATTGGCCTCA TCAAAATCAA TTGTAGCGTA AATGGGCTCA 120 GGGCTAGCTG ATTGCCCTGC TCCACTGAAA CCGCCCACTC CTTTACCTGC TGATGCAATT 180 TTGTTAATCC GGTCAATTTT TCTATTTATT GCTGATGTAG CTTCGTTGAG TTGGTCAATT 240 TTTGCACTCA CCTTTTTAGC AACTTGAGCG TAAATGGGCT CTTCAGGGCT AGCTGCTTGT 300 CCTGATTTCT TTTTATTGAC TTGAGCGTAA ATGGGCTCTT CGTTGTTTTT GAGTCCATCA 360 CTATTGGATT TTCCAAAAAG TTTCTCACTC AACTCTTTCC TAATGTCTGA AAAATTTTTG 420 GTGAGCTTTG TGGCTTCTGT TTTAGACAAC CCGTTACCGA CTAGGG
>3CB_HP_CagA
AGTCATTCTT GTTCCTTGAA GCCCTACTTT ACTGAGATCA TTAACTCCAG CGTATCTCTT 60 CAAAGGGAAG CCTGCTTGAT TGGCCTCATC AAAATCAATT GTAGCGTAAA TGGGTTCAGG 120 CAAAGGGAAG CCTGCTTGAT TGGCCTCATC AAAATCAATT GTAGCGTAAA TGGGTTCAGG 120 GCTAGCTGAT CGCCCTGCTC CACTGAAACC GCCCACTCCT TTACCTGCTG ATGCAATTTT 180 GTTAATCCGG TCAATTTTTC TATTTATTGC TGATGTAGCT TCGTTGAGTT GGTCAATTTT 240 TGCACTCACC TTTTTAGCAA CTTGAGCGTA AATGGGCTCT TCAGGGCTAG CTACTTGTCC 300 TGTTTTCTTT TTATTAACTT GAGCGTAAAT GGGCTCTTCG TTGTTTTTGA GTCCATTATT 360 ATTGTTATTG GAATTTCCAA ATAATTTCTC GTTCAATTCT TTCCTGATGT CTGAAAAATT 420 CTTGGAGAGC TTTGTGGCTT CTGTTTTAGA TAACCCATTA CCGACTAGGG TTCCA
>3CG_HP_CagA
CTACGAGTCA TTCTTGTTCC TTGAAGCCCT ACTTTAGAGA GATCATTAAC TCCAGCGCTT 60 CTTCTCAAAG GGAAGCCTGC TTGATTGGCC TCATCAAAAT CAATTGTAGC GTAAATGGGC 120 CTTCTCAAAG GGAAGCCTGC TTGATTGGCC TCATCAAAAT CAATTGTAGC GTAAATGGGC 120 TCAGGGCTAG CTGATTGCCC TGCTCCACTG AAACCGCCCA CTCCTTTACC TGCTGATGCA 180 ATTTTGTTAA TCCGGTCAAT TTTTCTATTT ATTGCTGATG TAGCTTCGTT GAGTTGGTCA 240 ATTTTTGCAC TCACCTTTTT AGCAACTTGA GCGTAAATGG GCTCTTCAGG GCTAGCTGCT 300 TGTCCTGATT TCTTTTTATT GACTTGAGCG TAAATGGGCT CTTCGTTGTT TTTGAGTCCA 360 TCACTATTGG ATTTTCCAAA AAGTTTCTCA CTCAACTCTT TCCTAATGTC TGAAAAATTT 420 TTGGTGAGCT TTGTGGCTTC TGTTTTAGAC AACCCGTTAC CGACTAGGGT TCC
>4AB_HP_CagA
CTACGAGTCA TTCTTCTTCC TTGAAGCCCT ACTTTACTGA GATCATTAAC TCCAGCGCTT 60 CTTCTCAAAG GGAATCCTGC TTGATTTGCC TCATCAAAAT CAATTGTAGC GTAAATGGGT 120 CTTCTCAAAG GGAATCCTGC TTGATTTGCC TCATCAAAAT CAATTGTAGC GTAAATGGGT 120 TCAGGGCTAG CTGATTGCCC TGCCCCACTG AAACCGCCCA CTCCTTTACC TGCTGATGCA 180 ATTTTGTTAA TCCGGTCAAT TTTTCTATTT ATTGCTGATG TAGCTTCGTT GAGTTGGTCA 240 ATTTTTGCAC TCACCTTTTT AGCAACTTGA GCGTAAATGG GCTCTTCAGG GCTAGCTACT 300 TGTCCTATTT TCTTTTTATT GACTTGAGCG TAAATGGGCT CTTCGTTGTT TTTGAGTCCA 360 TTACTATTGG ATTTTCCAAA AAGTTTCTCA CTCAACTCTT TCCTAATGTC TGAAAAATTT 420 TTGGTGAGCT TTGTGGCTTC TGTTTTAGAC AACCCGTTAC CGACTAGGG
>4AG_HP_CagA
AGTCATTCTT GTTCCTTGAA GCCCTACTTT ACTGAGATCA TTAACTCCAG CACTTCTTCT 60 CAAAGGGAAG CCTGCTTGAT TTGTCTCATC AAAATCAATT GTAGCGTAAA TGGGTTCTTC 120 CAAAGGGAAG CCTGCTTGAT TTGTCTCATC AAAATCAATT GTAGCGTAAA TGGGTTCTTC 120 AGGGCTAGCT GATCGCCCTG CTCCACTGAA ACCGCCCACT CCTTTACCTG CTGATGCAAT 180 TTTGTTAATC CGGTCAATTT TTCTATTTAT TGCTGATGTA GCTTCGTTGA GTTGGTCAAT 240 TTTTGCACTC ACCTTTTTAG CAACTTGAGC GTAAATGGGC TCTTCAGGGT TAGCTGCTTG 300 TCCTGCTTTC TTTTTATTGA CTTGAGCGTA AATGGGCTCT TCGTTGTTTT TGAGTCCATT 360 ACTATTGGAT TTTCCAAAAA GTTTCTCACT CAACTCTTTC CTGATGTCCG AAAAATTTTT 420 GGAGAGCTTT GTGGCTTCTG TTTTAGACAA CCCGTTACCG ACTAGGGTTC CATTC
>4CG_HP_CagA